Red de banaan
BTG1
Scriptie
Opdracht 1
Roy van Gent
Julia Muskee
Roy Pijlman
Amsterdam, 10 januari 2022
, Red de banaan
BTG1
Scriptie
Opdracht 1
Roy van Gent
Julia Muskee
Roy Pijlman
Amsterdam, 10 januari 2022
Hogeschool Inholland
Biotechnologie
Coach: Paula van Schie1
1
Figuur omslag https://www.promusa.org/Domestication+of+the+banana geraadpleegd op 22-10-2021
, Samenvatting (Julia Muskee)
De mensheid in de wereld heeft een erge voedzame voedselbron en dat is de banaan. De banaan is
daardoor erg belangrijk voor ons voedselpatroon en leven op aarde, want deze vrucht wordt in grote
aantallen gegeten over heel de wereld. Deze belangrijke voedingsbron ligt onder vuur door de
Panamaziekte. De banaan moet zich beter kunnen verweren tegen de bedreigende schimmel om te
voorkomen dat de belangrijke banaan uitgestorven raakt.
In deze scriptie wordt een literatuurstudie uitgevoerd naar het gen dat zorgt voor resistentie tegen
de panamaziekte en naar de mutaties die deze resistentie beïnvloeden. Hierbij wordt gekeken naar
de verschillen in genotype tussen de wel resistente wild-type banaan en de niet resistente Cavendish
banaan en wordt er beschreven hoe de verhoogde resistentie in de banaan gedetecteerd kan
worden met bruikbare technieken.
De belangrijkste resultaten uit deze literatuurstudie zijn dat het resistentie-gen RGA2 tegen de TR4
schimmel een NB-LRR eiwit is. De werking van dit eiwit is driedelig. De NB-LRR genen hebben een
grote verscheidenheid ontwikkeld van effectoreiwitten waardoor ze drie verschillende
verdedigingsreacties aansturen: directe resistentie, indirecte resistentie en inductie van NB-LRR
resistentie-eiwit. De verdedigingstechniek van het RGA2 wordt op korte termijn opgewekt door
detectie van de pathogeen met de naam Effector triggered immunity (ETI). De verdedigingstechniek
op lange termijn wordt systemic acquired resistance (SAR) genoemd. De mate van fluorescentie bij
qPCR is een maatstaaf voor genexpressie van RGA2. Hierbij wordt gekeken naar de hoogte van de
Cycle-treshold. Met PCR-assay kan onderzoek gedaan worden naar de aanwezigheid van het RGA2
resistentie-gen in de banaansoorten. Met een bio-toets kan op natuurlijke wijze de werkelijke
resistentie aangetoond worden en of de Cavendish banaan genoeg resistentie vertoont tegen de TR4
schimmel. Met deze drie technieken kan een experimenteel onderzoek gestart worden naar het
RGA2 gen en de werking van het RGA2 gen in de Cavendish banaan.
Uit deze literatuurstudie is gebleken dat de oorzaak van de verlaagde eiwitexpressie van het RGA2
resistentie-gen in de Cavendish banaan nog niet wetenschappelijk beantwoord is. Ook is er nog geen
antwoord op de gevolgen van de verandering van eiwitstructuur in de Cavendish banaan. Het eiwit
waar het gen voor codeert valt onder de NB-LLR eiwitten. Dit brengt een aantal processen op gang
waaronder: ion-flux, oxidative-burst, ETI en SAR die niet alleen het pathogeen neutraliseren maar
ook verdediging opbouwen voor een mogelijke volgende besmetting.
BTG1
Scriptie
Opdracht 1
Roy van Gent
Julia Muskee
Roy Pijlman
Amsterdam, 10 januari 2022
, Red de banaan
BTG1
Scriptie
Opdracht 1
Roy van Gent
Julia Muskee
Roy Pijlman
Amsterdam, 10 januari 2022
Hogeschool Inholland
Biotechnologie
Coach: Paula van Schie1
1
Figuur omslag https://www.promusa.org/Domestication+of+the+banana geraadpleegd op 22-10-2021
, Samenvatting (Julia Muskee)
De mensheid in de wereld heeft een erge voedzame voedselbron en dat is de banaan. De banaan is
daardoor erg belangrijk voor ons voedselpatroon en leven op aarde, want deze vrucht wordt in grote
aantallen gegeten over heel de wereld. Deze belangrijke voedingsbron ligt onder vuur door de
Panamaziekte. De banaan moet zich beter kunnen verweren tegen de bedreigende schimmel om te
voorkomen dat de belangrijke banaan uitgestorven raakt.
In deze scriptie wordt een literatuurstudie uitgevoerd naar het gen dat zorgt voor resistentie tegen
de panamaziekte en naar de mutaties die deze resistentie beïnvloeden. Hierbij wordt gekeken naar
de verschillen in genotype tussen de wel resistente wild-type banaan en de niet resistente Cavendish
banaan en wordt er beschreven hoe de verhoogde resistentie in de banaan gedetecteerd kan
worden met bruikbare technieken.
De belangrijkste resultaten uit deze literatuurstudie zijn dat het resistentie-gen RGA2 tegen de TR4
schimmel een NB-LRR eiwit is. De werking van dit eiwit is driedelig. De NB-LRR genen hebben een
grote verscheidenheid ontwikkeld van effectoreiwitten waardoor ze drie verschillende
verdedigingsreacties aansturen: directe resistentie, indirecte resistentie en inductie van NB-LRR
resistentie-eiwit. De verdedigingstechniek van het RGA2 wordt op korte termijn opgewekt door
detectie van de pathogeen met de naam Effector triggered immunity (ETI). De verdedigingstechniek
op lange termijn wordt systemic acquired resistance (SAR) genoemd. De mate van fluorescentie bij
qPCR is een maatstaaf voor genexpressie van RGA2. Hierbij wordt gekeken naar de hoogte van de
Cycle-treshold. Met PCR-assay kan onderzoek gedaan worden naar de aanwezigheid van het RGA2
resistentie-gen in de banaansoorten. Met een bio-toets kan op natuurlijke wijze de werkelijke
resistentie aangetoond worden en of de Cavendish banaan genoeg resistentie vertoont tegen de TR4
schimmel. Met deze drie technieken kan een experimenteel onderzoek gestart worden naar het
RGA2 gen en de werking van het RGA2 gen in de Cavendish banaan.
Uit deze literatuurstudie is gebleken dat de oorzaak van de verlaagde eiwitexpressie van het RGA2
resistentie-gen in de Cavendish banaan nog niet wetenschappelijk beantwoord is. Ook is er nog geen
antwoord op de gevolgen van de verandering van eiwitstructuur in de Cavendish banaan. Het eiwit
waar het gen voor codeert valt onder de NB-LLR eiwitten. Dit brengt een aantal processen op gang
waaronder: ion-flux, oxidative-burst, ETI en SAR die niet alleen het pathogeen neutraliseren maar
ook verdediging opbouwen voor een mogelijke volgende besmetting.
