HOOFDSTUK 16 : FROM RNA TO PROTEINS :
TRANSLATION
1. The flow of information from DNA to proteins …
1.1. … Involves Passing from a 4-Letter Code to a 20-Letter Code
Zie vorige hoofdstuk (Central dogma of molecular biology)
2. The rules for translation are conserved
2.1. Translation Consists of Three Phases
2.2. The Genetic Code Bridges the 4-Letter and 20-Letter Alphabets
We know the sequence of nucleotides in nucleic acids encodes the sequence of amino acids in
proteins, but how would this work…?
Optie 1: een enkele nucleotide codeert voor een enkel aminozuur
- aantal gecodeerde aminozuren gegeven door 4 1 = 4
- lijkt niet helemaal juist...
Optie 2: een paar nucleotiden codeert voor een enkel aminozuur.
- aantal gecodeerde aminozuren gegeven door 42 = 16
- dichtbij maar niet goed genoeg...
Optie 3: een triplet van nucleotiden codeert voor een enkel aminozuur
, - aantal gecodeerde aminozuren gegeven door 43 = 64
What can we say about the genetic code?
Een triplet van nucleotiden die een aminozuur codeert wordt een codon genoemd
Meerdere codons coderen hetzelfde aminozuur; de genetische code is gedegenereerd
Zelfde fysicochemische eigenschappen : bv leucine en isoleucine
De genetische code bevat één startcodon (AUG) en drie stopcodons (UAA, UAG, UGA).
De genetische code is standaard en quasi universeel(uitzonderingen bestaan); versterkt het
idee van LUCA.
Er bestaat een organisme-afhankelijke codon bias
Het startcodon bepaalt het leesraam.
De codons worden achtereenvolgens gelezen, zonder elkaar te overlappen.
De stopcodons geven het einde van het gesynthetiseerde eiwit aan
Een leesraam dat begint met een startcodon en een aanzienlijk aantal codons bevat voordat
een stopcodon wordt een open leesraam genoemd
Elke sequentie bevat drie leesramen, maar slechts één heeft zin
2.3. Deciphering the Genetic Code Requires Specific Adaptor
Molecules
Hypothese voor een adaptor molecuul om een codon en een passend aminozuur voor het
eerst voorgesteld door Francis Crick
De identiteit van de aanpassingsmolecule bleek later tRNA
All tRNA molecules have a common molecular design
Elk is een enkele keten bestaande uit 73 tot 93 ribonucleotiden (~25 kDa).
tRNA's bevatten veel ongebruikelijke basen, ongeveer 7 tot 15 per molecuul; essentieel voor
vouwing en functie (interactie met ribosoom)
De enkele streng RNA vouwt zich op tot een nauwkeurige L-vormige driedimensionale
structuur.
- aminozuurarm: ook wel "acceptorstam" genoemd. Bevat een geconserveerde CCA-3'
sequentie waaraan een specifiek aminozuur covalent is gekoppeld gekoppeld
- TψC arm: gebied met ribothymidine (T), pseudouracil (ψ) en cytosine (C).
- D-arm: gebied dat dihydrouracil (D) bevat
- anticodon-arm: bevat het anticodon (nucleotidetriplet complementair aan een codon op
het mRNA)
TRANSLATION
1. The flow of information from DNA to proteins …
1.1. … Involves Passing from a 4-Letter Code to a 20-Letter Code
Zie vorige hoofdstuk (Central dogma of molecular biology)
2. The rules for translation are conserved
2.1. Translation Consists of Three Phases
2.2. The Genetic Code Bridges the 4-Letter and 20-Letter Alphabets
We know the sequence of nucleotides in nucleic acids encodes the sequence of amino acids in
proteins, but how would this work…?
Optie 1: een enkele nucleotide codeert voor een enkel aminozuur
- aantal gecodeerde aminozuren gegeven door 4 1 = 4
- lijkt niet helemaal juist...
Optie 2: een paar nucleotiden codeert voor een enkel aminozuur.
- aantal gecodeerde aminozuren gegeven door 42 = 16
- dichtbij maar niet goed genoeg...
Optie 3: een triplet van nucleotiden codeert voor een enkel aminozuur
, - aantal gecodeerde aminozuren gegeven door 43 = 64
What can we say about the genetic code?
Een triplet van nucleotiden die een aminozuur codeert wordt een codon genoemd
Meerdere codons coderen hetzelfde aminozuur; de genetische code is gedegenereerd
Zelfde fysicochemische eigenschappen : bv leucine en isoleucine
De genetische code bevat één startcodon (AUG) en drie stopcodons (UAA, UAG, UGA).
De genetische code is standaard en quasi universeel(uitzonderingen bestaan); versterkt het
idee van LUCA.
Er bestaat een organisme-afhankelijke codon bias
Het startcodon bepaalt het leesraam.
De codons worden achtereenvolgens gelezen, zonder elkaar te overlappen.
De stopcodons geven het einde van het gesynthetiseerde eiwit aan
Een leesraam dat begint met een startcodon en een aanzienlijk aantal codons bevat voordat
een stopcodon wordt een open leesraam genoemd
Elke sequentie bevat drie leesramen, maar slechts één heeft zin
2.3. Deciphering the Genetic Code Requires Specific Adaptor
Molecules
Hypothese voor een adaptor molecuul om een codon en een passend aminozuur voor het
eerst voorgesteld door Francis Crick
De identiteit van de aanpassingsmolecule bleek later tRNA
All tRNA molecules have a common molecular design
Elk is een enkele keten bestaande uit 73 tot 93 ribonucleotiden (~25 kDa).
tRNA's bevatten veel ongebruikelijke basen, ongeveer 7 tot 15 per molecuul; essentieel voor
vouwing en functie (interactie met ribosoom)
De enkele streng RNA vouwt zich op tot een nauwkeurige L-vormige driedimensionale
structuur.
- aminozuurarm: ook wel "acceptorstam" genoemd. Bevat een geconserveerde CCA-3'
sequentie waaraan een specifiek aminozuur covalent is gekoppeld gekoppeld
- TψC arm: gebied met ribothymidine (T), pseudouracil (ψ) en cytosine (C).
- D-arm: gebied dat dihydrouracil (D) bevat
- anticodon-arm: bevat het anticodon (nucleotidetriplet complementair aan een codon op
het mRNA)
