Ex-examenvragen / Voorbeeldvragen
1. Dot matrix methode uitvoeren met zowel korte als lange woordlengte. Hoe zie je
meteen of er een hoge similariteit is (duidelijke diagonaal)? Wat is ‘woordlengte’? Wat
is het verschil tussen een korte en een lange woordlengte en hoe bepaal je of je een
korte of een lange wilt gebruiken? Duid aan (indien aanwezig): insertie, mismatch,
repeat en palindroom sequentie.
2. Needleman – Wunsch (NW) of Smith – Waterman (SW) alignement met B.A.B.A.
uitvoeren. Hoe zie je meteen of er een hoge similariteit is (groene diagonaal)? Hoe komt
deze matrix tot stand? Duid aan (indien aanwezig): insertie, mismatch en deletie.
3. Needleman – Wunsch en Smith – Waterman alignement met EMBOSS Needle and
Water,
met enerzijds twee sterk gerelateerde proteïnen en anderzijds met twee zwak
gerelateerde proteïnen. Wat is het verschil tussen een NW en een SW alignement?
Verklaar de verschillende parameters die worden weergegeven (bv. Gap penalty).
Vergelijk beide methodes a.d.h.v. de gegeven scores, alignement van de domeinen (zelf
opzoeken),… en verklaar waarom NW of SW een betere keuze is.
4. Gebruik Ugene om vijf opgegeven sequenties te aligneren op drie verschillende
manieren (bv. Clustal Omega, Kalign en MAFFT). Vergelijk de drie resultaten en bepaal
welke methode de beste is.
5. Kies via Pfam twee eiwitten uit eenzelfde eiwitfamilie en kies zelf een methode om de
sequenties ervan te aligneren. Duid in het resultaat belangrijke kenmerken aan (bv.
Een eiwitdomein). Zijn deze kenmerken correct gealigneerd door het gekozen
programma?
6. Gebruik één van de twee gekozen eiwitsequenties uit bovenstaande opdracht om een
BLAST search uit te voeren. Zoek een eiwit dat nog niet tot een eiwitfamilie toegekend
is en toon de BLAST resultaten ervan (bv. Max score, total score, E-value…). Zou je dit
eiwit onder jou gekozen eiwitfamilie klasseren? Waarom wel of niet?
7. Kies via Pfam een eiwit uit de Laminine familie. Zoek op welke domeinen er allemaal
voorkomen in deze eiwitfamilie en welke functie ze hebben. Geef overzichtelijk de
domeinen en motieven weer van het door jou gekozen proteïne (zoeken in Interpro,
Pfam, Uniprot,…) en verklaar a.d.h.v. de aanwezige domeinen de functie van het eiwit.
8. Zoek via PDB de secundaire structuur op van één van de domeinen uit de Laminine
familie. Vermeld ook de methode die gebruikt werd voor de structuurbepaling en
gegevens i.v.m. de publicatie van het artikel.
9. Een oefening i.v.m. Gene Ontology (GO). Zoek via Unitprot domeinen van eiwitten uit
de Laminine familie die instaan voor de verschillende categorieën van GO (biologisch
proces, moleculaire functie en lokalisatie).
1. Dot matrix methode uitvoeren met zowel korte als lange woordlengte. Hoe zie je
meteen of er een hoge similariteit is (duidelijke diagonaal)? Wat is ‘woordlengte’? Wat
is het verschil tussen een korte en een lange woordlengte en hoe bepaal je of je een
korte of een lange wilt gebruiken? Duid aan (indien aanwezig): insertie, mismatch,
repeat en palindroom sequentie.
2. Needleman – Wunsch (NW) of Smith – Waterman (SW) alignement met B.A.B.A.
uitvoeren. Hoe zie je meteen of er een hoge similariteit is (groene diagonaal)? Hoe komt
deze matrix tot stand? Duid aan (indien aanwezig): insertie, mismatch en deletie.
3. Needleman – Wunsch en Smith – Waterman alignement met EMBOSS Needle and
Water,
met enerzijds twee sterk gerelateerde proteïnen en anderzijds met twee zwak
gerelateerde proteïnen. Wat is het verschil tussen een NW en een SW alignement?
Verklaar de verschillende parameters die worden weergegeven (bv. Gap penalty).
Vergelijk beide methodes a.d.h.v. de gegeven scores, alignement van de domeinen (zelf
opzoeken),… en verklaar waarom NW of SW een betere keuze is.
4. Gebruik Ugene om vijf opgegeven sequenties te aligneren op drie verschillende
manieren (bv. Clustal Omega, Kalign en MAFFT). Vergelijk de drie resultaten en bepaal
welke methode de beste is.
5. Kies via Pfam twee eiwitten uit eenzelfde eiwitfamilie en kies zelf een methode om de
sequenties ervan te aligneren. Duid in het resultaat belangrijke kenmerken aan (bv.
Een eiwitdomein). Zijn deze kenmerken correct gealigneerd door het gekozen
programma?
6. Gebruik één van de twee gekozen eiwitsequenties uit bovenstaande opdracht om een
BLAST search uit te voeren. Zoek een eiwit dat nog niet tot een eiwitfamilie toegekend
is en toon de BLAST resultaten ervan (bv. Max score, total score, E-value…). Zou je dit
eiwit onder jou gekozen eiwitfamilie klasseren? Waarom wel of niet?
7. Kies via Pfam een eiwit uit de Laminine familie. Zoek op welke domeinen er allemaal
voorkomen in deze eiwitfamilie en welke functie ze hebben. Geef overzichtelijk de
domeinen en motieven weer van het door jou gekozen proteïne (zoeken in Interpro,
Pfam, Uniprot,…) en verklaar a.d.h.v. de aanwezige domeinen de functie van het eiwit.
8. Zoek via PDB de secundaire structuur op van één van de domeinen uit de Laminine
familie. Vermeld ook de methode die gebruikt werd voor de structuurbepaling en
gegevens i.v.m. de publicatie van het artikel.
9. Een oefening i.v.m. Gene Ontology (GO). Zoek via Unitprot domeinen van eiwitten uit
de Laminine familie die instaan voor de verschillende categorieën van GO (biologisch
proces, moleculaire functie en lokalisatie).
