Bioinformatica samenvatting
Gemaakt door : Aya Alfares
,Inhoudsopgave
Les 1 de onbekende bacterie................................................................................................................................ 2
Les 2 de bekende bacterie.................................................................................................................................... 2
Les 3 het eukaryote genoom Leerdoelen:............................................................................................................. 4
les 4 de grote vriendelijke server.......................................................................................................................... 6
Deel 2 terminal en filezilla...........................................................................................................................................7
Les 5 knippen en plakken met DNA...................................................................................................................... 9
Les 6 De eiwit code............................................................................................................................................ 12
Les 7 Mutatie analyse......................................................................................................................................... 14
Les 8 Moleculaire Pathways............................................................................................................................... 16
Les 9 De histone code......................................................................................................................................... 19
Les 10 Eiwit-DNA interacties............................................................................................................................... 24
Oefentoets......................................................................................................................................................... 34
1
,Les 1 de onbekende bacterie
Leerdoelen:
- Q-value: Elke nucleotide in een chromatogram heeft een betrouwbaarheidsscore. Dit is
de “Q-value” en wordt uitgerekend door de sequencing software.
- De Q-value is gedefinieerd als Q= -10 x log (P) waarin P de kans is dat een nucleotide niet
goed bepaald is. Bijvoorbeeld als de software uitrekent dat er een 10% kans is (of fractie
van 0,1) dat de nucleotide bepaling niet juist is, dan is de Q value van deze nucleotide
10:
Q = -10 x log (0,1) = -10 x -1 = 10
Les 2 de bekende bacterie
Leerdoelen:
1. Uitvoeren van een BLAST analyse
2. Annoteren van DNA-sequenties: Het proces waarbij extra informatie wordt
opgezocht en toegevoegd aan bestaande informatie heet annotatie.
3. Ontwerpen van primers voor kloneren
Wat codeert ons genoom? genen
Hoeveel genen zijn er en waar liggen ze op het chromosoom? Er zijn 20.000 genen en
liggen op chromosomen.
Wanneer zijn deze genen actief en in welke cellen? De omgeving van cellen bepaalt
wanneer genen actief moeten zijn. Dat hangt af van hoe de chromatine gevouwd zijn en
ook van de functie van de cel. Er wordt mRNA afgeschreven en vertaald in eiwit.
Welk deel van een gen wordt vertaald in mRNA? exonen
Welke spliced varianten zijn er van een mRNA? intronsplicing
Welke eiwitten zijn aanwezig in een cel? Enzymen, transcriptiefactoren,
membraaneiwitten, receptoren, hormonen, groeifactoren, cytokinen en chemokinen.
Welke eiwitten vormen functionele complexen? Bv. Cytoskelet; dat bestaat uit
microfilamenten, microtubuli en intermediaire filamenten en MAC uit c5b,6,7,8,9
Wat zijn de post-translational modification (PMTs) van eiwitten? Is verder behandeld.
NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide BLAST (onbekende bacteriën), (nucleotide → nucleotide) dit wordt gebruikt om voor
welk gen de onbekende DNA sequentie codeert te weten, DNA sequentie kopieren en plakken
→ de afkorting van het gen wordt tussen haakjes genoteerd (de eerste regel van description).
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
- De "Graphic Summary"geeft de mate van gelijkenis aan met een sequentie in de
nucleotide databank
- De "Descriptions" geeft informatie over de gevonden sequentie.
2
, - De "Alignments" vertoont de gelijkenis op nucleotide niveau, geeft de vergelijking van
de onbekende bacterie sequentie (query) met een sequentie uit de databank (subject)
Voor reverse complement deze website naderen met je sequentie:
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
DNA sequentie kopieren en plakken zonder de fasta regel.
Een accession nummer of een sequence ID, of sequence identifier is een unieke code voor een
DNA sequentie die geannoteerd en aanwezig is in de NCBI nucleotide databank.
Als je op ID klikt krijg je veel inf o.a. aantal bp, aanwezige genen, CDS (coding sequence = is
coördinaten bv. 191-712), region (hier staat de superfamily name)
Bij CDS moet je coördinaten van elkaar aftrekken om het aantal te weten
Primers NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
- Contig2 (forward primer van 5 naar 3) en Contig1-RC (reverse primer van 3 naar 5) achter
elkaar om primers te ontwerpen. (allebei zonder de fasta lijn)
- plus/minus: de richting van de streng (3-5 query -) en (5-3 subject +)
- plus/plus: de richting van de streng (5-3 query en subject), er is een reverse complement
toegevoegd.
operon: Meerdere genen onder de controle van 1 promoter
Voorbeeld berekenen van de forward en reverse primers:
totale lengte van de contigs is contig2 + contig1 = 958+447 = 1405
De grens tussen beide contigs is dus 958. Je wilt minimaal 50 bp overlap met contig2 en
contig1.
