Eerst grind.R script gedownload en als source gezet om de Grind.R functies te definiëren.
Ook working directory ingesteld op de folder waar de verschillende text files zijn opgeslagen.
In dit model kunnen de verschillende parameters worden gefit aan de data. Ook is het LMCV
script geopend in het programma, deze bevat de niet-differentiaalvergelijkingen. De data zijn
geladen (in de console), zodat vervolgens het model kon worden gerund (anders zijn de
verschillende functies en parameters nog niet gedefinieerd)
a. Het model is gerund voor de initiële parameter waardes (run()) en de data zijn
geplot.
gp33
Parameters:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
Ton 2.0649513 0.2419477 8.535 1.93e-06 ***
Toff 7.7694967 0.1702100 45.647 7.97e-15 ***
p 1.9903246 0.1333041 14.931 4.10e-09 ***
da 0.3884070 0.0730677 5.316 0.000184 ***
r 0.0201885 0.0054901 3.677 0.003165 **
dm 0.0001281 0.0003257 0.393 0.701099
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.2981 on 12 degrees of freedom
Parameter correlation:
Ton Toff p da r dm
Ton 1.000e+00 -0.59659 9.509e-01 0.01089 -0.1450 -
4.804e-08
Toff -5.966e-01 1.00000 -7.472e-01 0.40986 0.1348
8.012e-02
p 9.509e-01 -0.74720 1.000e+00 0.01364 -0.1816 -4.655e-08
da 1.089e-02 0.40986 1.364e-02 1.00000 0.4211 3.054e-01
r -1.450e-01 0.13481 -1.816e-01 0.42108 1.0000 6.674e-01
dm -4.804e-08 0.08012 -4.655e-08 0.30542 0.6674 1.000e+00
b. t wordt gegeven in dagen. gp33 epitoop
p = 2,0 keer per dag = hoe snel de cellen delen (per tijdseenheid = dag = 2 delingen
per dag)
ton = 2 dagen = wanneer de cellen beginnen te delen
toff = 7.8 dagen = wanneer de cellen stoppen met delen
, da = 0.39 keer per dag = hoe snel de actieve cellen doodgaan (levensverwachting =
1/da)
r = 0.02 = het aantal geredde cellen → aantal memory cellen
dm = 0.0001 x per dag = de snelheid waarmee de memory cellen ontstaan. dm is
bijna 0, valt binnen de standaarddeviatie, en is dus niet significant (kan net zo goed 0
zijn).
De fit is goed, vrijwel alle datapunten liggen op de lijn (voorspelling = groene lijn).
Positieve correlatie tussen p en ton (als ton iets lager is, wordt p ook hoger
(lijn=steiler). Je wilt dus zo min mogelijk correlatie. De parameter correlatie geeft dus
aan hoe goed definieerbaar de parameters zijn (verder nu niet van belang)
c. np396
Parameters:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
Ton 1.4587909 0.3898103 3.742 0.002463 **
Toff 7.9819489 0.2410608 33.112 6.12e-14 ***
p 1.9141186 0.1779471 10.757 7.67e-08 ***
da 0.4006622 0.0835976 4.793 0.000351 ***
r 0.0184657 0.0065355 2.825 0.014315 *
dm 0.0002681 0.0004349 0.617 0.548171
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.3979 on 13 degrees of freedom
Parameter correlation:
Ton Toff p da r dm
Ton 1.000e+00 -0.66776 9.638e-01 0.01424 -0.1821 -1.855e-08
Toff -6.678e-01 1.00000 -7.915e-01 0.35418 0.1469 6.191e-02
p 9.638e-01 -0.79148 1.000e+00 0.01687 -0.2158 -1.770e-08
da 1.424e-02 0.35418 1.687e-02 1.00000 0.3788 3.125e-01
r -1.821e-01 0.14695 -2.158e-01 0.37880 1.0000 6.721e-01
dm -1.855e-08 0.06191 -1.770e-08 0.31254 0.6721 1.000e+00
ton = 1.5 dagen
toff = 8 dagen
p = 1.9 x per dag
Ook working directory ingesteld op de folder waar de verschillende text files zijn opgeslagen.
