Les 1: Nucleus-genoom 3D organisatie
1. Bespreek hogere orde 3D genoom organisatieniveaus
1. DNA: Deoxyribonucleïnezuur. Dit is de eenvoudigste vorm bestaande uit een dubbele helix.
2. Chromatine (histonen rollen DNA op): DNA associeert met een aantal histon- en niet-
histoneiwitten, wat resulteert in een chromatinevezel. Histoneiwitten zijn dus
verantwoordelijk voor het oprollen/ontrollen van DNA.
3. Enhancerdomein (lussen): Chromatinevezels zijn georganiseerd in lussen (bijvoorbeeld door
promotor-enhancer-interacties te vormen). Deze enhancerdomeinen kunnen grote gebieden
in chromosomen controleren.
4. TAD (cluster van lussen in 1 topologisch gecontenteerd domein): De chromatinevezels
worden verder gecondenseerd tot domeinen van een paar honderd kilobasen lang, bekend
als topologisch geassocieerde domeinen (TAD's), die intern zijn verrijkt in cis-interacties.
5. LAD: TAD’s zijn dan op hun beurt georganiseerd in transcriptioneel actieve en inactieve
(bijvoorbeeld heterochromatine) compartimenten. Sommige van de heterochromatine
gebieden zijn gekoppeld aan het binnenste kernmembraan op lamina-geassocieerde
domeinen (LAD's). De kern is afgeschermd door nucleaire lamina eiwitten. LADs maken ook
contact met chromatine-eiwitten en gaan zo onze chromosomen verankeren. LADs kunnen
zich groeperen in transcriptie factories, waarbij de genen die dezelfde transcriptiefactor
bindingsplaats hebben, kunnen gecoördineerd worden.
6. Chromosomen: Meest compacte vorm van het DNA waarop de genen op een vaste plek
gelegen zijn per chromosoom.
1. Bespreek hogere orde 3D genoom organisatieniveaus
1. DNA: Deoxyribonucleïnezuur. Dit is de eenvoudigste vorm bestaande uit een dubbele helix.
2. Chromatine (histonen rollen DNA op): DNA associeert met een aantal histon- en niet-
histoneiwitten, wat resulteert in een chromatinevezel. Histoneiwitten zijn dus
verantwoordelijk voor het oprollen/ontrollen van DNA.
3. Enhancerdomein (lussen): Chromatinevezels zijn georganiseerd in lussen (bijvoorbeeld door
promotor-enhancer-interacties te vormen). Deze enhancerdomeinen kunnen grote gebieden
in chromosomen controleren.
4. TAD (cluster van lussen in 1 topologisch gecontenteerd domein): De chromatinevezels
worden verder gecondenseerd tot domeinen van een paar honderd kilobasen lang, bekend
als topologisch geassocieerde domeinen (TAD's), die intern zijn verrijkt in cis-interacties.
5. LAD: TAD’s zijn dan op hun beurt georganiseerd in transcriptioneel actieve en inactieve
(bijvoorbeeld heterochromatine) compartimenten. Sommige van de heterochromatine
gebieden zijn gekoppeld aan het binnenste kernmembraan op lamina-geassocieerde
domeinen (LAD's). De kern is afgeschermd door nucleaire lamina eiwitten. LADs maken ook
contact met chromatine-eiwitten en gaan zo onze chromosomen verankeren. LADs kunnen
zich groeperen in transcriptie factories, waarbij de genen die dezelfde transcriptiefactor
bindingsplaats hebben, kunnen gecoördineerd worden.
6. Chromosomen: Meest compacte vorm van het DNA waarop de genen op een vaste plek
gelegen zijn per chromosoom.
