Cara Mestdag 2022-2023 Begrippen moleculaire biologie
Aminoacyl-tRNA synthese: Er zijn 20 verschillende
Aminoacetyl-tRNA synthetases(=AARS). Dit betekent 1
voor elk AZ. 1 AARS moet meerdere tRNA’s kunnen
herkennen omdat er 64 (codons met 61 te herken- nen)
zijn en maar 20 AZ. Er zijn dus meerdere codons op het
tRNA voor 1 bepaald amino- zuur. De
herkenningsplaatsen zijn: Acceptorstam , de loops, (deel
van) het anticodon.
1. AASS bind en activeert het AZ door de zuur- groep van het aminozuur te binden aan
AMP dat afgeleid werd van ATP.
= aminoacyl-AMP wordt gevormd
met Pyrofos- faat als bijproduct.
2. Het AASS vervangt nu AMP
door tRNA zodanig dat amynoacyl-
tRNA met AMP als bijproduct.
3. Het aminozuur wordt
gekoppeld aan de 3' hy- droxyl OF
2' hydroxyl van het terminaal
adenosine.
4. De koppeling met 2' of 3'
hydroxylgroep hangt af van het
klasse van de AARS. Is het klasse 1
dan bindt het op de 2'-OH groep., bij klasse 2 binden ze op het 3'.
Anti-sigma factoren: Vele sigma factoren worden gereguleerd door anti-sigma factoren, die
binden aan een specifieke sigma. Hierdoor blokkeren ze de binding van deze sigma aan het
core-polymerase. Sommige van deze anti-sigma factoren zijn zelfs nog gecontroleerd door
een anti-anti-sigma fac- tor, deze binden dan weer aan een specifiek complex van een sigma
en een anti-sigma. Hierdoor krijgt de sigma-factor de mogelijkheid om te lossen en wel te
gaan binden aan het core. In op zen minst 1 geval is er ook een anti-anti-anti-sigma factor.
Deze fosforyleerd en inactiveert zijn verwante anti-anti-sigma factor.
De C-waarden paradox: De grootste misvatting momenteel is dat de complexiteit van een
organisme niet in verband staat met de grote van het genoom. Sommige hebben gewoon
vele herhalingen, deze geven geen extra info maar maken wel een groter genoom!
NOG NIET AF
eIF4E is een doelwit voor translatie gecontroleerd door insuline en groeifactoren
1
, Cara Mestdag 2022-2023 Begrippen moleculaire biologie
Southern blotting: DNA wordt gesplitst
in verschillende fragmenten door een
restrictie endonu- clease. Deze
fragmenten worden dan weer on-
derworpen aan gelelektroforese in een
agarose gel. De dubbele helixen
worden gedenatu- reerd door de gel
basisch te maken. Hierna wordt er een
nitrocellulose vel of ander DNA
bindend materiaal opgelegd, waardoor
de DNA fragmenten overgaan. Dit kan
op 2 manieren:
1. Door diffusie zoals op de foto
waarbij de buffer door de gel, samen
met het DNA door het papiertje
stroomt
2. Door elektroforese (zelfde
principe)
Op de filter brengt men een probe aan die bestaat uit puur enkelstrengig DNA dat
overeenkomt met een bepaald gen. Dit zal binden aan de complementaire fragmenten dat
je wilt detecteren. Bekijk het dan door autoradiografie of fosforimaging.
Northern blotting: Hierbij scheidt men mRNA ipv DNA. Alles verloopt exact hetzelfde met
het verschil dat er geen denaturatie stap nodig is.
Nucleaire receptoren: Ze interageren met endocriene signaal molecules. De receptor plus
het endocriene molecule vormt een complex tot hormonen response elementen (HREs) wat
de transcriptie van geassocieerde genen activeert.
Type 1 nucleaire receptoren komen voor gebonden aan een ander proteïne in het
cytoplasma. Wanneer deze receptoren binden met hun hormoon ligand, dan laten ze hun
cytoplamsische proteïne partner vrij. Ze verplaatsen zich vervolgens naar de nucleus en
binden aan hun enhancers, hierdoor treden ze op als activators.
Type 2 nucleaire receptoren bv thyroid hormoon receptor, blijven in de nucleus, gebonden
aan hun target DNA plaats. In de afwezigheid van hun proteïne ligand, onderdrukken zij de
gen activiteit. Maar wanneer ze binden aan hun ligand, activeren ze de transcriptie. =
HORMOON GEREGULEERDE TRANSCRIPTIE ACTIVATIE
Topoisomerase = enzym dat supercoiling tegengaat door de één streng te knippen en vast
te houden, terwijl zal de andere streng 180° gaan draaien.
TFIID = klasse II transcriptie factor, een TATA-box bindingsproteïne.
