Hoofdstuk 7: Data-analyse en databanken
1. Databanken
1.1. Literatuur
Pubmed of Web of Science: Peer reviewed artikels
Sci-hub: Gratis toegang tot miljoenen artikels (erg controversieel)
Google Scholar
o Peer reviewed artikelen
o Bevat ook zeer recente publicaties
Preprint servers
o Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben variabele kwaliteit !
o Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen
o Vele opties: bioRxiv, medRxiv, Zenodo, …
JoVE = journal of visualized experiments
o Peer reviewed video’s van methoden en protocollen
o Slechts beperkt deel gratis toegankelijk
Patenten = octrooien
o Een exclusief recht op het commercieel uitbuiten van een uitvinding
o Omvat ook een publicatie van de uitvinding
o Te bekijken in specifieke databanken (bv Espacenet, The lens, …)
1.2. Data repositoria (grote datasets downloaden om zelf analyse op te doen)
Data portalen van waarop “ruwe” (nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload
Zoeken via accesion number uit publicatie of via zoektermen
Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
o GEO = gene expression omnibus: RNA expressie datasets
o PRIDE database = proteomics identifications database: Massaspectrometrie proteomics
datasets
o PDB = protein database: 3D structuurinformatie van eiwitten
1.3. Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel attractieve manier.
Zaken makkelijker kunnen opzoeken
1.3.1. DNA
Genome browsers:
o Ensembl, UCSC
o Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, … van een gen opzoeken
o Data ENCODE raadplegen (ENcyClopedia Of DNA Elements)
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met verwijzing naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
o OMIM = online Mendelian inheritance in man
Erfelijke ziekten gelinkt aan genmutaties
Kloneringsgeschiedenis van genen
o Kanker:
COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer; Europees): verworven mutaties in
kankers gaan opzoeken, ook in cellijnen. Je kan ook kijken in welke types van kankers
mutaties vaak voorkomen
TCGA = the cancer genome atlas: Amerikaanse variant
71
1. Databanken
1.1. Literatuur
Pubmed of Web of Science: Peer reviewed artikels
Sci-hub: Gratis toegang tot miljoenen artikels (erg controversieel)
Google Scholar
o Peer reviewed artikelen
o Bevat ook zeer recente publicaties
Preprint servers
o Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben variabele kwaliteit !
o Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen
o Vele opties: bioRxiv, medRxiv, Zenodo, …
JoVE = journal of visualized experiments
o Peer reviewed video’s van methoden en protocollen
o Slechts beperkt deel gratis toegankelijk
Patenten = octrooien
o Een exclusief recht op het commercieel uitbuiten van een uitvinding
o Omvat ook een publicatie van de uitvinding
o Te bekijken in specifieke databanken (bv Espacenet, The lens, …)
1.2. Data repositoria (grote datasets downloaden om zelf analyse op te doen)
Data portalen van waarop “ruwe” (nog niet geanalyseerde) data kunnen worden gedownload
Zoeken via accesion number uit publicatie of via zoektermen
Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
o GEO = gene expression omnibus: RNA expressie datasets
o PRIDE database = proteomics identifications database: Massaspectrometrie proteomics
datasets
o PDB = protein database: 3D structuurinformatie van eiwitten
1.3. Data platformen
Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel attractieve manier.
Zaken makkelijker kunnen opzoeken
1.3.1. DNA
Genome browsers:
o Ensembl, UCSC
o Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, … van een gen opzoeken
o Data ENCODE raadplegen (ENcyClopedia Of DNA Elements)
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met verwijzing naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
o OMIM = online Mendelian inheritance in man
Erfelijke ziekten gelinkt aan genmutaties
Kloneringsgeschiedenis van genen
o Kanker:
COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer; Europees): verworven mutaties in
kankers gaan opzoeken, ook in cellijnen. Je kan ook kijken in welke types van kankers
mutaties vaak voorkomen
TCGA = the cancer genome atlas: Amerikaanse variant
71
