Samenvatting 7 Taxonomie van bacterien

Hoofdstuk 7: Taxonomie van bacterien

7.1 Taxonomie
7.1.1 Soort

 Wetenschap die zich bezig houdt met classificatie, nomenclatuur en
identificatie van levende organisen
 Bij eukaryoten  soorten gedefinieerd als groep verwante organisemen die
onderling kruisen
 Bij bactieren  geen frequente sexuele voortplanting (conjugatie) ivm
asexuele celdeling + is niet soortgebonden
o Elke soort volledig gekarateriseerd (fenotype en genotype)  zelfs
fenotypen fragmentarisch beschreven + genotypisch onvoledig
o Extreme eenvoed in structuur  taxonomisch te weinig variatie
 Dus mbv : biochemische, fysiologische en ecologische kenmerken
 Tegenwoordig: evolutieve verwantschappen  fylogenetische verwantschap =
systematiek

7.1.2 Soortnaam

 Binomiale nomenclatuur
o 1e woord : genus = taxonomische groep of onmiddellijk hogere orde of
geslacht
o 2e woord : species = specifieke soort binnen geslacht
o Vb: Escherichia coli : E.coli  altijd Cursief!
o Latijnse- of griekse afgeleiden van beschrijvende kenmerken van
soorten
o Soortnamen zeggen iets over morfologische en
fysiclogische/economische kenmerken
 Nieuwe bacterie  onderzoek  bij voldoende verschil  apart species of zelfs
genus
 Beschrijving van isolaat + voorgestelde naam gepubliceerd  reincultuur
bezorgd aan erkende cultuurcollectie : ATCC : American Type Culture
Collection
 Biotypen / varieteiten = afwijken in belangrijke eigenschappen
o Serotypen / serovars = alleen verschillende antigenen ( aangetoond
met antiserum)
 Faagtypering = nog fijnere verschillen waarnemen = bepaald
bacteriofaagtype zeer specifieke stammen binnen een soort aantasten

7.2 Classificatiesystemen
7.2.1 Biologische classificatie
 In eerste instantie ingedeeld in hierarchisch systeem (Linneaus)
 Soorten / species : kleinste hierarchische eenheid  Geslacht / genus  stam (
-eae)  Familie ( -aceae)  orde (-ales)
 Hogere taxa (Orde, Familie) onderscheiden naar morfologische eigenschappen
( vorm, gramkleuring , aanwezigheid van Flagellen)
 Geslachten en soorten onderscheiden op basis van metabole eigenschappen (
fermentaties, enzymreacties,…)

1

,  Morfologie en fusiologie : zwakke indicatoren om fylogenetische verwantschap
op te baseren  ookal is het anders om ingeburgerd
7.2.2 Numerische classificatie
 Vereenvoudigde versie concentionele bacteriele taxonomie
(Adanson)  nadelen vermijden
 Alle eigenschappen evenveel van belang
 Op basis van gelijkaardige (fenotypische) eigenschappen:
 Aantal gemeenschappelijke eigenschappen tov aantal
onderzochte eigenschappen
 Voor elk paar organismen gelijkenisindex bepalen + uitzetten in
dendogram
 Objectieve en stabiele basis voor constructie van taxonomische
groepen + toelaten objectieve vergelijking toekomstige isolaten
 Systeem bruikbaar voor classificatie en identificatie maar NIET
als fylogenetisch instrument
7.2.3 Macromoleculaire methoden

Groei moleculaire biologie  nieuwe inzichten  vooral over genotypische
eigenschappen  Grote impact op bacteriele taxonomie
7.2.4 DNA-onderzoek
 Groot voordeel : cellen rechtstreeks op DNA niveau detecteren  niet
afhankelijk van milieuinvloeden op gen expressie
 Verschillende technieken
7.2.4.1 G + C gehalte bepaling
 Stijging T: dsDNA  ssDNA (hogere absorbantie bij
260nm!)
 smelttemperatuur (Tm): T waarbij de helft van dsDNA 
ssDNA
 Mag zeker niet als enige criterium gebruikt worden om
verwantschap aan te tonen!
 Varieert van 24-76 %
 Bepaald voor groot aantal bacterien :
o Sterk gelijkende fenotypen  Gelijkende DNA samenstelling
o Organismen kunnen identieke DNA samenstelling en verder niet
verwant zijn
 Enkel gebruikt om NIET VERWANDSCHAP aan te duiden
7.2.4.2 Restrictie-fragment-lengte polymorfisme (RFLP)
 Probleem expressie-afhankelijke parameters  oplossing rechtstreeks op DNA
karakteriseren
 Maken van restrictiepatroon mbv endonucleasen = restrictie-enzymen  DNA
knippen




2