Samenvatting Alle opgeloste examenvragen Gentechnologie

Depelseneer Maaike


Introductie : Prokaryoten

1. Wat is de gemiddelde grootte van eukaryote cellen, prokaryote cellen en virussen

- Eukaryote cellen:
o gistcellen → 10-50m
o plantencellen → 50-70m
o dierlijke cellen → 20- 70m
- prokaryote cellen:
o bacteriële cellen → 1-3m
- Virussen
o 50 – 100nm

2. Teken de algemene organisatie van de wand van Gram-positieve en Gram-negatieve
bacteriën met de namen van de verschillende componenten.




- Periplasma: tussen binnen en buitenmembraan

3. Waarom werd de bacterie Escherichia coli veel gebruikt voor genetische manipulatie ?

- Gram negatief
- Natuurlijke habitat = darmflora
- Veel karakteristieken in genetisch en biochemisch level
- Vele moleculaire tools
- Niet-pathogeen (uitz. EPEc, EHEC)
- Snelle groei (1 verdeling per 20 min)
- Genoom volledig gesequeneerd
- Goeie annotatie

4. Wat is peptidoglycaan, wat zijn zijn subeenheden en waar is het in de bacteriële wand ?

- Polysaccharide ketens gelinkt tot peptide ketens




1

,Depelseneer Maaike

- Samengesteld uit alternatieve beta(1→4) gelinkte N-acetylglucosamine en N-
acetylmuraminezuur.
- Crosslinks tussen de verschillende lagen worden gevormd door de AA bevestigd aan N-
acetylmuraminezuur
- Helpt bij de bescherming tegen extracellulaire omgeving en behouden van de vorm.




- Gram neg: kleine laag in het periplasma.

5. Wat is de lipopolysaccharide, wat zijn zijn subeenheden en waar is het in de bacteriële
wand ?

- Bestaande uit een lipide en een polysacharide bijeengehouden door een
covalente binding
- zorgt voor vormbehoud en bescherming tegen chemische stoffen.
- Bevat verschillende negatieve ladingen—Mg2+ ionen die het stabiliseren
- Bestaat uit:
o lipide A= endotoxine
▪ twee glucosamines
▪ acyl keten
▪ 1 fosfaat per glucosamine
o inner core
▪ kationen en anionen stabiliseren het.
▪ soms willen we het meer permeabel maken door edta te
gebruiken → chelator, haalt de positieve Mg weg → afstoting
o outer core
o O- antigen
▪ O specifieke polysacharide
▪ variabel gedeelte
• hierop zal het immuunsysteem een respons genereren
- Vervanging van de fosfolipiden in de buitenste helft van het buitenmembraan in
gram negatieve bacteriën.

6. Wat is, met betrekking tot lipopolysaccharide, het mogelijke nadeel van het gebruik van
bacteriën voor de productie van proteïnen van medisch belang ?



2

,Depelseneer Maaike

- Restanten van lps in een therapeutische drug
o zorgen voor een immuunreactie.
- Lipide A is een endotoxine.
o Wanneer het immuunsysteem dit detecteert, heeft het grote
immuunreacties tot gevolg.




3

, Depelseneer Maaike



Prokaryoten: Plasmids and chromosome,
selection and counter-selection
markers
1. Noem twee belangrijke verschillen tussen een bacterieel chromosoom en een bacterieel
plasmide.

- Chromosoom:
o groter dan plasmide
o bevat essentiële genen → geen selectiedruk nodig om te worden behouden.
▪ Een essentieel gen kan niet verwijderd worden in een rijk cultuur medium.
Het is essentieel voor het overleven van de bacterie onder de geteste
condities.
o 1 exemplaar per bacteriecel
- Plasmide:
o kleiner dan een chromosoom
o bevat enkel niet essentiële genen. vb. een virulentiefactor
▪ als het wordt verwijderd, zal de bacterie nog steeds overleven in een rijk
medium onder de geteste condities.
o meerdere exemplaren per bacterie.

2. Geef de definitie van een bacterieel chromosoom en plasmide.

- Chromosoom: DNA molecule, groter dan een plasmide dat essentiële genen bevat
- Plasmide: een DNA molecule dat een oorsprong van replicatie heeft en dat niet essentieel is
om te overleven onder de gedefinieerde omstandigheden.
o Plasmiden hebben verschillende groottes, sequenties, origins of replication, selection
markers en GC content

3. Teken de algemene organisatie van een plasmide en noem de verschillende componenten.




MCS: DNA regio in eenzelfde plasmide dat meerdere, verschillende unieke restrictiesites bevat