Inhoudsopgave
Hoofdstuk 1 - history of microbiology ....................................................................................................................................... 3
1. Anton Van Leeuwenhoek ............................................................................................................................................................ 3
2. Germ theory of disease............................................................................................................................................................... 3
3. Modern microbiology ................................................................................................................................................................. 5
Hoofdstuk 2 - characteristics of prokaryotic cells ...................................................................................................................... 6
1. Prokaryoten <-> eukaryoten - niet voor examen ........................................................................................................................ 6
2. Shape and arrangement ............................................................................................................................................................. 6
3. An overview of structure ............................................................................................................................................................ 6
4. Celwand ...................................................................................................................................................................................... 6
5. Soorten bacteriën ....................................................................................................................................................................... 7
6. Celmembraan ........................................................................................................................................................................... 11
7. Intere structuren (minder belangrijk voor examen) ................................................................................................................. 12
8. Endosporen ............................................................................................................................................................................... 13
9. Externe structuren - EXAMEN ................................................................................................................................................... 14
10. Biofilms ................................................................................................................................................................................... 16
Hoofdstuk 3 - concepts of metabolism ................................................................................................................................... 22
1. Een overzicht ............................................................................................................................................................................ 22
2. Anaeroob metabolisme ............................................................................................................................................................ 22
3. Aeroob metabolisme ................................................................................................................................................................ 23
4. Metabolisme ............................................................................................................................................................................ 23
Hoofdstuk 4 - growth and culturing of bacteria ...................................................................................................................... 24
1. Groei en celdeling ..................................................................................................................................................................... 24
2. Meten van bacteriële groei ...................................................................................................................................................... 25
3. Fysische factoren die de groei beïnvloeden .............................................................................................................................. 26
4. Nutritionele factoren die groei beïnvloeden ............................................................................................................................. 29
5. Kweken van bacteriën .............................................................................................................................................................. 29
Hoofdstuk 5 - microbial genetics ............................................................................................................................................ 31
1. Structuur van DNA en RNA ....................................................................................................................................................... 31
2. DNA replicatie in prokaryoten .................................................................................................................................................. 31
3. Eiwitsynthese ............................................................................................................................................................................ 31
4. Mutaties ................................................................................................................................................................................... 31
5. Mutagenen ............................................................................................................................................................................... 32
6. Geneesmiddelenontwikkeling .................................................................................................................................................. 34
7. Ames test - examen .................................................................................................................................................................. 35
Hoofdstuk 6 - an introduction to taxonomy ............................................................................................................................ 37
1. Microbiële fylogenie ................................................................................................................................................................. 37
2. 3 domeinen classificatiesysteem .............................................................................................................................................. 37
1
, 3. Taxonomie ................................................................................................................................................................................ 37
4. Phylum Firmicutes (laag G+C) – Gram positief ......................................................................................................................... 38
5. Phylum Actinobacteria (hoog G+C) – Gram positief ................................................................................................................. 43
6. Phylum Proteobacteria – Gram negatief .................................................................................................................................. 44
7. Phylum Chlamydiae – Gramnegatief ........................................................................................................................................ 48
8. Phylum spirochaetes – Gramnegatief ...................................................................................................................................... 49
9. Phylum Bacteroidetes – Gramnegatief..................................................................................................................................... 49
