DNA Replication, Repair and
Recombination
Biochemistry – hoofdstuk 28
28.1
Major en minor groeven in DNA
Major en minor groeven van DNA zijn heel belangrijk ze geven de mogelijkheid
tot het bekijken van DNA op een andere manier.
De oriëntatie van hoe het fosfaat op de suiker zit, zorgt voor de groeven. Dit komt
doordat de fosfaten en suikers aan dezelfde kant van de base zitten en in een
hoek op het platte basepaar staan. Dit zorgt ervoor dat er niet overal een gelijke
afstand is in de groeven van het DNA.
- Ieder basepaar heeft een andere ladingverdeling. Een eiwit kan dus aan de
ladingverdeling zien welke basen daar zitten. Dit is te zien in de major
groeve.
- In de minor groeve kan je zien dat er een basepaar zit, maar het is in ieder
basepaar hetzelfde, dus je weet niet welke er zit.
DNA polymerase
DNA polymerase is een template gestuurd enzym. Er is een primer nodig voor de
start en dNTP zorgt voor energie. ‘Proofreading’ vergroot de nauwkeurigheid
het zorgt dat basen selectief verwijderd kunnen worden.
Er zijn twee metaalionen nodig die helpen bij de coördinatie van DNA en
nucleotide. Deze metaalionen zitten in de
palm en zonder deze metaalionen kan het
enzym niet goed functioneren.
Twee H-banden met baseparen in de minor
groeve meten de afstand tussen baseparen.
Ze controleren of er wel een basepaar is
ingebouwd.
Een conformatie verandering na binding met
een nucleotide zorgt voor een ‘tight pocket’ in
DNA polymerase, waar alleen een correct
basepaar in past. De bovenste helix klapt dicht
als het precies past en de fosfodiester bond
wordt gemaakt. Als het niet past, gaat de
bovenste helix niet dicht en wordt er geen
fosfodiester bond gemaakt.
Polymerase kan daarna de goede base alsnog inbouwen.
DNA replicatie
Voor DNA replicatie is een primer nodig. Deze wordt gevormd doordat primase (in
een primosoom, gebied op het DNA) een RNA primer synthetiseerd van 5’ naar
3’. Vervolgens kan DNA replicatie plaatsvinden aan de RNA primer. De stukjes
RNA aan het begin van okazaki fragmenten worden vervangen door DNA door
DNA polymerase I.
Tijdens de DNA replicatie ontstaat er een replicatievork. De ene kant is de leading
strand en de andere de lagging strand. In de lagging strand zitten hele veel RNA
stukjes (in okazaki fragmenten). DNA ligase verbindt de okazaki fragmenten de
Recombination
Biochemistry – hoofdstuk 28
28.1
Major en minor groeven in DNA
Major en minor groeven van DNA zijn heel belangrijk ze geven de mogelijkheid
tot het bekijken van DNA op een andere manier.
De oriëntatie van hoe het fosfaat op de suiker zit, zorgt voor de groeven. Dit komt
doordat de fosfaten en suikers aan dezelfde kant van de base zitten en in een
hoek op het platte basepaar staan. Dit zorgt ervoor dat er niet overal een gelijke
afstand is in de groeven van het DNA.
- Ieder basepaar heeft een andere ladingverdeling. Een eiwit kan dus aan de
ladingverdeling zien welke basen daar zitten. Dit is te zien in de major
groeve.
- In de minor groeve kan je zien dat er een basepaar zit, maar het is in ieder
basepaar hetzelfde, dus je weet niet welke er zit.
DNA polymerase
DNA polymerase is een template gestuurd enzym. Er is een primer nodig voor de
start en dNTP zorgt voor energie. ‘Proofreading’ vergroot de nauwkeurigheid
het zorgt dat basen selectief verwijderd kunnen worden.
Er zijn twee metaalionen nodig die helpen bij de coördinatie van DNA en
nucleotide. Deze metaalionen zitten in de
palm en zonder deze metaalionen kan het
enzym niet goed functioneren.
Twee H-banden met baseparen in de minor
groeve meten de afstand tussen baseparen.
Ze controleren of er wel een basepaar is
ingebouwd.
Een conformatie verandering na binding met
een nucleotide zorgt voor een ‘tight pocket’ in
DNA polymerase, waar alleen een correct
basepaar in past. De bovenste helix klapt dicht
als het precies past en de fosfodiester bond
wordt gemaakt. Als het niet past, gaat de
bovenste helix niet dicht en wordt er geen
fosfodiester bond gemaakt.
Polymerase kan daarna de goede base alsnog inbouwen.
DNA replicatie
Voor DNA replicatie is een primer nodig. Deze wordt gevormd doordat primase (in
een primosoom, gebied op het DNA) een RNA primer synthetiseerd van 5’ naar
3’. Vervolgens kan DNA replicatie plaatsvinden aan de RNA primer. De stukjes
RNA aan het begin van okazaki fragmenten worden vervangen door DNA door
DNA polymerase I.
Tijdens de DNA replicatie ontstaat er een replicatievork. De ene kant is de leading
strand en de andere de lagging strand. In de lagging strand zitten hele veel RNA
stukjes (in okazaki fragmenten). DNA ligase verbindt de okazaki fragmenten de
