Samenvatting Klinische genetica
en Gynaecologie (week 6)
Humane genoom:
- 23 x 2 = 46 chromosomen = 22 x 2 autosomen en 1x2 geslachtschromosomen
- Ongeveer 20.000 genen (intronen en exonen)
- ~1-2% van totaal genoom = eiwitcoderend DNA
- 4 letercode - nucleoiden: GATC die easeparen vormen (CG en AT)
De geneische code: tripleten van nucleoiden codons aminozuren eiwit
Overeringspatronen:
- Mendeliaans-overervende (monogene) ziekten)
o Autosomaal dominant - autosomaal recessief of geslachts(chromosoom-)geeonden
- Non-Mendeliaanse erfelijke ziekten
o Complexe erfelijke ziekten (mulifactorieel)
o Mitochondriaal overervende erfelijke ziekten (vrouw)
o Aandoeningen/genen met “genomic impriningg genen worden in- en
aangeschakeld (eijv. Brader-Willisyndroom)
Genoomdiagnostiek:
- Chromosoomonderzoek m.e.v. microscoop (cytogeneisch onderzoek, karyotypering, FISH
- Moleculaire cytogeneica (array-CGH, SNP-array)
- DNA sequencing (Sanger, Next Generaion Sequencing, WES, WGS) ulieme vorm om
genoom in eeeld te erengen.
o WGS = whole genomen sequencing en WES = whole exome sequencing
o Volgorde van easen, nucleoiden en Vergelijken met refereniesequenie
o Opsporen van verschillen en Nagaan of deze verschillen relevant zijn.
Detecteren van complete spectrum van variaie in genoom:
- Chromosomale afwijkingen (numeriek/structureel)
- Grote deleies, inseries, Copy Numer Variaions (CNV)
- Repeatexpansies
- Puntmutaies, Single Nucleoide Variaions (SNV)
Genetisch onderooe::
Chromosomen: karyotypering en FISH
1) Karyotypering: translocaies, inversies, grote deleies/duplicaies, numerieke
chromosoomafwijkingen (trisomie!)
2) FISH: eekende deleies/duplicaies
DNA: SNP-array of sequenie-analyse
3) SNP-array: onderzoek naar kleine (micro) deleies en duplicaies (=CNV) en ROH (regions of
homozygosity).
a. Kleine ROHs ook aanwezig eij gezonde mensen, maar >5Me kan klinisch relevant zijn.
e. Detecteert wel trisomie, maar niet of deze los of vast zit. Geealanceerde
translocaies worden ook gemist met SNP-array! Kleine varianten zoals indels van
slechts enkele easen, missense of nonsense mutaies kunnen met deze techniek niet
worden gedetecteerd en SNPs in mitochondriele genoom worden niet getest.
4) Sequenie-analyse: onderzoek naar mutaies (leterveranderingen)
a. Gen per gen: Sanger sequencing
e. Genpanel: meerdere genen tegelijkerijd (eijv. schisispanel)
c. WES: whole exome sequencing (alle voor eiwit coderende genen)
,Genetische counseiing:
- (Nadere) diagnosiek eij vermoeden (zeldzaam) geneisch syndroom
- Onderzoek monogene of chromosomale oorzaak van een ereed scala van aandoeningen
- Stameoomonderzoek en familieonderzoek
- Voorliching ziekteverschijnselen en erfelijke aspecten
- Begeleiden eij keuzes rondom reproducie en presymptomaisch onderzoek
Wer:wijoe:
- Stameoomonderzoek: familiegegevens
- Anamese, consanguïniteit?
- LO: antropometrie (opmeten), dysmorfologie, foto’s
- AO: oogarts, radiologie, cardioloog, pathologie en geneische diagnosiek
Toois voor steiien van diagnose:
- Dysmorfologisch onderzoek
- Geneisch onderzoek (SNP array, gericht DNA onderzoek)
- Beeldvormend onderzoek (MRI-hersenen)
- Metaeool onderzoek
- Ander aanvullend onderzoek (eijvooreeeld oogheelkundig onderzoek)
- Geneisch onderzoek met eehulp van nieuwe technieken (WES)
Genetische uitsiag die:
- Duidelijk de oorzaak is Bekend klinisch eeeld, pathogene afwijking
- Duidelijk de oorzaak is Maar gereduceerde penetranie
- Slechts ten dele de verklaring Risicofactor
- Onduidelijke eevinding
- Niet de oorzaak is, wel medische gevolgen Toevalseevinding
- Normaal
Welke toevalseevindingen zouden met ouders eesproken kunnen worden?
