MEME samenvatting hoorcollege 8
Alfa-helix:
In bijna altijd rechtshandig
Bevat intramoleculaire H-bruggen
3,6 aminozuren per turn
Translatie langs helix ad: 1,5 A per aminozuur.
Een enkele alfa-helix vormt geen porie
20 aminozuren nodig om membraan te overspannen (membraan=30A)
Bèta-sheet:
Parallel of antiparallel
Inter- en intramoleculaire H-bruggen
Rest groepen van aminozuren afwisselend boven en onder de sheet
Translatie langs sheet: 3,5 A per aminozuur
Kan beta-barrel vormen, alleen in een paar membranen gevonden. Deze barrels dienen
vaak als porie.
8-12 aminozuren in beta-barrel nodig om membraan te overspannen (hogere translatie)
Het aantal strand bij een barrel kan verschillen. Als er veel strand zijn, zit er vaak ook nog
een structuur binnenin (voor bijv. selectief transport).
Om te kijken of een peptide een transmembraanhelix
gaat worden, kan gekeken worden naar de
hydrofobiciteitsschaal. Voor een alfa-helix is een
stretch van minimaal 20 aminozuren een
hyfrofobiciteitsindex hebben van boven de 20
ongeveer.
Vaak bevatten transmembraan helixen ook geladen aminozuren. Alfa-helixen kunnen dan
amfipatisch worden, en als er meerdere op een zitten, dan worden deze groepen afgesloten
van de lipiden. Deze geladen aminozuren zijn bijvoorbeeld belangrijk voor het transporteren
van protonen bij bacteriorhodopsine. Door de geladen aminozuren kan een vals negatief
resultaat te zien zijn, meer meestal niet omdat het grootste deel nog wel hydrofoon is.
Voor een alfa helix is dus een stretch van aminozuren nodig met een bepaalde lengte en
hydrofobiciteit.
, Bij membranen in de lipide/water interface erg
breed en een plaats waar veel interacties
plaatsvinden. In het midden van het membraan is
het namelijk gewoon hydrofoob, maar als je iets
naar buiten gaat, is de samenstelling heel
heterogeen. Aromatische aminozuren houden
hiervan, Trp is hiervan het beste voorbeeld.
Lysine en arginine zijn speciale aminozuren, ze
hebben een lading maar wel een relatief lang
hydrofoob deel. Deze aminozuren zitten in de
bilaag, maar de geladen kop steekt uit. Dit heet
snorkelen.
Alle membraaneiwitten komen eerst in het membraan van het
ER terecht. Als de helixen in het membraan zitten van het
ER, kunnen ze correct gevouwen worden en ook aggregeren.
Het translocon bepaald of een eiwit voldoende hydrofoob is
om in het membraan te zitten.
Om te testen wanneer een translocon beslist dat het eiwit in het membraan komt, kan gebruikt
worden gemaakt van microsomen. Deze microsomen kunnen goed gebruikt worden voor in
vitro studies. Na insertie in het membraan worden eiwitten geglycolyseerd door
oligosaccharyltransferase (OST) op specifieke sites (Asn-X-Ser/Thr) en worden
zwavelbruggen gevormd. Testen of peptide in membraan komt:
Maak een DNA construct van een transmembraan eiwit waaraan een hydrofoob segement
zit (rode deel)
Incorporeer glycolysatie sites naast het hydrofobe segment
Laat het DNA expresseren in de aanwezigheid van microsomen
Test de membraanincorporatie door de glycolysatie te analyseren
Alfa-helix:
In bijna altijd rechtshandig
Bevat intramoleculaire H-bruggen
3,6 aminozuren per turn
Translatie langs helix ad: 1,5 A per aminozuur.
Een enkele alfa-helix vormt geen porie
20 aminozuren nodig om membraan te overspannen (membraan=30A)
Bèta-sheet:
Parallel of antiparallel
Inter- en intramoleculaire H-bruggen
Rest groepen van aminozuren afwisselend boven en onder de sheet
Translatie langs sheet: 3,5 A per aminozuur
Kan beta-barrel vormen, alleen in een paar membranen gevonden. Deze barrels dienen
vaak als porie.
8-12 aminozuren in beta-barrel nodig om membraan te overspannen (hogere translatie)
Het aantal strand bij een barrel kan verschillen. Als er veel strand zijn, zit er vaak ook nog
een structuur binnenin (voor bijv. selectief transport).
Om te kijken of een peptide een transmembraanhelix
gaat worden, kan gekeken worden naar de
hydrofobiciteitsschaal. Voor een alfa-helix is een
stretch van minimaal 20 aminozuren een
hyfrofobiciteitsindex hebben van boven de 20
ongeveer.
Vaak bevatten transmembraan helixen ook geladen aminozuren. Alfa-helixen kunnen dan
amfipatisch worden, en als er meerdere op een zitten, dan worden deze groepen afgesloten
van de lipiden. Deze geladen aminozuren zijn bijvoorbeeld belangrijk voor het transporteren
van protonen bij bacteriorhodopsine. Door de geladen aminozuren kan een vals negatief
resultaat te zien zijn, meer meestal niet omdat het grootste deel nog wel hydrofoon is.
Voor een alfa helix is dus een stretch van aminozuren nodig met een bepaalde lengte en
hydrofobiciteit.
, Bij membranen in de lipide/water interface erg
breed en een plaats waar veel interacties
plaatsvinden. In het midden van het membraan is
het namelijk gewoon hydrofoob, maar als je iets
naar buiten gaat, is de samenstelling heel
heterogeen. Aromatische aminozuren houden
hiervan, Trp is hiervan het beste voorbeeld.
Lysine en arginine zijn speciale aminozuren, ze
hebben een lading maar wel een relatief lang
hydrofoob deel. Deze aminozuren zitten in de
bilaag, maar de geladen kop steekt uit. Dit heet
snorkelen.
Alle membraaneiwitten komen eerst in het membraan van het
ER terecht. Als de helixen in het membraan zitten van het
ER, kunnen ze correct gevouwen worden en ook aggregeren.
Het translocon bepaald of een eiwit voldoende hydrofoob is
om in het membraan te zitten.
Om te testen wanneer een translocon beslist dat het eiwit in het membraan komt, kan gebruikt
worden gemaakt van microsomen. Deze microsomen kunnen goed gebruikt worden voor in
vitro studies. Na insertie in het membraan worden eiwitten geglycolyseerd door
oligosaccharyltransferase (OST) op specifieke sites (Asn-X-Ser/Thr) en worden
zwavelbruggen gevormd. Testen of peptide in membraan komt:
Maak een DNA construct van een transmembraan eiwit waaraan een hydrofoob segement
zit (rode deel)
Incorporeer glycolysatie sites naast het hydrofobe segment
Laat het DNA expresseren in de aanwezigheid van microsomen
Test de membraanincorporatie door de glycolysatie te analyseren
