Methoden 1
Inhoudstafel:
2. Biomedische vraagstelling en onderzoeksmethodiek
2.1 Vraagstellingen
2.2 Soorten onderzoek
2.3 Soorten analyses
2.4 Klasse van methode
2.5 Ontwerp van biomedische experimenten
2.6 Definities
2.7 Selectie van de methode
3. Studiemateriaal
3.1 Onderzoek op humaan organisme
3.1.1 Types onderzoek
3.1.2 Aandachtspunten bij een studie-onderwerp
3.2 Modelsystemen
3.2.1Celculturen
3.2.1.1 Primaire celculturen
3.2.1.2 Geïmmortaliseerde cellijnen
3.2.1.3 Kankercellijnen
3.2.1.4 Stamcellen
3.2.1.4.1 Embryonale stamcellen
3.2.1.4.2 Adulte
3.2.1.4.3 Geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC)
3.2.1.5 Organoïden
3.2.1.6 Overzicht
3.2.2 Weefselculturen
3.2.3 Modelorganismen
3.2.3.1 Gist:
3.2.3.2 Worm:
3.2.3.3 Fruitvlieg:
3.2.3.4 Zebravis:
3.2.3.5 Kikker:
3.2.3.6 Muis:
3.2.4 Xenograften
3.3 Staalbereiding
3.3.1 Fysiologische vloeistoffen en cellen
3.3.2 Weefsels
, 3.3.3 Methoden voor celsortering
3.3.3.1 Fluorescence-activated cell sorting (FACS)
3.3.3.2 Magnetic-activated cell sorting (MACS)
3.3.3.3 Laser capture microdissection (LCM)
3.3.4 Werken met celculturen
3.3.4.1 Celcultuuromgeving
3.3.4.2 Media
3.3.4.3 Celgroei en celproliferatie
3.3.4.4 Celtelling
3.3.4.4.1 Manuele telling
3.3.4.4.1.1 Telkamer
3.3.4.4.2 Automatische telling
3.3.4.4.2.1 Optisch algoritme
3.3.4.4.2.2 Coulter deltelling
3.3.4.5 Cel leefbaarheid
3.3.4.6 Contaminaties
3.3.4.6.1 Detectie
3.3.4.6.1.1 Indicatoren
3.3.4.6.1.2 Bacteriën
3.3.4.6.1.3 Gist en schimmels
3.3.4.6.1.4 Mycoplasma
3.3.4.6.1.5 Virussen
3.3.4.6.1.6 Eukaryote cellen
3.3.5 Bewaring
3.3.5.1 Cryopreservatie van cellen
4. Bioveiligheid
4.1 Soorten risico’s
4.2 Risicoklasses
4.3 Contaminatie en infecties
4.4 Procedures en werkvoorschriften bioveiligheid
4.4.1 Wetgeving bioveiligheid
4.4.2 Procedures
4.4.2.1 Meldingsplicht ‘activiteiten met risicohoudend biologisch materiaal’
4.4.3 Werkvoorschriften
4.4.3.1 Transport
4.4.3.2 Bioveiligheid
4.5 Collectieve bescherming
4.5.1 Veiligheidskabinetten
4.5.1.1 Chemische veiligheidskabinet
4.5.1.2 Bioveiligheidskabinet
4.6 Persoonlijke beschermingsmiddelen
, 4.6.1 Labojas
4.6.2 Handschoenen
4.6.3 Veiligheidsbril
4.7 Handhygiëne en ontsmetting
4.7.1 Wassen en ontsmetten van de handen
4.7.2 Ontsmetting van werkoppervlakken en materialen
4.8 Risicohoudend biologisch afval
4.9 Incidenten
4.9.1 Prik-, spat- of snij-ongeval
5. Meten en schatten
5.1 Meetonzekerheid
5.1.1 Toevallige fout
5.1.2 Systematische meetfout
5.1.3 Nauwkeurigheid
5.1.4 Precisie
5.2 Kalibratie/ijking
5.3 Meting schatting
5.3.1 Meting
5.3.1.1 SI-stelsel
5.3.2 Schatting
5.4 Meetbegrippen
5.4.1 Dynamisch bereik
5.4.1.1 Detectielimiet
5.4.1.2 Kwantificatielimiet
5.4.1.3 Lineariteitslimit
5.4.2 Analytisch Diagnostisch
5.4.2.1 Specificiteit
5.4.2.2 Sensitiviteit
5.4.3 Blanco meting
5.4.4 Robuustheid
5.5 Herhaalbaarheid Reproduceerbaarheid
