BIOCHEMIE
Basis van aandoeningen/syndromen
(covid) Spike proteïne = leidraad => RBD = receptor bindend domein ace receptor (molec sleutel) => virus naar
longcellen
Werking medicijnen (penicilline):
ingebouwd in polysuikerketen
transpeptidase: aanhechting pentalglycinebrug op D-alanine
leerstof: ENKEL WAT IN BOEK STAAT (als iets in ppt staat en niet in boek = NK)
HOOFDSTUK 1: ZWAKKE INTERACTIES EN BIOCHEMIE (ZELFSTUDIE – AL GEKEND) MCB 2.1 P31-
39
meestal n-cov bindingen bij peptiden => zwakker dan cov
H-bruggen: trek gem e-paren van cov bindingen naar zich toe polaire structuur => dipoolmoment H molec oriënteren –
zwakke interactie = H burg
Verklaart hoog kookpunt van water
Ook H brug met N/O (hydrofiel)
Lineaire H burg = sterkst
Ionaire/electrostatische binding: groot EN-verschil
Zwakke interactie
e-donor gaat over naar acceptor
H+ kan associëren met ander atoom kation
Wet van Coulomb bepaalt aantrekkingskracht tussen 2 teg ionen
Onafh van richting
Beïnvloed door omgeving => diëlektriciteitscte
Water = goed oplosmiddel voor ionen (dipoolkarakter) watermantel (hydratatie-energie)
Ionen verliezen geheel of gedeeltelijk watermantel bij transport door membraan
Hydrofoob effect: hydrofobe molec associëren in waterige opl
Hydrofoob <-> hydrofiel
= drijvende kracht bij eiwitopvouwing
Van der Waals interactie: interactie ook tussen apolaire molec
Transiënte dipool
Zwakke interactie
Afh van afstand tussen molec: optimale afstand voor interactie = van der Waals radius: 2x cov binding-energie, 1 kcal/mol
(= belangrijk voor biochem processen)
HOOFDSTUK 2: LIPIDEN EN CELLULAIRE MEMBRANEN
Complemetariteit tussen eiwitten => in elkaar passen = stabiel ahdv H-bruggen, elektrostatische interacties, Van der Waals
krachten, tegengestelde ladingen = voorwaarden voor interacties tussen eiwitten
Opbouw van membr van cellen
2 fasen bij centrifugeren van kapotgemaakte cellen (lyseren): oliefase, waterfase
4 klassen organische macromolec: eiwitten, polynucleotiden, suikers, vetten/lipiden
Vetten/lipiden:
onoplosbaar in water = hydrofoob apolair karakter => soms ook polair, hydrofiel gedeelte
amfipatisch (deels hydrofoob maar toch lading = apolair en polair)
Rol: brandstof (cellulaire energiebron), signaalmolec (=communicatie met EC omgeving), biologisch membr (structuur)
3 voornaamste groepen: fosfolipiden (PL), glycolipiden (GL), cholesterol (CL)
Medisch belang van lipiden:
Multiple scelrose: verlies van plasmalogen
(ether-glycerolipide) de-myelinatie
(oogproblemen)
hartaandoeningen: antilichamen tegen PL
, Alzheimer: verhoogde afbraak van membr PL
FOSFOLIPIDEN
Algemene structuur: glycerolruggengraat, OH-groepen veresterd met vertzuurketen, fosfaatgroep, C2 = chiraal (L-vorm),
polaire groep (ethanolamine, serine, choline, inositol, OH)
Vetzuurketen = koolstofketens met carboxylfunctie
P-groep = bijkomend veresterd
Acylketens onvertakt + even aantal C (14-24) => meestal C16 en C18
Aantal dubbele bindingen = variable (cis) = onverzadigd
Verzadigde vetzuren <-> onverzadigde vetzuren => dierlijke PL: 1 van de 2 is verzadigd
TRIVIALE NAMEN KENNEN MET STERRETJE
aspirine = NSAID (niet steroïdale anti-inflammatoire drug) => ook SAID (steroïdale anti-inflammatoire drug)
Onderbreken van effecten van arachidonzuur
Fosfaatgroep niet veresterd diacylglycerol-3-fosfaat (fosfatidinezuur)
Fosfatidyl: -ethanolaminem -choline, -serine, -inositol
Inositolring: OH-groep op iedere C + 1 of meerdere fosfaatgroepen =
polyfosfoinositiden (PPI)
PPI: interageren met membraangeassocieerde eiwitten/secundaire boodschappermolec (vb: PLC =
fosfolipase C => koppelt delen (fosfaatgroepen) van PL los)
Communicatie = signaaltransductie membr = meestal ondoorlaatbaar hormoon + receptor
Elk glycerolPL bevat: polaire regio (glycerol, carbonyl, polaire kop) + apolaire regio (hydrocarbon straarten R1, R2) met ev knik
door dubbele binding
Disfosfatidylglycerol=> bouwstenen!
