Samenvatting BIOCHEMIE (deel 1)

Samenvatning Biochem envannden nspann ni




ALGEMENE EN MENSELIJKE
BIOCHEMIE, DEEL A: STRUCTUUR
EN FUNCTIE
1 Inleiding tot de structuur en functies van eiwitten
1.1 Biologische functies van de eiwitten
 E w ttennhebbennversioch llendenfunioctess:
o Enzymen
 D tnz jnnb BlBi siochenkatalysatBren
 Vb.npeps ne,ntryps ne
o TranspBrt-e w tten
 Vb.nhemBilBb ne,ntransferr ne
o Struioctuur-e w tten
 Vb.niocBllaieen
o ImmunBilBb nen
o Membrana renreioceptBren
o CBntrBlenennd ferentatenvanndeniocellennennweefselsnBpnDNAnn veau
o …




1.2 Aminozuren: bouwblokken van het eiwit
1.2.1 Structuur van het aminozuur
 Denstruioctuurnvanneennam nBzuurnz etnernalsnvBlitnu ts:

NH2n------------CHR----------COOH

o CentraalnstaatnerneennC-atBBmnmetn4nz jtakkens:
 COOHn=niocarbBxylirBep
 NH2n=nam nB-irBep
 Hn=nwaterstBfatBBm
 Rn=nz jtak
o DenBptsiochenaioctv te tnhanitnafnvanndezenz jtakken
 4nversioch llendenz jtakkennnwelnBptsiochenaioctv te tnmetneennL-nennD-iocBnfiurate
 Vb.nalan ne
 3nversioch llendenz jtakkennnieennBptsiochenaioctv te t
 Vb.nilyioc ne
o ReielnvBBrnBptsiochenaioctv te t
 CentraalnmBetneennsp3-atBBmnstaan
 HetnmBetndusneenntetraëdernvBrmenn(4nversioch llendenz jtakken)



1

,Samenvatning Biochem envannden nspann ni


 E iensiochappennvanneennam nBzuurs:
o PBla r
 ZenhBudenndusnvannwatern(z jnner nnBplBsbaar)
o AmfBteer
 D.w.z.ndatnzenzBwelnzurenalsnbasene iensiochappennhebben
o gufer
 ZenhebbenndusneennpHn=n7

1.2.2 20 verschillende aminozuren
 Z jnhebbennaltjdneenniocBnstantnenneennvar abelniedeelte

1.2.3 De L- en D-confguratie
 DenL-nennD-iocBnfiuratenz jnnelkaarsnsp eielbeeld
o Zenz jnndusnn etnsuperpBseerbaar

 Am nBzurennz jnnbBuwblBkkennvanne w tten
o Z jnhebbenndusnaltjdneennL-iocBnfiurate

1.2.4 Aminozuren zijn kleurloos – Kleurreacties
 E w ttennievBrmdndBBrnam nBzurennz jnnkleurlBBs
o D.w.z.ndatnzenieennz iochtbaarnl iochtnabsBrberen
o Mennkannzenwelnkleurennd.m.v.neennreaioctenmetnkleurreaienta
 Vb.ntyrBs nenBfnfuBresiocam ne

1.2.5 Absorptie van PHE, TYR en TRP in het ultraviolet
 Grafek
o TYRn=ntyrBs ne
o TRPn=ntryptBphaan




1.2.6 Vorming van een peptide-binding tussen 2 aminozuren
 D tniebeurtnd.m.v.neenniocBndensatereaioctentussenndeniocarbBxylirBepnvannhetnenenam nBzuurnennden
am nB-irBepnvannhetntweedenam nBzuur
o H2OnwBrdtndusnafiespl tst
o ErnBntstaatneennstev ieniocBvalentenb nd nin(=ndenpeptde-b nd ni)
 D tnvraaitneiochterneneri en(=nATP)



2

,Samenvatning Biochem envannden nspann ni


 Dezenreaioctenkanneennpaarnkeernaiochternelkaar
herhaaldnwBrden
o ZBnBntstaatnerneennpBlypeptde-keten

 CBnventenvBBrnhetnsiochr jvennvanndenbrutBfBrmule
o Reielss:
 Hetnam nBzuurnstaatnaltjdnl nks
 DeniocarbBxylirBepnstaatnaltjdnreiochts
o Opnd enman ernBntstaatnerndusneennpBlar te tniaandenvan NH2
enndeniocarbBxylirBep
 EennpBlypeptde-ketennbestaatnu tn2ndelens:
o EenniocBnstantniedeelten(zwart)
o Eennvar abelniedeelten(irBen)
 D tnz jnndenR-irBepen
 VBBrnR1nz jnnern20nmBiel jkheden,nvBBr R2n
z jnnern20nmBiel jkheden,nvBBrnR3nz jnnern20nmBiel jkheden,n…
o InntBtaalnz jnnerndusnm ljBenenniocBmb natesnmBiel jk

