Week 1
DNA een blauwdruk 2.1 t/m 2.4
Paragraaf 2.1 Structuur en eigenschappen van DNA
DNA = desoxyribosenucleïnezuur
Suiker + base (A,T,G en C) = nucleoside
Nucleoside + fosfaat = nucleotide (zie rechts)
Nucleotiden worden aan elkaar gebon den door fosfordiësterbindingen. Zo ontstaat er een
polynucleotide (ssDNA).
Al het DNA is opgebouwd uit twee polynucleotiden = dubbelstrengs DNA (dsDNA). Het DNA dat één
polynucleotiden heeft is ssDNA, zoals virussen.
Basen worden verbonden met elkaar door waterstofbruggen (H-bruggen). Dit worden ook wel
complementaire ketens genoemd.
A–T door 2 H-bruggen
G–C door 3 H-bruggen
Antiparallel is de manier waarop complementaire
strengen lopen, dit houdt in dat bij de ene streng de
5'-positie aan het "begin" en de 3'-positie aan het
"eind", en bij de andere streng andersom. Het
biologische belang van deze oriëntaties is groot:
de replicatie en de translatie kunnen alleen in de
5'→3'-richting plaatsvinden.
Fysische eigenschappen
De smelttemperatuur is de temperatuur waarbij de
helft van het aantal basenparen is verbroken (= Tm).
De verbinding A – T is makkelijker te verbreken, omdat
deze minder H-bruggen bevat dan de verbinding G – C.
Ethidiumbromide is het platte molecuul dat tussen de basen van
DNA kan inschuiven na bestraling van UV-licht zendt EtBr oranje
licht uit.
Paragraaf 2.2 DNA bij prokayoten en virussen
Nucleoid DNA is een streng DNA waarbij de uiteinden aan elkaar zijn geknoopt, ook wel circulair
DNA. (= bacterieel DNA).
De plaats waar bacterieel DNA aan de celmembraan zit is
deel van het mesonoom, want dit is de instulping op het
celmembraan.
Voor het repliceren van bacterieel DNA is één replicatiebeginpunt
nodig, ook wel de ‘ori’ (orgin) genoemd.
Zonder dit punt is er geen replicatie.
, Bacterieel DNA
Bacterieel chromosoom, ook wel cccDNA (covalently closed circular DNA) genoemd, bevat een
dubbele helix, de superhelix.
Positieve helix: bemoeilijkt het uit elkaar gaan van beide nucleotiden.
Als de windingen van de superhelix in dezelfde richting draaien als de
helixstructuur, heet dit een positieve superhelix.
Negatieve helix: voorbereiding om beide DNA strengen los te krijgen.
Als de windingen van de superhelix in tegengestelde richting draaien als
de helixstructuur, heet dit een negatieve superhelix.
Relaxed DNA is DNA zonder supercoiling. Ook wel ocDNA (open circulair DNA)
genoemd. Supercoiled DNA beweegt zich sneller dan relaxed DNA, omdat het
compacter is (bijvoorbeeld bij electroforese).
Moleculen met dezelfde massa, maar verschillende L-waarden worden
topoïsomeren genoemd. De L-waarde is het totaal aantal rechtsdraaiende
windingen van beide ketens.
Nucleïnezuren bij virussen
Virussen bestaan uit nucleïnezuren, omgeven door eiwitten. Plantenvirussen (viroïden) missen de
eiwitmantel. Afhankelijk van levende cellen, ook wel intracellulaire parasieten genoemd.
Er zijn ook dierlijke en bacteriële virussen (bacteriële = bacteriofagen). Virussen bevatten DNA of
RNA.
mRNA is altijd de plus streng en er wordt afgelezen vanaf de min streng. De min streng is de
complementaire streng. DNA virussen kunnen zich inbouwen in de gastheercellen, RNA kan dit niet
en moet eerst worden omgezet in dsDNA. Dit NA kan later worden gebruikt om nieuwe virale RNA-
moleculen te synthetiseren.
Retrovirussen zijn virussen die hun erfelijke materiaal opslaan in de vorm van RNA. Bij infectie van
een gastheercel wordt de in het virale DNA vastgestelde genetische code naar DNA gekopieerd.
Paragraaf 2.3 DNA bij eukaryoten
De rangschikking van chromosomen wordt weergegeven in een
karyogram, hier worden chromosomen ingedeeld op grootte en
vorm.
Chromatine is het complex van DNA en eiwitten in de celkern van
eukaryotische cellen. Naargelang de strakheid waarmee het DNA om
de andere eiwitten heen gevouwen zit, onderscheiden we
euchromatine en heterochromatine. Het chromatine bestaat uit een
reeks nucleosomen.
Tijdens de interfase zijn sommige chromsomen minder gecondenseerd en hierdoor kan er minder
kleurstof gebonden worden.
Heterochromatine: bevat de sterk gekleurde delen, deze is minder gecondenseerd zodat de
aanwezige enzymen hun functie kunen uitoefenen en omdat in dergelijke gebieden meer
transport van moleculen plaars vind.
Euchromatine: is minder gecondenseerd i.t.t. heterochromatine.
