MICROBIOLOGIE S2
INHOUD
1. inleiding ...................................................................................................................................................... 4
1.1 definiëring microbiologie ................................................................................................................. 4
1.2 doelstellingen .................................................................................................................................... 4
1.3 plaats van het micro-organisme in de natuur ................................................................................. 4
1.3.1 protista ..................................................................................................................................... 4
1.3.2 het 3rijkensysteem .................................................................................................................. 4
1.3.3 de 2domeinen .......................................................................................................................... 4
1.3.4 het 5rijkensysteem volgens whittaker .................................................................................... 6
1.3.5 de 3domeinen .......................................................................................................................... 6
1.4 doel syllabus .......................................................................................................................................... 6
1.5 nomenclatuur, taxonomie, identificatiecriteria .................................................................................. 7
1.5.1 binomale nomenclatuur voor schimmels en bacteriën (linnaeus) .............................................. 7
1.5.2 taxonomie ....................................................................................................................................... 7
1.5.3 identificatiecriteria ........................................................................................................................ 7
1.6 geschiedenis microbiologie .................................................................................................................. 7
1.7 drie bacteriën geïsoleerd door koch ................................................................................................... 10
1.7.1 bacillus anthracis .......................................................................................................................... 10
1.7.2 myobacterium tuberculosis .......................................................................................................... 11
1.7.3 vibrio cholerae ............................................................................................................................... 11
1.8 belang micro-organismen .................................................................................................................. 12
1.8.1 negatieve rol ................................................................................................................................. 12
1.8.2 positieve rol .................................................................................................................................. 12
2. mycologie ........................................................................................................................................ 13
2.1 doelstellingen .................................................................................................................................. 13
2.2 algemene kenmerken ..................................................................................................................... 13
2.2.1 de 4klassen ................................................................................................................................... 14
2.2.2 waarom is mycologie belangrijk? ............................................................................................... 15
2.3 cytologie of celleer bij fungi ........................................................................................................... 15
2.3.1 celwand .................................................................................................................................. 16
2.3.2 celmembraan ......................................................................................................................... 16
2.3.3 cytoplasma ............................................................................................................................. 16
2.3.4 celorganellen ............................................................................................................................... 16
2.4 structuur – morfologie ................................................................................................................... 16
2.4.1 morfologie van gisten en schimmels .................................................................................... 16
2.4.2 dimorfisme ............................................................................................................................. 17
1
, 2.5 vermenigvuldiging bij fungi ........................................................................................................... 18
2.5.1 ongeslachtelijke sporulatie ................................................................................................... 18
2.5.2 geslachtelijke sporulatie .............................................................................................................. 21
2.6 pathogene fungi .................................................................................................................................. 23
2.6.1 soorten mycosen .......................................................................................................................... 23
2.6.2 mycotoxicosen ............................................................................................................................. 25
3. bacteriologie ............................................................................................................................................. 26
3.1 doelstellingen ...................................................................................................................................... 26
3.2 inleiding .............................................................................................................................................. 26
3.2.1 algemene kenmerken................................................................................................................... 26
3.2.2 waarom is bacteriologie belangrijk? .......................................................................................... 26
3.2.3 labodiagnostiek ........................................................................................................................... 27
3.3 structuur – morfologie ....................................................................................................................... 27
3.3.1 bolvormige cellen of kokken ....................................................................................................... 27
3.3.2 cilindrische cellen ........................................................................................................................ 29
