Samenvatting Zelfstudies menselijke genetica samengevat + uitgewerkte oefeningen

Zelfstudies menselijke genetica

1 Zelfstudie 1: Nomenclatuur
1.1 Niveau aangegeven: DNA, RNA of eiwit




1.2 Positie van verandering aangegeven
1.2.1 Referentie
Altijd eerst eenduidige referentie naar databasenummer (vb: NM_012654.3 : c.957A>T)

1.2.2 gDNA
à Van eerste tot laatste nucleotide DNA streng

à NIET gelijk aan transcriptiestart en -stop want gDNA bevat heel het genoom en niet

alleen het afgeschreven DNA

à Geen andere symbolen

1.2.3 cDNA en mRNA
à Van eerste nucleotide van startcodon (ATG) tot laatste nucleotide stopcodon
à ATG: A = 1


Extra symbolen:

• verwijst naar 5' van startcodon (ATG) → stroomopwaarts van ATG nummeren
à Streng bevat 5' cap
= verwijst naar 3' van stopcodon (dus na het stopcodon nummeren)


à Streng bevat poly-A-staart
= Positie coderend nucleotide + x = begin intron (vb. c.362+2) (in intronen nummeren) 362
= laatste positie van het exon (+2: 2 posities verder dan de laatste posities van het
exon)→kan zorgen voor een mutatie: want dat zit in de sequentie van de splicedonor (in de 2
onveranderlijke) !!
Positie coderend nucleotide - x = einde intron (vb. c.363-3)


• Eiwit: van eerste tot laatste aminozuur

,1.2.4 Aard van verandering aangegeven
Substituties (= enkel voor 1 nucleotide of aminozuur)

• Nucleotiden

- Veranderde nucleotide aanduiden met '>'

- Schrijfwijze: Niveau (g., c., m., r.) / positie nt / substitutie

Vb: c.957A>T


• Aminozuren

- Zowel normaal als veranderd aminozuur opschrijven

- Schrijfwijze missense mutatie: Niveau (p.) / normaal AZ / positie / mutant AZ

Vb: p.R117H

- Uitzondering: nonsense mutatie = volledig codon verandert naar stopcodon

Schrijfwijze: Niveau (p.) / normaal AZ / positie / * of X

Vb: p.K385*

- Uitzondering: substitutie in startcodon

p.0 (er kan geen eiwit gemaakt worden)



Deleties, duplicaties en inserties

• Nucleotiden

o Deletie

- Aangetoond met ‘del’

- Schrijfwijze: Niveau / positie / del / nucleotide

Vb: g.35delG (deletie van G op positie 35)

- Schrijfwijze: Niveau / posities gedelete nucleotiden / del / eventueel sequentie
of aantal nucleotiden

Vb: g.6232_6236del OF g.6232_6236delTGGTC OF g.6232_6236del5


o Duplicatie

- Aangetoond met 'dup'

- Schrijfwijze: Niveau / positie / dup / nucleotide

Vb: c.546dupT

- Schrijfwijze: Niveau / posities gedupliceerde nucleotiden / dup / eventueel
sequentie of aantal nucleotiden

Vb: c.546_551dup OF c.546_551dupTGGTCA OF c.546_551dup6



o Insertie

, - Aangetoond met ‘ins’

- Schrijfwijze: Niveau / positie_positie toegevoegde nucleotide / ins / toegevoegde
nucleotide

Vb: g.409_410insC

- Schrijfwijze: Niveau / positie_positie toegevoegde nucleotiden / ins / altijd sequentie

Vb: g.1086_1087insGCGTGA



• Aminozuren

! Deleties of inserties van aminozuren gaan telkens over 3 nucleotiden oftewel 1 triplet

o Deletie

- Schrijfwijze: Niveau / aminozuur / positie / del

Vb. p.F508del (deletie van Phe op positie 508)


o Duplicatie

- Schrijfwijze: Niveau / aminozuur / positie / dup
Vb. p.V25dup (duplicatie van valine op positie 25)


- Schrijfwijze: Niveau / aminozuur+positie_aminozuur+positie / del (bij duplicatie van
meer az)
vb. p. G4_Q6dup (CKMGHQQQC → CKMGHQGHQQQCC)


o Insertie
- Schrijfwijze: Niveau / aminozuur1_aminozuur2 (waartussen insertie komt) / ins /
insertie
Vb. p.K29_M30insQSK

o

, Indels = inserties/deleties = deel vervangen

• Nucleotiden
- Schrijfwijze: Niveau / posities van stuk dat wordt vervangen / delins (deletie + insertie) /
nieuwe sequentie
Vb. g.112_117delinsTG


• Aminozuren
- Schrijfwijze: Niveau / posities van stuk dat wordt vervangen / delins / nieuw az (deletie
van 3bp)
Vb. p.C28_K29delinsW
à TGT AAG wordt TGG (TAA verwijderd)

- Schrijfwijze: Niveau / posities van stuk dat wordt vervangen / delins / nieuw az (insertie
van 3bp)
Vb. p.C28delinsWV
à TGT wordt TGG GTT (GGT ingevoegd)


Inversies

• Nucleotiden
- Schrijfwijze: Niveau / posities van stuk dat wordt omgedraaid / inv / eventueel aantal
nucleotiden
Vb. g.203_506inv OF g.203_506inv304


Frameshift (fs)

• Aminozuren
- Schrijfwijze: Niveau / eerste veranderde az / positie / nieuw az / fs / * + positie
eerstvolgend stopcodon


Vb. p.Arg83fs*2 (Arg83 is de eerste die verandert, nummer wijst op nieuwe stopcodon:
positie 1 kan nooit want dit is het veranderde aminozuur)


vb. p.Val6Alafs*7: frameshift waardoor AZ valine op positie 6 van het eiwit verandert in een
alanine. In het nieuwe reading frame is er een stopcodon op positie 7. In deze telling is Ala
nr 1 (nonsense mediated decay)