Entrez gene (NCBI): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
→ NM – links naar uniprot, OMIM, ensembl – genbank – functie – biologische processen
Uniprot: https://www.uniprot.org/
→ proteine sequenties – GO – 3D structuur – annotaties alignment: tool ‘align’
PubMed:
https://kuleuven.limo.libis.be/discovery/fulldisplay?vid=32KUL_KUL:KULeuven&pcAvailability=false&docid=al
ma9929806100101471
QuickGo: https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
→ gene ontology – verhoudingen tegenover elkaar
OLS: https://www.ebi.ac.uk/ols4/
→ alle ontologieën in opgenomen (cell ontology, …)
Verschil tussen enkelvoud en meervoud !!
GTEx: https://www.gtexportal.org/home/
→ genexpressie per weefsel (postmortem afgenomen)
GTEx: log bekijken + median sort
CELLxGENE: https://cellxgene.cziscience.com/gene-expression
→ genexpressiepatronen visualiseren – merkergenen = kleurtjes
Dataset = kleurtjes cell guide = soort cellen zoeken om naar marker genes te gaan
OMIM: https://www.omim.org/
→ link genen en ziekten mendeliaanse monogenetische aandoeningen
Human Phenotype ontology: https://hpo.jax.org/
→ genotypische associatie – fenotypes beschrijven
Tellen in Excel: gegevens (data) – filter – advanced – enkel unieke
Muis genoom data: https://www.informatics.jax.org/
Human Cell Atlas: https://data.humancellatlas.org/
, UCSC: https://genome.ucsc.edu/
→ genoomdata – combi databanken – BLAT – table browser – in silico PCR (+ Primer3)
→ bepaalde plaatsen in genoom vinden – bepaalde repeats in genoom vinden
Let op haakjes & AND/OR/LIKE bij SQL queries
Let op juiste genoom !! genome browser > ‘reset all user settings’
BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Alligneren met andere genomen van nt sequenties / proteine sequenties
JUPYTER: https://jupyter.gbiomed.kuleuven.be/user/r1057810/lab
Handige commando’s:
Folder aanmaken: mkdir -p /data/user/$USER/
Unieke gennamne vinden: cat cellcyclegenes.txt | grep -v "!" | cut -f3 | sort -u | wc -l
Unieke gennamen per species: echo -n "mens: "
cat cellcyclegenes.txt | grep taxon:9606 | cut -f3 | sort -u | wc -l
Nieuw bestand aanmaken van geselecteerde gegevens:
cat cellcyclegenes.txt | cut -f3 | grep -i ccnd | sort -u > unique-ccndgenes.txt
EMBOSS commando’s: start vanuit genbank file
Fasta sequence van genbank extraheren: seqret -feature = gff file met eigenschappen
Schematische voorstelling: showfeat
GC%: infoseq met -html schema maken
Nt → AZ: transeq in 6 frames transleren! -frame
Reverse complement maken: revseq
CpG islands berekenen: newcpgreport → zie default waarden
Cpgplot
→ gff file aanmaken met juiste startpositie voor custom track UCSC
BEDTools commando’s: 2 files intersecten
File downloaden vanuit notebook: curl -O website
2 files intersecten – bv CpG island overlap met exons: bedtools intersect
bedtools intersect -wa -a cpg.bed -b exons.bed
→ NM – links naar uniprot, OMIM, ensembl – genbank – functie – biologische processen
Uniprot: https://www.uniprot.org/
→ proteine sequenties – GO – 3D structuur – annotaties alignment: tool ‘align’
PubMed:
https://kuleuven.limo.libis.be/discovery/fulldisplay?vid=32KUL_KUL:KULeuven&pcAvailability=false&docid=al
ma9929806100101471
QuickGo: https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
→ gene ontology – verhoudingen tegenover elkaar
OLS: https://www.ebi.ac.uk/ols4/
→ alle ontologieën in opgenomen (cell ontology, …)
Verschil tussen enkelvoud en meervoud !!
GTEx: https://www.gtexportal.org/home/
→ genexpressie per weefsel (postmortem afgenomen)
GTEx: log bekijken + median sort
CELLxGENE: https://cellxgene.cziscience.com/gene-expression
→ genexpressiepatronen visualiseren – merkergenen = kleurtjes
Dataset = kleurtjes cell guide = soort cellen zoeken om naar marker genes te gaan
OMIM: https://www.omim.org/
→ link genen en ziekten mendeliaanse monogenetische aandoeningen
Human Phenotype ontology: https://hpo.jax.org/
→ genotypische associatie – fenotypes beschrijven
Tellen in Excel: gegevens (data) – filter – advanced – enkel unieke
Muis genoom data: https://www.informatics.jax.org/
Human Cell Atlas: https://data.humancellatlas.org/
, UCSC: https://genome.ucsc.edu/
→ genoomdata – combi databanken – BLAT – table browser – in silico PCR (+ Primer3)
→ bepaalde plaatsen in genoom vinden – bepaalde repeats in genoom vinden
Let op haakjes & AND/OR/LIKE bij SQL queries
Let op juiste genoom !! genome browser > ‘reset all user settings’
BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Alligneren met andere genomen van nt sequenties / proteine sequenties
JUPYTER: https://jupyter.gbiomed.kuleuven.be/user/r1057810/lab
Handige commando’s:
Folder aanmaken: mkdir -p /data/user/$USER/
Unieke gennamne vinden: cat cellcyclegenes.txt | grep -v "!" | cut -f3 | sort -u | wc -l
Unieke gennamen per species: echo -n "mens: "
cat cellcyclegenes.txt | grep taxon:9606 | cut -f3 | sort -u | wc -l
Nieuw bestand aanmaken van geselecteerde gegevens:
cat cellcyclegenes.txt | cut -f3 | grep -i ccnd | sort -u > unique-ccndgenes.txt
EMBOSS commando’s: start vanuit genbank file
Fasta sequence van genbank extraheren: seqret -feature = gff file met eigenschappen
Schematische voorstelling: showfeat
GC%: infoseq met -html schema maken
Nt → AZ: transeq in 6 frames transleren! -frame
Reverse complement maken: revseq
CpG islands berekenen: newcpgreport → zie default waarden
Cpgplot
→ gff file aanmaken met juiste startpositie voor custom track UCSC
BEDTools commando’s: 2 files intersecten
File downloaden vanuit notebook: curl -O website
2 files intersecten – bv CpG island overlap met exons: bedtools intersect
bedtools intersect -wa -a cpg.bed -b exons.bed