In dit model kunnen de verschillende parameters worden gefit aan de data. Ook is het LMCV
script geopend in het programma, deze bevat de niet-differentiaalvergelijkingen. De data zijn
geladen (in de console), zodat vervolgens het model kon worden gerund (anders zijn de
verschillende functies en parameters nog niet gedefinieerd)
a. Het model is gerund voor de initiële parameter waardes (run()) en de data zijn
geplot.
gp33
Parameters:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
Ton 2.0649513 0.2419477 8.535 1.93e-06 ***
Toff 7.7694967 0.1702100 45.647 7.97e-15 ***
p 1.9903246 0.1333041 14.931 4.10e-09 ***
da 0.3884070 0.0730677 5.316 0.000184 ***
r 0.0201885 0.0054901 3.677 0.003165 **
dm 0.0001281 0.0003257 0.393 0.701099
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.2981 on 12 degrees of freedom
Parameter correlation:
Ton Toff p da r dm
Ton 1.000e+00 -0.59659 9.509e-01 0.01089 -0.1450 -
4.804e-08
Toff -5.966e-01 1.00000 -7.472e-01 0.40986 0.1348
8.012e-02
p 9.509e-01 -0.74720 1.000e+00 0.01364 -0.1816 -4.655e-08
da 1.089e-02 0.40986 1.364e-02 1.00000 0.4211 3.054e-01
r -1.450e-01 0.13481 -1.816e-01 0.42108 1.0000 6.674e-01
dm -4.804e-08 0.08012 -4.655e-08 0.30542 0.6674 1.000e+00
b. t wordt gegeven in dagen. gp33 epitoop
p = 2,0 keer per dag = hoe snel de cellen delen (per tijdseenheid = dag = 2 delingen
per dag)
ton = 2 dagen = wanneer de cellen beginnen te delen
toff = 7.8 dagen = wanneer de cellen stoppen met delen
, da = 0.39 keer per dag = hoe snel de actieve cellen doodgaan (levensverwachting =
1/da)
r = 0.02 = het aantal geredde cellen → aantal memory cellen
dm = 0.0001 x per dag = de snelheid waarmee de memory cellen ontstaan. dm is
bijna 0, valt binnen de standaarddeviatie, en is dus niet significant (kan net zo goed 0
zijn).
De fit is goed, vrijwel alle datapunten liggen op de lijn (voorspelling = groene lijn).
Positieve correlatie tussen p en ton (als ton iets lager is, wordt p ook hoger
(lijn=steiler). Je wilt dus zo min mogelijk correlatie. De parameter correlatie geeft dus
aan hoe goed definieerbaar de parameters zijn (verder nu niet van belang)
c. np396
Parameters:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
Ton 1.4587909 0.3898103 3.742 0.002463 **
Toff 7.9819489 0.2410608 33.112 6.12e-14 ***
p 1.9141186 0.1779471 10.757 7.67e-08 ***
da 0.4006622 0.0835976 4.793 0.000351 ***
r 0.0184657 0.0065355 2.825 0.014315 *
dm 0.0002681 0.0004349 0.617 0.548171
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.3979 on 13 degrees of freedom
Parameter correlation:
Ton Toff p da r dm
Ton 1.000e+00 -0.66776 9.638e-01 0.01424 -0.1821 -1.855e-08
Toff -6.678e-01 1.00000 -7.915e-01 0.35418 0.1469 6.191e-02
p 9.638e-01 -0.79148 1.000e+00 0.01687 -0.2158 -1.770e-08
da 1.424e-02 0.35418 1.687e-02 1.00000 0.3788 3.125e-01
r -1.821e-01 0.14695 -2.158e-01 0.37880 1.0000 6.721e-01
dm -1.855e-08 0.06191 -1.770e-08 0.31254 0.6721 1.000e+00
ton = 1.5 dagen
toff = 8 dagen
p = 1.9 x per dag