5.5.1 Herhaalbaarheid
5.5.2 Reproduceerbaarheid
5.6 Vergelijken van meetresultaten
5.6.1 Bland Altman plot
6. Elementaire basistechnieken
6.1 Pipetteren
6.1.1 Volumetische pipet
6.1.2 Gegradueerde pipet
6.1.3 Pasteurpipet
, 6.1.4 Micropipet
6.1.5 Hulpmiddelen
6.1.5.1 Pipetteerballon
6.1.5.2 Pipetteerpomp
6.1.5.3 Elektronische pipetvuller
6.1.6 Oorzaak van fouten
6.1.7 Aandachtspunten
6.2 Verdunningen
6.2.1 Steriele verdunningen
6.3 Wegen
6.3.1 Types van weegschalen
6.3.1.1 Bovenweger
6.3.1.2 Analytische balans
6.3.1.3 Semi-microbalans
6.3.1.4 Microbalans
6.3.2 Aandachtspunten gebruik weegschaal
6.4 Buffers en Fysiologische Oplossingen
6.4.1 Eigenschappen van een goede buffer
6.4.2 Vaak gebruikte bufferfamilies in biochemie en biomedische
6.4.3 Toepassingen van buffers
6.5 Meten van Osmolaliteit
6.5.1 Toepassingen
6.6 pH-bepaling
6.6.1 pH indicatorstrookjes
6.6.2 pH meter
6.6.2.1 Aandachtspunten:
6.7 Sedimentatie en Centrifugatie
6.7.1 Relatief centrifugaal veld RCF
6.7.2 Belangrijke begrippen
6.7.2.1 Sedimentatiesnelheid
6.7.2.2 Sedimentatiecoëfficient
6.7.2.3 sedimentatietijd
6.7.3 Types van centrifugale scheidingen
6.7.3.1 Klassieke centrifugatie
6.7.3.2 Differentiële centrifugatie
6.7.3.3 Densiteitsgradiënt centrifugatie
6.7.3.3.1 Zonale centrifugatie
6.7.3.3.2 Isopycnische centrifugatie
6.7.3.3.3 Gradiëntvormers
6.7.4 Types van centrifuges:
6.7.4.1 Lage snelheidscentrifuges
6.7.4.2 Hoge snelheidscentrifuges
Inhoudstafel:
2. Biomedische vraagstelling en onderzoeksmethodiek
2.1 Vraagstellingen
2.2 Soorten onderzoek
2.3 Soorten analyses
2.4 Klasse van methode
2.5 Ontwerp van biomedische experimenten
2.6 Definities
2.7 Selectie van de methode
3. Studiemateriaal
3.1 Onderzoek op humaan organisme
3.1.1 Types onderzoek
3.1.2 Aandachtspunten bij een studie-onderwerp
3.2 Modelsystemen
3.2.1Celculturen
3.2.1.1 Primaire celculturen
3.2.1.2 Geïmmortaliseerde cellijnen
3.2.1.3 Kankercellijnen
3.2.1.4 Stamcellen
3.2.1.4.1 Embryonale stamcellen
3.2.1.4.2 Adulte
3.2.1.4.3 Geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC)
3.2.1.5 Organoïden
3.2.1.6 Overzicht
3.2.2 Weefselculturen
3.2.3 Modelorganismen
3.2.3.1 Gist:
3.2.3.2 Worm:
3.2.3.3 Fruitvlieg:
3.2.3.4 Zebravis:
3.2.3.5 Kikker:
3.2.3.6 Muis:
3.2.4 Xenograften
3.3 Staalbereiding
3.3.1 Fysiologische vloeistoffen en cellen
3.3.2 Weefsels
, 3.3.3 Methoden voor celsortering
3.3.3.1 Fluorescence-activated cell sorting (FACS)
3.3.3.2 Magnetic-activated cell sorting (MACS)
3.3.3.3 Laser capture microdissection (LCM)
3.3.4 Werken met celculturen
3.3.4.1 Celcultuuromgeving
3.3.4.2 Media
3.3.4.3 Celgroei en celproliferatie
3.3.4.4 Celtelling
3.3.4.4.1 Manuele telling
3.3.4.4.1.1 Telkamer
3.3.4.4.2 Automatische telling
3.3.4.4.2.1 Optisch algoritme
3.3.4.4.2.2 Coulter deltelling
3.3.4.5 Cel leefbaarheid
3.3.4.6 Contaminaties
3.3.4.6.1 Detectie
3.3.4.6.1.1 Indicatoren