3.4 cytologie (bacteriologie) ....................................................................................................................30
3.4.1 algemene structuur ......................................................................................................................30
3.4.2 specifieke structuur ..................................................................................................................... 35
3.5 voortplanting en groeicurve ...............................................................................................................38
3.5.1 voeding .........................................................................................................................................38
3.5.1.3 indeling op basis van voedingsvereisten .................................................................................38
3.5.1.4 metabolisme ..............................................................................................................................38
3.5.1.5 voedingsbodems .......................................................................................................................38
3.5.2 groeibehoeften ............................................................................................................................. 39
3.5.3 deling en groeicurve .................................................................................................................... 41
3.5.4 het tellen van bacteriële cellen ................................................................................................... 42
3.6 metabolisme ....................................................................................................................................... 44
3.7 variaties en mutaties .......................................................................................................................... 45
3.7.1 mutaties ........................................................................................................................................ 45
3.7.2 variaties ........................................................................................................................................ 46
3.8 uitwisseling van genetische informatie ............................................................................................. 46
3.8.1 conjugatie ..................................................................................................................................... 47
3.8.2 transformatie ...............................................................................................................................48
3.8.3 transductie ................................................................................................................................... 49
3.8.4 transpositie .................................................................................................................................. 50
3.9 genetic enineering .............................................................................................................................. 50
3.9.1 bereiden van geneesmiddelen ..................................................................................................... 50
3.9.2 transformatie van planten .......................................................................................................... 52
2
,4. virologie .................................................................................................................................................... 53
4.1 doelstellingen ...................................................................................................................................... 53
4.2 inleiding .............................................................................................................................................. 53
4.2.1 geschiedenis ................................................................................................................................. 53
4.2.2 wat is een virus? .......................................................................................................................... 54
4.3 morfologie-structuur.......................................................................................................................... 54
4.3.1 morfologie .................................................................................................................................... 54
4.4 nomenclatuur ..................................................................................................................................... 56
4.5 infectie ................................................................................................................................................ 56
4.5.1 bacteriofagen van T-type ............................................................................................................. 56
4.5.2 detectie en kwantificatie van fagen ............................................................................................ 58
4.5.3 dierlijke virussen ......................................................................................................................... 58
4.5.4 detectie virale infecties bij de mens ........................................................................................... 59
4.5.5 antivirale geneesmiddelen .......................................................................................................... 59
3
, 1. INLEIDING
1.1 DEFINIËRING MICROBIOLOGIE
= deel van biologie die micro-organismen bestudeert
• Micro-organismen: niet waarneembaar met het blote oog, microscopische afmeting
• -> soms zichtbaar onder de vorm van een kolonie of smeer (vaste voedingsbodem) of troebele
bouillon (vloeibare voedingsbodem)
In een laboratorium = aangekochte stammen met micro-organismen = American Type Culture
Collection
-> soms ook een ‘wild type’ uit een waterstaal, bloedstaal…
Verschillende domeinen microbiologie
1. Klinische microbiologie: een pathogeen micro-organisme identificeren in een patiëntenstaal
en gevoeligheid ten opzichte van antibiotica bepalen
2. Milieumicrobiologie: kwaliteit van water controleren op aanwezigheid van micro-organismen
3. Voedingsmicrobiologie: voedingswaarden testen op aanwezigheid van micro-organismen die
verantwoordelijk kunnen zijn voor infecties of voedselvergiftigingen
4. Onderzoekslabo’s: met micro-organismen werken om ze genetisch te manipuleren of typeren
1.2 DOELSTELLINGEN
1.3 PLAATS VAN HET MICRO-ORGANISME IN DE NATUUR
1.3.1 PROTISTA
= ééncelligen of meercellige organismen zonder gedifferentieerde weefsels
• Basis van micro-organisme = cel met DNA, RNA, proteïnen, lipiden
1.3.2 HET 3RIJKENSYSTEEM
Ernst Haeckel: indeling op basis van microscopische en macroscopische kenmerken
1. Planten: fotosynthese, grote uitwendige oppervlakte, celwand, geen actieve beweging
2. Dieren: intestinale tractus, grote inwendige oppervlakte, geen celwand, actieve beweging
3. Protista: bacteriën, schimmels/gisten, wieren, ééncelligen dieren (protozoa)
1.3.3 DE 2DOMEINEN
1. Prokaryoten: oudste cel, primitief, geen celkern (DNA los in cel), geen celorganellen (wel
ribosomen), voortplanting door amitose (dwarse deling)
2. Eukaryoten: celkern met chromosomen, bezit celorganellen, voorplanting door mitose of
meiose
4
INHOUD
