ZSO 5: BIO-INFORMATICA
FUNCTIONELE ANALYSE
GO = gene ontology
OEFENING 1
ZOEK OP PROTEOMEXCHANGE PROJECT PXD009880. BEKIJK HET ABSTRACT VAN DE
PAPER, DOWNLOAD UIT DE DATASET HET BESTAND “SUPPL TABLE S1. ALL QUANTIFIED
PROTEINS.XSLX” EN OPEN HET, BIJVOORBEELD IN MS EXCEL. WAT ZIE JE?
http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD009880
(zie bestanden)
Abstract bekijken door via publication naar PubMed te gaan en dan daar het abstract te
bekijken:
Abstract
The mitochondrial enzyme ETHE1 is a persulfide dioxygenase essential for cellular sulfide
detoxification, and its deficiency causes the severe and complex inherited metabolic disorder
ethylmalonic encephalopathy (EE). In spite of well-described clinical symptoms of the
disease, detailed cellular and molecular characterization is still ambiguous. Cellular redox
regulation has been described to be influenced in ETHE1 deficient cells, and to clarify this
further we applied image cytometry and detected decreased levels of reduced glutathione
(GSH) in cultivated EE patient fibroblast cells. Cell growth initiation of the EE patient cells was
impaired, whereas cell cycle regulation was not. Furthermore, Seahorse metabolic analyzes
revealed decreased extracellular acidification, i. e. decreased lactate formation from
glycolysis, in the EE patient cells. TMT-based large-scale proteomics was subsequently
performed to broadly elucidate cellular consequences of the ETHE1 deficiency. More than
130 proteins were differentially regulated, of which the majority were non-mitochondrial.
The proteomics data revealed a link between ETHE1-deficiency and down-regulation of
several ribosomal proteins and LIM domain proteins important for cellular maintenance, and
up-regulation of cell surface glycoproteins. Furthermore, several proteins of endoplasmic
reticulum (ER) were perturbed including proteins influencing disulfide bond formation (e.g.
protein disulfide isomerases and peroxiredoxin 4) and calcium-regulated proteins. The
results indicate that decreased level of reduced GSH and alterations in proteins of
ribosomes, ER and of cell adhesion lie behind the disrupted cell growth of the EE patient
cells.
Wat zie je in de dataset?
A: gevonden eiwitten (uniprot formaat)
, B: beschrijving van de eiwitten
C: T-test => p-waarden (meest relevante)
D: ratio
o twee groepen => 1 met en 1 zonder aandoening, ratio zal dus het verschil in
uitdrukking zijn (verhouding tussen case en control)
o Fold changes => logaritme nemen met basis 2 om dit te verkrijgen
OEFENING 2
ZOEK OP HOE JE VIA DE UNIPROT WEBSITE DEZE PROTEIN-IDS (UNIPROTKB AC/ID) IN DE
OUTPUT OMZET NAAR HUN CORRESPONDERENDE ENTREZ GENE IDS EN DOE DIT ALVAST
VOOR ALLE DIFFERENTIËLE PROTEÏNEN UIT “STUDY 1”. JE MAG UITGAAN VAN EEN
SIGNIFICANTIELEVEL VAN 0.05 (WELKE VOORWAARDE LEGT DIT OP JE P-WAARDE?).
DOWNLOAD DE TARGET LIST IDS. ZIJN DAT ER EVEN VEEL ALS JE ER OORSPRONKELIJK
HAD?
Differentiële proteïnen zijn proteïnen die in bepaalde patiënten anders tot expressie worden
gebracht. Deze moeten een p-waarde (T-test) hebben van < 0,05.
HOE DOEN IN EXCEL?
Omzetting nodig via uniprot om van eiwitten naar genen te gaan
Drukken op retrieve ID mapping, dan gaan van Uniprot IDs naar entrez gene (gene ID) => zo
verkrijgen van een hele lijst.
*860 proteïnen doorgegeven waarvan hij eentje niet herkende en heeft omgezet naar 862
gene IDs, hoe komt dit?
=> er zijn soms meerdere genen nodig om te coderen voor één proteïne (kan ook andersom
bijvoorbeeld door alternative splicing)
Nadien downloaden in target list, deze gebruiken we via de DAVID website (oefening 3)
OEFENING 3
GA NAAR DE WEBSITE VAN DAVID HTTPS://DAVID.NCIFCRF.GOV/ EN SELECTEER LINKS
IN DE ZIJBALK DE TOOL DIE JE ZAL HELPEN OM OP BASIS VAN EEN LIJST MET GENEN TE
ZOEKEN NAAR AANGERIJKTE (ENRICHED) GO-ANNOTATIES.
