Les 1: Inleiding
purines guanine
adenine
pyrimidines cytosine
thymine
uracil
niet-covalente elektrostatische interacties
bindingen waterstofbindingen
van der Waals interacties
hydrofobe interacties (apolaire moleculen)
fylogenie vergelijkende genomica
Miller-Urey-experiment uit anorganische moleculen dmv energie organische moleculen
synthetiseren
Les 2: Nucleotiden en nucleïnezuren
nucleotide suiker
base
fosfaat
nucleoside suiker
base
nucleïnezuur lineaire polynucleotiden
transcriptie DNA-sequentie kopiëren naar RNA
translatie RNA-informatie naar eiwit
replicatie DNA-sequentie kopiëren naar ander DNA
B-DNA Watson-Crickmodel
meest gehydrateerde vorm
rechtsdraaiend
A-DNA minder gehydrateerd
kortere helix
rechtsdraaiend
Z-DNA linksdraaiend
supercoiled circulair DNA dat in superhelix wordt gedraaid zodat het compacter
is
hairpin structuur bij interbaseparing van enkelstrengig DNA en RNA
mismatch bij basenparen -> destabiliseren de helix
denaturatie scheiding van 2 DNA strengen dmv hitte, helicases, …
smelttemperatuur temperatuur waarbij de helft van het DNA enkelstrengig is geworden
,hypochromism bij enkelstrengig DNA ligt de piek in absorbantie hoger dan bij
dubbelstrengig DNA
-> gestapelde basen kunnen minder UV-licht opnemen
renaturatie helix herstellen onder speciale omstandigheden
DNA-polymerase katalyseert de additie van deoxyribonucleotiden
Mg2+ nodig
4 actieve precursoren: dNTP’s
primer = oligonucleotide nodig
nuclease activiteit om fouten te herstellen
reverse transcriptase 1. RNA-sequentie kopiëren naar DNA
2. RNA streng afbreken
3. replicatie van DNA tot helix
bij RNA-virussen
semi-conservatief helft van DNA dubbelstreng wordt behouden
mRNA messenger RNA
sjabloon voor translatie
onstabiel (snel afgebroken door nucleasen)
tRNA transfer RNA
transport van aminozuren in geactiveerde vorm naar ribosomen
zeer stabiel
rRNA ribosomaal RNA
deel van ribosomen
snRNA klein nucleair RNA
splicing van RNA-exons
bindt met eiwitten om activiteit te verhogen
SRP signaalherkennigspartikel
sorteren van gesynthetiseerde eiwitten
miRNA micro RNA
kleine stukjes niet-coderen RNA
bindt complementair mRNA om translatie te verhinderen
siRNA kleine interfererende RNA
bindt mRNA en vergemakkelijkt de afbraak ervan
promotorsites iniatieplaatsen waaraan RNA-polymerase bindt
waar de transcriptie start
enchancers verder stroomopwaarts of stroomafwaarts dan primers
stimuleren transcriptie
terminatorsequentie transcriptie stopt hier
meestal hairpinstrucuur
, codon 3 letter genetische code
correspondeert met 1 aminozuur
synonieme codons speci eren hetzelfde aminozuur
startcodon AUG
stopcodons UAA
UGA
UAG
CCA terminus aanhechtingsplaats voor aminozuur op tRNA
anticodon complementaire codon van tRNA dat aan mRNA bindt
intron sequentie die verwijderd wordt uit primair mRNA
exon sequentie die aanwezig is in primair mRNA en matuur mRNA
splicing uitknippen van introns
spliceosoom groot RNA-eiwitcomplex dat splicingreacties katalyseert
splicingplaats verbinding tussen intronen en exonen waar mRNA wordt geknipt en
terug verbonden
exon shuf ing Walter Gilbert
exons coderen voor functionele eenheden van eiwitten
recombinatie van exonen = nieuwe genen
recombinante DNA- bewerking van DNA
technologie isolatie, identi catie, ampli catie, wijziging, …
restrictie enzymen restrictie-endonucleasen
hydrolyseren fofodiësterbinding
methylatie beschermd knipplaatsen tegen restricitie-enzymen
gelektroforese elektrisch veld: negatief geladen DNA migreert naar positieve pool
kleine moleculen migreren sneller door de gel
blotting localisatie van speci ek fragment dmv complementaire basenparing
Southern = DNA
Northern = RNA
Western = eiwitten
dideoxynucleotiden hebben geen 3 OH-groep
stoppen replicatie
Sanger Dideoxy methode
deoxyribonucleoside 5 OH beschermd door zuurgevoelige groep (DMT)
fosforamidiet 3 OH groep gekoppeld aan forforamidiet
chemische bouwsteen voor solid phase DNA-synthese
solid phase DNA- DNA wordt geschreven, niet gerepliceerd
synthese richting 3’ -> 5’
