Bijzondere bacteriologie
Taxonomie, nomenclatuur en fylogenie
Taxonomie
- Classificatie v organismen, indelen in taxa
o Nomenclatuur
▪ Toekennen naam
o Identificatie
▪ Bepalen tot welke taxa bacterieel isolaat hoort
- Basis taxonomische eenheid = species
o Vb Escherichia coli
- Species= verzameling stammen
o Gelijke eigenschappen
o Kunt kiemen isoleren en herkennen
- Stam = reincultuur v 1 isolaat
o Als je die isoleert door swab – als 1 kolonie en die terug uitplaten –
identieke dezelfde genetische achtergrond, chromosomale info enz
- Per species 1 referentiestam
o Als referentie als je isolaat hebt
o Kunt het daarmee vergelijken – nagaan welk species het is
Nomenclatuur
Verschillende indelingen/taxa
- Fylum
o Hoofdtaxa
o Uit versch klasses, ordes en families enz
o Internationale code
o Bv Firmicutes
- Klasse
o -ia
o Clostridia
- Orde
o -ales
o Clostridiales
- Familie
o -aceae
1
, o Clostridiaceae
- Genus
o Clostridium
- Species
o Perfringens
- Subspecies
- Wij genus en species naam leren
o Schuinlettertype
o Genus: hoofdletter en species: kleine
- Binnen genus nog onderverdeling
o Familie Genus
o Species
o Subspecies
o Serotypes
▪ Andere eig van celwand: spec As tegen deze ag – zo differentieren
▪ Bv Salmonella heel veel versch
o Biotypes/biovars
▪ Biochemische eig verschillend
o Genotypes
▪ Versch genetische inhoud binnen species
o Faagtypes
▪ Stammen isoleren – oorsprong achterhalen
▪ Faaggevoeligheid: celverschillen waardoor fagen knn binden of
niet
o Ecotypes
▪ Slaat op gastheer, ecologische niche die ze kunnen koloniseren
o Pathotypes
▪ Aanw versch toxines binnen stammen v species
Fylogenie
= verwantschapsonderzoek
- Fylogenetische boom
o Hoe dichter bij elk, hoe meer verwant
o Bij nieuw isolaat kun je die erop positioneren
Methodieken in taxonomie en fylogenie
- Genoomsequenties
2
, o Voll DNA gaan sequeneren
o Weet zo tot welke taxa kiem behoort
- 16S rRNA gen seq
o Als meer dan 95% zelfde species
o Makkelijkst
- Polyfasische benadering
o Biochemische eig bekijken
o Geno en fenotype bekijken
- Huishoudgenen
o Hoe hoger graad v gelijkheid, hoe meer gerelateerd
Divisies van belang in dgk
In elke divisie zitten pathogene, maar niet elke is pathogeen, hebt ook interessante
Proteobacteria
Facultatief anaerobe Gram-negatieve bacillen en coccobacillen
Enterobacteriaceae
- Veel darmbewoners (anaeroob dus er goed vermenigvuldigen)
- Gram neg
- Staafjes
- Goed groeien op cultuurmedia
o Gemakkelijk isoleren en opkweken
o Overnacht groeien - 37°
o Selectieve milieus
▪ Agarbodems die andere kiemen onderdrukken
o Indicatieve milieus
▪ Kleur geven rond bacterie als die aanw is
3
, - Geen spores
o Wel vrij resistent in omg
- Veel niet pathogene en facultatieve
Escherichia coli
- Veel diersoorten
- Vasthechten door fimbriae
- Versch toxines produceren
- Flagella of niet
o Beweeglijk
o Peritrich: volledig rond de cel
- Fimbriae
o Binding eukaryote cellen
o Zonder knn ze niet koloniseren
- Kapsel
- Agarbodem, selectieve media mogelijk
o Hemolytische E coli
▪ Opake zone: RBC afgebroken
o Ook niet hemolytisch
E. coli = zeer heterogeen
- Veel types
o Biotypes, serotypes
o Versch pathogeniciteit
o Diersoorten
o Andere ziektebeelden
- Isoleert altijd vanuit darmstaal
o Niet altijd pathogeen
o Verder typeren
▪ Toxines en fimbriae
- Serotypes gebaseerd op
o O-Ag
▪ LPS
o H-ag
▪ Flagellaire
o K- ag
▪ Kapsel
o F-ag
▪ Fimbriae
