Funbio samenvatting H.20
Genomics bestudeert hele sets van genen en hun interactie. Bij het Human Genome Project
sequensen ze het hele menselijke genoom. Een manier om het menselijk genoom te bepalen is
‘the whole-genome shotgun approach’. Hierbij kopiëren ze eerst een menselijke
chromosoom vele malen waarna ze het in kleine stukjes knippen. Van deze stukjes bepalen ze
de sequentie en dan leggen ze al die stukjes naast en boven elkaar en bepalen zo de sequentie
van het hele chromosoom. Bij metagenomics wordt het DNA van een hele groep soorten
verzameld en gesequensed.
Er is een verschil in de genoom grootte tussen
prokaryoten en eukaryoten. De meeste bacteriële en
Archaea genomen zijn tussen de 1 en 6 Mb (E.coli = 4.6
Mb). Die van eukaryoten zijn vele malen groter (gist =
12 Mb, fruitvlieg = 165 Mb en de mens 3000 Mb).
Ook het aantal genen verschilt. Bacteriën en Archaea
hebben gemiddeld minder genen dan eukaryoten. Er is
geen directe relatie tussen de grootte van het genoom en
het aantal genen. Ook kunnen genen meerdere functies
hebben.
Met gen dichtheid wordt gekeken naar hoeveel genen er
per Mb zijn. We zien dat deze dichtheid bij eukaryoten
lager is dan bij Bacteriën en Archaea, terwijl eukaryoten
wel een groter genoom hebben en meer genen.
Eukaryoten hebben veel meer niet coderend DNA.
Unique DNA bevat pseudogenen, genen die zijn
gemuteerd over een langere periode en niet langer
functionele eiwitten maken. Maar het meeste DNA
tussen functionele genen is herhalend DNA, wat
bestaat uit sequenties die met meerdere kopieën in
het genoom zitten. Het meest aanwezige type
herhalend DNA bestaat uit transposable elements.
Genomics bestudeert hele sets van genen en hun interactie. Bij het Human Genome Project
sequensen ze het hele menselijke genoom. Een manier om het menselijk genoom te bepalen is
‘the whole-genome shotgun approach’. Hierbij kopiëren ze eerst een menselijke
chromosoom vele malen waarna ze het in kleine stukjes knippen. Van deze stukjes bepalen ze
de sequentie en dan leggen ze al die stukjes naast en boven elkaar en bepalen zo de sequentie
van het hele chromosoom. Bij metagenomics wordt het DNA van een hele groep soorten
verzameld en gesequensed.
Er is een verschil in de genoom grootte tussen
prokaryoten en eukaryoten. De meeste bacteriële en
Archaea genomen zijn tussen de 1 en 6 Mb (E.coli = 4.6
Mb). Die van eukaryoten zijn vele malen groter (gist =
12 Mb, fruitvlieg = 165 Mb en de mens 3000 Mb).
Ook het aantal genen verschilt. Bacteriën en Archaea
hebben gemiddeld minder genen dan eukaryoten. Er is
geen directe relatie tussen de grootte van het genoom en
het aantal genen. Ook kunnen genen meerdere functies
hebben.
Met gen dichtheid wordt gekeken naar hoeveel genen er
per Mb zijn. We zien dat deze dichtheid bij eukaryoten
lager is dan bij Bacteriën en Archaea, terwijl eukaryoten
wel een groter genoom hebben en meer genen.
Eukaryoten hebben veel meer niet coderend DNA.
Unique DNA bevat pseudogenen, genen die zijn
gemuteerd over een langere periode en niet langer
functionele eiwitten maken. Maar het meeste DNA
tussen functionele genen is herhalend DNA, wat
bestaat uit sequenties die met meerdere kopieën in
het genoom zitten. Het meest aanwezige type
herhalend DNA bestaat uit transposable elements.