Hoofdstuk 7 - mycology .......................................................................................................................................................... 50
1. Algemene karakteristieken ....................................................................................................................................................... 50
2. Algemene structuur van de fungi ............................................................................................................................................. 50
3. Subcellulaire structuur .............................................................................................................................................................. 51
4. Levenscyclus ............................................................................................................................................................................. 52
5. Isolatie van fungi ...................................................................................................................................................................... 52
6. Gerelateerde ziekten ................................................................................................................................................................ 53
Hoofdstuk 8 - host-microbe relationships ............................................................................................................................... 55
1. host-microbe relationships ....................................................................................................................................................... 55
2. Definities................................................................................................................................................................................... 56
3. Potentiële functies van inheemse microbiota........................................................................................................................... 56
4. Host-microbe relationships....................................................................................................................................................... 57
5. Fecale microbiota transplantatie ............................................................................................................................................. 60
6. Het ziekteproces ....................................................................................................................................................................... 60
Bijlagen bacteriologie ............................................................................................................................................................. 63
Hoofdstuk 9 - antimicrobial therapy ....................................................................................................................................... 66
1. Geschiedenis ............................................................................................................................................................................. 66
2. Antibiotica die peptidoglycaan assemblage en integriteit blokkeren....................................................................................... 66
3. Antibiotica die de membraan integriteit verstoren .................................................................................................................. 73
4. Antibiotica die de proteïne synhese blokkeren ......................................................................................................................... 74
5. Antibiotica die DNA of RNA synthese inhiberen ....................................................................................................................... 77
6. Antibiotica die folaat synthese inhiberen ................................................................................................................................. 78
7. Meten van antibacteriële activiteit .......................................................................................................................................... 78
8. Antibiotica resistentie............................................................................................................................................................... 79
9. Farma-industrie ........................................................................................................................................................................ 80
10. Antifungals ............................................................................................................................................................................. 80
Hoofdstuk 1 - parasitaire ziekten en zoöses ............................................................................................................................ 82
1. Wereldwijde gezondheidssituatie ............................................................................................................................................ 82
2. Definitie .................................................................................................................................................................................... 82
3. Pathogenese ............................................................................................................................................................................. 83
4. Parasietinfecties in mensen ...................................................................................................................................................... 84
Bijlagen parasitologie ............................................................................................................................................................. 98
2
,Bacteriologie
Hoofdstuk 1 - history of microbiology
1. Anton Van Leeuwenhoek
Uitvinder microscoop: lens + 2 schroeven à helder beeld maken.
Hij heeft amoebes en staphylococcus (genus)(bolletjes) gezien à tekeningen van gemaakt.
2. Germ theory of disease
Aritotle
Er bestaat seksuele reproductie, aseksuele reproductie en spontane generatie (abiogenesis).
à Spontane generatie = alles wat er niet door (a)seksuele reproductie verklaard kan worden.
Francesco Redi
Experiment met 3 biefstukken in potten: kijken of de spontane generatie bestaat.
1 pot open, 1 dicht en 1 met een gaasje.
1) Open pot: er komen vliegen en maden à komen de maden spontaan?
2) Dicht pot: geen maden.
3) Pot met een gaasje over: maden lagen op het gaasje.
à Hij werd nog niet echt geloofd.
Lazzaro Spallanzani
Nam een fles en deed daar een bouillon infuus in à koken à sluiten.
• Koken: kiemen zijn dood gegaan en als we het sluiten is er dus geen groei.
• Opendoen: er komt lucht aan à wel groei.
à Spontaan groeit er dus niks in de bouillon.
Er komt altijd kritiek: als je het kookt doe je alle zuurstof weg en dus kan er geen spontaan leven ontstaan à men
geloofde dit experiment niet à namen nog steeds aan dat spontane generatie bestond.
Louis Pasteur
Zeer belangrijk!
Heeft de spontane generatie weerlegt aan de hand van een fles met een zwanenhals:
• Bol: bouillon opwarmen à kiemen zijn dood = steriel.
• Zuurstof aanwezig: lucht kan langs de buis binnen- en buitengaan.
• 18 maanden laten liggen à zag dat er veel stof aanwezig was in de eerste bocht à aan stof hangen micro-
organismen.
• Bewijzen dat de kiemen in het stof zitten: fles draaien à vloeistof in contact laten komen met de stof à
paar dagen zag men groei.
• Groei is troebel: heldere oplossing en als er bacteriën groeien wordt het troebel.
à Spontane generatie is weerlegt!
Fermentatie: pasteur onderzocht wijn en hij zag grote en kleine kiemen à er zijn bacteriën en gisten. Gisten zijn
groter dan bacteriën want ze zijn eukaryoot. Zijn de kiemen nodig? Welke zijn nodig voor de wijnsmaak en welke
voor de zure smaak?
