Hoofdstuk 17: DNA
Aantekeningen
DNA bestaat uit fosfaat- suiker (deoxibisrose)-base
Nucleotiden kunnen paren vormen via hun basen (waterstofbruggen)
Organische basen: adenine, cytosine, thymine, Guanine
Polymerase: met behulp van DNA-polymerase worden de nieuwe ketens gemaakt.
- Door het enzym DNA-ligase worden de stukjes aan elkaar gekoppeld.
Histoneiwit zorgt voor opberging van DNA, waardoor altijd een specifiek stukje kan worden
gebruikt/opengemaakt.
Paragraaf 1: DNA in je cellen.
DNA: bevat informatie voor het maken van eiwitten.
- Het bestaat uit twee strengen die nucleotiden bevatten, die samen dubbele helix
vormen. DNA-nucleotiden bestaan uit fosfaatgroep, een suikermolecuul en
stikstofbase (B71). De stikstofbase vormen vaste waterstofbruggen.
- Door de vaste combinatie van basenparen zijn beide strengen DNA-molecuul
complementair: de volgorde in ene streng bepaald de andere.
- Van het 3’-einde (vrije OH-groep) loopt de streng naar het 5’-einde (vrije
fosfaatgroep)
Histonen: speciale eiwitten die DNA-moleculen verstevigen en beschermen.
- 8 histonen vormen een bolletje waar deel van DNA-molecuul omheen is gerold.
- Geheel histonen en eromheen gerolde DNA: nucleosoom. De nucleosomen koppelen
aan elkaar waardoor chromatinedraad ontstaat. Hierdoor kan DNA-molecuul
compact worden opgeborgen.
DNA ook in mitochondriën, mtDNA. Is betrokken van rRNA (bouwstenen) en bij tRNA
(transport). Dit erf je in alle gevallen van je moeder.
Genoom: totale DNA van een persoon.
- Bestaat uit genen: een stuk DNA met informatie voor de productie van een of
meerdere eiwitten. Alle cellen zelfde DNA maar afhankelijk van functie zijn
verschillende genen actief.
- Ieder gen heeft eigen sequentie voor afwisselend A -C -G – T.
- Niet-coderend DNA (coderen voor eiwitten) speelt rol bij rRNA of tRNA, of regelt
schakeling in coderend DNA.
- In DNA komen herhalingen van series nucleotiden voor: repitief DNA. Korte repeats
van 2 tot 10 nucleotiden STR’S spelen rol bij verwantschapsonderzoek. Hierbij
worden de allelen van de chromosomen vergelijken door analist.
- Loci: plaatsen in het DNA, kan DNA-profiel opleveren.
, Paragraaf 2: DNA kopiëren
DNA-replicatie verloopt in een aantal stappen:
- Een enzymcomplex verbreekt op het replicatiestartpunt de H-bruggen tussen beide
DNA-strengen, de helicasen, deze ritsen op waardoor twee openingen ontstaan, de
replicatievorken.
- Primase maakt een primer van rib nucleotiden (RNA met ribose en uracil). Vanaf de
primer vormt het enzym DNA-polymerase een nieuwe streng, kan maar op één
manier.
- Het enzym leest de nucleotiden van het DNA-streng daardoor alleen in 3’-> 5’ richting
en vormt in 5’->3’ richting, een ‘leidende streng’
- DNA-polymerase koppelt de DNA-nucleotiden vast in de juiste combinatie.
- In een andere richting kan DNA-polymerase geen continue streng meer vormen, gaat
tegen leesrichting in. Daar verloopt het in kleine stukjes, een ‘volgende streng’. Dit
verloopt in 3’-> 5’ richting (dus naar startpunt toe). Die is dus achterwaarts kopiëren
in vergelijke tot het leidende stukje. Het nieuwe stukje heet Okazaki-fragment. De
helicase maakt nieuwe replicatievork die nieuwe RNA-primer toevoegt.
- Ander-type DNA-polymerase vervangt RNA-nucleotiden uit primers. Het enzym ligase
koppelt de Okazaki-fragmenten aan elkaar tot complete streng.
- Dit proces van DNA-verdubbeling is semi-conservatief: elk nieuw molecuul bestaat uit
een oorspronkelijke en een nieuwe streng.
Kopieermachine voor DNA
DNA-replicatie uitgangspunt voor PCR-methode (B72M2). De PCR vindt als volgt plaats:
1. In de PCR-machine komt het DNA-fragment, DNA-primers, nucleotiden, het
hittebestendige Taq-polymerase en ene buffer.
2. Bij 95 graden verbreken de H-bruggen, de DNA-strengen komen los van elkaar. Bij 52
graden binden de DNA-primers aan de 3’-einden van beide strengen. Bij 72 graden
verlengt Taq-polymerase de nieuwe ketens van het DNA-fragment in de 5’->3’
richting
3. Iedere cyclus ontstaan er nieuwe strengen vanaf de primers.
- De DNA-primers zijn zo ontworpen dat ze complementair zijn aan beide 3’-utieinden
van doel-DNA: het deel van het DNA wat onderzoeker wil vermeerden
- Na ongeveer 30-40 herhalingen bestaat het mengstel voor grootste deel uit DNA-
kopieën, genoeg materiaal via gelelektroforese.
- Door elektrisch veld ontstaat rij van DNA-fragmenten van groot naar klein.
- Capillairelektroforese is variant, werken ook met gel met elektrisch veld, detector
geeft piek als moleculen bepaalde grootte passeren.
