Bijzondere bacteriologie
Inhoud
Inleiding: taxonomie, nomenclatuur, identificatie en fylogenie ..................................... 3
1. Divisie proteobacteria ........................................................................................... 5
1.1 Facultatief anaerobe Gram-negatieve bacillen en coccoabcillen ......................... 5
1.1.1 Enterobacteriaceae ................................................................................... 5
1.1.2 Vibrio en Aeromonas ................................................................................ 19
1.1.3 Pasteurellaceae ....................................................................................... 19
1.2 Aerobe en microaerofiele Gram-negatieve bacillen, coccen en coccobacillen ... 27
1.3 Obligaat intracellulaire kiemen ....................................................................... 36
1.3.1 Coxiella Burnetii ...................................................................................... 36
1.3.2 Lawsonia intracellularis............................................................................ 36
2. Divisie Actinobacteria ......................................................................................... 36
2.1 Corynebacterium species .............................................................................. 37
2.1.1 Corynebacterium pseudotuberculosis ...................................................... 37
2.2 Actinomyces (niet kennen!) ............................................................................ 38
2.3 Actinobaculum (niet kennen!) ......................................................................... 38
2.4 Arcanobacterium (niet kennen!) ...................................................................... 38
2.5 Trueperella pyogenes ..................................................................................... 38
2.6 Nocardia (niet kennen!) .................................................................................. 39
2.7 Streptomyces (niet kennen!) ........................................................................... 39
2.8 Dermatophilus congolensis ............................................................................ 39
2.9 Rhodococcus equi ......................................................................................... 42
2.10 Mycobacterium (niet kennen!) ...................................................................... 42
3. Divisie Firmicutes ............................................................................................... 42
3.1 Staphylococcus ............................................................................................. 42
3.1.1 Indeling ................................................................................................... 43
3.1.2 Coagulase en/of DNase positieve Staphylococcus species ......................... 43
3.1.3 Meticilline resistente Staphyloccocus aureus (MRSA) en Staphylococcus
intermedius (MRSP) stammen ........................................................................... 46
3.1.4 Bèta-lactam antibiotica en hun werkingsmechanisme................................ 46
3.2 Streptococcus ............................................................................................... 48
1
, 3.2.1 Streptococcus suis .................................................................................. 49
3.2.2 Streptococcus equi subspecies equi: droes bij paarden ............................. 49
3.3 Enterococcus ................................................................................................ 50
3.4 Clostridium ................................................................................................... 51
3.4.1 Waaier aan species betrokken in ziekte ..................................................... 51
3.4.1 Clostridium botulinum ............................................................................. 51
3.4.2 Clostridium tetani .................................................................................... 51
3.4.3 Clostridium perfringens............................................................................ 52
3.4.4 Clostridium piliforme (niet kennen!) .......................................................... 57
3.5 Mycoplasma en Ureaplasma (niet kennen!) ..................................................... 57
3.6 Bacillus ......................................................................................................... 57
3.6.1 Bacillus anthracis: “anthrax” of miltvuur .................................................... 57
3.6.2 Bacillus cereus (niet kennen!) ................................................................... 59
4. Divisie Bacteriodetes .......................................................................................... 60
4.1 Bacteriodes – Prevotella ................................................................................. 60
4.2 Riemerella (niet kennen!)................................................................................ 60