glycerolPL-varianten: etherbinding met C1m cholineplasmalogen, ethanolamineplasmalogen, …
1 vetzuurketen: LYSO-…
, LPA = mitogen: geeft intstructies om sneller te delen/groeien door te binden met spec LPA receptor (borstkanker)
GLYCOLIPIDEN
Afgeleid van sfingosine (basis bouwsteen): bevatten suikergroep ipv fosfocholinegroep => suiker + lipidegedeelte
Ceramide = lipidedeel
Cerebrosiden: onvertakte suikerketen (<5)
Tweede groep: vertakte, langere, neutrale suikerketens op lipiden
Gangliosiden: complexe suikerketens, neg geladen N-acetylneuraminezuur
Vb dia 17
Suikergroepen = onderscheid tussen bloedgroepen
Glucosylcerebroside! (1 suikergroep)
Tay-sachs ganglioside: bij niet snel/goed genoeg afbreken sfingolipiden = slechte turn
over = probleem: verstoorde afbraak van sfingolipiden = lysosomal storage diseases (=
aandoening veroorzaakt door cerebroside of ganglioside)
Door genetische mutatie (monogeen)
Mentale retardatie + vroegtijdige dood
TURN OVER: alles onderhevig molec moeten na bepaalde tijd worden afgebroken
CHOLESTEROL
Typisch voor dierlijke systemen
Neutraal voornamelijk in plasmamembr
Relatief vlakke molec door stoelconfig + transfusie
OH-groep = polaire gedeelte
Hydrofobe molec
Belangrijke rol bij aderverkalking
Steroidkern = eigen aan cholesterol: SAID -eron = steroidhormonen = afgeleid van cholesterol
Reguleert fluiditeit van membr = anti-vries hormoon
Plasma: proprot LDL (slechte cholesterol), VLDL, HDL (“goede” cholesterol) => volume cholesterol in bloed +
verantwoordelijk voor transport van cholesterol
FOSFOLIPIDEN VORM EN DUBBELLAAG
Algemeen structureel kenmerk van lipiden: amfipatisch door hydrofoob effect samenklitten in
water
Cooperatie alle zwakke krachten
Zelfsluitende structuur: micellen (1 type PL in 1 laag) of lipidendubbellaag
Dubbellagen: vesikels of liposomen/plaatstuctuur (= natuurlijk membraan)
Gelaagdheid hydrofiel-hydrofoob-hydrofiel = fysiche barriere => tenzij receptoren!