a) Aanleg voor ernsige aandoening waarvoor, op easis van huidige kennis, medische
eehandeling of controles op kinderleefijd mogelijk zijn.
e) Aanleg voor ernsige aandoening die pas op volwassen leefijd verschijnselen geef, en
waarvoor pas dan medische eehandeling of controles mogelijk zullen zijn.
c) Aanleg voor ernsige aandoening, zonder medische eehandeling of controles mogelijk.
d) Aanleg die eij persoon zelf geen ziekte veroorzaakt, maar wel ziekte kan veroorzaken eij
toekomsige kinderen van persoon (dragerschap van erfelijke ziekte).
Welke eeslissingen kunnen ouders nemen?
- Toevalseevindingen in categorie A worden alijd met hen eesproken (ernsige aandoening,
openearing op kinderleefijd, eehandeleaar)
- Bevindingen in categorie B worden wel met hen eesproken, tenzij ze aangeven hierover niet
geïnformeerd te willen worden (ernsige aandoening, openearing op volwassen leefijd,
eehandeleaar)
- Toevalseevindingen eij kind in categorie C (ernsige aandoening zonder
eehandelconsequenies) en D (dragerschap van ziekte) worden niet met ouders eesproken.
Uitsiagtermijn genoomdiagnostie::
- Nieuwe paiint (familie) - Bevesiging/uitsluiing klinische diagnose max. 10 weken
- Lid van eekende familie, mutaie eekend Dragerschapeepaling max. 4 weken
- Prenatale diagnosiek max. 3 weken
- Complexe geneische diagnosiek Grote genpanels, exoomsequencing Maanden
, Genoomvarianten en onzekere
varianten in de kliniek
Technie:en om varianten in het genoom op te sporen:
- Array techniek: geen voorkennis nodig!
- Cytogeneica: hoofdstukken verdwenen of veranderd.
o FISH met proees markeren. Voorkennis nodig!
o Karyotyping: geen voorkennis nodig = eandering (chromosomen afeelden).
o MLPA: kleine verandering. Voorkennis nodig!
- Moleculaire geneica: leters verandert of verdwenen
o MLPA - PCR: vermeerderen - Sequencing: GATC afezen.
Twee typen genoomvarianten: hoe bepaal je of variant pathogeen
is?
CNV = copy number variant
- Stuk DNA dat niet in de normale hoeveelheid van 2 kopiein aanwezig is:
o 1 kopie = deleie
o >2 kopiein = duplicaie
- Van eepaalde delen van genoom is eekend dat teveel of te weinig ziekte kan veroorzaken
- Van sommige stukken uit genoom weten we dat teveel of te weinig kopiein zeer
waarschijnlijk geen efect heef, omdat ze ook gevonden worden eij gezonde mensen.
- Van een groot deel van het genoom is het oneekend of te veel of te weinig kopiein ziekte
geef = variants of uncertain clinical signifcance.
- Onderscheid neutrale CNV en pathogene CNV eesliseoom!
o 22q11.2 deleie syndroom = diGeorge = VCF (venocardiofasciaal syndroom).
Bekend syndroom met o.a. hartafwijkingen, afweerstoornis, psychische
stoornissen.
o Aanname: als een CNV gevonden is in ‘gezonde’ individuen is hij zeer waarschijnlijk
‘neutraal’.
o Als de CNV wordt gevonden eij 1 van de ouders waar moet je rekening mee
houden?
Wat als er op het andere allel een pathogene mutaie zit recessieve
overerving?
Kan er sprake zijn van incomplete penetranie of mozaïcisme?
Zijn de ouders zelf goed fenotypisch onderzocht?
o De novo: geninhoud, ziektedataeases, literatuur, collega’s uit het land. Bij voldoende
eewijs: VUS, (likely) pathogenic!
