Begrippen – biochemie
Chapter 1: the scope of biochemistry
Biochemie Het bestuderen van levende organismen op moleculair niveau.
Metabolisme Het totaal van chemische reacties die in levende materie optreden.
Genetische biochemie De chemie van processen en substanties die biologische informatie
bewaren en overdragen.
Moleculaire genetica Een veld dat erfelijkheid en expressie van genetische informatie
onderzoekt in moleculaire termen.
Programma Georganiseerd plan voor opbouw en regeneratie van een organisme
Improvisatie De mogelijkheid van een levend organisme om het programma aan te
passen om overleving te verzekeren in veranderende omgeving op lange
termijn.
Aanpassingsvermogen Vermogen om te reageren op veranderende omgevingsfactoren op korte
termijn.
Compartimentalisatie De mogelijkheid van een levend organisme om zichzelf van de omgeving
af te scheiden, dit door bv met membranen.
Afscheiding Metabole processen en pathways kunnen in isolatie van elkaar doorgaan,
zelfs indien ze in dezelfde celcomparitment plaatsvinden.
Regeneratie Mogelijkheid om te compenseren voor slijtage.
Semipermeabele Omgeven cellen en intracellulaire organellen, ze zijn selectief
membranen doorlaatbaar.
Homeostase Conditie waarbij de chemische en fysische compositie van een biologisch
systeem constant wordt gehouden binnen een bepaalde range.
Macromoleculen De meeste macromoleculen zijn polymeren, gevormd door
aaneenschakeling van monomeren.
Eiwit of proteïne Verschillende aminozuren aan elkaar gekoppeld mbv peptidebindingen
Polysacchariden Verschillende monosacchariden aan elkaar gekoppeld mbv glycosidische
bindingen
Nucleïnezuren Verschillende basen of nucleotiden aan elkaar gebonden door
fosfodiësterbindingen.
Chiraal centrum Een koolstofmolecule die met 4 verschillende functionele groepen
verbonden is.
Kario Kern
Prokaryoot Nog voor er een kern aanwezig was, het genetisch materiaal zweeft vrij
rond in het cytoplasma.
Eukaryoot Het genetisch materiaal zit in een kern.
Virussen Geen levende materie, ze zijn niet cellulair. Dit omdat ze geen eigen
metabolische mechanismen hebben.
NPC Nucleaire poriën complex
Stem cell Een cel die nog niet gedifferentieerd is tot een specifiek celtype.
Chapter 2: the matrix of life: weak interacti ons in aqueous environment
Dipoolmoment Kwantitatieve maat voor de polariteit van een binding of van een
molecule.
Gehydrateerd Ionaire componenten worden omringd door een laag
watermoleculen.
Henderson- Beschrijft het verloop/de veranderingen in de pH tijdens de titratie
, hasselbach van een zwak zuur of zwakke base.
vergelijking
Buffer Een zuur-base koppel met een pKa rond de pH die we wensen te
behouden.
Amfoliet Molecule met zowel zure als basische groepen, kan zowel protonen
opnemen als afstaan.
Iso-elektrisch punt De pH waarbij de gemiddelde netto lading voor alle vormen van de
molecule gelijk is aan nul.
Polyelectrolyten Macromoleculen met dezelfde lading over het gehele
macromolecule.
Polyamfoliet Macromolecule met verschillende ladingen over het gehele
molecule.
Salting in Wanneer er kleine hoeveelheden zouten aanwezig zijn en het
proteïne daardoor kan oplossen.
Salting out Wanneer er grote hoeveelheden zouten aanwezig zijn en het
proteïne daardoor neerslaat.
Osmose Beweging van water over semi-permeabele membranen om gelijke
concentratie deeltjes te verkrijgen.
Oedeem Gevolg van een te hoge hydrostatische druk in vergelijking met de
COP waardoor er netto meer water wordt afgegeven aan de
weefsels.
Donnan evenwicht Verlaagt de COP met 50%, dit wanneer er geladen colloïdale
deeltjes aanwezig zijn die niet door de semipermeabele membraan
kunnen.
Chapter 3: Nucleic acids: DNA and RNA
Primaire structuur Sequentie of opeenvolging van nucleotiden (polynucleotide)
Secundaire structuur Ruimtelijke ordening, enkel of dubbelstrengig. (Dubbele helix)
Tertiaire structuur Het verder opvouwen van de secundaire structuur.
Topoisomerasen Enzymen nodig voor het supercoilen en het coilen van de lineaire helices.
Open circulair tertiaire Een circulaire helix
structuur
Supercoiling Het verder om elkaar wikkelen van deze circulaire helix.
Denaturatie Verlies van de secundaire structuur.
Hydrolyse Verbreken van de primaire structuur, door endo of exonucleasen
Endonucleasen Knippen de basebaren in het midden
Exonucleasen Knippen het laatste of eerste nucleotide
Tm of De temperatuur waarbij de helft van het DNA dubbelstrengig is en de
smelttemperatuur andere helft enkelstrengig.
Renaturatie Herstel van de secundaire structuur.
Replicatie Verdubbelen van DNA, in de celkern
Translatie mRNA naar eiwitten, in het cytoplasma
Transcriptie DNA naar mRNA, in de celkern
Conservatieve produceert twee DNA-helices waarin één helix volledig oud DNA bevat en
replicatie de andere helix volledig nieuw DNA
Semi-conservatieve twee helices produceert waarin elke helix één nieuwe streng en één
replicatie oude streng bevat
Dispersieve replicatie produceert twee helices waarin elke streng afwisselende segmenten van
Chapter 1: the scope of biochemistry
Biochemie Het bestuderen van levende organismen op moleculair niveau.