2
Aminoacyl-tRNA synthese: Er zijn 20 verschillende
Aminoacetyl-tRNA synthetases(=AARS). Dit betekent 1
voor elk AZ. 1 AARS moet meerdere tRNA’s kunnen
herkennen omdat er 64 (codons met 61 te herken- nen)
zijn en maar 20 AZ. Er zijn dus meerdere codons op het
tRNA voor 1 bepaald amino- zuur. De
herkenningsplaatsen zijn: Acceptorstam , de loops, (deel
van) het anticodon.
1. AASS bind en activeert het AZ door de zuur- groep van het aminozuur te binden aan
AMP dat afgeleid werd van ATP.
= aminoacyl-AMP wordt gevormd
met Pyrofos- faat als bijproduct.
2. Het AASS vervangt nu AMP
door tRNA zodanig dat amynoacyl-
tRNA met AMP als bijproduct.
3. Het aminozuur wordt
gekoppeld aan de 3' hy- droxyl OF
2' hydroxyl van het terminaal
adenosine.
4. De koppeling met 2' of 3'
hydroxylgroep hangt af van het
klasse van de AARS. Is het klasse 1
dan bindt het op de 2'-OH groep., bij klasse 2 binden ze op het 3'.
Anti-sigma factoren: Vele sigma factoren worden gereguleerd door anti-sigma factoren, die
binden aan een specifieke sigma. Hierdoor blokkeren ze de binding van deze sigma aan het
core-polymerase. Sommige van deze anti-sigma factoren zijn zelfs nog gecontroleerd door
een anti-anti-sigma fac- tor, deze binden dan weer aan een specifiek complex van een sigma
en een anti-sigma. Hierdoor krijgt de sigma-factor de mogelijkheid om te lossen en wel te
gaan binden aan het core. In op zen minst 1 geval is er ook een anti-anti-anti-sigma factor.
Deze fosforyleerd en inactiveert zijn verwante anti-anti-sigma factor.
De C-waarden paradox: De grootste misvatting momenteel is dat de complexiteit van een
organisme niet in verband staat met de grote van het genoom. Sommige hebben gewoon
vele herhalingen, deze geven geen extra info maar maken wel een groter genoom!
NOG NIET AF
eIF4E is een doelwit voor translatie gecontroleerd door insuline en groeifactoren
1
, Cara Mestdag 2022-2023 Begrippen moleculaire biologie
Southern blotting: DNA wordt gesplitst
in verschillende fragmenten door een
restrictie endonu- clease. Deze
fragmenten worden dan weer on-
derworpen aan gelelektroforese in een
agarose gel. De dubbele helixen
worden gedenatu- reerd door de gel
basisch te maken. Hierna wordt er een
nitrocellulose vel of ander DNA
bindend materiaal opgelegd, waardoor
de DNA fragmenten overgaan. Dit kan
op 2 manieren:
1. Door diffusie zoals op de foto
waarbij de buffer door de gel, samen
met het DNA door het papiertje
stroomt
2. Door elektroforese (zelfde
principe)
Op de filter brengt men een probe aan die bestaat uit puur enkelstrengig DNA dat
overeenkomt met een bepaald gen. Dit zal binden aan de complementaire fragmenten dat
je wilt detecteren. Bekijk het dan door autoradiografie of fosforimaging.
Northern blotting: Hierbij scheidt men mRNA ipv DNA. Alles verloopt exact hetzelfde met
het verschil dat er geen denaturatie stap nodig is.
Nucleaire receptoren: Ze interageren met endocriene signaal molecules. De receptor plus
het endocriene molecule vormt een complex tot hormonen response elementen (HREs) wat
de transcriptie van geassocieerde genen activeert.
Type 1 nucleaire receptoren komen voor gebonden aan een ander proteïne in het
cytoplasma. Wanneer deze receptoren binden met hun hormoon ligand, dan laten ze hun
cytoplamsische proteïne partner vrij. Ze verplaatsen zich vervolgens naar de nucleus en
binden aan hun enhancers, hierdoor treden ze op als activators.
Type 2 nucleaire receptoren bv thyroid hormoon receptor, blijven in de nucleus, gebonden
aan hun target DNA plaats. In de afwezigheid van hun proteïne ligand, onderdrukken zij de
gen activiteit. Maar wanneer ze binden aan hun ligand, activeren ze de transcriptie. =
HORMOON GEREGULEERDE TRANSCRIPTIE ACTIVATIE
Topoisomerase = enzym dat supercoiling tegengaat door de één streng te knippen en vast
te houden, terwijl zal de andere streng 180° gaan draaien.
TFIID = klasse II transcriptie factor, een TATA-box bindingsproteïne.
2