- Naamgeving
4
Taxonomie, nomenclatuur en fylogenie
Taxonomie
- Classificatie v organismen, indelen in taxa
o Nomenclatuur
▪ Toekennen naam
o Identificatie
▪ Bepalen tot welke taxa bacterieel isolaat hoort
- Basis taxonomische eenheid = species
o Vb Escherichia coli
- Species= verzameling stammen
o Gelijke eigenschappen
o Kunt kiemen isoleren en herkennen
- Stam = reincultuur v 1 isolaat
o Als je die isoleert door swab – als 1 kolonie en die terug uitplaten –
identieke dezelfde genetische achtergrond, chromosomale info enz
- Per species 1 referentiestam
o Als referentie als je isolaat hebt
o Kunt het daarmee vergelijken – nagaan welk species het is
Nomenclatuur
Verschillende indelingen/taxa
- Fylum
o Hoofdtaxa
o Uit versch klasses, ordes en families enz
o Internationale code
o Bv Firmicutes
- Klasse
o -ia
o Clostridia
- Orde
o -ales
o Clostridiales
- Familie
o -aceae
1
, o Clostridiaceae
- Genus
o Clostridium
- Species
o Perfringens
- Subspecies
- Wij genus en species naam leren
o Schuinlettertype
o Genus: hoofdletter en species: kleine
- Binnen genus nog onderverdeling
o Familie Genus
o Species
o Subspecies
o Serotypes
▪ Andere eig van celwand: spec As tegen deze ag – zo differentieren
▪ Bv Salmonella heel veel versch
o Biotypes/biovars
▪ Biochemische eig verschillend
o Genotypes
▪ Versch genetische inhoud binnen species
o Faagtypes
▪ Stammen isoleren – oorsprong achterhalen
▪ Faaggevoeligheid: celverschillen waardoor fagen knn binden of
niet
o Ecotypes
▪ Slaat op gastheer, ecologische niche die ze kunnen koloniseren
o Pathotypes
▪ Aanw versch toxines binnen stammen v species
Fylogenie
= verwantschapsonderzoek
- Fylogenetische boom
o Hoe dichter bij elk, hoe meer verwant
o Bij nieuw isolaat kun je die erop positioneren
Methodieken in taxonomie en fylogenie
- Genoomsequenties
2
, o Voll DNA gaan sequeneren
o Weet zo tot welke taxa kiem behoort
- 16S rRNA gen seq
o Als meer dan 95% zelfde species
o Makkelijkst
- Polyfasische benadering
o Biochemische eig bekijken
o Geno en fenotype bekijken
- Huishoudgenen
o Hoe hoger graad v gelijkheid, hoe meer gerelateerd
Divisies van belang in dgk
In elke divisie zitten pathogene, maar niet elke is pathogeen, hebt ook interessante
Proteobacteria
Facultatief anaerobe Gram-negatieve bacillen en coccobacillen
Enterobacteriaceae
- Veel darmbewoners (anaeroob dus er goed vermenigvuldigen)
- Gram neg
- Staafjes
- Goed groeien op cultuurmedia
o Gemakkelijk isoleren en opkweken
o Overnacht groeien - 37°
o Selectieve milieus
▪ Agarbodems die andere kiemen onderdrukken
o Indicatieve milieus
▪ Kleur geven rond bacterie als die aanw is
3
, - Geen spores
o Wel vrij resistent in omg
- Veel niet pathogene en facultatieve
Escherichia coli
- Veel diersoorten
- Vasthechten door fimbriae
- Versch toxines produceren
- Flagella of niet
o Beweeglijk
o Peritrich: volledig rond de cel
- Fimbriae
o Binding eukaryote cellen
o Zonder knn ze niet koloniseren
- Kapsel
- Agarbodem, selectieve media mogelijk
o Hemolytische E coli
▪ Opake zone: RBC afgebroken
o Ook niet hemolytisch
E. coli = zeer heterogeen
- Veel types
o Biotypes, serotypes
o Versch pathogeniciteit
o Diersoorten
o Andere ziektebeelden
- Isoleert altijd vanuit darmstaal
o Niet altijd pathogeen
o Verder typeren
▪ Toxines en fimbriae
- Serotypes gebaseerd op
o O-Ag
▪ LPS
o H-ag
▪ Flagellaire
o K- ag
▪ Kapsel
o F-ag
▪ Fimbriae
- Naamgeving
4
