H1 De chemie van een cel
1. De chemische samenstelling van cellen – algemeen
1.1. Het belang van water
meest voorkomende molecule in & in omgeving van cel
neutraal / ongeladen
MAAR… toch polair
elektronen vd O-H bindingen zitten niet mooi gelijk
verdeeld tussen O
& H atoom
elektronegativiteit O > elektronegativiteit H
O trekt elektronen dichter naar zich toe
O atoom krijgt gedeeltelijk negatieve lading
beide H-atomen krijgen gedeeltelijk positieve lading
ongelijke verdeling van ladingen
H2O in zijn geheel polair
polariteit zorgt voor unieke eigenschappen van water
o cohesie
tussen watermoleculen
ontstaat door vorming van waterstofbruggen
= interacties tussen gedeeltelijk negatief geladen O-
atoom van 1
H2O-molecule & het gedeeltelijk positief geladen H-
atoom van
een ander H2O-molecule
ontstaat een precieze 3-dimensionele organisatie
oorzaak van
grote oppervlaktespanning van water
hoog kookpunt
hoge specifieke warmte
o temperatuur-stabiliserende capaciteit
specifieke warmte
= hoeveelheid warmte die een vloeistof per gram moet
opnemen
om 1°C in temperatuur te kunnen toenemen
heel hoog bij warmte
water kan veel warmte absorberen alvorens zijn
temperatuur
de hoogte ingaat
van belang in cellen om oververhitting tegen te gaan
1
,o mogelijkheid om als oplosmiddel te dienen voor
verschillende andere chemische moleculen
dankzij H-bruggen
vooral voor geladen & polaire moleculen
hydrofiel
anorganische moleculen
meeste kleinere organische moleculen
-> zouten, suikers, AZ & organische zuren
hydrofoob
slecht oplosbaar in water
meestal een apolir karakter
bv. lipiden
vinden we vooral terug in memebranen
vele biomoleculen hebben zowel hydrofiele als
hydrofobe delen
WAARDOOR… hydrofiele delen zullen vooral
affiniteit tonen
voor een waterige omgeving, de
hydrofobe niet
aan de basis vd wateroplosbaarheid van polaire en
geladen moleculen ligt de hydratatie
= het vermogen van water om deze moleculen
helemaal te
gaan omringen
drijvende kracht = aantrekking tussen + & -
(deel)ladingen
- geladen ion zal helemaal omrings worden door
het -
deel vd watermoleculen
polaire moleculen of grotere biomoleculen die
slechts enkele polaire delen bevatten
slechts gedeeltelijk omringd door
watermoleculen
MAAR… is voldoende om deze moleculen te
beletten
om al te veel met elkaar te
gaan interageren
zodat ze toch in de oplossing
blijven
apolaire moleculen kunnen geen elektrostatische
interactie maken met de H2O-moleculen
2
, zullen eerder met elkaar gaan interageren ipv in
het water
op te lossen
1.2. Het belang van koolstof – organisch vs
anorganisch
belangrijkste atoom in biologische moleculen
heeft oa te maken met de specifieke stabiliteit van
koolstofverbindingen & de grote diversiteit van bindingen
die het kan
aangaan
heeft een valentie van 4
o heeft 4 vrije elektronen die het met andere atomen kan
delen om ‘covalente’ bindingen te vormen
meestal
waterstof (valentie 1)
zuurstof (valentie 2)
stikstof (valentie 3)
zwavel (valentie 4)
koolstof zelf
o hiermee worden enkelvoudige, dubbele of drievoudige
bindingen aangegaan
worden respectievelijk 2, 4 of 6 elektronen gedeeld
tussen 2 atomen
o leidt allemaal tot vorming van chemisch zeer stabiele
verbindingen
andere atomen (H, O, N, S & P) kunnen op dezelfde manier
onderling bindingen aangaan
vorming verschillende functionele groepen die van belang
