Moleculaire biologie
2e Ba BMW Prof. Dr. Guy Van Camp
Zelfstudie Opdracht: Belangrijkste DNA technologieën
Leermiddelen
Text handboek “Genetics and Genomics in Medicine” hoofdstuk 3
BOX 11.1: Southern blot hybridisatie, handboek “Genetics and Genomics in
Medicine” pag 443.
BOX 11.2: Massively palallel (next generation) DNA sequencing, handboek
“Genetics and Genomics in Medicine” pag 448
Slides
Video’s
Doelstellingen
De student kan de technieken en procedures, opgelijst in tabellen 1 en 2, correct beschrijven.
o De student begrijpt het principe van nucleïnezuurhybridisatie, en de factoren die
hierbij belangrijk zijn zoals stringentie, en kan dit correct beschrijven.
De student kan voor elke techniek toepassingen aanduiden.
De student kan voor elk van de technieken voor- en nadelen aangeven.
o De student kan argumenteren waarom een bepaalde techniek of procedure voor
een bepaalde toepassing geschikt is, of niet geschikt is.
o De student kan voor een wetenschappelijke hypothese of vraagstelling een
eenvoudig onderzoeksplan opstellen op basis van geschikte technieken. De
student kan argumenteren waarom de voorgestelde technieken geschikt zijn.
Tabel 1: Technieken voor genetische analyse
DNA klonering
Polymerase
kettingreactie
Quantitatieve PCR
Microarray
Nucleïnezuur hybridisatie
Southern blotting, Northern blotting
Sanger sequencing (dideoxy sequencing)
Massieve parallele DNA sequencing (Next generation sequencing )
1
, Moleculaire biologie
2e Ba BMW Prof. Dr. Guy Van Camp
Opdrachten
1) Je werkt in een genetisch centrum met specialisatie oogziektes. Je krijgt geld van
een liga tegen blindheid om een genetische test te ontwikkelen om mutaties op te
sporen voor retinitis pigmentosa (RP). RP is monogeen, en erg genetisch
heterogeen, met 60 verschillende genen, en verschillende overervingswijzen. Men
wil dat de patiënt een resultaat krijgt op minder dan één maand tijd. Beschrijf kort
welke test je zou ontwikkelen.
Massieve parallelle DNA sequencing (Next generation sequencing): Want, we
moeten 60 verschillende genen doen. De reden waarom we Massieve parallele
DNA sequencing (Next generation sequencing) nemen en niet sanger sequens
nemen is omdat we op 1 maand tijd zoveel genen moeten doen en dit gaat niet
met sanger sequentie (is wel nauwkeuriger maar duurt veel langer dus daarom
doe je het met korte sequenties om bv voor mutaties te checken).
2) Je werkt in een genetisch centrum. Eén van de testen die men aanbiedt, is een groot
genpanel voor erfelijke doofheid, waarin meer dan 100 verschillende genen worden
getest. Uit een test voor een patiënt blijkt dat deze patiënt twee verschillende
mutaties heeft in een gen voor autosomaal recessieve doofheid. Men vraagt nu om
de ouders te testen voor deze twee mutaties. Welke test stel je voor? Waarom is
deze test belangrijk?
Sanger sequens: want je zien of het gen voor doofheid moet je alleen maar een
specifieke mutatie nakijken want je kent de twee mutaties al en nu dus alleen
checken of de ouders deze ook hebben.
Waarom is deze test belangrijk: we weten al dat het recessief is maar we willen zien
of beide ouders dragen of het misschien van 1 ouder komt en dus willen we weten
van wie. WE willen zeker zien of er 1 mutatie van de vader komt en 1 van de moeder
komt, en we willen zien of de mutatie op verschillende allelen komt want het komt
soms (zeldzaam) voor dat de twee mutaties op 1 allel liggen, beide mutaties zijn bv
afkomstig van de vader en niet van de moeder afkomt: dan liggen de mutaties in cis
op het zelfde allel EN DAN GA JE 2 KEER HET ZELFDE ALLEL INACTIVEREN
TERWIJL HET ANDERE INTACT IS EN DAN HEB JE GEEN VERKLARING VOOR
DE DOOFHEID.