• Exp 1: de druiven opwarmen à fles dicht doen à kan er spontaan een glas wijn gemaakt worden? Nee,
geen spontane fermentatie.
• Exp 2: gaat lucht wijn maken? Opwarmen, laten staan in zwanenhals à geen fermentatie, alcohol.
• Exp 3: druiven opwarmen à bacteriën bijdoen à rusten à zuur à glucose omgezet naar zuur.
• Exp 4: druiven opwarmen, gisten toevoegen en laten rusten à wijn, glucose omgezet naar ethanol.
Pasteurisatie: kort verwarmen à kiemen gaan dood à smaak blijft wel behouden. Pathogenen kiemen worden dus
gedood maar de rest van de voeding blijft wel hetzelfde.
3
, Vaccin: hij heeft een vaccin gemaakt tegen rabiës = hondsdolheid à veroorzaakt door het rabiës virus.
• Symptomen: schuim op de mond = patiënt sterft à ze kunnen geen water meer slikken en het speeksel
stapelt zich op.
Robert Koch
Cultuurmedium
Werken met pertriplaat met agar waarop je bacteriën kan laten groeien.
Medium met aardappelschijfjes à eerste cultuurmedium want heel suikerrijk.
Bacillus anthracis
Bacillus (genus) anthracis (species) = bacterie en kan omgezet worden tot endosporen.
• Inhalatie anthrax: anthrax poeder inademen à longontsteking à overlijden binnen 2-3 dagen.
• Cutaan anthrax: op vacht koe zitten sporen à stel landbouwer heeft een wonde: sporen in wonde à komen
binnen via de huid à goede ommgeving à terug bacteriën à geven blaasjes met typische zwarte korst.
Koch’s postulaten
150 jaar geleden: geen verband tussen bacteriën, schimmels, virussen, parasieten en ziekten àKoch heeft verband
aangetoond door de Koch’s postulaten = start medische microbiologie.
• Tuberculose door microbacterie tuberculosis: problemen aan de longen: hoesten (bloed) en heel mager.
Edward Jenner
Variola virus veroorzaakt smallpox à pokken bij mensen en ongeveer 10% sterft ervan.
Landbouwers die koeien melkten kregen ook wel pokken maar geen smallpox à beetje beschermd tegen humane
variant door in contact te komen met een koe die ook een pokkenvirus heeft (vaccinia virus) à ongevaarlijk voor de
mens.
Boerenmeisje was ongevoelig voor variola virus na infectie met vaccina virus à start vaccinatie à bij iemand
koepokken inkrabben à term vaccinatie. (Pasteur heeft dat ook gedaan voor rabies.)
Ignaz Semmelweis
Vroeger was kinderen krijgen levensgevaarlijk à kraamvrouwenkoorts: het was een kiem à 75% overlijden. De
dokter was op lijken bezig en de man kwam toen naar de vrouw die aan het bevallen was en die handen waren niet
gewassen.
Een arts die bezig was met de lijken had in zijn hand gesneden en kreeg dezelfde symptomen als de vrouw en dan
heeft hij gezegd dat het de arts is die de kiemen overbrengt. Maar de directeur vond het flauwekul. Met
hypochloorzuur (javel) handen wassen en het ging van 20% naar 1% overlijden à enorme daling van de mortaliteit.
Joseph Lister
Hij heeft dan met een ander soort zuur gebruikt voor te opereren à nu bv isobetadine.
Het is de start van antiseptische technieken en desinfectie of ontsmetting.
Paul Ehrlich
Was een chemicus en die heeft verschillende stoffen gemaakt.
Stof 606 had een activiteit tegen syfilis à veroorzaakt door kiem Treponema
Pallidum. Het is een SOA (bacteriële infectie). Men heeft de compound (stof 606)
gesynthetiseerd. De stof is symmetrisch en daarnaast As (arseen). Arseen is geen
goede stof, dus ofwel ging je dood van syfillis ofwel van het geneesmiddel à dus
geen goed antibioticum.
Magische kogel: dit geneesmiddel dood alleen de bacterie en doet niets aan de mens, maar dat was hier niet het
geval want er waren veel nevenwerkingen.