zijn in de
organische chemie
carboxylgroep -COOH (ester)
aminogroep -NH2 (amine)
carbonylgroep -CO (keton)
aldehydegroep -CHO
fosfaatgroep -PO(OH)3
3
, hydroxylgroep -OH (alcohol)
sulfhydrylgroep -SH (thiol)
pH is in de meeste cellen ongeveer neutraal
impliceert dat sommige van de groepen een lading krijgen
doordat zij in
deze omstandigheden reageren als een zuur of base
zure groepen (carboxyl of fosfaatgroep) zullen een proton
afstaan bij een neutrale pH
worden - geladen
basische groepen (aminogroep) zullen een proton opnemen bij
neutrale pH
worden + geladen
carbonyl, aldehyde, hydroxyl & sulfhydryl groepen blijven
ongeladen bij een neutrale pH
MAAR… gedragen zich wel als polaire entiteiten
beter oplosbaar in waterige omgeving dan
alkanen of
alkenen die enkel uit koolstof & waterstof
bestaan en zich
gedragen als water onoplosbare, apolaire
entiteiten
1.3. Het belang van selectief permeabele membranen
cellen hebben een soort fysische barrière nodig om als entiteit
te kunnen blijven bestaan houdt hun inhoud
‘binnen’ en houdt externe
inhouden ‘buiten’
absolute barrière ≠ helemaal aangewezen
cellen moeten in bepaalde omstandigheden in staat blijven
om
specifieke intra- & extracellulaire inhouden toch te
kunnen uitwisselen
communicatie mogelijk te blijven houden tussen cel &
zijn omgeving en tussen cellen onderling
barrière mag niet oplosbaar zijn in water
dan zou de cel deze barrière oplossen waardoor ze zou
verdwijnen
membranen die cellen omringen voldoen aan deze criteria:
o bestaan voor het overgrote deel uit wateronoplosbare,
apolaire lipiden
krijgen hydrofoob karakter
o bevatten allerlei andere macromoleculen (voornamelijk
eiwitten)
4
1. De chemische samenstelling van cellen – algemeen
1.1. Het belang van water
meest voorkomende molecule in & in omgeving van cel
neutraal / ongeladen
MAAR… toch polair
elektronen vd O-H bindingen zitten niet mooi gelijk
verdeeld tussen O
& H atoom
elektronegativiteit O > elektronegativiteit H
O trekt elektronen dichter naar zich toe
O atoom krijgt gedeeltelijk negatieve lading
beide H-atomen krijgen gedeeltelijk positieve lading
ongelijke verdeling van ladingen
H2O in zijn geheel polair
polariteit zorgt voor unieke eigenschappen van water
o cohesie
tussen watermoleculen
ontstaat door vorming van waterstofbruggen
= interacties tussen gedeeltelijk negatief geladen O-
atoom van 1
H2O-molecule & het gedeeltelijk positief geladen H-
atoom van
een ander H2O-molecule
ontstaat een precieze 3-dimensionele organisatie
oorzaak van
grote oppervlaktespanning van water
hoog kookpunt
hoge specifieke warmte
o temperatuur-stabiliserende capaciteit
specifieke warmte
= hoeveelheid warmte die een vloeistof per gram moet
opnemen
om 1°C in temperatuur te kunnen toenemen
heel hoog bij warmte
water kan veel warmte absorberen alvorens zijn
temperatuur
de hoogte ingaat
van belang in cellen om oververhitting tegen te gaan
1
,o mogelijkheid om als oplosmiddel te dienen voor
verschillende andere chemische moleculen
dankzij H-bruggen
vooral voor geladen & polaire moleculen
hydrofiel
anorganische moleculen
meeste kleinere organische moleculen
-> zouten, suikers, AZ & organische zuren
hydrofoob
slecht oplosbaar in water
meestal een apolir karakter
bv. lipiden
vinden we vooral terug in memebranen
vele biomoleculen hebben zowel hydrofiele als
