7.1 Taxonomie
Taxonomie = wetenschappen die zich bezighoudt met de classificatie, nomenclauurr羠 (naamgeving)
en identificatie van de levende organismen.
Bij bacetriën niet evident :
- planten zich meestal asexueel voort
- zijn niet soortgebonden
M.b.v: biochemische, fysiologische en ecologische kenmerken
Tegenwoordig: op basis van evoluteve verwantschap (sysuuematiek) à fylogenetische
ve羠wanuuschap (tot hoeverre deze bacteriën evolutef verwant zijn)
Soo羠uunaam
Binomiale nomenclauurr羠 = elke biologische soort krijgt een naam die uit 2 soorten bestaat.
- Genrs + species
- Altjd in cursief en 1ste leter van de genusnaam: hoofdleter en 1 ste leter van de specienaam: klein
leters Vb: Escherichia (genusnaam) coli(specienaam) à E.coli
- Zegt iets over fysiologische, morfologische en ecologische kenmerken van een organism
Nieuwe bacterie à isolate à onderzoek à bij voldoende verschil à apart species of zelfs genus
à aan isolaauu: nieuwe naam voorgesteld en reincultuur aan ATCC (= cultuurcollecte waarbij alle
gekende stammen bewaard worden)
Va羠iatie binnen species(
Biouuype (ve羠iëuueiuuen):
o variate in biochemische eigenschappen
Se羠ouuype (se羠ova羠os):
o variate in antgenen (bloadtype)
Faaguuype羠ing:
o Bacteriofaagtype alleen zeer specifeke stammen binnen een soort aantasten
7.2 Classificatiesysuuemen
Biologische classificatie
= klassieke manier
à hiërarchisch systeem (door Linneaus):
1. Orde vb.: Eubacteriales
2. Familie vb.: Enterobacteriaceae
3. Genus vb.: Escherichia
4. Species vb.: Escherichia coli
1 en 2: onderscheid op basis van mo羠fologische eigenschappen( vorm, gramkleuring, aanw. v
flagellen,…
3 & 4: onderscheid op basis van meuuabole eigenschappen: fermentates, enzymreactes,…
àUit moleculaire studies: fysiologische en morfologische kenmerken erg zwak om het basis van
fylogenetsche verwantschap
Oplossing: mac羠omolecrlai羠e meuuhoden
Mac羠omolecrlen
Groei moleculaire biologie à nieuwe inzichten van karakterisering
Grote impact op klassieke taxonomie!
Welke molecrlen?
, - Eiwiten
- Veten en vetzuren
- DNA!
1. Eiwiuupauu羠oon
= Belangrijk aandeel in cel (50%)
à Grote verscheidenheid
= afhankelijk v kweekomsuuandigheden
Onde羠zoek(
1. Eiwiten spliuusen m.b.v. detergent
2. Subeenheden scheiden m.b.v. gelelecuu羠ofo羠ese
3. Pauu羠oon specifiek voor een bacterie
4. Identificatie
Belangrijk: gestandaardiseerde kweekomstandigheden
1. Veuuzrr羠pauu羠oon
Vetzuursamenstelling cel à specifek per stam
= Afhankelijk van kweekomsuuandigheden
m.b.v. gasch羠omauuog羠afie
= snel, betrouwbaar & geautomatseerd en grote databanken als refrente beschikbaar
2. Signauur羠e lipid bioma羠ke羠s (SLBs)
Sommige groepen bacteriën bevaten zeer specifieke SLB’s(
Vb: steroïden, diglyceriden, triglyceriden, ademhalingsquininen, lipopolysaccharide
hydroxyvetzuren, polyhydroxyalkanoaten en fosfolipiden veuuzr羠en (PFLA)
PFLA à vaak gebruikt: voor de identfcate van stammen en detecte van levende organismen in
milieumonsters.
Maldi-uuof
= Matrix Assisted Laser Desorpton/Ionisaton -Time-Of-Flight analyzer
Analyse eiwiten, peptiden en polyme羠en
1. Kolonie op een plaatje en behandeld met matrix
2. Kristallisate
3. Bestraling met laser (desorpte +ionisate)
4. Massaspectrometer: bepaling massa
5. Vergelijking met bekende profelen
6. Identfcate
DNA-onderzoek
= onafhankelijk van milier-omsuuandigheden
Ve羠schillende analysemeuuhoden(
G+C gehalte DNA
Hybridisate
Seqentebepaling DNA
1. G + C gehaluue analyse
G≡C ↔ A=T
à G ≡ C hangt sterker aaneen (meer temperatuur nodig om deze los te maken)
Co羠羠elaties uurssen bacuue羠iën(
Taxonomie = wetenschappen die zich bezighoudt met de classificatie, nomenclauurr羠 (naamgeving)
en identificatie van de levende organismen.