Aantekeningen
DNA bestaat uit fosfaat- suiker (deoxibisrose)-base
Nucleotiden kunnen paren vormen via hun basen (waterstofbruggen)
Organische basen: adenine, cytosine, thymine, Guanine
Polymerase: met behulp van DNA-polymerase worden de nieuwe ketens gemaakt.
- Door het enzym DNA-ligase worden de stukjes aan elkaar gekoppeld.
Histoneiwit zorgt voor opberging van DNA, waardoor altijd een specifiek stukje kan worden
gebruikt/opengemaakt.
Paragraaf 1: DNA in je cellen.
DNA: bevat informatie voor het maken van eiwitten.
- Het bestaat uit twee strengen die nucleotiden bevatten, die samen dubbele helix
vormen. DNA-nucleotiden bestaan uit fosfaatgroep, een suikermolecuul en
stikstofbase (B71). De stikstofbase vormen vaste waterstofbruggen.
- Door de vaste combinatie van basenparen zijn beide strengen DNA-molecuul
complementair: de volgorde in ene streng bepaald de andere.
- Van het 3’-einde (vrije OH-groep) loopt de streng naar het 5’-einde (vrije
fosfaatgroep)
Histonen: speciale eiwitten die DNA-moleculen verstevigen en beschermen.
- 8 histonen vormen een bolletje waar deel van DNA-molecuul omheen is gerold.
- Geheel histonen en eromheen gerolde DNA: nucleosoom. De nucleosomen koppelen
aan elkaar waardoor chromatinedraad ontstaat. Hierdoor kan DNA-molecuul
compact worden opgeborgen.
DNA ook in mitochondriën, mtDNA. Is betrokken van rRNA (bouwstenen) en bij tRNA
(transport). Dit erf je in alle gevallen van je moeder.
Genoom: totale DNA van een persoon.
- Bestaat uit genen: een stuk DNA met informatie voor de productie van een of
meerdere eiwitten. Alle cellen zelfde DNA maar afhankelijk van functie zijn
verschillende genen actief.
- Ieder gen heeft eigen sequentie voor afwisselend A -C -G – T.
- Niet-coderend DNA (coderen voor eiwitten) speelt rol bij rRNA of tRNA, of regelt
schakeling in coderend DNA.
- In DNA komen herhalingen van series nucleotiden voor: repitief DNA. Korte repeats
van 2 tot 10 nucleotiden STR’S spelen rol bij verwantschapsonderzoek. Hierbij
worden de allelen van de chromosomen vergelijken door analist.
- Loci: plaatsen in het DNA, kan DNA-profiel opleveren.
, Paragraaf 2: DNA kopiëren
DNA-replicatie verloopt in een aantal stappen:
- Een enzymcomplex verbreekt op het replicatiestartpunt de H-bruggen tussen beide
DNA-strengen, de helicasen, deze ritsen op waardoor twee openingen ontstaan, de
replicatievorken.
- Primase maakt een primer van rib nucleotiden (RNA met ribose en uracil). Vanaf de
primer vormt het enzym DNA-polymerase een nieuwe streng, kan maar op één
manier.
- Het enzym leest de nucleotiden van het DNA-streng daardoor alleen in 3’-> 5’ richting
en vormt in 5’->3’ richting, een ‘leidende streng’
- DNA-polymerase koppelt de DNA-nucleotiden vast in de juiste combinatie.
- In een andere richting kan DNA-polymerase geen continue streng meer vormen, gaat
tegen leesrichting in. Daar verloopt het in kleine stukjes, een ‘volgende streng’. Dit
verloopt in 3’-> 5’ richting (dus naar startpunt toe). Die is dus achterwaarts kopiëren
in vergelijke tot het leidende stukje. Het nieuwe stukje heet Okazaki-fragment. De
helicase maakt nieuwe replicatievork die nieuwe RNA-primer toevoegt.
- Ander-type DNA-polymerase vervangt RNA-nucleotiden uit primers. Het enzym ligase
koppelt de Okazaki-fragmenten aan elkaar tot complete streng.
- Dit proces van DNA-verdubbeling is semi-conservatief: elk nieuw molecuul bestaat uit
een oorspronkelijke en een nieuwe streng.
Kopieermachine voor DNA
DNA-replicatie uitgangspunt voor PCR-methode (B72M2). De PCR vindt als volgt plaats:
1. In de PCR-machine komt het DNA-fragment, DNA-primers, nucleotiden, het
hittebestendige Taq-polymerase en ene buffer.
2. Bij 95 graden verbreken de H-bruggen, de DNA-strengen komen los van elkaar. Bij 52
graden binden de DNA-primers aan de 3’-einden van beide strengen. Bij 72 graden
verlengt Taq-polymerase de nieuwe ketens van het DNA-fragment in de 5’->3’
richting
3. Iedere cyclus ontstaan er nieuwe strengen vanaf de primers.
- De DNA-primers zijn zo ontworpen dat ze complementair zijn aan beide 3’-utieinden
van doel-DNA: het deel van het DNA wat onderzoeker wil vermeerden
- Na ongeveer 30-40 herhalingen bestaat het mengstel voor grootste deel uit DNA-
kopieën, genoeg materiaal via gelelektroforese.
- Door elektrisch veld ontstaat rij van DNA-fragmenten van groot naar klein.
- Capillairelektroforese is variant, werken ook met gel met elektrisch veld, detector
geeft piek als moleculen bepaalde grootte passeren.
