Samenvatting algemene biochemie H4 eiwit-eiwit en eiwit-ligandinteracties

Eiwit-eiwit en eiwit-ligandinteracties



1. Inleiding
Eiwitten of proteïne spelen cruciale rol in biologische processen

Functies:

- Enzymatische katalyse
o Alle moleculaire omzetting worden gestuurd door enzymen
- Transport en stockering
o Transport van moleculen/ionen naar andere cellen of organen
- Gecoördineerde beweging
o Beweging van 2 biomoleculen tegenover elkaar
o Bv: spiercontractie komt door beweging van actine- en
myosinefilamenten
- Fysische/mechanische steun:
o Belangrijke structurele componenten van cellen
o Bv: collageenvezelfs
 Uitvoeren van deze functies vereist samenwerking van eiwitten
onderling, met andere biomoleculen of kleine moleculen

Eiwit-eiwitcomplexen: verschillende of gelijkaardige eiwitten die met
elkaar associëren, gebaseerd op moleculaire herkenning via zwakke
krachten

Eiwit-ligandcomplexen: interactie van eiwitten met kleinere moleculen
(analoog aan eiwit-eiwitcomplex)

Contactplaats op een eiwit voor een 2de eiwit ligt op het oppervlak

 Complementair van vorm
 Polair karakter

2 eiwitten kunnen elkaar ook contacteren via meerdere
contactoppervlakken

 Sterkere of beter controleerbare interactie

Anderzijds zijn hebben sommige eiwitten een scaffold functie:

 Fungeren als bouwsteiger
 Verschillende eiwitten kunnen zich eraan vasthechten met vorming
van een multi-eiwitcomplex

, De bindingplaats voor een ligand op een eiwit kan in een ‘depressie’ liggen
of ter hoogte van een ‘potrusie’

In vele gevallen is het ligand gebonden in een diepe groeve of een diepe
holte (pocket) op het oppervlak

Het ligand kan zelfs in een holte in het binnenste van het opgevouwen
eiwit (cavity) aanwezig zijn

 Het ligand is in een intern micromilieu

Eiwit-eiwitinteracties en eiwit-ligandinteracties vormen de structurele basis
van eiwitfuncties en de controle van deze eiwitfuncties. Ze zijn essentieel
voor de werking van cellen, weefsels en organismen




2. Eigenschappen van eiwit-eiwit en
eiwit-ligandcomplexen
- Heteromeer: eiwitcomplex bestaande uit verschillende eiwitten
- Homomeer: eiwitcomplex bestaande uit dezelfde eiwitten
 Hoeveel eiwitten wordt aangeduid door latijns voorvoegsel

Eigenschappen van eiwitcomplexen:

- Samenstelling:
o 2 tot 100-den eiwitten vormen samen een niet-covalent
complex
- Tijdsduur van complexvorming:
o Sommige zijn blijvend en dus stabiel
o Sommige zijn niet-blijvend en dus dynamisch
- Sterkte van de associatie of binding of interactie
o Wordt bepaalt door:
 Grootte contactoppervlak
 Aard van de niet-covalente aantrekkingen tussen de
bindingspartners
 Aantal van de niet-covalente aantrekkingen tussen de
bindingspartners