(permeabiliteitscoeffic)
Ionenkanalen (herstellen van balans)
Hersenen = afh van glucose: continue aanvoer nodig glucosetransport
SAMENSTELLING VAN BIOLOGISCHE MEMBRANEN
Plaatvormige structuren/begrenzing cellen/organellen/compartimentalisering
Eiwitten
1 organel zonder membr = nucleolus (kernlichaam)
Tabel dia 27: maakt niet uit welk compartiment, PL altijd kwantitatief belangrijkst, klein percentage glycolipiden en
cholesterol (meer CL dan GL)
Peroxisomen grootste aandeel PL
Basis van aandoeningen/syndromen
(covid) Spike proteïne = leidraad => RBD = receptor bindend domein ace receptor (molec sleutel) => virus naar
longcellen
Werking medicijnen (penicilline):
ingebouwd in polysuikerketen
transpeptidase: aanhechting pentalglycinebrug op D-alanine
leerstof: ENKEL WAT IN BOEK STAAT (als iets in ppt staat en niet in boek = NK)
HOOFDSTUK 1: ZWAKKE INTERACTIES EN BIOCHEMIE (ZELFSTUDIE – AL GEKEND) MCB 2.1 P31-
39
meestal n-cov bindingen bij peptiden => zwakker dan cov
H-bruggen: trek gem e-paren van cov bindingen naar zich toe polaire structuur => dipoolmoment H molec oriënteren –
zwakke interactie = H burg
Verklaart hoog kookpunt van water
Ook H brug met N/O (hydrofiel)
Lineaire H burg = sterkst
Ionaire/electrostatische binding: groot EN-verschil
Zwakke interactie
e-donor gaat over naar acceptor
H+ kan associëren met ander atoom kation
Wet van Coulomb bepaalt aantrekkingskracht tussen 2 teg ionen
Onafh van richting
Beïnvloed door omgeving => diëlektriciteitscte
Water = goed oplosmiddel voor ionen (dipoolkarakter) watermantel (hydratatie-energie)
Ionen verliezen geheel of gedeeltelijk watermantel bij transport door membraan
Hydrofoob effect: hydrofobe molec associëren in waterige opl
Hydrofoob <-> hydrofiel
= drijvende kracht bij eiwitopvouwing
Van der Waals interactie: interactie ook tussen apolaire molec
Transiënte dipool
Zwakke interactie
Afh van afstand tussen molec: optimale afstand voor interactie = van der Waals radius: 2x cov binding-energie, 1 kcal/mol
(= belangrijk voor biochem processen)
HOOFDSTUK 2: LIPIDEN EN CELLULAIRE MEMBRANEN
Complemetariteit tussen eiwitten => in elkaar passen = stabiel ahdv H-bruggen, elektrostatische interacties, Van der Waals
krachten, tegengestelde ladingen = voorwaarden voor interacties tussen eiwitten
Opbouw van membr van cellen
2 fasen bij centrifugeren van kapotgemaakte cellen (lyseren): oliefase, waterfase
4 klassen organische macromolec: eiwitten, polynucleotiden, suikers, vetten/lipiden
Vetten/lipiden:
onoplosbaar in water = hydrofoob apolair karakter => soms ook polair, hydrofiel gedeelte
amfipatisch (deels hydrofoob maar toch lading = apolair en polair)
Rol: brandstof (cellulaire energiebron), signaalmolec (=communicatie met EC omgeving), biologisch membr (structuur)
3 voornaamste groepen: fosfolipiden (PL), glycolipiden (GL), cholesterol (CL)
Medisch belang van lipiden:
Multiple scelrose: verlies van plasmalogen
(ether-glycerolipide) de-myelinatie
(oogproblemen)
hartaandoeningen: antilichamen tegen PL
, Alzheimer: verhoogde afbraak van membr PL
FOSFOLIPIDEN
Algemene structuur: glycerolruggengraat, OH-groepen veresterd met vertzuurketen, fosfaatgroep, C2 = chiraal (L-vorm),
polaire groep (ethanolamine, serine, choline, inositol, OH)
Vetzuurketen = koolstofketens met carboxylfunctie
P-groep = bijkomend veresterd
Acylketens onvertakt + even aantal C (14-24) => meestal C16 en C18
Aantal dubbele bindingen = variable (cis) = onverzadigd
Verzadigde vetzuren <-> onverzadigde vetzuren => dierlijke PL: 1 van de 2 is verzadigd
TRIVIALE NAMEN KENNEN MET STERRETJE
aspirine = NSAID (niet steroïdale anti-inflammatoire drug) => ook SAID (steroïdale anti-inflammatoire drug)
Onderbreken van effecten van arachidonzuur
Fosfaatgroep niet veresterd diacylglycerol-3-fosfaat (fosfatidinezuur)
Fosfatidyl: -ethanolaminem -choline, -serine, -inositol
Inositolring: OH-groep op iedere C + 1 of meerdere fosfaatgroepen =
polyfosfoinositiden (PPI)
PPI: interageren met membraangeassocieerde eiwitten/secundaire boodschappermolec (vb: PLC =
fosfolipase C => koppelt delen (fosfaatgroepen) van PL los)
Communicatie = signaaltransductie membr = meestal ondoorlaatbaar hormoon + receptor
Elk glycerolPL bevat: polaire regio (glycerol, carbonyl, polaire kop) + apolaire regio (hydrocarbon straarten R1, R2) met ev knik
door dubbele binding
Disfosfatidylglycerol=> bouwstenen!
