Micro-organismen
B-B1PLMI20
,Microbiologie tools
Microbiologie tools
Bestaat uit:
-microscopie: lichtmicroscopie + elektronenmicroscopie
-kweken
-metagonics
Microscopie
Lichtmicroscopie kleinste bacterien en organellen niet zichtbaar
-brightfield cel kleuringen
-fluorescentie structuur kleuringen & reporter eiwitten
Elektronenmicroscopie kleinste bacterien en organellen zichtbaar
-scanning elektronen microscoop SEM : oppervlakte cellen structuren in beeld
-transmissie elektronen microscopie TEM : binnenkant contouren van cellen structuren in beeld
Kweken
Kweken in cultuur brengen in petrischaal vloeistof
-vooraf veel informatie nodig: welke energiebronnen koolstofbronnen, nutrienten aminozuren &
a biotische omstandigheden?
-morfologie m.b.v. microscopie
-selectieve media, experimenten
-sequencing 1 soort : Sanger taxonomie + short-and long term read sequencing genoom
analyse
, Metagonics
Metagonics sequencing onafhankelijk van kweken
-isoleren DNA 1 soort of uit omgevingssample of microbioomsample
-PCR met universele primers tegen: 16S rRNA gen bacterien + ITS-Internal Transcribed
Spacer schimmels
16S ITS:
-onderdeel van rDNA wat geconserveerd is in variabele stukken: makkelijk ontwikkelen primers
-werkt bij iedere soort: gen amplificeren en sequentie bepalen + vergelijken tussen soorten
voor identificatie verwantschap
PCR twee primers + nucleotiden, Taq polymerase
1. denatureren DNA
2. binden primers
3. verlengen DNA ketens
4. herhalen
Groeicurve, generatietijd & hoeveelheid cellen in cultuur
Groeicurve:
1. lagfase: bacterien passen zich aan aan groeiomstandigheden
2. logfase: populatie groeit exponentieel
3. stationaire fase: populatie netto geen nieuwe bacterien
4. afstervingsfase: aantal bacterien neemt af
Generatietijd tijd die bacterie nodig heeft om zich te delen tijdens logfase
-berekenen door: tijd is 1 uur en aantal cellen is 4 dus 30 min per deling
Hoeveelheid cellen in cultuur bepalen:
-plaattelmethode: 1 mL monster uit oplossing en hiermee verdunningsreeks maken + tot goed
kunnen tellen maar niet te weinig + berekenen met 1: 10.000 is 32 is 320.000 + meet
levende cellen
-optische dichtheidmethode met spectrofotometer : meet levende dode cellen
B-B1PLMI20
,Microbiologie tools
Microbiologie tools
Bestaat uit:
-microscopie: lichtmicroscopie + elektronenmicroscopie
-kweken
-metagonics
Microscopie
Lichtmicroscopie kleinste bacterien en organellen niet zichtbaar
-brightfield cel kleuringen
-fluorescentie structuur kleuringen & reporter eiwitten
Elektronenmicroscopie kleinste bacterien en organellen zichtbaar
-scanning elektronen microscoop SEM : oppervlakte cellen structuren in beeld
-transmissie elektronen microscopie TEM : binnenkant contouren van cellen structuren in beeld
Kweken
Kweken in cultuur brengen in petrischaal vloeistof
-vooraf veel informatie nodig: welke energiebronnen koolstofbronnen, nutrienten aminozuren &
a biotische omstandigheden?
-morfologie m.b.v. microscopie
-selectieve media, experimenten
-sequencing 1 soort : Sanger taxonomie + short-and long term read sequencing genoom
analyse
, Metagonics
Metagonics sequencing onafhankelijk van kweken
-isoleren DNA 1 soort of uit omgevingssample of microbioomsample
-PCR met universele primers tegen: 16S rRNA gen bacterien + ITS-Internal Transcribed
Spacer schimmels
16S ITS:
-onderdeel van rDNA wat geconserveerd is in variabele stukken: makkelijk ontwikkelen primers
-werkt bij iedere soort: gen amplificeren en sequentie bepalen + vergelijken tussen soorten
voor identificatie verwantschap
PCR twee primers + nucleotiden, Taq polymerase
1. denatureren DNA
2. binden primers
3. verlengen DNA ketens
4. herhalen
Groeicurve, generatietijd & hoeveelheid cellen in cultuur
Groeicurve:
1. lagfase: bacterien passen zich aan aan groeiomstandigheden
2. logfase: populatie groeit exponentieel
3. stationaire fase: populatie netto geen nieuwe bacterien
4. afstervingsfase: aantal bacterien neemt af
Generatietijd tijd die bacterie nodig heeft om zich te delen tijdens logfase
-berekenen door: tijd is 1 uur en aantal cellen is 4 dus 30 min per deling
Hoeveelheid cellen in cultuur bepalen:
-plaattelmethode: 1 mL monster uit oplossing en hiermee verdunningsreeks maken + tot goed
kunnen tellen maar niet te weinig + berekenen met 1: 10.000 is 32 is 320.000 + meet
levende cellen
-optische dichtheidmethode met spectrofotometer : meet levende dode cellen