SNV = singie nucieotide variant
- Base die anders is dan de refereniesequenie
- Verschillende typen SNV’s met verschillende efecten:
o Missense (aminozuurverandering) - Nonsens (stopmutaie) - Silent (geen
aminozuurverandering) - Splicevariant (net voor/na exon)
- Geeruik van klassesysteem:
1) Benigne
2) Likely eenigne
3) Variant van oneekende signifcanie
4) Likely pathogeen
5) Pathogeen
en Gynaecologie (week 6)
Humane genoom:
- 23 x 2 = 46 chromosomen = 22 x 2 autosomen en 1x2 geslachtschromosomen
- Ongeveer 20.000 genen (intronen en exonen)
- ~1-2% van totaal genoom = eiwitcoderend DNA
- 4 letercode - nucleoiden: GATC die easeparen vormen (CG en AT)
De geneische code: tripleten van nucleoiden codons aminozuren eiwit
Overeringspatronen:
- Mendeliaans-overervende (monogene) ziekten)
o Autosomaal dominant - autosomaal recessief of geslachts(chromosoom-)geeonden
- Non-Mendeliaanse erfelijke ziekten
o Complexe erfelijke ziekten (mulifactorieel)
o Mitochondriaal overervende erfelijke ziekten (vrouw)
o Aandoeningen/genen met “genomic impriningg genen worden in- en
aangeschakeld (eijv. Brader-Willisyndroom)
Genoomdiagnostiek:
- Chromosoomonderzoek m.e.v. microscoop (cytogeneisch onderzoek, karyotypering, FISH
- Moleculaire cytogeneica (array-CGH, SNP-array)
- DNA sequencing (Sanger, Next Generaion Sequencing, WES, WGS) ulieme vorm om
genoom in eeeld te erengen.
o WGS = whole genomen sequencing en WES = whole exome sequencing
o Volgorde van easen, nucleoiden en Vergelijken met refereniesequenie
o Opsporen van verschillen en Nagaan of deze verschillen relevant zijn.
Detecteren van complete spectrum van variaie in genoom:
- Chromosomale afwijkingen (numeriek/structureel)
- Grote deleies, inseries, Copy Numer Variaions (CNV)
- Repeatexpansies
- Puntmutaies, Single Nucleoide Variaions (SNV)
Genetisch onderooe::
Chromosomen: karyotypering en FISH
1) Karyotypering: translocaies, inversies, grote deleies/duplicaies, numerieke
chromosoomafwijkingen (trisomie!)
2) FISH: eekende deleies/duplicaies
DNA: SNP-array of sequenie-analyse
3) SNP-array: onderzoek naar kleine (micro) deleies en duplicaies (=CNV) en ROH (regions of
homozygosity).
a. Kleine ROHs ook aanwezig eij gezonde mensen, maar >5Me kan klinisch relevant zijn.
e. Detecteert wel trisomie, maar niet of deze los of vast zit. Geealanceerde
translocaies worden ook gemist met SNP-array! Kleine varianten zoals indels van
slechts enkele easen, missense of nonsense mutaies kunnen met deze techniek niet
worden gedetecteerd en SNPs in mitochondriele genoom worden niet getest.
4) Sequenie-analyse: onderzoek naar mutaies (leterveranderingen)
a. Gen per gen: Sanger sequencing
e. Genpanel: meerdere genen tegelijkerijd (eijv. schisispanel)
c. WES: whole exome sequencing (alle voor eiwit coderende genen)
,Genetische counseiing:
- (Nadere) diagnosiek eij vermoeden (zeldzaam) geneisch syndroom
- Onderzoek monogene of chromosomale oorzaak van een ereed scala van aandoeningen
- Stameoomonderzoek en familieonderzoek
- Voorliching ziekteverschijnselen en erfelijke aspecten
- Begeleiden eij keuzes rondom reproducie en presymptomaisch onderzoek
Wer:wijoe:
- Stameoomonderzoek: familiegegevens
- Anamese, consanguïniteit?
- LO: antropometrie (opmeten), dysmorfologie, foto’s
- AO: oogarts, radiologie, cardioloog, pathologie en geneische diagnosiek
Toois voor steiien van diagnose:
- Dysmorfologisch onderzoek
- Geneisch onderzoek (SNP array, gericht DNA onderzoek)
- Beeldvormend onderzoek (MRI-hersenen)
- Metaeool onderzoek
- Ander aanvullend onderzoek (eijvooreeeld oogheelkundig onderzoek)
- Geneisch onderzoek met eehulp van nieuwe technieken (WES)
Genetische uitsiag die:
- Duidelijk de oorzaak is Bekend klinisch eeeld, pathogene afwijking
- Duidelijk de oorzaak is Maar gereduceerde penetranie
- Slechts ten dele de verklaring Risicofactor
- Onduidelijke eevinding
- Niet de oorzaak is, wel medische gevolgen Toevalseevinding
- Normaal
Welke toevalseevindingen zouden met ouders eesproken kunnen worden?
