Biologische Database
Digit Book/ Powerpoints
Chapter 1: The Legend from AmelX and AmelY
AMELX en AMELY
Bij biologische zaken is het soms nodig om het geslacht van een persoon te bepalen op basis van DNA
bij bijvoorbeeld identificatie van slachtoffers, onderzoek naar vermiste personen of in het geval van
seksueel misbruik. Een amelogenine (AMEL) locus codeert voor een matrix eiwitvormend
tandglazuur. Een mutatie kan leiden tot het glazuurdefect, dat resulteert in een abnormale vorming
van tandglazuur. Een AMEL locus heeft twee homologe genen:
AMELX; te vinden in het X-chromosoom. De AMELX’s intron 1 bevat een deletie van 6 bp.
AMELY; te vinden in Y-chromosoom.
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Het is een centrum van biologie en geneeskunde. Het bevat bijna alle records en indices van
menselijke kennis in biologie, biochemie en geneeskunde. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Bij NCBI kan de database van AmelX gevonden worden. Hiervoor typ je AmelX in de zoekfunctie in,
waarbij de resultaten tevoorschijn komen. De weergave waarin het AmelX weergegeven wordt, kan
veranderd worden naar bijvoorbeeld een FASTA file. Hierin zijn de nucleotide te zien van het AmelX
gen.
What is BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)?
Met de gevonden menselijke AmelX en AmelY DNA sequenties kan een experiment uitgevoerd
worden. Om de sequentieniveaus te vergelijken wordt een BLAST gebruikt.
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Met een blast worden de regio’s gevonden met lokale overeenkomsten tussen de verschillende
reeksen. Met het programma worden nucleotide- of een eiwitsequentie vergeleken met de
sequentiedatabase en berekent de statische significantie van de overeenkomsten. Het kan gebruikt
worden om functionele en evolutionaire relaties tussen sequenties af te leiden en om leden van gen
families te helpen identificeren.
Verwachte PCR productgroottes
Forward primer 5’-GTCTCTYYTAATGTKAACAATTGCAT-3’
Reverse primer 5’-CCAACCATCAGAGCTTAAACTG-3’
Deze primers worden vergeleken met het AmelX door een BLASTn uit te voeren. De forward en
reverse primer worden apart ingevuld. Hierbij zie je een resultatenpagina waarin de eerste hit de
locatie van de uitlijning geeft. Vervolgens doe je dat ook met de reverse primer. De coördinatie van
de primers beginnend met 3261-3278 en eindigt op 3573-3552. Van deze coördinatoren kan de
grootte van het verwachte PCR product berekend worden. Hierbij wordt altijd het grootste aantal
minus het kleinste + 1 gedaan.
3573- 3261 + 1 = 313 bp
,De biologische problemen van een sequentie alignement.
Een sequentie uitlijning is een arrangement van twee of meer sequenties, die de overeenkomst
benadrukken. De reeksen worden opgevuld met gaten (streepjes), zodat kolommen waar mogelijk
identieke tekens uit de betrokken reeksen bevatten.
, Chapter 2: Is the top hit always the true answer?
Om te weten of een bepaald gen ook bij bijvoorbeeld mensen voorkomt, kan ook de BLASTn gebruikt
worden. Als deze bij de mensen voorkomen kan ook vergeleken worden of deze op elkaar lijken.
Hiervoor worden de volgende stappen gebruikt:
Doorzoek de hele database en zoek naar menselijke hits in de resultaten.
Volg de link ‘’nucleotide blast’’.
Selecteer de sectie ‘’programmaselectie’’ de optie ‘’somewhat similar sequences (blastn)’’.
Kies ‘’nucleotide collection (nr/nt)’’ als zoekdatabase. NR is de niet redundante database, die
alle niet redundante (niet identieke) sequenties van GenBank en de volledige
genoomdatabase bevat.
Klik op BLAST om de zoekopdracht te starten.
Als de zoekopdracht voltooid is, volgt er informatie bij verschillende
kopjes:
1. Grafische samenvatting (graphic summary): elke treffer wordt voorgesteld door een lijn die
laat zien welk deel van de queryreeks de uitlijning dekt. De lijnen worden gekleurd volgens
de uitlijningscore.
2. Beschrijving (descriptions): een tabel met een beschrijving van een regel van elke hit met
enkele uitlijningsstatistieken.
o Max score: de uitlijningscore van de beste match (lokale uitlijning) tussen de
zoekopdracht en de database hit. Ook wel de Bit score (S) genoemd.
o Totale score (total score): de som van de uitlijningsscores voor alle overeenkomsten
(uitlijningen) tussen de zoekopdracht en de database hit (als er slechts een
overeenkomst per hit is, zijn deze twee scores identiek). Ook wel de ruwe score (R)
genoemd.