2e Ba BMW Prof. Dr. Guy Van Camp
Zelfstudie Opdracht: Belangrijkste DNA technologieën
Leermiddelen
Text handboek “Genetics and Genomics in Medicine” hoofdstuk 3
BOX 11.1: Southern blot hybridisatie, handboek “Genetics and Genomics in
Medicine” pag 443.
BOX 11.2: Massively palallel (next generation) DNA sequencing, handboek
“Genetics and Genomics in Medicine” pag 448
Slides
Video’s
Doelstellingen
De student kan de technieken en procedures, opgelijst in tabellen 1 en 2, correct beschrijven.
o De student begrijpt het principe van nucleïnezuurhybridisatie, en de factoren die
hierbij belangrijk zijn zoals stringentie, en kan dit correct beschrijven.
De student kan voor elke techniek toepassingen aanduiden.
De student kan voor elk van de technieken voor- en nadelen aangeven.
o De student kan argumenteren waarom een bepaalde techniek of procedure voor
een bepaalde toepassing geschikt is, of niet geschikt is.
o De student kan voor een wetenschappelijke hypothese of vraagstelling een
eenvoudig onderzoeksplan opstellen op basis van geschikte technieken. De
student kan argumenteren waarom de voorgestelde technieken geschikt zijn.
Tabel 1: Technieken voor genetische analyse
DNA klonering
Polymerase
kettingreactie
Quantitatieve PCR
Microarray
Nucleïnezuur hybridisatie
Southern blotting, Northern blotting
Sanger sequencing (dideoxy sequencing)
Massieve parallele DNA sequencing (Next generation sequencing )
1
, Moleculaire biologie
2e Ba BMW Prof. Dr. Guy Van Camp
Opdrachten
1) Je werkt in een genetisch centrum met specialisatie oogziektes. Je krijgt geld van
een liga tegen blindheid om een genetische test te ontwikkelen om mutaties op te
sporen voor retinitis pigmentosa (RP). RP is monogeen, en erg genetisch
heterogeen, met 60 verschillende genen, en verschillende overervingswijzen. Men
wil dat de patiënt een resultaat krijgt op minder dan één maand tijd. Beschrijf kort
welke test je zou ontwikkelen.
Massieve parallelle DNA sequencing (Next generation sequencing): Want, we
moeten 60 verschillende genen doen. De reden waarom we Massieve parallele
DNA sequencing (Next generation sequencing) nemen en niet sanger sequens
nemen is omdat we op 1 maand tijd zoveel genen moeten doen en dit gaat niet
met sanger sequentie (is wel nauwkeuriger maar duurt veel langer dus daarom
doe je het met korte sequenties om bv voor mutaties te checken).
2) Je werkt in een genetisch centrum. Eén van de testen die men aanbiedt, is een groot
genpanel voor erfelijke doofheid, waarin meer dan 100 verschillende genen worden
getest. Uit een test voor een patiënt blijkt dat deze patiënt twee verschillende
mutaties heeft in een gen voor autosomaal recessieve doofheid. Men vraagt nu om
de ouders te testen voor deze twee mutaties. Welke test stel je voor? Waarom is
deze test belangrijk?
Sanger sequens: want je zien of het gen voor doofheid moet je alleen maar een
specifieke mutatie nakijken want je kent de twee mutaties al en nu dus alleen
checken of de ouders deze ook hebben.
Waarom is deze test belangrijk: we weten al dat het recessief is maar we willen zien
of beide ouders dragen of het misschien van 1 ouder komt en dus willen we weten
van wie. WE willen zeker zien of er 1 mutatie van de vader komt en 1 van de moeder
komt, en we willen zien of de mutatie op verschillende allelen komt want het komt
soms (zeldzaam) voor dat de twee mutaties op 1 allel liggen, beide mutaties zijn bv
afkomstig van de vader en niet van de moeder afkomt: dan liggen de mutaties in cis
op het zelfde allel EN DAN GA JE 2 KEER HET ZELFDE ALLEL INACTIVEREN
TERWIJL HET ANDERE INTACT IS EN DAN HEB JE GEEN VERKLARING VOOR
DE DOOFHEID.