4
Hoofdstuk 1 - history of microbiology ....................................................................................................................................... 3
1. Anton Van Leeuwenhoek ............................................................................................................................................................ 3
2. Germ theory of disease............................................................................................................................................................... 3
3. Modern microbiology ................................................................................................................................................................. 5
Hoofdstuk 2 - characteristics of prokaryotic cells ...................................................................................................................... 6
1. Prokaryoten <-> eukaryoten - niet voor examen ........................................................................................................................ 6
2. Shape and arrangement ............................................................................................................................................................. 6
3. An overview of structure ............................................................................................................................................................ 6
4. Celwand ...................................................................................................................................................................................... 6
5. Soorten bacteriën ....................................................................................................................................................................... 7
6. Celmembraan ........................................................................................................................................................................... 11
7. Intere structuren (minder belangrijk voor examen) ................................................................................................................. 12
8. Endosporen ............................................................................................................................................................................... 13
9. Externe structuren - EXAMEN ................................................................................................................................................... 14
10. Biofilms ................................................................................................................................................................................... 16
Hoofdstuk 3 - concepts of metabolism ................................................................................................................................... 22
1. Een overzicht ............................................................................................................................................................................ 22
2. Anaeroob metabolisme ............................................................................................................................................................ 22
3. Aeroob metabolisme ................................................................................................................................................................ 23
4. Metabolisme ............................................................................................................................................................................ 23
Hoofdstuk 4 - growth and culturing of bacteria ...................................................................................................................... 24
1. Groei en celdeling ..................................................................................................................................................................... 24
2. Meten van bacteriële groei ...................................................................................................................................................... 25
3. Fysische factoren die de groei beïnvloeden .............................................................................................................................. 26
4. Nutritionele factoren die groei beïnvloeden ............................................................................................................................. 29
5. Kweken van bacteriën .............................................................................................................................................................. 29
Hoofdstuk 5 - microbial genetics ............................................................................................................................................ 31
1. Structuur van DNA en RNA ....................................................................................................................................................... 31
2. DNA replicatie in prokaryoten .................................................................................................................................................. 31
3. Eiwitsynthese ............................................................................................................................................................................ 31
4. Mutaties ................................................................................................................................................................................... 31
5. Mutagenen ............................................................................................................................................................................... 32
6. Geneesmiddelenontwikkeling .................................................................................................................................................. 34
7. Ames test - examen .................................................................................................................................................................. 35
Hoofdstuk 6 - an introduction to taxonomy ............................................................................................................................ 37
1. Microbiële fylogenie ................................................................................................................................................................. 37
2. 3 domeinen classificatiesysteem .............................................................................................................................................. 37
1
, 3. Taxonomie ................................................................................................................................................................................ 37
4. Phylum Firmicutes (laag G+C) – Gram positief ......................................................................................................................... 38
5. Phylum Actinobacteria (hoog G+C) – Gram positief ................................................................................................................. 43
6. Phylum Proteobacteria – Gram negatief .................................................................................................................................. 44
7. Phylum Chlamydiae – Gramnegatief ........................................................................................................................................ 48
8. Phylum spirochaetes – Gramnegatief ...................................................................................................................................... 49
9. Phylum Bacteroidetes – Gramnegatief..................................................................................................................................... 49