Digit Book/ Powerpoints
Chapter 1: The Legend from AmelX and AmelY
AMELX en AMELY
Bij biologische zaken is het soms nodig om het geslacht van een persoon te bepalen op basis van DNA
bij bijvoorbeeld identificatie van slachtoffers, onderzoek naar vermiste personen of in het geval van
seksueel misbruik. Een amelogenine (AMEL) locus codeert voor een matrix eiwitvormend
tandglazuur. Een mutatie kan leiden tot het glazuurdefect, dat resulteert in een abnormale vorming
van tandglazuur. Een AMEL locus heeft twee homologe genen:
AMELX; te vinden in het X-chromosoom. De AMELX’s intron 1 bevat een deletie van 6 bp.
AMELY; te vinden in Y-chromosoom.
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Het is een centrum van biologie en geneeskunde. Het bevat bijna alle records en indices van
menselijke kennis in biologie, biochemie en geneeskunde. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Bij NCBI kan de database van AmelX gevonden worden. Hiervoor typ je AmelX in de zoekfunctie in,
waarbij de resultaten tevoorschijn komen. De weergave waarin het AmelX weergegeven wordt, kan
veranderd worden naar bijvoorbeeld een FASTA file. Hierin zijn de nucleotide te zien van het AmelX
gen.
What is BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)?
Met de gevonden menselijke AmelX en AmelY DNA sequenties kan een experiment uitgevoerd
worden. Om de sequentieniveaus te vergelijken wordt een BLAST gebruikt.
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Met een blast worden de regio’s gevonden met lokale overeenkomsten tussen de verschillende
reeksen. Met het programma worden nucleotide- of een eiwitsequentie vergeleken met de
sequentiedatabase en berekent de statische significantie van de overeenkomsten. Het kan gebruikt
worden om functionele en evolutionaire relaties tussen sequenties af te leiden en om leden van gen
families te helpen identificeren.
Verwachte PCR productgroottes
Forward primer 5’-GTCTCTYYTAATGTKAACAATTGCAT-3’
Reverse primer 5’-CCAACCATCAGAGCTTAAACTG-3’
Deze primers worden vergeleken met het AmelX door een BLASTn uit te voeren. De forward en
reverse primer worden apart ingevuld. Hierbij zie je een resultatenpagina waarin de eerste hit de
locatie van de uitlijning geeft. Vervolgens doe je dat ook met de reverse primer. De coördinatie van
de primers beginnend met 3261-3278 en eindigt op 3573-3552. Van deze coördinatoren kan de
grootte van het verwachte PCR product berekend worden. Hierbij wordt altijd het grootste aantal
minus het kleinste + 1 gedaan.
3573- 3261 + 1 = 313 bp
,De biologische problemen van een sequentie alignement.
Een sequentie uitlijning is een arrangement van twee of meer sequenties, die de overeenkomst
benadrukken. De reeksen worden opgevuld met gaten (streepjes), zodat kolommen waar mogelijk
identieke tekens uit de betrokken reeksen bevatten.
, Chapter 2: Is the top hit always the true answer?
Om te weten of een bepaald gen ook bij bijvoorbeeld mensen voorkomt, kan ook de BLASTn gebruikt
worden. Als deze bij de mensen voorkomen kan ook vergeleken worden of deze op elkaar lijken.
Hiervoor worden de volgende stappen gebruikt:
Doorzoek de hele database en zoek naar menselijke hits in de resultaten.
Volg de link ‘’nucleotide blast’’.
Selecteer de sectie ‘’programmaselectie’’ de optie ‘’somewhat similar sequences (blastn)’’.
Kies ‘’nucleotide collection (nr/nt)’’ als zoekdatabase. NR is de niet redundante database, die
alle niet redundante (niet identieke) sequenties van GenBank en de volledige
genoomdatabase bevat.
Klik op BLAST om de zoekopdracht te starten.
Als de zoekopdracht voltooid is, volgt er informatie bij verschillende
kopjes:
1. Grafische samenvatting (graphic summary): elke treffer wordt voorgesteld door een lijn die
laat zien welk deel van de queryreeks de uitlijning dekt. De lijnen worden gekleurd volgens
de uitlijningscore.
2. Beschrijving (descriptions): een tabel met een beschrijving van een regel van elke hit met
enkele uitlijningsstatistieken.
o Max score: de uitlijningscore van de beste match (lokale uitlijning) tussen de
zoekopdracht en de database hit. Ook wel de Bit score (S) genoemd.
o Totale score (total score): de som van de uitlijningsscores voor alle overeenkomsten
(uitlijningen) tussen de zoekopdracht en de database hit (als er slechts een
overeenkomst per hit is, zijn deze twee scores identiek). Ook wel de ruwe score (R)
genoemd.