hydrofobe delen
WAARDOOR… hydrofiele delen zullen vooral
affiniteit tonen
voor een waterige omgeving, de
hydrofobe niet
aan de basis vd wateroplosbaarheid van polaire en
geladen moleculen ligt de hydratatie
= het vermogen van water om deze moleculen
helemaal te
gaan omringen
drijvende kracht = aantrekking tussen + & -
(deel)ladingen
- geladen ion zal helemaal omrings worden door
het -
deel vd watermoleculen
polaire moleculen of grotere biomoleculen die
slechts enkele polaire delen bevatten
slechts gedeeltelijk omringd door
watermoleculen
MAAR… is voldoende om deze moleculen te
beletten
om al te veel met elkaar te
gaan interageren
zodat ze toch in de oplossing
blijven
apolaire moleculen kunnen geen elektrostatische
interactie maken met de H2O-moleculen
2
, zullen eerder met elkaar gaan interageren ipv in
het water
op te lossen
1.2. Het belang van koolstof – organisch vs
anorganisch
belangrijkste atoom in biologische moleculen
heeft oa te maken met de specifieke stabiliteit van
koolstofverbindingen & de grote diversiteit van bindingen
die het kan
aangaan
heeft een valentie van 4
o heeft 4 vrije elektronen die het met andere atomen kan
delen om ‘covalente’ bindingen te vormen
meestal
waterstof (valentie 1)
zuurstof (valentie 2)
stikstof (valentie 3)
zwavel (valentie 4)
koolstof zelf
o hiermee worden enkelvoudige, dubbele of drievoudige
bindingen aangegaan
worden respectievelijk 2, 4 of 6 elektronen gedeeld
tussen 2 atomen
o leidt allemaal tot vorming van chemisch zeer stabiele
verbindingen
andere atomen (H, O, N, S & P) kunnen op dezelfde manier
onderling bindingen aangaan
vorming verschillende functionele groepen die van belang
zijn in de
organische chemie
carboxylgroep -COOH (ester)
aminogroep -NH2 (amine)
carbonylgroep -CO (keton)
aldehydegroep -CHO
fosfaatgroep -PO(OH)3
3
, hydroxylgroep -OH (alcohol)
sulfhydrylgroep -SH (thiol)
pH is in de meeste cellen ongeveer neutraal
impliceert dat sommige van de groepen een lading krijgen
doordat zij in
deze omstandigheden reageren als een zuur of base
zure groepen (carboxyl of fosfaatgroep) zullen een proton
afstaan bij een neutrale pH
worden - geladen
basische groepen (aminogroep) zullen een proton opnemen bij
neutrale pH
worden + geladen
carbonyl, aldehyde, hydroxyl & sulfhydryl groepen blijven
ongeladen bij een neutrale pH
MAAR… gedragen zich wel als polaire entiteiten
beter oplosbaar in waterige omgeving dan
alkanen of
alkenen die enkel uit koolstof & waterstof
bestaan en zich
gedragen als water onoplosbare, apolaire
entiteiten
1.3. Het belang van selectief permeabele membranen
cellen hebben een soort fysische barrière nodig om als entiteit
te kunnen blijven bestaan houdt hun inhoud
‘binnen’ en houdt externe
inhouden ‘buiten’
absolute barrière ≠ helemaal aangewezen
cellen moeten in bepaalde omstandigheden in staat blijven
om
specifieke intra- & extracellulaire inhouden toch te
kunnen uitwisselen
communicatie mogelijk te blijven houden tussen cel &
zijn omgeving en tussen cellen onderling
barrière mag niet oplosbaar zijn in water
dan zou de cel deze barrière oplossen waardoor ze zou
verdwijnen
membranen die cellen omringen voldoen aan deze criteria:
o bestaan voor het overgrote deel uit wateronoplosbare,
apolaire lipiden
krijgen hydrofoob karakter
o bevatten allerlei andere macromoleculen (voornamelijk
eiwitten)
4