 PBlypeptdennkunnennd.m.v.nzwavelbruiienn(-S-S-)niocBvalentnaannmekaarniebBndennwBrden
o D tnvBrmtneennzeernsterkenb nd ni
 greektndusnzeerntraainaf
o Hetn sneennredBxreaiocte
 WantndenwaterstBf-atBmennwBrdennweiienBmen

 Versioch lntussennpeptdenenne w t
o Ondern50nam nBzurenn=npeptde
o gBvenn50nam nBzurenn=ne w t




1.3 Primaire structuur
 Denpr ma renstruioctuurnvanneenne w tn sndenvBliBrdenvanndenversioch llendenam nBzurennd en nnden
pBlypeptdenvBBrkBmen
o =nAm nBzuur-sequente
o Geefn nfBrmatenBvernhBenhetne w tn nndenru mten s




1.4 Secundaire structuur
 Denseiocunda renstruioctuurnvanneenne w tn sndenru mtel jkenstruioctuurnvanndenpBlypeptde-keten
o H erb jnhBudtnmennenkelnreken ninmetndeniocBnstanteniedeeltes

 3nmBiel jkenstruiocturens:
o -hel x
o VBuwbladstruioctuurn(=n-sheet)
o RandBmniocB lnstruioctuurn(=nturns and loops)

 -hel x


3

, Samenvatning Biochem envannden nspann ni


o =nReiochtsdraa endenpBlypeptde-ketennwaarn2,6nam nBzurennper
tBernieplaatstnwBrden
o VBrmtneennioc l nder
 H errBndnz ttennzwakkenb nd nienn(waterstBfruiien)
tussennCOnennNH
 Dezenbruiiennz ttennvBliensndenasnvannden-hel x
 Eennherhal ninvannzwakke
b nd niennieefneennieheelndat
heelnsterkn s

 VBuwbladstruioctuurn(=n-sheet)
o H erb jnz jnndenpBlypeptde-ketensnmeernu tiestrekt
o gestaatnu tn2nBfnmeerderenpBlypeptdeketensnd enevenw jd inaannelkaarnz jnnieleien
 DezenlBpenndann nneenzelfdenr iochtnin(=nparallelle -
struioctuur)nBfn nnteieniesteldenr iochtnin(=nant- parallellen-
struioctuur)
o DenstruioctuurnwBrdtniestab l seerdndBBrnwaterstBfruiien

 RandBmniocB lnstruioctuur
o D tn sneennw llekeur ienstruioctuurnvanndraa ennennlussen




1.5 Tertiaire structuur
 Denterta renstruioctuurnvanneenne w tn sndenw sselwerk nintussenndenz jtakken
vanndenam nBzurennmetnhetnwater ienBplBsm ddel
o Tussenndenz jtakkennz ttennzwakkenwaterstBfruiien
o HydrBfBbenreaiocte
 D.w.z.ndatndenz jtakkennd enn etnvannwaternhBuden
(hydrBfBBbnz jn)nmetnelkaarneennb nd ninaaniaan
o Ernz jnnapBla renennpBla renz jtakken
 ApBla renz jtakkens:nz jnverm jdennzBnveelnmBiel jknwater
 PBla renz jtakkens:nz jnw llennzBnveelnmBiel jkn nniocBntaioctnkBmennmetnwater
 D tnzBritnvBBrneenndual te t

 Dual te tn nndenstruioctuurnvanneennilBbula rne w t
o D tnzBritnvBBrneennzeerniocBmpaioctenstruioctuur
o Dual te tn nndezenz ns:
 Aanndenb nnenkantnhBudenndenam nBzurennn etnvannwater
 Aanndenbu tenkantnhBudenndenam nBzurennwelnvannwater
o DeterientennkunnenndezenstruioctuurnkapBtmaken




1.6 Kwaternaire structuur
 Denkwaterna renstruioctuurniaatnBverne w ttennmetnmeerderenpBlypeptde-ketens
o Dezene w ttennz jnnievBrmdnu tnmeerderensubeenheden
o Zwakkenb nd nienn(waterstBfruiiennenn Bnb nd nien)


4