4.3 Flavobacterium (niet kennen!) ........................................................................ 60
4.4 Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) (niet kennen!) ...................................... 60
4.5 Capnocytophaga ........................................................................................... 61
5. Divisie Fusobacteria............................................................................................ 61
5.1 Dichelobacter nodosus .................................................................................. 61
5.1.1 Rotkreupel (schapen) en stinkpoot (runderen) ........................................... 61
5.2 Fusobacterium necrophorum ......................................................................... 62
5.3 Trueperella pyogenes (ander phylum) .............................................................. 62
6. Divisie Spirochaetes ........................................................................................... 62
6.1 Leptospira ..................................................................................................... 62
6.1.1 Pathogene Leptospira .............................................................................. 63
6.1.2 Leptospira infecties van reservoir gastheren .............................................. 63
6.1.3 Serotypes ................................................................................................ 63
6.1.4 Leptospira infecties van niet-reservoir gastheren ....................................... 64
6.1.5 Voorbeeld Icterohemorrhagiae, Copenhageni, Grippotyphosa .................... 64
6.2 Leptospira pomona ........................................................................................ 65
7. Divisie Chlamydiae ............................................................................................. 65
2
, 7.1 Chlamydia psittaci: specifieke stammen ......................................................... 65
7.2 Chlamydia psittaci: andere specifieke stammen .............................................. 65
7.3 Chlamydia felis (niet kennen!) ......................................................................... 66
7.4 Chlamydia abortus (niet kennen!) ................................................................... 66
Inleiding: taxonomie, nomenclatuur, identificatie en
fylogenie
Taxonomie
• Classificatie van organismen, indelen in ‘taxa’
o Nomenclatuur: toekennen van namen aan taxonomische groepen
o Identificatie: bepalen tot welke taxa een bacterieel isolaat behoort
• Belangrijk voor diagnostiek en behandeling
• Basis taxonomische eenheid = species
o Bv.: Escherichia coli
▪ Escherichia = genusnaam
▪ Coli = speciesnaam
o Species
▪ = groep stammen die op fenotypisch vlak vrij homogeen zijn
▪ Ze moeten in minstens 2 fenotypische kenmerken verschillen van
andere species
o Stam = reincultuur van 1 isolaat
▪ Swab nemen uit letsel – uit enten op agarplaat – soms
verschillende bacteriën – 1 kolonie uitplanten op agarplaat →
klonen van dezelfde bacterie = stam
o Per species 1 referentiestam
▪ Referentiestammen worden opgeslagen in internationale bacterie
collecties
▪ Isolaat vergelijken met referentiestammen om te achterhalen tot
welke species de bacterie behoort
Nomenclatuur
• Fylum (divisie)
• Klasse -ia
• Orde -ales
• Familie -aceae
• Genus
• Species
• Subspecies
3
, Nog verdere onderverdeling:
• Serotypes (of serovars)
o = verzameling van stammen met gemeenschappelijke antigenische
eigenschappen
o Bv.: varianten van een bepaald species die andere eigenschappen hebben
van celwand
o Als dier geïnfecteerd wordt, gaat het specifieke antilichamen produceren
tegen een bepaald serotype
• Biotypes (of biovars)
o = verzameling van stammen met specifieke biochemische of fysiologische
eigenschappen
• Genotypes (of genovars)
o Op basis van genetische verschillen
• Ecotypes (of ecovars)
o Slaat op de gastheer, ecologische niche die bepaalde stammen van een
bepaald species kunnen koloniseren
• Pathotypes (of pathovars)
o Aanwezigheid van verschillende toxines binnen stammen van een bepaald
species
• Faagtypes (of fagovars)
o = stammen die door dezelfde fagen gelyseerd worden
o Slaat op faaggevoeligheid: celwandverschillen waardoor bepaalde
bacteriofagen wel of niet kunnen binden op de celwand van bacteriën
Fylogenie (verwantschapsonderzoek)
• = onderzoek naar verwantschap tussen bacteriële soorten
• Fylogentische boom
o Hoe dichter bacteriën bij elkaar liggen, hoe meer verwant
o Als je een nieuwe stam zou isoleren, kan je deze positioneren in een
verwantschapsboom, zo weet je tot welke taxa de bacterie behoort
Methodieken in taxonomie en fylogenie
• Polyfasische benadering
o Feno- en genotypsiche technieken
• Genoomsequenties
• 16S rRNA gen sequenering → codeert voor 16S rRNA
o Meest courant gebruikt
o > 97% homologie = zelfde species
o > 95% homologie = zelfde genus
• “Huishoudgenen”
o Geconserveerde genen
o Hoe hoger graad van gelijkheid tussen verschillende huishoudgenen van 2
verschillende bacteriën, hoe meer gerelateerd