aangerijkt => er is meer van iets bepaald aanwezig dan dat we op natuurlijke wijze zouden
verwachten (we gaan meer GO’s tegenkomen van een bepaald type dan we gewoonlijk
zouden verwachten)
Gebruiken van de tool met naar functional annotation
Upload klikken
Lijst van identifiers plakken
FUNCTIONELE ANALYSE
GO = gene ontology
OEFENING 1
ZOEK OP PROTEOMEXCHANGE PROJECT PXD009880. BEKIJK HET ABSTRACT VAN DE
PAPER, DOWNLOAD UIT DE DATASET HET BESTAND “SUPPL TABLE S1. ALL QUANTIFIED
PROTEINS.XSLX” EN OPEN HET, BIJVOORBEELD IN MS EXCEL. WAT ZIE JE?
http://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD009880
(zie bestanden)
Abstract bekijken door via publication naar PubMed te gaan en dan daar het abstract te
bekijken:
Abstract
The mitochondrial enzyme ETHE1 is a persulfide dioxygenase essential for cellular sulfide
detoxification, and its deficiency causes the severe and complex inherited metabolic disorder
ethylmalonic encephalopathy (EE). In spite of well-described clinical symptoms of the
disease, detailed cellular and molecular characterization is still ambiguous. Cellular redox
regulation has been described to be influenced in ETHE1 deficient cells, and to clarify this
further we applied image cytometry and detected decreased levels of reduced glutathione
(GSH) in cultivated EE patient fibroblast cells. Cell growth initiation of the EE patient cells was
impaired, whereas cell cycle regulation was not. Furthermore, Seahorse metabolic analyzes
revealed decreased extracellular acidification, i. e. decreased lactate formation from
glycolysis, in the EE patient cells. TMT-based large-scale proteomics was subsequently
performed to broadly elucidate cellular consequences of the ETHE1 deficiency. More than
130 proteins were differentially regulated, of which the majority were non-mitochondrial.
The proteomics data revealed a link between ETHE1-deficiency and down-regulation of
several ribosomal proteins and LIM domain proteins important for cellular maintenance, and
up-regulation of cell surface glycoproteins. Furthermore, several proteins of endoplasmic
reticulum (ER) were perturbed including proteins influencing disulfide bond formation (e.g.
protein disulfide isomerases and peroxiredoxin 4) and calcium-regulated proteins. The
results indicate that decreased level of reduced GSH and alterations in proteins of
ribosomes, ER and of cell adhesion lie behind the disrupted cell growth of the EE patient
cells.
Wat zie je in de dataset?
A: gevonden eiwitten (uniprot formaat)
, B: beschrijving van de eiwitten
C: T-test => p-waarden (meest relevante)
D: ratio
o twee groepen => 1 met en 1 zonder aandoening, ratio zal dus het verschil in
uitdrukking zijn (verhouding tussen case en control)
o Fold changes => logaritme nemen met basis 2 om dit te verkrijgen
OEFENING 2
ZOEK OP HOE JE VIA DE UNIPROT WEBSITE DEZE PROTEIN-IDS (UNIPROTKB AC/ID) IN DE
OUTPUT OMZET NAAR HUN CORRESPONDERENDE ENTREZ GENE IDS EN DOE DIT ALVAST
VOOR ALLE DIFFERENTIËLE PROTEÏNEN UIT “STUDY 1”. JE MAG UITGAAN VAN EEN
SIGNIFICANTIELEVEL VAN 0.05 (WELKE VOORWAARDE LEGT DIT OP JE P-WAARDE?).
DOWNLOAD DE TARGET LIST IDS. ZIJN DAT ER EVEN VEEL ALS JE ER OORSPRONKELIJK
HAD?
Differentiële proteïnen zijn proteïnen die in bepaalde patiënten anders tot expressie worden
gebracht. Deze moeten een p-waarde (T-test) hebben van < 0,05.
HOE DOEN IN EXCEL?
Omzetting nodig via uniprot om van eiwitten naar genen te gaan
Drukken op retrieve ID mapping, dan gaan van Uniprot IDs naar entrez gene (gene ID) => zo
verkrijgen van een hele lijst.
*860 proteïnen doorgegeven waarvan hij eentje niet herkende en heeft omgezet naar 862
gene IDs, hoe komt dit?
=> er zijn soms meerdere genen nodig om te coderen voor één proteïne (kan ook andersom
bijvoorbeeld door alternative splicing)
Nadien downloaden in target list, deze gebruiken we via de DAVID website (oefening 3)
OEFENING 3
GA NAAR DE WEBSITE VAN DAVID HTTPS://DAVID.NCIFCRF.GOV/ EN SELECTEER LINKS
IN DE ZIJBALK DE TOOL DIE JE ZAL HELPEN OM OP BASIS VAN EEN LIJST MET GENEN TE
ZOEKEN NAAR AANGERIJKTE (ENRICHED) GO-ANNOTATIES.
aangerijkt => er is meer van iets bepaald aanwezig dan dat we op natuurlijke wijze zouden
verwachten (we gaan meer GO’s tegenkomen van een bepaald type dan we gewoonlijk
zouden verwachten)
Gebruiken van de tool met naar functional annotation
Upload klikken
Lijst van identifiers plakken