Hoofdstuk 7 - mycology .......................................................................................................................................................... 50
1. Algemene karakteristieken ....................................................................................................................................................... 50
2. Algemene structuur van de fungi ............................................................................................................................................. 50
3. Subcellulaire structuur .............................................................................................................................................................. 51
4. Levenscyclus ............................................................................................................................................................................. 52
5. Isolatie van fungi ...................................................................................................................................................................... 52
6. Gerelateerde ziekten ................................................................................................................................................................ 53
Hoofdstuk 8 - host-microbe relationships ............................................................................................................................... 55
1. host-microbe relationships ....................................................................................................................................................... 55
2. Definities................................................................................................................................................................................... 56
3. Potentiële functies van inheemse microbiota........................................................................................................................... 56
4. Host-microbe relationships....................................................................................................................................................... 57
5. Fecale microbiota transplantatie ............................................................................................................................................. 60
6. Het ziekteproces ....................................................................................................................................................................... 60
Bijlagen bacteriologie ............................................................................................................................................................. 63
Hoofdstuk 9 - antimicrobial therapy ....................................................................................................................................... 66
1. Geschiedenis ............................................................................................................................................................................. 66
2. Antibiotica die peptidoglycaan assemblage en integriteit blokkeren....................................................................................... 66
3. Antibiotica die de membraan integriteit verstoren .................................................................................................................. 73
4. Antibiotica die de proteïne synhese blokkeren ......................................................................................................................... 74
5. Antibiotica die DNA of RNA synthese inhiberen ....................................................................................................................... 77
6. Antibiotica die folaat synthese inhiberen ................................................................................................................................. 78
7. Meten van antibacteriële activiteit .......................................................................................................................................... 78
8. Antibiotica resistentie............................................................................................................................................................... 79
9. Farma-industrie ........................................................................................................................................................................ 80
10. Antifungals ............................................................................................................................................................................. 80
Hoofdstuk 1 - parasitaire ziekten en zoöses ............................................................................................................................ 82
1. Wereldwijde gezondheidssituatie ............................................................................................................................................ 82
2. Definitie .................................................................................................................................................................................... 82
3. Pathogenese ............................................................................................................................................................................. 83
4. Parasietinfecties in mensen ...................................................................................................................................................... 84
Bijlagen parasitologie ............................................................................................................................................................. 98
2
,Bacteriologie
Hoofdstuk 1 - history of microbiology
1. Anton Van Leeuwenhoek
Uitvinder microscoop: lens + 2 schroeven à helder beeld maken.
Hij heeft amoebes en staphylococcus (genus)(bolletjes) gezien à tekeningen van gemaakt.
2. Germ theory of disease
Aritotle
Er bestaat seksuele reproductie, aseksuele reproductie en spontane generatie (abiogenesis).
à Spontane generatie = alles wat er niet door (a)seksuele reproductie verklaard kan worden.
Francesco Redi
Experiment met 3 biefstukken in potten: kijken of de spontane generatie bestaat.
1 pot open, 1 dicht en 1 met een gaasje.
1) Open pot: er komen vliegen en maden à komen de maden spontaan?
2) Dicht pot: geen maden.
3) Pot met een gaasje over: maden lagen op het gaasje.
à Hij werd nog niet echt geloofd.
Lazzaro Spallanzani
Nam een fles en deed daar een bouillon infuus in à koken à sluiten.
• Koken: kiemen zijn dood gegaan en als we het sluiten is er dus geen groei.
• Opendoen: er komt lucht aan à wel groei.
à Spontaan groeit er dus niks in de bouillon.
Er komt altijd kritiek: als je het kookt doe je alle zuurstof weg en dus kan er geen spontaan leven ontstaan à men
geloofde dit experiment niet à namen nog steeds aan dat spontane generatie bestond.
Louis Pasteur
Zeer belangrijk!
Heeft de spontane generatie weerlegt aan de hand van een fles met een zwanenhals:
• Bol: bouillon opwarmen à kiemen zijn dood = steriel.
• Zuurstof aanwezig: lucht kan langs de buis binnen- en buitengaan.
• 18 maanden laten liggen à zag dat er veel stof aanwezig was in de eerste bocht à aan stof hangen micro-
organismen.
• Bewijzen dat de kiemen in het stof zitten: fles draaien à vloeistof in contact laten komen met de stof à
paar dagen zag men groei.
• Groei is troebel: heldere oplossing en als er bacteriën groeien wordt het troebel.
à Spontane generatie is weerlegt!
Fermentatie: pasteur onderzocht wijn en hij zag grote en kleine kiemen à er zijn bacteriën en gisten. Gisten zijn
groter dan bacteriën want ze zijn eukaryoot. Zijn de kiemen nodig? Welke zijn nodig voor de wijnsmaak en welke
voor de zure smaak?