4
Inhoud
Inleiding: taxonomie, nomenclatuur, identificatie en fylogenie ..................................... 3
1. Divisie proteobacteria ........................................................................................... 5
1.1 Facultatief anaerobe Gram-negatieve bacillen en coccoabcillen ......................... 5
1.1.1 Enterobacteriaceae ................................................................................... 5
1.1.2 Vibrio en Aeromonas ................................................................................ 19
1.1.3 Pasteurellaceae ....................................................................................... 19
1.2 Aerobe en microaerofiele Gram-negatieve bacillen, coccen en coccobacillen ... 27
1.3 Obligaat intracellulaire kiemen ....................................................................... 36
1.3.1 Coxiella Burnetii ...................................................................................... 36
1.3.2 Lawsonia intracellularis............................................................................ 36
2. Divisie Actinobacteria ......................................................................................... 36
2.1 Corynebacterium species .............................................................................. 37
2.1.1 Corynebacterium pseudotuberculosis ...................................................... 37
2.2 Actinomyces (niet kennen!) ............................................................................ 38
2.3 Actinobaculum (niet kennen!) ......................................................................... 38
2.4 Arcanobacterium (niet kennen!) ...................................................................... 38
2.5 Trueperella pyogenes ..................................................................................... 38
2.6 Nocardia (niet kennen!) .................................................................................. 39
2.7 Streptomyces (niet kennen!) ........................................................................... 39
2.8 Dermatophilus congolensis ............................................................................ 39
2.9 Rhodococcus equi ......................................................................................... 42
2.10 Mycobacterium (niet kennen!) ...................................................................... 42
3. Divisie Firmicutes ............................................................................................... 42
3.1 Staphylococcus ............................................................................................. 42
3.1.1 Indeling ................................................................................................... 43
3.1.2 Coagulase en/of DNase positieve Staphylococcus species ......................... 43
3.1.3 Meticilline resistente Staphyloccocus aureus (MRSA) en Staphylococcus
intermedius (MRSP) stammen ........................................................................... 46
3.1.4 Bèta-lactam antibiotica en hun werkingsmechanisme................................ 46
3.2 Streptococcus ............................................................................................... 48
1
, 3.2.1 Streptococcus suis .................................................................................. 49
3.2.2 Streptococcus equi subspecies equi: droes bij paarden ............................. 49
3.3 Enterococcus ................................................................................................ 50
3.4 Clostridium ................................................................................................... 51
3.4.1 Waaier aan species betrokken in ziekte ..................................................... 51
3.4.1 Clostridium botulinum ............................................................................. 51
3.4.2 Clostridium tetani .................................................................................... 51
3.4.3 Clostridium perfringens............................................................................ 52
3.4.4 Clostridium piliforme (niet kennen!) .......................................................... 57
3.5 Mycoplasma en Ureaplasma (niet kennen!) ..................................................... 57
3.6 Bacillus ......................................................................................................... 57
3.6.1 Bacillus anthracis: “anthrax” of miltvuur .................................................... 57
3.6.2 Bacillus cereus (niet kennen!) ................................................................... 59
4. Divisie Bacteriodetes .......................................................................................... 60
4.1 Bacteriodes – Prevotella ................................................................................. 60
4.2 Riemerella (niet kennen!)................................................................................ 60