glycerolPL-varianten: etherbinding met C1m cholineplasmalogen, ethanolamineplasmalogen, …
1 vetzuurketen: LYSO-…
, LPA = mitogen: geeft intstructies om sneller te delen/groeien door te binden met spec LPA receptor (borstkanker)
GLYCOLIPIDEN
Afgeleid van sfingosine (basis bouwsteen): bevatten suikergroep ipv fosfocholinegroep => suiker + lipidegedeelte
Ceramide = lipidedeel
Cerebrosiden: onvertakte suikerketen (<5)
Tweede groep: vertakte, langere, neutrale suikerketens op lipiden
Gangliosiden: complexe suikerketens, neg geladen N-acetylneuraminezuur
Vb dia 17
Suikergroepen = onderscheid tussen bloedgroepen
Glucosylcerebroside! (1 suikergroep)
Tay-sachs ganglioside: bij niet snel/goed genoeg afbreken sfingolipiden = slechte turn
over = probleem: verstoorde afbraak van sfingolipiden = lysosomal storage diseases (=
aandoening veroorzaakt door cerebroside of ganglioside)
Door genetische mutatie (monogeen)
Mentale retardatie + vroegtijdige dood
TURN OVER: alles onderhevig molec moeten na bepaalde tijd worden afgebroken
CHOLESTEROL
Typisch voor dierlijke systemen
Neutraal voornamelijk in plasmamembr
Relatief vlakke molec door stoelconfig + transfusie
OH-groep = polaire gedeelte
Hydrofobe molec
Belangrijke rol bij aderverkalking
Steroidkern = eigen aan cholesterol: SAID -eron = steroidhormonen = afgeleid van cholesterol
Reguleert fluiditeit van membr = anti-vries hormoon
Plasma: proprot LDL (slechte cholesterol), VLDL, HDL (“goede” cholesterol) => volume cholesterol in bloed +
verantwoordelijk voor transport van cholesterol
FOSFOLIPIDEN VORM EN DUBBELLAAG
Algemeen structureel kenmerk van lipiden: amfipatisch door hydrofoob effect samenklitten in
water
Cooperatie alle zwakke krachten
Zelfsluitende structuur: micellen (1 type PL in 1 laag) of lipidendubbellaag
Dubbellagen: vesikels of liposomen/plaatstuctuur (= natuurlijk membraan)
Gelaagdheid hydrofiel-hydrofoob-hydrofiel = fysiche barriere => tenzij receptoren!
(permeabiliteitscoeffic)
Ionenkanalen (herstellen van balans)
Hersenen = afh van glucose: continue aanvoer nodig glucosetransport
SAMENSTELLING VAN BIOLOGISCHE MEMBRANEN
Plaatvormige structuren/begrenzing cellen/organellen/compartimentalisering
Eiwitten
1 organel zonder membr = nucleolus (kernlichaam)
Tabel dia 27: maakt niet uit welk compartiment, PL altijd kwantitatief belangrijkst, klein percentage glycolipiden en
cholesterol (meer CL dan GL)
Peroxisomen grootste aandeel PL