• Exp 1: de druiven opwarmen à fles dicht doen à kan er spontaan een glas wijn gemaakt worden? Nee,
geen spontane fermentatie.
• Exp 2: gaat lucht wijn maken? Opwarmen, laten staan in zwanenhals à geen fermentatie, alcohol.
• Exp 3: druiven opwarmen à bacteriën bijdoen à rusten à zuur à glucose omgezet naar zuur.
• Exp 4: druiven opwarmen, gisten toevoegen en laten rusten à wijn, glucose omgezet naar ethanol.
Pasteurisatie: kort verwarmen à kiemen gaan dood à smaak blijft wel behouden. Pathogenen kiemen worden dus
gedood maar de rest van de voeding blijft wel hetzelfde.
3
, Vaccin: hij heeft een vaccin gemaakt tegen rabiës = hondsdolheid à veroorzaakt door het rabiës virus.
• Symptomen: schuim op de mond = patiënt sterft à ze kunnen geen water meer slikken en het speeksel
stapelt zich op.
Robert Koch
Cultuurmedium
Werken met pertriplaat met agar waarop je bacteriën kan laten groeien.
Medium met aardappelschijfjes à eerste cultuurmedium want heel suikerrijk.
Bacillus anthracis
Bacillus (genus) anthracis (species) = bacterie en kan omgezet worden tot endosporen.
• Inhalatie anthrax: anthrax poeder inademen à longontsteking à overlijden binnen 2-3 dagen.
• Cutaan anthrax: op vacht koe zitten sporen à stel landbouwer heeft een wonde: sporen in wonde à komen
binnen via de huid à goede ommgeving à terug bacteriën à geven blaasjes met typische zwarte korst.
Koch’s postulaten
150 jaar geleden: geen verband tussen bacteriën, schimmels, virussen, parasieten en ziekten àKoch heeft verband
aangetoond door de Koch’s postulaten = start medische microbiologie.
• Tuberculose door microbacterie tuberculosis: problemen aan de longen: hoesten (bloed) en heel mager.
Edward Jenner
Variola virus veroorzaakt smallpox à pokken bij mensen en ongeveer 10% sterft ervan.
Landbouwers die koeien melkten kregen ook wel pokken maar geen smallpox à beetje beschermd tegen humane
variant door in contact te komen met een koe die ook een pokkenvirus heeft (vaccinia virus) à ongevaarlijk voor de
mens.
Boerenmeisje was ongevoelig voor variola virus na infectie met vaccina virus à start vaccinatie à bij iemand
koepokken inkrabben à term vaccinatie. (Pasteur heeft dat ook gedaan voor rabies.)
Ignaz Semmelweis
Vroeger was kinderen krijgen levensgevaarlijk à kraamvrouwenkoorts: het was een kiem à 75% overlijden. De
dokter was op lijken bezig en de man kwam toen naar de vrouw die aan het bevallen was en die handen waren niet
gewassen.
Een arts die bezig was met de lijken had in zijn hand gesneden en kreeg dezelfde symptomen als de vrouw en dan
heeft hij gezegd dat het de arts is die de kiemen overbrengt. Maar de directeur vond het flauwekul. Met
hypochloorzuur (javel) handen wassen en het ging van 20% naar 1% overlijden à enorme daling van de mortaliteit.
Joseph Lister
Hij heeft dan met een ander soort zuur gebruikt voor te opereren à nu bv isobetadine.
Het is de start van antiseptische technieken en desinfectie of ontsmetting.
Paul Ehrlich
Was een chemicus en die heeft verschillende stoffen gemaakt.
Stof 606 had een activiteit tegen syfilis à veroorzaakt door kiem Treponema
Pallidum. Het is een SOA (bacteriële infectie). Men heeft de compound (stof 606)
gesynthetiseerd. De stof is symmetrisch en daarnaast As (arseen). Arseen is geen
goede stof, dus ofwel ging je dood van syfillis ofwel van het geneesmiddel à dus
geen goed antibioticum.
Magische kogel: dit geneesmiddel dood alleen de bacterie en doet niets aan de mens, maar dat was hier niet het
geval want er waren veel nevenwerkingen.
4
