100% satisfaction guarantee Immediately available after payment Both online and in PDF No strings attached 4.2 TrustPilot
logo-home
Summary

Samenvatting modelleren en simuleren van biosystemen, Siegfried Deyns

Rating
-
Sold
1
Pages
16
Uploaded on
28-06-2022
Written in
2020/2021

Samenvatting theorie modelleren en simuleren van biosystemen, 2e Ba Bio-ingenieur UA, gegeven door Siegfried Deyns

Institution
Module










Whoops! We can’t load your doc right now. Try again or contact support.

Written for

Institution
Study
Module

Document information

Uploaded on
June 28, 2022
Number of pages
16
Written in
2020/2021
Type
Summary

Subjects

Content preview

HS1: inleiding
1. wat is modelleren en simuleren?
= discipline van het begrijpen en evalueren van de interactie van delen van een reëel of theoretisch
systeem door:
 Ontwikkelen van een beschrijving ervan: model (opbouwen)
 Uitvoeren (runnen) van het model in de tijd en ruimte: stimulatie (gebruiken)

Model
 Benaderende beschrijving of voorstelling van een systeem
 Geeft weer hoe het systeem is opgebouwd of componenten hiervan, hoe ze interageren of
welke processen een rol spelen

Modelleren
 Vertalen van een systeem in een st van wiskundige vergelijkingen

Simuleren
 Het doorrekenen van een model (= virtueel experimenteren)
 Het oplossen van de set van wiskundige vergelijkingen (analytisch of numeriek)

2. Systeem
= een geïsoleerd deel van het universum waarin we geïnteresseerd zijn (onderdelen die met elkaar
verbonden zijn of interageren)
Afgebakende door systeemgrenzen

Systemen hebben een doel of een functie Vb.: fietsketting (doel: overbrengen van een kracht)

Een systeem interageert met zijn omgeving via
 Inputvariabelen (van omgeving) = oorzaak
 Afhankelijke variabele/ toestandsvariabele (gegenereerd door het systeem) = output (naar
omgeving toe)

Vb: 2de wet van newton: a=F/m met F= input en a=output

Systemen kunnen verschillen op basis van
1. Schaal: grote vs kleine systemen vb: klimaatmodellen met als schaal, de wereld, continent,
land, plaats
2. Aard van de onderdelen of processen
a. Chemische systemen
b. Mechanische systemen
c. Elektrische systemen
d. Biosytemen: wanneer een biologisch aspect aanwezig is (vb: populatie organismen)

3. waarom modelleren en simuleren?
We willen weten waarom bepaalde fenomenen optreden in een reëel systeem (antwoorden dmv
reconstructie van een proces en simulatie)

 Laat toe om mogelijkheden van een systeem te onderzoeken door elke verandering aan het
systeem te evalueren zonder uitvoerig te moeten experimenteren

Gevoeligheidsanalyses
Complexe systemen: onmogelijk om alle interacties te beschouwen  bepalen welke factoren het
systeem het meest beïnvloeden

,4. modeltypes
Via de wiskundige vergelijkingen worden inputvariabelen (u,u) omgezet in outputvariabelen (y,y)
 u,y: scalairen
 u, y: vectoren

input/output modellen
inputs rechtstreeks omgezet in outputs (ook transferfunctie
model genoemd)

voorbeeld: groeimodel
we hebben een hoeveelheid cellen x0 (g/l) in een beker. Cellen groeien aan groeisnelheid rx (g/l.h)
dmv binaire deling (hoe meer cellen, hoe sneller het aantal toeneemt), verhouding weergegeven
door μ= evenredigheidsconstante)




Toestandsmodel
 voor complexere systemen
 bevat toestandsvariabelen om de toestand van het systeem te beschrijven

voorbeeld: groeimodel
groei is ook afhankelijk van de hoeveelheid zuurstof c (mol/l)




5. waaruit bestaat een model
 vergelijkingen
 variabelen
o inputvariabelen vb: x0, c0
o Outputvariabelen vb: x
o Toestandsvariabelen vb x, c
 Constanten: hebben steeds dezelfde waarde (vb: gravitaiteconstante)
 Parameters
o Waarden veranderen naargelang de toepassing
o Kan afhankelijk zijn van bvb de temp

6. modelkarakteristiek
Statisch of dynamisch
 Statisch model: houdt geen rekening met de tijd (en/of plaats)

,  Dynamisch model: evolutie van een systeem in tijd (en/of plaats)  opslaan in geheugen

Deterministisch of stochastisch
 Deterministisch: het gedrag van het systeem in de toekomst word volledig bepaald door de
huidige staat
o Geen onzekerheid, elke simulatie zal dezelfde output opleveren
 Stochastisch model: gebruikt statistiek om een onzekerheid in een systeem te beschrijven in
een waarschijnlijkheids verdeling

Linear of niet linear
Lineariteit: laat analytische oplossingen toe
Niet-lineair: oplossen met numerieke methoden

Lineariteit in de variabelen
een model is niet-lineair in e variabelen zodra één van de partiële afgeleiden naar de variabelen
functie is van 1 of meerdere variabelen


Lineariteit in parameters
Een model is niet-lineair in een parameter als de partiële afgeleide naar de parameter functie is van
deze parameter


Vb: monod model (groeimodel)




 Want in partieel afgeleide van S staat een S
 Want in partieel afgeleide staat terug een Ks




Mechanistisch of empirisch
 Mechanistische modellen: gebaseerd of wetenschappelijke wetten (whit-box modellen)
o Vb: 2de wet van newton: er zit een gekend mechanisme in
 Empirische modellen: gebaseerd op emirische kennis (verkregen uit experimenten) (black
box modellen)
 Hybride modellen: gedeeltelijk gebaseerd op wetten en gedeeltelijk op empirische kennis
(grey-box modellen)

7. modelbouw
1. Definieer een doel
a. Criteria: randvoorwaarde, variabelen
b. Input data: parameters of variablen
2. Verzamel kennis: al gekend of experimenten
3. Definieer een kader
a. Condities aflijnen waarvoor model gebruikt
zal worden

Get to know the seller

Seller avatar
Reputation scores are based on the amount of documents a seller has sold for a fee and the reviews they have received for those documents. There are three levels: Bronze, Silver and Gold. The better the reputation, the more your can rely on the quality of the sellers work.
inehoybergs Universiteit Antwerpen
Follow You need to be logged in order to follow users or courses
Sold
17
Member since
3 year
Number of followers
12
Documents
12
Last sold
1 month ago

4.7

3 reviews

5
2
4
1
3
0
2
0
1
0

Recently viewed by you

Why students choose Stuvia

Created by fellow students, verified by reviews

Quality you can trust: written by students who passed their exams and reviewed by others who've used these revision notes.

Didn't get what you expected? Choose another document

No problem! You can straightaway pick a different document that better suits what you're after.

Pay as you like, start learning straight away

No subscription, no commitments. Pay the way you're used to via credit card and download your PDF document instantly.

Student with book image

“Bought, downloaded, and smashed it. It really can be that simple.”

Alisha Student

Frequently asked questions