Dit levert dus op voor contig2: 958-50 = 908. Je wilt 200 bp range om je primer in te
ontwerpen. Deze range is "upstream" van de 50 bp overlap is 908 - 200 = 708. De range voor
contig2 = 708-908
Dit levert dus op voor contig1: 959+50 = 1009. Je wilt 200 bp range om je primer in te
ontwerpen. Deze range is "downstream" van de 50 bp overlap is 1009 + 200 = 1209. De range
voor contig1 = 1009-1209
Voorbeeld berekenen van de min/max PCR-lengte:
3
Gemaakt door : Aya Alfares
,Inhoudsopgave
Les 1 de onbekende bacterie................................................................................................................................ 2
Les 2 de bekende bacterie.................................................................................................................................... 2
Les 3 het eukaryote genoom Leerdoelen:............................................................................................................. 4
les 4 de grote vriendelijke server.......................................................................................................................... 6
Deel 2 terminal en filezilla...........................................................................................................................................7
Les 5 knippen en plakken met DNA...................................................................................................................... 9
Les 6 De eiwit code............................................................................................................................................ 12
Les 7 Mutatie analyse......................................................................................................................................... 14
Les 8 Moleculaire Pathways............................................................................................................................... 16
Les 9 De histone code......................................................................................................................................... 19
Les 10 Eiwit-DNA interacties............................................................................................................................... 24
Oefentoets......................................................................................................................................................... 34
1
,Les 1 de onbekende bacterie
Leerdoelen:
- Q-value: Elke nucleotide in een chromatogram heeft een betrouwbaarheidsscore. Dit is
de “Q-value” en wordt uitgerekend door de sequencing software.
- De Q-value is gedefinieerd als Q= -10 x log (P) waarin P de kans is dat een nucleotide niet
goed bepaald is. Bijvoorbeeld als de software uitrekent dat er een 10% kans is (of fractie
van 0,1) dat de nucleotide bepaling niet juist is, dan is de Q value van deze nucleotide
10:
Q = -10 x log (0,1) = -10 x -1 = 10
Les 2 de bekende bacterie
Leerdoelen:
1. Uitvoeren van een BLAST analyse
2. Annoteren van DNA-sequenties: Het proces waarbij extra informatie wordt
opgezocht en toegevoegd aan bestaande informatie heet annotatie.
3. Ontwerpen van primers voor kloneren
Wat codeert ons genoom? genen
Hoeveel genen zijn er en waar liggen ze op het chromosoom? Er zijn 20.000 genen en
liggen op chromosomen.
Wanneer zijn deze genen actief en in welke cellen? De omgeving van cellen bepaalt
wanneer genen actief moeten zijn. Dat hangt af van hoe de chromatine gevouwd zijn en
ook van de functie van de cel. Er wordt mRNA afgeschreven en vertaald in eiwit.
Welk deel van een gen wordt vertaald in mRNA? exonen
Welke spliced varianten zijn er van een mRNA? intronsplicing
Welke eiwitten zijn aanwezig in een cel? Enzymen, transcriptiefactoren,
membraaneiwitten, receptoren, hormonen, groeifactoren, cytokinen en chemokinen.
Welke eiwitten vormen functionele complexen? Bv. Cytoskelet; dat bestaat uit
microfilamenten, microtubuli en intermediaire filamenten en MAC uit c5b,6,7,8,9
Wat zijn de post-translational modification (PMTs) van eiwitten? Is verder behandeld.
NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide BLAST (onbekende bacteriën), (nucleotide → nucleotide) dit wordt gebruikt om voor
welk gen de onbekende DNA sequentie codeert te weten, DNA sequentie kopieren en plakken
→ de afkorting van het gen wordt tussen haakjes genoteerd (de eerste regel van description).
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
- De "Graphic Summary"geeft de mate van gelijkenis aan met een sequentie in de
nucleotide databank
- De "Descriptions" geeft informatie over de gevonden sequentie.
2
, - De "Alignments" vertoont de gelijkenis op nucleotide niveau, geeft de vergelijking van
de onbekende bacterie sequentie (query) met een sequentie uit de databank (subject)
Voor reverse complement deze website naderen met je sequentie:
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
DNA sequentie kopieren en plakken zonder de fasta regel.
Een accession nummer of een sequence ID, of sequence identifier is een unieke code voor een
DNA sequentie die geannoteerd en aanwezig is in de NCBI nucleotide databank.
Als je op ID klikt krijg je veel inf o.a. aantal bp, aanwezige genen, CDS (coding sequence = is
coördinaten bv. 191-712), region (hier staat de superfamily name)
Bij CDS moet je coördinaten van elkaar aftrekken om het aantal te weten
Primers NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
- Contig2 (forward primer van 5 naar 3) en Contig1-RC (reverse primer van 3 naar 5) achter
elkaar om primers te ontwerpen. (allebei zonder de fasta lijn)
- plus/minus: de richting van de streng (3-5 query -) en (5-3 subject +)
- plus/plus: de richting van de streng (5-3 query en subject), er is een reverse complement
toegevoegd.
operon: Meerdere genen onder de controle van 1 promoter
Voorbeeld berekenen van de forward en reverse primers:
totale lengte van de contigs is contig2 + contig1 = 958+447 = 1405
De grens tussen beide contigs is dus 958. Je wilt minimaal 50 bp overlap met contig2 en
contig1.
Dit levert dus op voor contig2: 958-50 = 908. Je wilt 200 bp range om je primer in te
ontwerpen. Deze range is "upstream" van de 50 bp overlap is 908 - 200 = 708. De range voor
contig2 = 708-908
Dit levert dus op voor contig1: 959+50 = 1009. Je wilt 200 bp range om je primer in te
ontwerpen. Deze range is "downstream" van de 50 bp overlap is 1009 + 200 = 1209. De range
voor contig1 = 1009-1209
Voorbeeld berekenen van de min/max PCR-lengte:
3
