Samenvatting Moleculaire detectie 2

Samenvatting Moleculaire detectie 2

1. Benoem de stappen van de PCR met de daarbij behorende temperatuur?
- Denaturatie  92 graden
- Hybridisatie  55-65 graden
- Elongatie  72 graden
2. Hoe worden de resultaten van een PCR zichtbaar gemaakt?
Door middel van een agar gel
3. Wat zijn eigenschappen van de end point PCR?
- Geen informatie over de kinetische energie van de reactie (snelheid)
- Geen informatie over begin hoeveelheid van het template
- Geen informatie over de effectiviteit van de amplificatie
- Wel informatie of er specifiek DNA gevonden is
4. Wat zijn de eigenschappen van een qPCR?
- Ook wel real time PCR genoemd (niet te verwarren met RT-PCR)
- Quantitatief door fluorescent signaal tijdens amplificatie
- Hoeveelheid product na elke cyclus wordt zichtbaar gemaakt
5. Benoem van onderstaande afbeelding de verschillende fases




Blauw End point
Oranje Lineaire fase
Groen  Exponentiële fase
6. Benoem een aantal voorbeelden voor de qPCR bij RNA
- Genexpressie
- Microarry validatie
- miRNA expressie
- Genregulatie
7. Benoem een aantal voorbeelden voor de qPCR bij DNA
- SNP genotypering
- Somatische mutaties
- Pathogenen detectie
- Virus quantivicering
8. Wat voor soort samples kunnen er gebruik worden voor de qPCR?
Genomisch DNA en mRNA (cDNA)
9. Wat is een fluorescerend signaal?
Meerdere signalen opvangen bij verschillende golflengtes
10. Op welke basis kan worden bepaald hoeveel DNA er aanwezig was?
Op basis van het aantal cycli en de hoeveelheid fluorescerende signaal
11. Benoem de twee fluorescerende kleurstoffen
SybrGreen en Taqman probe  binden beide aan het DNA

1

, 12. Wat gebeurd er bij SybrGreen?
- Bindt aan het al het dubbel strengs DNA
- Geeft licht wanneer het gebonden is
- Hoe meer signaal hoe meer product
- Reversibel  Zodra dubbel strengs DNA enkelstrengs wordt ontbind het SybrGreen
13. Wat zijn voordelen en nadelen van SybrGreen?
Voordeel  goedkoop
Nadeel niet specifiek (hoeft niet altijd een nadeel te zijn), Moet altijd gecontroleerd
worden
14. Wat gebeurd er bij de Taqman probe?
- Kleuring en quencer op stukje enkelstrengs DNA
- Probe bind aan complementair enkelstrengs DNA fragment
- Zodra de fluorfoor afgekoppeld wordt zal deze licht vrijgeven
- Elke cyclus meer fluorescentie
15. Waar zorgt de quencer voor?
Hij is een onderdrukker van het fluorescente signaal
16. Wat zijn de voordelen en nadelen van de Taqman probe?
Voordeel Specifiek
Nadeel Duur
17. Wat zijn belangrijke PCR componenten?
- DNA sample
- Primers
- Nucleotiden
- Taq-polymerase
- Mix-buffer
18. Waar kan PCR allemaal voor gebruikt worden?
- Forensische onderzoek
- Testen op voedsel
- Pathogenen detectie

Genexpressie

1. Wat is genexpressie?
- Genen komen differentieel tot expressie dit is een ingewikkeld en nauwkeuring
proces
- De onderliggende mechanismen (biologische) van genexpressie
- De juiste genexpressie in cellen is belangrijk voor het goed kunnen functioneren van
de cellen
2. Waarom veranderen prokaryoten en eukaryoten hun genexpressie?
Dat doen ze als antwoord op hun omgeving, In meercellige eukaryoten reguleert
genexpressie ook de ontwikkeling en is het verantwoordelijk voor verschillen in celtypen.
3. Wat is transcriptie in het genexpressie proces?
De eerste stap van de genexpressie
4. Benoem de stappen van de transcriptie
- Initiatie  RNA polymerase zit op de promoter regio, bij het startpunt (promoter
regio)
- Elongatie  Het DNA ontbindt bij de promoter en de transcriptie begint. (RNA
transcript vormt)
- Terminatie  RNA polymerase is klaar en het RNA template gevormd.

2