Metabolisme Het totaal van chemische reacties die in levende materie optreden.
Genetische biochemie De chemie van processen en substanties die biologische informatie
bewaren en overdragen.
Moleculaire genetica Een veld dat erfelijkheid en expressie van genetische informatie
onderzoekt in moleculaire termen.
Programma Georganiseerd plan voor opbouw en regeneratie van een organisme
Improvisatie De mogelijkheid van een levend organisme om het programma aan te
passen om overleving te verzekeren in veranderende omgeving op lange
termijn.
Aanpassingsvermogen Vermogen om te reageren op veranderende omgevingsfactoren op korte
termijn.
Compartimentalisatie De mogelijkheid van een levend organisme om zichzelf van de omgeving
af te scheiden, dit door bv met membranen.
Afscheiding Metabole processen en pathways kunnen in isolatie van elkaar doorgaan,
zelfs indien ze in dezelfde celcomparitment plaatsvinden.
Regeneratie Mogelijkheid om te compenseren voor slijtage.
Semipermeabele Omgeven cellen en intracellulaire organellen, ze zijn selectief
membranen doorlaatbaar.
Homeostase Conditie waarbij de chemische en fysische compositie van een biologisch
systeem constant wordt gehouden binnen een bepaalde range.
Macromoleculen De meeste macromoleculen zijn polymeren, gevormd door
aaneenschakeling van monomeren.
Eiwit of proteïne Verschillende aminozuren aan elkaar gekoppeld mbv peptidebindingen
Polysacchariden Verschillende monosacchariden aan elkaar gekoppeld mbv glycosidische
bindingen
Nucleïnezuren Verschillende basen of nucleotiden aan elkaar gebonden door
fosfodiësterbindingen.
Chiraal centrum Een koolstofmolecule die met 4 verschillende functionele groepen
verbonden is.
Kario Kern
Prokaryoot Nog voor er een kern aanwezig was, het genetisch materiaal zweeft vrij
rond in het cytoplasma.
Eukaryoot Het genetisch materiaal zit in een kern.
Virussen Geen levende materie, ze zijn niet cellulair. Dit omdat ze geen eigen
metabolische mechanismen hebben.
NPC Nucleaire poriën complex
Stem cell Een cel die nog niet gedifferentieerd is tot een specifiek celtype.
Chapter 2: the matrix of life: weak interacti ons in aqueous environment
Dipoolmoment Kwantitatieve maat voor de polariteit van een binding of van een
molecule.
Gehydrateerd Ionaire componenten worden omringd door een laag
watermoleculen.
Henderson- Beschrijft het verloop/de veranderingen in de pH tijdens de titratie
, hasselbach van een zwak zuur of zwakke base.
vergelijking
Buffer Een zuur-base koppel met een pKa rond de pH die we wensen te
behouden.
Amfoliet Molecule met zowel zure als basische groepen, kan zowel protonen
opnemen als afstaan.
Iso-elektrisch punt De pH waarbij de gemiddelde netto lading voor alle vormen van de
molecule gelijk is aan nul.
Polyelectrolyten Macromoleculen met dezelfde lading over het gehele
macromolecule.
Polyamfoliet Macromolecule met verschillende ladingen over het gehele
molecule.
Salting in Wanneer er kleine hoeveelheden zouten aanwezig zijn en het
proteïne daardoor kan oplossen.
Salting out Wanneer er grote hoeveelheden zouten aanwezig zijn en het
proteïne daardoor neerslaat.
Osmose Beweging van water over semi-permeabele membranen om gelijke
concentratie deeltjes te verkrijgen.
Oedeem Gevolg van een te hoge hydrostatische druk in vergelijking met de
COP waardoor er netto meer water wordt afgegeven aan de
weefsels.
Donnan evenwicht Verlaagt de COP met 50%, dit wanneer er geladen colloïdale
deeltjes aanwezig zijn die niet door de semipermeabele membraan
kunnen.
Chapter 3: Nucleic acids: DNA and RNA
Primaire structuur Sequentie of opeenvolging van nucleotiden (polynucleotide)
Secundaire structuur Ruimtelijke ordening, enkel of dubbelstrengig. (Dubbele helix)
Tertiaire structuur Het verder opvouwen van de secundaire structuur.
Topoisomerasen Enzymen nodig voor het supercoilen en het coilen van de lineaire helices.
Open circulair tertiaire Een circulaire helix
structuur
Supercoiling Het verder om elkaar wikkelen van deze circulaire helix.
Denaturatie Verlies van de secundaire structuur.
Hydrolyse Verbreken van de primaire structuur, door endo of exonucleasen
Endonucleasen Knippen de basebaren in het midden
Exonucleasen Knippen het laatste of eerste nucleotide
Tm of De temperatuur waarbij de helft van het DNA dubbelstrengig is en de
smelttemperatuur andere helft enkelstrengig.
Renaturatie Herstel van de secundaire structuur.
Replicatie Verdubbelen van DNA, in de celkern
Translatie mRNA naar eiwitten, in het cytoplasma
Transcriptie DNA naar mRNA, in de celkern
Conservatieve produceert twee DNA-helices waarin één helix volledig oud DNA bevat en
replicatie de andere helix volledig nieuw DNA
Semi-conservatieve twee helices produceert waarin elke helix één nieuwe streng en één
replicatie oude streng bevat
Dispersieve replicatie produceert twee helices waarin elke streng afwisselende segmenten van
