Cel II: samenvatting partim biochemie

PARTIM BIOCHEMIE
Cel II




TANDHEELKUNDE
2025-2026

,Table of Contents
INLEIDING........................................................................................................................ 2
ZWAKKE KRACHTEN & HUN ROL IN DE BIOCHEMIE..............................................................2
LIPIDEN & CELLULAIRE MEMBRAAN....................................................................................2
FOSFOLIPIDEN........................................................................................................................................... 3
GLYCOLIPIDEN.......................................................................................................................................... 5
CHOLESTEROL........................................................................................................................................... 5
FOSFOLIPIDEN VORMEN DUBBELLAAG............................................................................................................. 6
BIOMEMBRANEN........................................................................................................................................ 6
MEMBRAANEIWITTEN EN CARBOHYDRATEN...................................................................................................... 6
Membraaneiwitten............................................................................................................................ 6
Carbohydraten.................................................................................................................................. 8
MEMBRAAN ALS VLOEIBAAR SYSTEEM............................................................................................................. 9
EIWITTEN, STRUCTUUR EN FUNCTIE.................................................................................10
ARCHITECTUUR VAN EIWITTEN.................................................................................................................... 10
Primaire structuur........................................................................................................................... 13
Secundaire structuur...................................................................................................................... 14
Supersecundaire structuur & modules............................................................................................ 15
Tertiaire structuur........................................................................................................................... 16
BEPALEN VAN 3D STRUCTUUR VAN EW: X-STRAALDIFFRACTIE..........................................................................18
POST-TRANSLATIONELE MODIFICATIES PTM.....................................................................20
PERMANENTE/ONOMKEERBARE PTM............................................................................................................ 20
Acetylering...................................................................................................................................... 20
Hydroxylering: hydroxyproline........................................................................................................ 20
Transglutaminatie tussen lysine & glutamine.................................................................................21
Maturatie van insuline.................................................................................................................... 21
Zwavelbrug..................................................................................................................................... 21
TRANSIËNTE/OMKEERBARE PTM................................................................................................................. 21
Acetylering & deacetylering............................................................................................................ 21
Fosforylerinig.................................................................................................................................. 22
CO-ENZYMEN/-FACTOREN.......................................................................................................................... 22
OPVOUWING VAN EW...................................................................................................... 23
Denaturatie & renaturatie............................................................................................................... 24
Quaternaire structuur..................................................................................................................... 24
Evenwichts-dissociatieconstante.................................................................................................... 24
Structurele aspecten van permanent geassocieerde polypeptideketens........................................25
Voorbeelden quaternaire structuren............................................................................................... 25
ENZYMEN....................................................................................................................... 30
Enzymkinetiek................................................................................................................................ 31
Michaelis-menten model & constante............................................................................................. 32
Enzyminhibitie................................................................................................................................ 34
Regulatie van enzymen.................................................................................................................. 36
Werking van antibiotica.................................................................................................................. 36




1

,Inleiding
Waarom biochemie:
 Werking proteïnen: dit zijn werkpaarden v/d cel (itt DNA = inert)
 Invloed medicijnen op proteïnen, medicijnen interageren & binden met
proteïnen
 Proteïnen kunnen zelf ook het medicijn zijn (proteïnen = antistoffen)
Medicijn -MAB (= monoclonaal antilichaam):
Antilichaam met de nodige aanpassingen om er een medicijn van te
maken
 Heel veel polypeptiden liggen aan de basis van veel ziekten (kanker, infectie..)
Voorbeeld: penicilline (antibiotica)
 transpeptidase hecht aan op pentaglycinebrug op D-alanine


Zwakke krachten & hun rol in de biochemie
Zelfstudie
Korte samenvatting v/d 4 zwakke interacties (niet-covalente interacties):
 H-bruggen
 Ionaire/elektrostatische binding
 Hydrofoob effect
 Van der Waals interactie
 liggen aan basis van ziekten
 in deze cursus: wanneer vermeld stof A bindt aan B  niet-covalent


Lipiden & cellulaire membraan
Groep cellen  kapot maken/lyseren  lysaten/extraten centrifugeren  2 fasen
systeem:
1) Bovenaan: oliefase, hydrofoob (lipiden: bouwen membranen op)
2) Onderaan: waterfase, hydrofiel (geladen moleculen: proteïnen, peptiden,
DNA/RNA, suikers/sachariden)
4 klassen organische macromoleculen:
 Eiwitten/proteïnen
 Polynucleotiden (DNA/RNA)
 Suikers/sachariden
 Vetten/lipiden


Lipiden/vetten zijn hydrofoob en wateronoplosbaar, MAAR vetzuren bestaan uit een
apolaire en polaire kant: apolair: geen functionele groepen (want deze geven
lading)
Polair: bv. -OO- (vetzuren hebben altijd uitgang COOH)
Rol lipiden/vetten:
1) Brandstof: vetzuren zijn energiebron (ATP)

2

, Sequentieel blokjes v 2 C atomen afsplitsen onder acetyl CoA
2) Signaalmoleculen (fosfolipiden: intra vs extra)
3) Biologische membranen (structuur)


3 soorten lipiden/vetten:
1) Fosfolipiden: fosfaatgroepen
2) Glycolipiden: connectie naar bloedgroepen
3) Cholesterol: 1 molecule, het is ook de precursor van alle steroïde hormonen
(testosteron, oestrogeen…)
Moleculen zijn ambivalent: goede functie, maar ook slechte & gevaarlijke functie

Fosfolipiden
Bouwstenen fosfolipiden:
 Glycerol: CH2OH – CHOH – CH2OH (ruggengraat)
 Vetzuur: R-COOH
2 vertzuren op de 1e twee C adhv esterbinding (verlies OH)
Vetzuurstaarten zijn hydrofoob
 Fosfaatgroep: Op 3e C een fosfaatgroep (P met cirkel is groep, niet fosfor)
adhv ester
Dit deel is polair & hydrofiel
Draagt negatieve ladingen & geven negatieve lading aan
molecule
 Polaire kopgroep: Gebonden aan fosfaatgroep (bv. inositol: cyclisch)


C2 is een chiraal centrum, L is natuurlijk voorkomend


Fosfatidyl inositol PI is een soort fosfolipide met inositol als polaire
kopgroep (tekening syllabus)
 PIP2: PI waarbij C 4 en 5 van inositol nog een extra
fosfaatgroep hebben
 Belangrijke molecule in signaaltransductie tussen buiten- en binnenkant v
cellen
Fosfolipiden zijn amfifatisch:
 Vetzuur  hydrofoob
 Fosfaatgroep  hydrofiel
De acylketens (= vetzuurstaarten) zijn onvertakt en hebben even aantal C-atomen
(14-24)
 Meest voorkomend: C16 en C18
 Aantal dubbele bindingen is variabel, maar komen altijd in cis vorm voor
 In dierlijke fosfolipiden: 1 v/d 2 vetzuurstaarten is onverzadigd en de andere
verzadigd


Tabel: acylketens van natuurlijke fosfolipiden
Triviale naam Aantal C in Dubbele binding tussen
3