Bij bacetriën niet evident :
- planten zich meestal asexueel voort
- zijn niet soortgebonden
M.b.v: biochemische, fysiologische en ecologische kenmerken
Tegenwoordig: op basis van evoluteve verwantschap (sysuuematiek) à fylogenetische
ve羠wanuuschap (tot hoeverre deze bacteriën evolutef verwant zijn)
Soo羠uunaam
Binomiale nomenclauurr羠 = elke biologische soort krijgt een naam die uit 2 soorten bestaat.
- Genrs + species
- Altjd in cursief en 1ste leter van de genusnaam: hoofdleter en 1 ste leter van de specienaam: klein
leters Vb: Escherichia (genusnaam) coli(specienaam) à E.coli
- Zegt iets over fysiologische, morfologische en ecologische kenmerken van een organism
Nieuwe bacterie à isolate à onderzoek à bij voldoende verschil à apart species of zelfs genus
à aan isolaauu: nieuwe naam voorgesteld en reincultuur aan ATCC (= cultuurcollecte waarbij alle
gekende stammen bewaard worden)
Va羠iatie binnen species(
Biouuype (ve羠iëuueiuuen):
o variate in biochemische eigenschappen
Se羠ouuype (se羠ova羠os):
o variate in antgenen (bloadtype)
Faaguuype羠ing:
o Bacteriofaagtype alleen zeer specifeke stammen binnen een soort aantasten
7.2 Classificatiesysuuemen
Biologische classificatie
= klassieke manier
à hiërarchisch systeem (door Linneaus):
1. Orde vb.: Eubacteriales
2. Familie vb.: Enterobacteriaceae
3. Genus vb.: Escherichia
4. Species vb.: Escherichia coli
1 en 2: onderscheid op basis van mo羠fologische eigenschappen( vorm, gramkleuring, aanw. v
flagellen,…
3 & 4: onderscheid op basis van meuuabole eigenschappen: fermentates, enzymreactes,…
àUit moleculaire studies: fysiologische en morfologische kenmerken erg zwak om het basis van
fylogenetsche verwantschap
Oplossing: mac羠omolecrlai羠e meuuhoden
Mac羠omolecrlen
Groei moleculaire biologie à nieuwe inzichten van karakterisering
Grote impact op klassieke taxonomie!
Welke molecrlen?
, - Eiwiten
- Veten en vetzuren
- DNA!
1. Eiwiuupauu羠oon
= Belangrijk aandeel in cel (50%)
à Grote verscheidenheid
= afhankelijk v kweekomsuuandigheden
Onde羠zoek(
1. Eiwiten spliuusen m.b.v. detergent
2. Subeenheden scheiden m.b.v. gelelecuu羠ofo羠ese
3. Pauu羠oon specifiek voor een bacterie
4. Identificatie
Belangrijk: gestandaardiseerde kweekomstandigheden
1. Veuuzrr羠pauu羠oon
Vetzuursamenstelling cel à specifek per stam
= Afhankelijk van kweekomsuuandigheden
m.b.v. gasch羠omauuog羠afie
= snel, betrouwbaar & geautomatseerd en grote databanken als refrente beschikbaar
2. Signauur羠e lipid bioma羠ke羠s (SLBs)
Sommige groepen bacteriën bevaten zeer specifieke SLB’s(
Vb: steroïden, diglyceriden, triglyceriden, ademhalingsquininen, lipopolysaccharide
hydroxyvetzuren, polyhydroxyalkanoaten en fosfolipiden veuuzr羠en (PFLA)
PFLA à vaak gebruikt: voor de identfcate van stammen en detecte van levende organismen in
milieumonsters.
Maldi-uuof
= Matrix Assisted Laser Desorpton/Ionisaton -Time-Of-Flight analyzer
Analyse eiwiten, peptiden en polyme羠en
1. Kolonie op een plaatje en behandeld met matrix
2. Kristallisate
3. Bestraling met laser (desorpte +ionisate)
4. Massaspectrometer: bepaling massa
5. Vergelijking met bekende profelen
6. Identfcate
DNA-onderzoek
= onafhankelijk van milier-omsuuandigheden
Ve羠schillende analysemeuuhoden(
G+C gehalte DNA
Hybridisate
Seqentebepaling DNA
1. G + C gehaluue analyse
G≡C ↔ A=T
à G ≡ C hangt sterker aaneen (meer temperatuur nodig om deze los te maken)
Co羠羠elaties uurssen bacuue羠iën(
