GENETICA EN EVOLUTIE
HOOFDSTUK 18
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) zijn de meest voorkomende soorten polymorfisme
- Polymorfisme = het voorkomen van twee of meer duidelijk verschillende vormen in de
populatie van een soort.
- De meest SNPs hebben slechts twee allelen – bijvoorbeeld A en C –
SNPs die voorkomen in eiwit-coderende gebieden van genen kunnen worden geclassificeerd in drie
goepen:
- Synonymous – de verschillende allelen coderen voor hetzelfde aminozuur
- Nonsynonymous – de verschillende allelen coderen voor verschillende aminozuren
- Nonsense – het ene allel codeert voor een stopcodon en het andere allel codeert voor een
aminozuur
Noncoding SNPs (ncSNPs) = SNPs die voorkomen buiten de coderende-sequentie
Silent ncSNPs = noncoding SNPs die geen effect hebben op genfunctie en fenotype
Men kan SNP-variatie in een populatie bestuderen:
1. Eerst moet men bepalen welke nucleotidenplaatsen in het genoom variabel zijn – oftewel
welke nucleotidenplaatsen een SNP vormen –
Dit wordt SNP-detectie genoemd genomen van een kleine steekproef van individuen van
een soort wordt gesequenced en vervolgens vergeleken met elkaar
2. Het genotype van verschillende individuen in de populatie bij elke SNP kan worden bepaald
DNA van een individu wordt gelabeld met
fluorescerende tags en gehybridiseerd met
de microarray. Elke vlek (SNP) op de
microarray zal rood fluoresceren voor de ene
homozygote klasse, groen voor de andere
homozygoot en geel voor een heterozygoot
Gene-pool = het totaal van alle alllelen in de
‘breeding members’ van een populatie op
een bepaald moment
N = 16
Totaal allelen = 2N = 32
HOOFDSTUK 18
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) zijn de meest voorkomende soorten polymorfisme
- Polymorfisme = het voorkomen van twee of meer duidelijk verschillende vormen in de
populatie van een soort.
- De meest SNPs hebben slechts twee allelen – bijvoorbeeld A en C –
SNPs die voorkomen in eiwit-coderende gebieden van genen kunnen worden geclassificeerd in drie
goepen:
- Synonymous – de verschillende allelen coderen voor hetzelfde aminozuur
- Nonsynonymous – de verschillende allelen coderen voor verschillende aminozuren
- Nonsense – het ene allel codeert voor een stopcodon en het andere allel codeert voor een
aminozuur
Noncoding SNPs (ncSNPs) = SNPs die voorkomen buiten de coderende-sequentie
Silent ncSNPs = noncoding SNPs die geen effect hebben op genfunctie en fenotype
Men kan SNP-variatie in een populatie bestuderen:
1. Eerst moet men bepalen welke nucleotidenplaatsen in het genoom variabel zijn – oftewel
welke nucleotidenplaatsen een SNP vormen –
Dit wordt SNP-detectie genoemd genomen van een kleine steekproef van individuen van
een soort wordt gesequenced en vervolgens vergeleken met elkaar
2. Het genotype van verschillende individuen in de populatie bij elke SNP kan worden bepaald
DNA van een individu wordt gelabeld met
fluorescerende tags en gehybridiseerd met
de microarray. Elke vlek (SNP) op de
microarray zal rood fluoresceren voor de ene
homozygote klasse, groen voor de andere
homozygoot en geel voor een heterozygoot
Gene-pool = het totaal van alle alllelen in de
‘breeding members’ van een populatie op
een bepaald moment
N = 16
Totaal allelen = 2N = 32
