Highlightcollege 1
Rond het jaar 2000 hadden we een ruwe kaart van het genoom waar 90% van de
sequentie bekend is.
- Wat is genoomdiagnostiek?
Het humane genoom heeft ongeveer 23.000 genen. In enkele duizenden genen zijn
mutaties gevonden die ziektes veroorzaken. Genoomdiagnostiek is nu mogelijk door
deze ziektebeelden
Overervingspatronen:
o Autosomaal dominant (erfelijke borstkanker)
o Autosomaal recessief (cystische fibrose)
o X-linked (fragiele x-syndroom)
o Mitochondriaal (leber opticusatrofie)
o Y-chromosomaal (mannelijke infertiliteit)
- Waarom genoomdiagnostiek?
o Bevestiging klinische diagnose
o Herhalingsrisico
o Screenen van familieleden
o Dragerschap bepaling
o Prenatale diagnostiek
o Pre-implantatie genetische diagnostiek
- Enkele gebruikte technieken
o Koppelingsonderzoek
- je maakt gebruik van polymorfe markers of repeats.
- Haplotype stukje chromosoom dat altijd samen overerft.
o Mutatieanalyse
- PCR amplificatie van genen
- Fragment analyse met dna uitsmelttechnieken
- Sequencen
o Methylerings analyse – omprinting disorders
Slechts 2% van het humane genoom codeert voor het eiwit.
Hartritmestoornissen
Kan leiden tot wegraking en plotselinge dood. Het wordt veroorzaakt door mutaties in
genen die coderen voor ion kanalen in het hart. Elk ionkanaal werkt anders. Door
verschillende proefjes te doen kunnen ze erachter komen welk ionkanaal niet goed
werkt.
mutaties
Substitutie op 1 plek veranderd er een base waardoor aminozuur veranderd
, Deletie 1 base is afwezig
Insertie 1 base extra aanwezig
Effect op eiwit:
Silent mutatie wel aanwezig maar heeft geen verder effect
Missense
Nonsense je krijgt opeens een stop waardoor eiwit te kort is
Frameshift mutaties door bijvoorbeeld deletie veranderd bijna elke code
Na analyseren van mutatie moet gekeken worden of de mutatie een pathogene
(ziekmakende) mutatie is.
Epigenetica
Epigenetica is de studie van veranderingen in de genoomfunctie die ontstaan zonder
veranderingen in de DNA sequentie. Het gaat meer over genexpressie
Het is de brug tussen aangeboren en aangeleerd.
Epigenetica speelt een rol in:
1. (in)activatie van genen gedurende ontwikkeling
2. x inactivatie
3. genomic inprinting
het DNA wordt opgerol rond eiwitbolletjes (histonen) zodat het allemaal in de kern past.
Door demethylering (methyl groep eraf halen) van dna, maar acetyllering van histonen
krijg je een open structuur. Dit is een actief gen en kan het dna afgelezen worden.
Trangenerational effects
- roken tijdens zwangerschap heeft invloed op de foetus, omdat de foetus ook
alweer geslachtscellen heeft heeft het ook invloed op de 3de generatie (kind
van foetus).
Genomic imprinting
‘’de proef met de ganzen waarbij de uitgekomen eendjes hem als eerste zagen en
daardoor dachten dat hij de moeder was’’
je krijgt 2 allelen, 1 van vader, 1 van moeder. Door methylering is 1 van de twee inactief
gemaakt waardoor alleen de ander tot uiting komt.
What is the imprint?
- cytosine methylation
- histon modifications
- time/tissue dependent
imprinting: what is it for?
Alle genen die van vader afkomstig zijn, zijn groeibevorderend, die van moeder
onderdrukken groei.
Rond het jaar 2000 hadden we een ruwe kaart van het genoom waar 90% van de
sequentie bekend is.
- Wat is genoomdiagnostiek?
Het humane genoom heeft ongeveer 23.000 genen. In enkele duizenden genen zijn
mutaties gevonden die ziektes veroorzaken. Genoomdiagnostiek is nu mogelijk door
deze ziektebeelden
Overervingspatronen:
o Autosomaal dominant (erfelijke borstkanker)
o Autosomaal recessief (cystische fibrose)
o X-linked (fragiele x-syndroom)
o Mitochondriaal (leber opticusatrofie)
o Y-chromosomaal (mannelijke infertiliteit)
- Waarom genoomdiagnostiek?
o Bevestiging klinische diagnose
o Herhalingsrisico
o Screenen van familieleden
o Dragerschap bepaling
o Prenatale diagnostiek
o Pre-implantatie genetische diagnostiek
- Enkele gebruikte technieken
o Koppelingsonderzoek
- je maakt gebruik van polymorfe markers of repeats.
- Haplotype stukje chromosoom dat altijd samen overerft.
o Mutatieanalyse
- PCR amplificatie van genen
- Fragment analyse met dna uitsmelttechnieken
- Sequencen
o Methylerings analyse – omprinting disorders
Slechts 2% van het humane genoom codeert voor het eiwit.
Hartritmestoornissen
Kan leiden tot wegraking en plotselinge dood. Het wordt veroorzaakt door mutaties in
genen die coderen voor ion kanalen in het hart. Elk ionkanaal werkt anders. Door
verschillende proefjes te doen kunnen ze erachter komen welk ionkanaal niet goed
werkt.
mutaties
Substitutie op 1 plek veranderd er een base waardoor aminozuur veranderd
, Deletie 1 base is afwezig
Insertie 1 base extra aanwezig
Effect op eiwit:
Silent mutatie wel aanwezig maar heeft geen verder effect
Missense
Nonsense je krijgt opeens een stop waardoor eiwit te kort is
Frameshift mutaties door bijvoorbeeld deletie veranderd bijna elke code
Na analyseren van mutatie moet gekeken worden of de mutatie een pathogene
(ziekmakende) mutatie is.
Epigenetica
Epigenetica is de studie van veranderingen in de genoomfunctie die ontstaan zonder
veranderingen in de DNA sequentie. Het gaat meer over genexpressie
Het is de brug tussen aangeboren en aangeleerd.
Epigenetica speelt een rol in:
1. (in)activatie van genen gedurende ontwikkeling
2. x inactivatie
3. genomic inprinting
het DNA wordt opgerol rond eiwitbolletjes (histonen) zodat het allemaal in de kern past.
Door demethylering (methyl groep eraf halen) van dna, maar acetyllering van histonen
krijg je een open structuur. Dit is een actief gen en kan het dna afgelezen worden.
Trangenerational effects
- roken tijdens zwangerschap heeft invloed op de foetus, omdat de foetus ook
alweer geslachtscellen heeft heeft het ook invloed op de 3de generatie (kind
van foetus).
Genomic imprinting
‘’de proef met de ganzen waarbij de uitgekomen eendjes hem als eerste zagen en
daardoor dachten dat hij de moeder was’’
je krijgt 2 allelen, 1 van vader, 1 van moeder. Door methylering is 1 van de twee inactief
gemaakt waardoor alleen de ander tot uiting komt.
What is the imprint?
- cytosine methylation
- histon modifications
- time/tissue dependent
imprinting: what is it for?
Alle genen die van vader afkomstig zijn, zijn groeibevorderend, die van moeder
onderdrukken groei.