1. inleiding ...................................................................................................................................................... 4
1.1 definiëring microbiologie ................................................................................................................. 4
1.2 doelstellingen .................................................................................................................................... 4
1.3 plaats van het micro-organisme in de natuur ................................................................................. 4
1.3.1 protista ..................................................................................................................................... 4
1.3.2 het 3rijkensysteem .................................................................................................................. 4
1.3.3 de 2domeinen .......................................................................................................................... 4
1.3.4 het 5rijkensysteem volgens whittaker .................................................................................... 6
1.3.5 de 3domeinen .......................................................................................................................... 6
1.4 doel syllabus .......................................................................................................................................... 6
1.5 nomenclatuur, taxonomie, identificatiecriteria .................................................................................. 7
1.5.1 binomale nomenclatuur voor schimmels en bacteriën (linnaeus) .............................................. 7
1.5.2 taxonomie ....................................................................................................................................... 7
1.5.3 identificatiecriteria ........................................................................................................................ 7
1.6 geschiedenis microbiologie .................................................................................................................. 7
1.7 drie bacteriën geïsoleerd door koch ................................................................................................... 10
1.7.1 bacillus anthracis .......................................................................................................................... 10
1.7.2 myobacterium tuberculosis .......................................................................................................... 11
1.7.3 vibrio cholerae ............................................................................................................................... 11
1.8 belang micro-organismen .................................................................................................................. 12
1.8.1 negatieve rol ................................................................................................................................. 12
1.8.2 positieve rol .................................................................................................................................. 12
2. mycologie ........................................................................................................................................ 13
2.1 doelstellingen .................................................................................................................................. 13
2.2 algemene kenmerken ..................................................................................................................... 13
2.2.1 de 4klassen ................................................................................................................................... 14
2.2.2 waarom is mycologie belangrijk? ............................................................................................... 15
2.3 cytologie of celleer bij fungi ........................................................................................................... 15
2.3.1 celwand .................................................................................................................................. 16
2.3.2 celmembraan ......................................................................................................................... 16
2.3.3 cytoplasma ............................................................................................................................. 16
2.3.4 celorganellen ............................................................................................................................... 16
2.4 structuur – morfologie ................................................................................................................... 16
2.4.1 morfologie van gisten en schimmels .................................................................................... 16
2.4.2 dimorfisme ............................................................................................................................. 17
1
, 2.5 vermenigvuldiging bij fungi ........................................................................................................... 18
2.5.1 ongeslachtelijke sporulatie ................................................................................................... 18
2.5.2 geslachtelijke sporulatie .............................................................................................................. 21
2.6 pathogene fungi .................................................................................................................................. 23
2.6.1 soorten mycosen .......................................................................................................................... 23
2.6.2 mycotoxicosen ............................................................................................................................. 25
3. bacteriologie ............................................................................................................................................. 26
3.1 doelstellingen ...................................................................................................................................... 26
3.2 inleiding .............................................................................................................................................. 26
3.2.1 algemene kenmerken................................................................................................................... 26
3.2.2 waarom is bacteriologie belangrijk? .......................................................................................... 26
3.2.3 labodiagnostiek ........................................................................................................................... 27
3.3 structuur – morfologie ....................................................................................................................... 27
3.3.1 bolvormige cellen of kokken ....................................................................................................... 27
3.3.2 cilindrische cellen ........................................................................................................................ 29
3.4 cytologie (bacteriologie) ....................................................................................................................30