fi fl fi fi fi
purines guanine
adenine
pyrimidines cytosine
thymine
uracil
niet-covalente elektrostatische interacties
bindingen waterstofbindingen
van der Waals interacties
hydrofobe interacties (apolaire moleculen)
fylogenie vergelijkende genomica
Miller-Urey-experiment uit anorganische moleculen dmv energie organische moleculen
synthetiseren
Les 2: Nucleotiden en nucleïnezuren
nucleotide suiker
base
fosfaat
nucleoside suiker
base
nucleïnezuur lineaire polynucleotiden
transcriptie DNA-sequentie kopiëren naar RNA
translatie RNA-informatie naar eiwit
replicatie DNA-sequentie kopiëren naar ander DNA
B-DNA Watson-Crickmodel
meest gehydrateerde vorm
rechtsdraaiend
A-DNA minder gehydrateerd
kortere helix
rechtsdraaiend
Z-DNA linksdraaiend
supercoiled circulair DNA dat in superhelix wordt gedraaid zodat het compacter
is
hairpin structuur bij interbaseparing van enkelstrengig DNA en RNA
mismatch bij basenparen -> destabiliseren de helix
denaturatie scheiding van 2 DNA strengen dmv hitte, helicases, …
smelttemperatuur temperatuur waarbij de helft van het DNA enkelstrengig is geworden
,hypochromism bij enkelstrengig DNA ligt de piek in absorbantie hoger dan bij
dubbelstrengig DNA
-> gestapelde basen kunnen minder UV-licht opnemen
renaturatie helix herstellen onder speciale omstandigheden
DNA-polymerase katalyseert de additie van deoxyribonucleotiden
Mg2+ nodig
4 actieve precursoren: dNTP’s
primer = oligonucleotide nodig
nuclease activiteit om fouten te herstellen
reverse transcriptase 1. RNA-sequentie kopiëren naar DNA
2. RNA streng afbreken
3. replicatie van DNA tot helix
bij RNA-virussen
semi-conservatief helft van DNA dubbelstreng wordt behouden
mRNA messenger RNA
sjabloon voor translatie
onstabiel (snel afgebroken door nucleasen)
tRNA transfer RNA
transport van aminozuren in geactiveerde vorm naar ribosomen
zeer stabiel
rRNA ribosomaal RNA
deel van ribosomen
snRNA klein nucleair RNA
splicing van RNA-exons
bindt met eiwitten om activiteit te verhogen
SRP signaalherkennigspartikel
sorteren van gesynthetiseerde eiwitten
miRNA micro RNA
kleine stukjes niet-coderen RNA
bindt complementair mRNA om translatie te verhinderen
siRNA kleine interfererende RNA
bindt mRNA en vergemakkelijkt de afbraak ervan
promotorsites iniatieplaatsen waaraan RNA-polymerase bindt
waar de transcriptie start
enchancers verder stroomopwaarts of stroomafwaarts dan primers
stimuleren transcriptie
terminatorsequentie transcriptie stopt hier
meestal hairpinstrucuur
, codon 3 letter genetische code
correspondeert met 1 aminozuur
synonieme codons speci eren hetzelfde aminozuur
startcodon AUG
stopcodons UAA
UGA
UAG
CCA terminus aanhechtingsplaats voor aminozuur op tRNA
anticodon complementaire codon van tRNA dat aan mRNA bindt
intron sequentie die verwijderd wordt uit primair mRNA
exon sequentie die aanwezig is in primair mRNA en matuur mRNA
splicing uitknippen van introns
spliceosoom groot RNA-eiwitcomplex dat splicingreacties katalyseert
splicingplaats verbinding tussen intronen en exonen waar mRNA wordt geknipt en
terug verbonden
exon shuf ing Walter Gilbert
exons coderen voor functionele eenheden van eiwitten
recombinatie van exonen = nieuwe genen
recombinante DNA- bewerking van DNA
technologie isolatie, identi catie, ampli catie, wijziging, …
restrictie enzymen restrictie-endonucleasen
hydrolyseren fofodiësterbinding
methylatie beschermd knipplaatsen tegen restricitie-enzymen
gelektroforese elektrisch veld: negatief geladen DNA migreert naar positieve pool
kleine moleculen migreren sneller door de gel
blotting localisatie van speci ek fragment dmv complementaire basenparing
Southern = DNA
Northern = RNA
Western = eiwitten
dideoxynucleotiden hebben geen 3 OH-groep
stoppen replicatie
Sanger Dideoxy methode
deoxyribonucleoside 5 OH beschermd door zuurgevoelige groep (DMT)
fosforamidiet 3 OH groep gekoppeld aan forforamidiet
chemische bouwsteen voor solid phase DNA-synthese
solid phase DNA- DNA wordt geschreven, niet gerepliceerd
synthese richting 3’ -> 5’
fi fl fi fi fi