DNA een blauwdruk 2.1 t/m 2.4
Paragraaf 2.1 Structuur en eigenschappen van DNA
DNA = desoxyribosenucleïnezuur
Suiker + base (A,T,G en C) = nucleoside
Nucleoside + fosfaat = nucleotide (zie rechts)
Nucleotiden worden aan elkaar gebon den door fosfordiësterbindingen. Zo ontstaat er een
polynucleotide (ssDNA).
Al het DNA is opgebouwd uit twee polynucleotiden = dubbelstrengs DNA (dsDNA). Het DNA dat één
polynucleotiden heeft is ssDNA, zoals virussen.
Basen worden verbonden met elkaar door waterstofbruggen (H-bruggen). Dit worden ook wel
complementaire ketens genoemd.
A–T door 2 H-bruggen
G–C door 3 H-bruggen
Antiparallel is de manier waarop complementaire
strengen lopen, dit houdt in dat bij de ene streng de
5'-positie aan het "begin" en de 3'-positie aan het
"eind", en bij de andere streng andersom. Het
biologische belang van deze oriëntaties is groot:
de replicatie en de translatie kunnen alleen in de
5'→3'-richting plaatsvinden.
Fysische eigenschappen
De smelttemperatuur is de temperatuur waarbij de
helft van het aantal basenparen is verbroken (= Tm).
De verbinding A – T is makkelijker te verbreken, omdat
deze minder H-bruggen bevat dan de verbinding G – C.
Ethidiumbromide is het platte molecuul dat tussen de basen van
DNA kan inschuiven na bestraling van UV-licht zendt EtBr oranje
licht uit.
Paragraaf 2.2 DNA bij prokayoten en virussen
Nucleoid DNA is een streng DNA waarbij de uiteinden aan elkaar zijn geknoopt, ook wel circulair
DNA. (= bacterieel DNA).
De plaats waar bacterieel DNA aan de celmembraan zit is
deel van het mesonoom, want dit is de instulping op het
celmembraan.
Voor het repliceren van bacterieel DNA is één replicatiebeginpunt
nodig, ook wel de ‘ori’ (orgin) genoemd.
Zonder dit punt is er geen replicatie.
, Bacterieel DNA
Bacterieel chromosoom, ook wel cccDNA (covalently closed circular DNA) genoemd, bevat een
dubbele helix, de superhelix.
Positieve helix: bemoeilijkt het uit elkaar gaan van beide nucleotiden.
Als de windingen van de superhelix in dezelfde richting draaien als de
helixstructuur, heet dit een positieve superhelix.
Negatieve helix: voorbereiding om beide DNA strengen los te krijgen.
Als de windingen van de superhelix in tegengestelde richting draaien als
de helixstructuur, heet dit een negatieve superhelix.
Relaxed DNA is DNA zonder supercoiling. Ook wel ocDNA (open circulair DNA)
genoemd. Supercoiled DNA beweegt zich sneller dan relaxed DNA, omdat het
compacter is (bijvoorbeeld bij electroforese).
Moleculen met dezelfde massa, maar verschillende L-waarden worden
topoïsomeren genoemd. De L-waarde is het totaal aantal rechtsdraaiende
windingen van beide ketens.
Nucleïnezuren bij virussen
Virussen bestaan uit nucleïnezuren, omgeven door eiwitten. Plantenvirussen (viroïden) missen de
eiwitmantel. Afhankelijk van levende cellen, ook wel intracellulaire parasieten genoemd.
Er zijn ook dierlijke en bacteriële virussen (bacteriële = bacteriofagen). Virussen bevatten DNA of
RNA.
mRNA is altijd de plus streng en er wordt afgelezen vanaf de min streng. De min streng is de
complementaire streng. DNA virussen kunnen zich inbouwen in de gastheercellen, RNA kan dit niet
en moet eerst worden omgezet in dsDNA. Dit NA kan later worden gebruikt om nieuwe virale RNA-
moleculen te synthetiseren.
Retrovirussen zijn virussen die hun erfelijke materiaal opslaan in de vorm van RNA. Bij infectie van
een gastheercel wordt de in het virale DNA vastgestelde genetische code naar DNA gekopieerd.
Paragraaf 2.3 DNA bij eukaryoten
De rangschikking van chromosomen wordt weergegeven in een
karyogram, hier worden chromosomen ingedeeld op grootte en
vorm.
Chromatine is het complex van DNA en eiwitten in de celkern van
eukaryotische cellen. Naargelang de strakheid waarmee het DNA om
de andere eiwitten heen gevouwen zit, onderscheiden we
euchromatine en heterochromatine. Het chromatine bestaat uit een
reeks nucleosomen.
Tijdens de interfase zijn sommige chromsomen minder gecondenseerd en hierdoor kan er minder
kleurstof gebonden worden.
Heterochromatine: bevat de sterk gekleurde delen, deze is minder gecondenseerd zodat de
aanwezige enzymen hun functie kunen uitoefenen en omdat in dergelijke gebieden meer
transport van moleculen plaars vind.
Euchromatine: is minder gecondenseerd i.t.t. heterochromatine.