4.3 Flavobacterium (niet kennen!) ........................................................................ 60
4.4 Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) (niet kennen!) ...................................... 60
4.5 Capnocytophaga ........................................................................................... 61
5. Divisie Fusobacteria............................................................................................ 61
5.1 Dichelobacter nodosus .................................................................................. 61
5.1.1 Rotkreupel (schapen) en stinkpoot (runderen) ........................................... 61
5.2 Fusobacterium necrophorum ......................................................................... 62
5.3 Trueperella pyogenes (ander phylum) .............................................................. 62
6. Divisie Spirochaetes ........................................................................................... 62
6.1 Leptospira ..................................................................................................... 62
6.1.1 Pathogene Leptospira .............................................................................. 63
6.1.2 Leptospira infecties van reservoir gastheren .............................................. 63
6.1.3 Serotypes ................................................................................................ 63
6.1.4 Leptospira infecties van niet-reservoir gastheren ....................................... 64
6.1.5 Voorbeeld Icterohemorrhagiae, Copenhageni, Grippotyphosa .................... 64
6.2 Leptospira pomona ........................................................................................ 65
7. Divisie Chlamydiae ............................................................................................. 65
2
, 7.1 Chlamydia psittaci: specifieke stammen ......................................................... 65
7.2 Chlamydia psittaci: andere specifieke stammen .............................................. 65
7.3 Chlamydia felis (niet kennen!) ......................................................................... 66
7.4 Chlamydia abortus (niet kennen!) ................................................................... 66
Inleiding: taxonomie, nomenclatuur, identificatie en
fylogenie
Taxonomie
• Classificatie van organismen, indelen in ‘taxa’
o Nomenclatuur: toekennen van namen aan taxonomische groepen
o Identificatie: bepalen tot welke taxa een bacterieel isolaat behoort
• Belangrijk voor diagnostiek en behandeling
• Basis taxonomische eenheid = species
o Bv.: Escherichia coli
▪ Escherichia = genusnaam
▪ Coli = speciesnaam
o Species
▪ = groep stammen die op fenotypisch vlak vrij homogeen zijn
▪ Ze moeten in minstens 2 fenotypische kenmerken verschillen van
andere species
o Stam = reincultuur van 1 isolaat
▪ Swab nemen uit letsel – uit enten op agarplaat – soms
verschillende bacteriën – 1 kolonie uitplanten op agarplaat →
klonen van dezelfde bacterie = stam
o Per species 1 referentiestam
▪ Referentiestammen worden opgeslagen in internationale bacterie
collecties
▪ Isolaat vergelijken met referentiestammen om te achterhalen tot
welke species de bacterie behoort
Nomenclatuur
• Fylum (divisie)
• Klasse -ia
• Orde -ales
• Familie -aceae
• Genus
• Species
• Subspecies
3
, Nog verdere onderverdeling:
• Serotypes (of serovars)
o = verzameling van stammen met gemeenschappelijke antigenische
eigenschappen
o Bv.: varianten van een bepaald species die andere eigenschappen hebben
van celwand
o Als dier geïnfecteerd wordt, gaat het specifieke antilichamen produceren
tegen een bepaald serotype
• Biotypes (of biovars)
o = verzameling van stammen met specifieke biochemische of fysiologische
eigenschappen
• Genotypes (of genovars)
o Op basis van genetische verschillen
• Ecotypes (of ecovars)
o Slaat op de gastheer, ecologische niche die bepaalde stammen van een
bepaald species kunnen koloniseren
• Pathotypes (of pathovars)
o Aanwezigheid van verschillende toxines binnen stammen van een bepaald
species
• Faagtypes (of fagovars)
o = stammen die door dezelfde fagen gelyseerd worden
o Slaat op faaggevoeligheid: celwandverschillen waardoor bepaalde
bacteriofagen wel of niet kunnen binden op de celwand van bacteriën
Fylogenie (verwantschapsonderzoek)
• = onderzoek naar verwantschap tussen bacteriële soorten
• Fylogentische boom
o Hoe dichter bacteriën bij elkaar liggen, hoe meer verwant
o Als je een nieuwe stam zou isoleren, kan je deze positioneren in een
verwantschapsboom, zo weet je tot welke taxa de bacterie behoort
Methodieken in taxonomie en fylogenie
• Polyfasische benadering
o Feno- en genotypsiche technieken
• Genoomsequenties
• 16S rRNA gen sequenering → codeert voor 16S rRNA
o Meest courant gebruikt
o > 97% homologie = zelfde species
o > 95% homologie = zelfde genus
• “Huishoudgenen”
o Geconserveerde genen
o Hoe hoger graad van gelijkheid tussen verschillende huishoudgenen van 2
verschillende bacteriën, hoe meer gerelateerd
4