a) Aanleg voor ernsige aandoening waarvoor, op easis van huidige kennis, medische
eehandeling of controles op kinderleefijd mogelijk zijn.
e) Aanleg voor ernsige aandoening die pas op volwassen leefijd verschijnselen geef, en
waarvoor pas dan medische eehandeling of controles mogelijk zullen zijn.
c) Aanleg voor ernsige aandoening, zonder medische eehandeling of controles mogelijk.
d) Aanleg die eij persoon zelf geen ziekte veroorzaakt, maar wel ziekte kan veroorzaken eij
toekomsige kinderen van persoon (dragerschap van erfelijke ziekte).
Welke eeslissingen kunnen ouders nemen?
- Toevalseevindingen in categorie A worden alijd met hen eesproken (ernsige aandoening,
openearing op kinderleefijd, eehandeleaar)
- Bevindingen in categorie B worden wel met hen eesproken, tenzij ze aangeven hierover niet
geïnformeerd te willen worden (ernsige aandoening, openearing op volwassen leefijd,
eehandeleaar)
- Toevalseevindingen eij kind in categorie C (ernsige aandoening zonder
eehandelconsequenies) en D (dragerschap van ziekte) worden niet met ouders eesproken.
Uitsiagtermijn genoomdiagnostie::
- Nieuwe paiint (familie) - Bevesiging/uitsluiing klinische diagnose max. 10 weken
- Lid van eekende familie, mutaie eekend Dragerschapeepaling max. 4 weken
- Prenatale diagnosiek max. 3 weken
- Complexe geneische diagnosiek Grote genpanels, exoomsequencing Maanden
, Genoomvarianten en onzekere
varianten in de kliniek
Technie:en om varianten in het genoom op te sporen:
- Array techniek: geen voorkennis nodig!
- Cytogeneica: hoofdstukken verdwenen of veranderd.
o FISH met proees markeren. Voorkennis nodig!
o Karyotyping: geen voorkennis nodig = eandering (chromosomen afeelden).
o MLPA: kleine verandering. Voorkennis nodig!
- Moleculaire geneica: leters verandert of verdwenen
o MLPA - PCR: vermeerderen - Sequencing: GATC afezen.
Twee typen genoomvarianten: hoe bepaal je of variant pathogeen
is?
CNV = copy number variant
- Stuk DNA dat niet in de normale hoeveelheid van 2 kopiein aanwezig is:
o 1 kopie = deleie
o >2 kopiein = duplicaie
- Van eepaalde delen van genoom is eekend dat teveel of te weinig ziekte kan veroorzaken
- Van sommige stukken uit genoom weten we dat teveel of te weinig kopiein zeer
waarschijnlijk geen efect heef, omdat ze ook gevonden worden eij gezonde mensen.
- Van een groot deel van het genoom is het oneekend of te veel of te weinig kopiein ziekte
geef = variants of uncertain clinical signifcance.
- Onderscheid neutrale CNV en pathogene CNV eesliseoom!
o 22q11.2 deleie syndroom = diGeorge = VCF (venocardiofasciaal syndroom).
Bekend syndroom met o.a. hartafwijkingen, afweerstoornis, psychische
stoornissen.
o Aanname: als een CNV gevonden is in ‘gezonde’ individuen is hij zeer waarschijnlijk
‘neutraal’.
o Als de CNV wordt gevonden eij 1 van de ouders waar moet je rekening mee
houden?
Wat als er op het andere allel een pathogene mutaie zit recessieve
overerving?
Kan er sprake zijn van incomplete penetranie of mozaïcisme?
Zijn de ouders zelf goed fenotypisch onderzocht?
o De novo: geninhoud, ziektedataeases, literatuur, collega’s uit het land. Bij voldoende
eewijs: VUS, (likely) pathogenic!
SNV = singie nucieotide variant
- Base die anders is dan de refereniesequenie
- Verschillende typen SNV’s met verschillende efecten:
o Missense (aminozuurverandering) - Nonsens (stopmutaie) - Silent (geen
aminozuurverandering) - Splicevariant (net voor/na exon)
- Geeruik van klassesysteem:
1) Benigne
2) Likely eenigne
3) Variant van oneekende signifcanie
4) Likely pathogeen
5) Pathogeen
