Deel 2: overzicht van de microbiële wereld
Hoofdstuk 1: classificatie van MO
1. De studie van fylogenetische verwantschap
Terminologie:
- Taxonomie = wetenschap v. classificatie
- Systematiek = fylogenie = studie v. evolutionaire verwantschap v. org.
Historiek:
- Oude grieken: planten en dieren
- 1735 – Carolus Linnaeus
° Formeel classificatiesyst. Met 2 rijken -> Plantae & Animalia
- 1800
° Carl von Nägeli: toevoeging bact. & fungi aan Plantae
° Ernst Haeckel: bact, fungi, protozoa & algen behoren tot Protista
- 1937: introductie v/d term prokaryoot
- 1959: apart rijk vr. fungi
- 1969 - Robert Whittaker: vijf-rijken systeem
° Vijf-rijken systeem: plantae, animalia, fungi,
protista, bacteria
1
,De drie domeinen:
- 1978 – Carl Woese
° Ribosomale RNA-sequenties -> 3 verschillende celgroepen: eukaryoten en
prokaryoten (bact. & archaea)
° Extra niveau toegevoegd boven rijken: domein
§ rRNA-sequenties
§ Lipidestructuur v/h membraan
§ tRNA-molecules
§ Antibioticumgevoeligheid
- 3 domeinen:
1. Eukarya: eukaryoten (animalia, plantae, fungi, protista)
2. Bacteria: prokaryoten
3. Archaea: prokaryoten
- Endosymbiosetheorie
° Chloroplasten & mitochondrion = vrije 1-cellige prokaryoten
° Door fagocytose in gastcel -> samen in symbiose voortleven
2
,Een fylogenetische boom:
- Diagram dat evolutionaire verwantschap tss. org. weergeeft
- Reeks evolutionaire gebeurtenissen
- Gemeenschappelijke voorouder
2. Classificatie van organismen
- Taxonomie -> 2 subdisciplines
° Identificatie
° Nomenclatuur
Wetenschappelijke nomenclatuur:
- Gebonden aan regels vr. eenduidige communicatie
- Binomale nomenclatuur: elk organisme 2 namen (Genus species)
- Latijns
- Grieks
- Onderhevig aan veranderingen
3
, Taxonomische hiërarchie:
Classificatie van prokaryoten:
- Bergey’s manual of systematic bacteriology
° Classificatiesysteem v. prokaryoten
° Identificatie v. bact.
- O.b.v. rRNA-nucleotidesequenties
- Prokaryoot species = populatie cellen met gelijkaardige karakteristieken
° Bact. v. zelfde species -> niet te onderscheiden
° Bact. v. zelfde species -> te onderscheiden
° Zuivere cultuur -> afgeleid v. 1 ouderlijke cel -> kloon
° Theorie: alle cellen i/d kloon zijn identiek
° Praktijk: soms zijn niet alle cellen identiek -> stam (strain)
Classificatie van eukaryoten:
- Eukaryoot species = groep sterk verwante org. die zich onderling voortplanten
- Protista
° Unicellulair
° 200 000 species
° Nutritioneel zeer divers
° Onderverdeling in “clades” o.b.v. rRNA-sequenties
4
Hoofdstuk 1: classificatie van MO
1. De studie van fylogenetische verwantschap
Terminologie:
- Taxonomie = wetenschap v. classificatie
- Systematiek = fylogenie = studie v. evolutionaire verwantschap v. org.
Historiek:
- Oude grieken: planten en dieren
- 1735 – Carolus Linnaeus
° Formeel classificatiesyst. Met 2 rijken -> Plantae & Animalia
- 1800
° Carl von Nägeli: toevoeging bact. & fungi aan Plantae
° Ernst Haeckel: bact, fungi, protozoa & algen behoren tot Protista
- 1937: introductie v/d term prokaryoot
- 1959: apart rijk vr. fungi
- 1969 - Robert Whittaker: vijf-rijken systeem
° Vijf-rijken systeem: plantae, animalia, fungi,
protista, bacteria
1
,De drie domeinen:
- 1978 – Carl Woese
° Ribosomale RNA-sequenties -> 3 verschillende celgroepen: eukaryoten en
prokaryoten (bact. & archaea)
° Extra niveau toegevoegd boven rijken: domein
§ rRNA-sequenties
§ Lipidestructuur v/h membraan
§ tRNA-molecules
§ Antibioticumgevoeligheid
- 3 domeinen:
1. Eukarya: eukaryoten (animalia, plantae, fungi, protista)
2. Bacteria: prokaryoten
3. Archaea: prokaryoten
- Endosymbiosetheorie
° Chloroplasten & mitochondrion = vrije 1-cellige prokaryoten
° Door fagocytose in gastcel -> samen in symbiose voortleven
2
,Een fylogenetische boom:
- Diagram dat evolutionaire verwantschap tss. org. weergeeft
- Reeks evolutionaire gebeurtenissen
- Gemeenschappelijke voorouder
2. Classificatie van organismen
- Taxonomie -> 2 subdisciplines
° Identificatie
° Nomenclatuur
Wetenschappelijke nomenclatuur:
- Gebonden aan regels vr. eenduidige communicatie
- Binomale nomenclatuur: elk organisme 2 namen (Genus species)
- Latijns
- Grieks
- Onderhevig aan veranderingen
3
, Taxonomische hiërarchie:
Classificatie van prokaryoten:
- Bergey’s manual of systematic bacteriology
° Classificatiesysteem v. prokaryoten
° Identificatie v. bact.
- O.b.v. rRNA-nucleotidesequenties
- Prokaryoot species = populatie cellen met gelijkaardige karakteristieken
° Bact. v. zelfde species -> niet te onderscheiden
° Bact. v. zelfde species -> te onderscheiden
° Zuivere cultuur -> afgeleid v. 1 ouderlijke cel -> kloon
° Theorie: alle cellen i/d kloon zijn identiek
° Praktijk: soms zijn niet alle cellen identiek -> stam (strain)
Classificatie van eukaryoten:
- Eukaryoot species = groep sterk verwante org. die zich onderling voortplanten
- Protista
° Unicellulair
° 200 000 species
° Nutritioneel zeer divers
° Onderverdeling in “clades” o.b.v. rRNA-sequenties
4
