LES 5: VARIANTEN EN MENDELIAANSE OVERERVING
1. VARIANTEN IN HET HUMANE GENOOM EN HUN FUNCTIONELE EFFECTEN
1.1 PATHOGENE VS NIET-ZIEKTEVEROORZAKENDE VARIANTEN
germinaal (in alle cellen + doorgeven) somatisch (beperkt aantal cellen + niet
doorgeven)
pathogene / ziekteveroorzakende variant
= verandering in DNA draagt bij tot ontstaan van een ziekte (pathogenese)
→ een veranderd (of geen) eiwit met een andere (of geen) functie
neutrale / niet-ziekteveroorzakende variant
= niet geassocieerd met een fenotype/ziekte
1.2 CLASSIFICATIE VAN VARIANTEN – IN DE EXONEN
3 categorieën v. variaties
1. cytogenetische afwijking = verandering v. aantal intacte chromosomen in een cel
2. moleculair cytogenetische afwijking = verandering v. structuur v. de individuele
chromosomen
3. moleculaire veranderingen = veranderingen in de DNA-sequentie v. een gen (kleine
variaties)
basenpaarsubstituties in coderende regio (exonen)
= vervanging v. 1 nucleotide door een ander nucleotide
transitie = purine → purine / pyrimidine → pyrimidine bv A → G
transversie = purine → pyrimidine / pyrimidine → purine
→ stabiele varianten: onveranderd doorgeven aan volgende generatie
1. missense = verandering v. 1 enkel aminozuur
bv T → C
eiwitverandering tyr → his (andere functie)
eiwit vouwt helemaal anders
op
, 2. nonsense = coderend codon verandert in een stopcodon
bv CGA → TGA =stopcodon => eiwit wordt korter
geen volledige translatie
3. silent = geen aminozuurverandering
→ 1 letter wijzigen bv TAT → TAc (eiwit blijft hetzelfde)
weinig effect, veroorzaakt meestal geen ziektes
komt frequent voor in de populatie
Splice site varianten
= genetische verandering in overgang tussen intronen en exonen
→ resultaat v. substituties/deleties/inserties
verschillende effecten
activatie v. een cryptische splice spite gelegen upstream/downstream v. wild
type splice site
intron retentie
exon skipping
door de substitutie wordt de
plaats waar het intron eindigt
niet herkend
exon teveel uitgeknipt
geen correcte splicing
1. VARIANTEN IN HET HUMANE GENOOM EN HUN FUNCTIONELE EFFECTEN
1.1 PATHOGENE VS NIET-ZIEKTEVEROORZAKENDE VARIANTEN
germinaal (in alle cellen + doorgeven) somatisch (beperkt aantal cellen + niet
doorgeven)
pathogene / ziekteveroorzakende variant
= verandering in DNA draagt bij tot ontstaan van een ziekte (pathogenese)
→ een veranderd (of geen) eiwit met een andere (of geen) functie
neutrale / niet-ziekteveroorzakende variant
= niet geassocieerd met een fenotype/ziekte
1.2 CLASSIFICATIE VAN VARIANTEN – IN DE EXONEN
3 categorieën v. variaties
1. cytogenetische afwijking = verandering v. aantal intacte chromosomen in een cel
2. moleculair cytogenetische afwijking = verandering v. structuur v. de individuele
chromosomen
3. moleculaire veranderingen = veranderingen in de DNA-sequentie v. een gen (kleine
variaties)
basenpaarsubstituties in coderende regio (exonen)
= vervanging v. 1 nucleotide door een ander nucleotide
transitie = purine → purine / pyrimidine → pyrimidine bv A → G
transversie = purine → pyrimidine / pyrimidine → purine
→ stabiele varianten: onveranderd doorgeven aan volgende generatie
1. missense = verandering v. 1 enkel aminozuur
bv T → C
eiwitverandering tyr → his (andere functie)
eiwit vouwt helemaal anders
op
, 2. nonsense = coderend codon verandert in een stopcodon
bv CGA → TGA =stopcodon => eiwit wordt korter
geen volledige translatie
3. silent = geen aminozuurverandering
→ 1 letter wijzigen bv TAT → TAc (eiwit blijft hetzelfde)
weinig effect, veroorzaakt meestal geen ziektes
komt frequent voor in de populatie
Splice site varianten
= genetische verandering in overgang tussen intronen en exonen
→ resultaat v. substituties/deleties/inserties
verschillende effecten
activatie v. een cryptische splice spite gelegen upstream/downstream v. wild
type splice site
intron retentie
exon skipping
door de substitutie wordt de
plaats waar het intron eindigt
niet herkend
exon teveel uitgeknipt
geen correcte splicing