3.4.1 algemene structuur ......................................................................................................................30
3.4.2 specifieke structuur ..................................................................................................................... 35
3.5 voortplanting en groeicurve ...............................................................................................................38
3.5.1 voeding .........................................................................................................................................38
3.5.1.3 indeling op basis van voedingsvereisten .................................................................................38
3.5.1.4 metabolisme ..............................................................................................................................38
3.5.1.5 voedingsbodems .......................................................................................................................38
3.5.2 groeibehoeften ............................................................................................................................. 39
3.5.3 deling en groeicurve .................................................................................................................... 41
3.5.4 het tellen van bacteriële cellen ................................................................................................... 42
3.6 metabolisme ....................................................................................................................................... 44
3.7 variaties en mutaties .......................................................................................................................... 45
3.7.1 mutaties ........................................................................................................................................ 45
3.7.2 variaties ........................................................................................................................................ 46
3.8 uitwisseling van genetische informatie ............................................................................................. 46
3.8.1 conjugatie ..................................................................................................................................... 47
3.8.2 transformatie ...............................................................................................................................48
3.8.3 transductie ................................................................................................................................... 49
3.8.4 transpositie .................................................................................................................................. 50
3.9 genetic enineering .............................................................................................................................. 50
3.9.1 bereiden van geneesmiddelen ..................................................................................................... 50
3.9.2 transformatie van planten .......................................................................................................... 52
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,4. virologie .................................................................................................................................................... 53
4.1 doelstellingen ...................................................................................................................................... 53
4.2 inleiding .............................................................................................................................................. 53
4.2.1 geschiedenis ................................................................................................................................. 53
4.2.2 wat is een virus? .......................................................................................................................... 54
4.3 morfologie-structuur.......................................................................................................................... 54
4.3.1 morfologie .................................................................................................................................... 54
4.4 nomenclatuur ..................................................................................................................................... 56
4.5 infectie ................................................................................................................................................ 56
4.5.1 bacteriofagen van T-type ............................................................................................................. 56
4.5.2 detectie en kwantificatie van fagen ............................................................................................ 58
4.5.3 dierlijke virussen ......................................................................................................................... 58
4.5.4 detectie virale infecties bij de mens ........................................................................................... 59
4.5.5 antivirale geneesmiddelen .......................................................................................................... 59
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, 1. INLEIDING
1.1 DEFINIËRING MICROBIOLOGIE
= deel van biologie die micro-organismen bestudeert
• Micro-organismen: niet waarneembaar met het blote oog, microscopische afmeting
• -> soms zichtbaar onder de vorm van een kolonie of smeer (vaste voedingsbodem) of troebele
bouillon (vloeibare voedingsbodem)
In een laboratorium = aangekochte stammen met micro-organismen = American Type Culture
Collection
-> soms ook een ‘wild type’ uit een waterstaal, bloedstaal…
Verschillende domeinen microbiologie
1. Klinische microbiologie: een pathogeen micro-organisme identificeren in een patiëntenstaal
en gevoeligheid ten opzichte van antibiotica bepalen
2. Milieumicrobiologie: kwaliteit van water controleren op aanwezigheid van micro-organismen
3. Voedingsmicrobiologie: voedingswaarden testen op aanwezigheid van micro-organismen die
verantwoordelijk kunnen zijn voor infecties of voedselvergiftigingen
4. Onderzoekslabo’s: met micro-organismen werken om ze genetisch te manipuleren of typeren
1.2 DOELSTELLINGEN
1.3 PLAATS VAN HET MICRO-ORGANISME IN DE NATUUR
1.3.1 PROTISTA
= ééncelligen of meercellige organismen zonder gedifferentieerde weefsels
• Basis van micro-organisme = cel met DNA, RNA, proteïnen, lipiden
1.3.2 HET 3RIJKENSYSTEEM
Ernst Haeckel: indeling op basis van microscopische en macroscopische kenmerken
1. Planten: fotosynthese, grote uitwendige oppervlakte, celwand, geen actieve beweging
2. Dieren: intestinale tractus, grote inwendige oppervlakte, geen celwand, actieve beweging
3. Protista: bacteriën, schimmels/gisten, wieren, ééncelligen dieren (protozoa)
1.3.3 DE 2DOMEINEN
1. Prokaryoten: oudste cel, primitief, geen celkern (DNA los in cel), geen celorganellen (wel
ribosomen), voortplanting door amitose (dwarse deling)
2. Eukaryoten: celkern met chromosomen, bezit celorganellen, voorplanting door mitose of
meiose
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