Chloë Van Hove
2de bach Biomedische Wetenschappen
18.2 Investigation of complex disease using linkage
❖ Inleiding
- 1 susceptibiliteitsfactor is niet noodzakelijk noch voldoende om het fenotype te
ontwikkelen ⇒ nieuwe methoden nodig voor de koppelingsanalyse voor
niet-Mendeliaanse kenmerken
❖ Identity by state en identity by descent
- Identity by state: Je hebt 2 allelen A1 die lijken identiek maar je kan
hier niet aantonen dat die afkomstig zijn van een gemeenschappelijke
voorouder
- Identity by descent: Het allel A1 bij deze 2 personen is afkomstig van
een gemeenschappelijke voorouder
- Allelen die bij 2 personen identiek zijn omdat ze beiden overgeërfd
zijn van aantoonbare gemeenschappelijke voorouders
- Identiteit aantonen adhv overerving van een gemeenschappelijke
voorouder
, Chloë Van Hove
2de bach Biomedische Wetenschappen
❖ Affected sib pair analysis
- Principe van de model-vrije koppelingsanalyse: Het opsporen
van allelen en chromosomale fragmenten die aangetaste
bloedvarianten vaker gemeenschappelijk hebben dan verwacht
obv random Mendeliaanse segregatie
- We nemen zo een familie → genetische merker → merker
genotyperen binnen deze personen
- Identity by descent
- In ¼ van de gevallen worden 2 allelen gedeeld voor de genetische merker
- In ½ van de gevallen wordt 1 allel gedeeld voor de genetische merker
- In ¼ van de gevallen worden er geen allelen gedeeld voor de genetische merker
- Dit verwachten we onder puur random Mendeliaanse segregatie
- Genetische merkers zullen ook volgens die Mendeliaanse ratio segregeren, tenzij dat
ze in de individuen gekoppeld zijn aan de aandoening, gekoppeld aan het fenotype
- Wanneer de genetische merker dichtbij de mutatie zou liggen, dan zullen die
proporties ook gaan wijzigen in het voordeel van de allele sharing frequencies
➢ Autosomaal dominante aandoening
- Vanuit het fenotype kennen we de mutatie,
kennen we het genotype op die ziekte locus
- Genetische merker locus ligt hier zeer dicht bij
de ziekte locus
- De dochter heeft de aandoening en draagt AC,
zij heeft de mutatie samen met A overgeërfd van
de papa (genetische merker ligt zeer dicht bij de
mutatie), ze heeft dus het haplotype (die allelen
die op een zelfde chromosoom liggen) MA
overgeërfd en het haplotype MC overgeërfd van
haar mama
- De broer, heeft ook de aandoening ⇒ hij moet de mutatie hebben → genetische
merker locus ligt zeer dicht bij de mutatie (geen homologe recombinatie tijdens de
meiose) ⇒ 2 mogelijkheden
- In ½ gevallen zie je dat 2 allelen gedeeld worden
- In ½ gevallen wordt er slechts 1 allel gedeeld
- Wanneer de genetische merker locus dicht in de buurt ligt van de ziekte locus
⇒ shift in de verwachte allele sharing frequencies die gedeeld worden
➢
2de bach Biomedische Wetenschappen
18.2 Investigation of complex disease using linkage
❖ Inleiding
- 1 susceptibiliteitsfactor is niet noodzakelijk noch voldoende om het fenotype te
ontwikkelen ⇒ nieuwe methoden nodig voor de koppelingsanalyse voor
niet-Mendeliaanse kenmerken
❖ Identity by state en identity by descent
- Identity by state: Je hebt 2 allelen A1 die lijken identiek maar je kan
hier niet aantonen dat die afkomstig zijn van een gemeenschappelijke
voorouder
- Identity by descent: Het allel A1 bij deze 2 personen is afkomstig van
een gemeenschappelijke voorouder
- Allelen die bij 2 personen identiek zijn omdat ze beiden overgeërfd
zijn van aantoonbare gemeenschappelijke voorouders
- Identiteit aantonen adhv overerving van een gemeenschappelijke
voorouder
, Chloë Van Hove
2de bach Biomedische Wetenschappen
❖ Affected sib pair analysis
- Principe van de model-vrije koppelingsanalyse: Het opsporen
van allelen en chromosomale fragmenten die aangetaste
bloedvarianten vaker gemeenschappelijk hebben dan verwacht
obv random Mendeliaanse segregatie
- We nemen zo een familie → genetische merker → merker
genotyperen binnen deze personen
- Identity by descent
- In ¼ van de gevallen worden 2 allelen gedeeld voor de genetische merker
- In ½ van de gevallen wordt 1 allel gedeeld voor de genetische merker
- In ¼ van de gevallen worden er geen allelen gedeeld voor de genetische merker
- Dit verwachten we onder puur random Mendeliaanse segregatie
- Genetische merkers zullen ook volgens die Mendeliaanse ratio segregeren, tenzij dat
ze in de individuen gekoppeld zijn aan de aandoening, gekoppeld aan het fenotype
- Wanneer de genetische merker dichtbij de mutatie zou liggen, dan zullen die
proporties ook gaan wijzigen in het voordeel van de allele sharing frequencies
➢ Autosomaal dominante aandoening
- Vanuit het fenotype kennen we de mutatie,
kennen we het genotype op die ziekte locus
- Genetische merker locus ligt hier zeer dicht bij
de ziekte locus
- De dochter heeft de aandoening en draagt AC,
zij heeft de mutatie samen met A overgeërfd van
de papa (genetische merker ligt zeer dicht bij de
mutatie), ze heeft dus het haplotype (die allelen
die op een zelfde chromosoom liggen) MA
overgeërfd en het haplotype MC overgeërfd van
haar mama
- De broer, heeft ook de aandoening ⇒ hij moet de mutatie hebben → genetische
merker locus ligt zeer dicht bij de mutatie (geen homologe recombinatie tijdens de
meiose) ⇒ 2 mogelijkheden
- In ½ gevallen zie je dat 2 allelen gedeeld worden
- In ½ gevallen wordt er slechts 1 allel gedeeld
- Wanneer de genetische merker locus dicht in de buurt ligt van de ziekte locus
⇒ shift in de verwachte allele sharing frequencies die gedeeld worden
➢