3.3.4.6.1.2 Bacteriën
3.3.4.6.1.3 Gist en schimmels
3.3.4.6.1.4 Mycoplasma
3.3.4.6.1.5 Virussen
3.3.4.6.1.6 Eukaryote cellen
3.3.5 Bewaring
3.3.5.1 Cryopreservatie van cellen
4. Bioveiligheid
4.1 Soorten risico’s
4.2 Risicoklasses
4.3 Contaminatie en infecties
4.4 Procedures en werkvoorschriften bioveiligheid
4.4.1 Wetgeving bioveiligheid
4.4.2 Procedures
4.4.2.1 Meldingsplicht ‘activiteiten met risicohoudend biologisch materiaal’
4.4.3 Werkvoorschriften
4.4.3.1 Transport
4.4.3.2 Bioveiligheid
4.5 Collectieve bescherming
4.5.1 Veiligheidskabinetten
4.5.1.1 Chemische veiligheidskabinet
4.5.1.2 Bioveiligheidskabinet
4.6 Persoonlijke beschermingsmiddelen
, 4.6.1 Labojas
4.6.2 Handschoenen
4.6.3 Veiligheidsbril
4.7 Handhygiëne en ontsmetting
4.7.1 Wassen en ontsmetten van de handen
4.7.2 Ontsmetting van werkoppervlakken en materialen
4.8 Risicohoudend biologisch afval
4.9 Incidenten
4.9.1 Prik-, spat- of snij-ongeval
5. Meten en schatten
5.1 Meetonzekerheid
5.1.1 Toevallige fout
5.1.2 Systematische meetfout
5.1.3 Nauwkeurigheid
5.1.4 Precisie
5.2 Kalibratie/ijking
5.3 Meting schatting
5.3.1 Meting
5.3.1.1 SI-stelsel
5.3.2 Schatting
5.4 Meetbegrippen
5.4.1 Dynamisch bereik
5.4.1.1 Detectielimiet
5.4.1.2 Kwantificatielimiet
5.4.1.3 Lineariteitslimit
5.4.2 Analytisch Diagnostisch
5.4.2.1 Specificiteit
5.4.2.2 Sensitiviteit
5.4.3 Blanco meting
5.4.4 Robuustheid
5.5 Herhaalbaarheid Reproduceerbaarheid
5.5.1 Herhaalbaarheid
5.5.2 Reproduceerbaarheid
5.6 Vergelijken van meetresultaten
5.6.1 Bland Altman plot
6. Elementaire basistechnieken
6.1 Pipetteren
6.1.1 Volumetische pipet
6.1.2 Gegradueerde pipet
6.1.3 Pasteurpipet
, 6.1.4 Micropipet
6.1.5 Hulpmiddelen
6.1.5.1 Pipetteerballon
6.1.5.2 Pipetteerpomp
6.1.5.3 Elektronische pipetvuller
6.1.6 Oorzaak van fouten
6.1.7 Aandachtspunten
6.2 Verdunningen
6.2.1 Steriele verdunningen
6.3 Wegen
6.3.1 Types van weegschalen
6.3.1.1 Bovenweger
6.3.1.2 Analytische balans
6.3.1.3 Semi-microbalans
6.3.1.4 Microbalans
6.3.2 Aandachtspunten gebruik weegschaal
6.4 Buffers en Fysiologische Oplossingen
6.4.1 Eigenschappen van een goede buffer
6.4.2 Vaak gebruikte bufferfamilies in biochemie en biomedische
6.4.3 Toepassingen van buffers
6.5 Meten van Osmolaliteit
6.5.1 Toepassingen
6.6 pH-bepaling
6.6.1 pH indicatorstrookjes
6.6.2 pH meter
6.6.2.1 Aandachtspunten:
6.7 Sedimentatie en Centrifugatie
6.7.1 Relatief centrifugaal veld RCF
6.7.2 Belangrijke begrippen
6.7.2.1 Sedimentatiesnelheid
6.7.2.2 Sedimentatiecoëfficient
6.7.2.3 sedimentatietijd
6.7.3 Types van centrifugale scheidingen
6.7.3.1 Klassieke centrifugatie
6.7.3.2 Differentiële centrifugatie
6.7.3.3 Densiteitsgradiënt centrifugatie
6.7.3.3.1 Zonale centrifugatie
6.7.3.3.2 Isopycnische centrifugatie
6.7.3.3.3 Gradiëntvormers
6.7.4 Types van centrifuges:
6.7.4.1 Lage snelheidscentrifuges
6.7.4.2 Hoge snelheidscentrifuges
