ALGEMENE MICROBIOLOGIE
AANDOENING OORZAAK BEHANDELING
Angina Streptococcus pyogenes Fenoxymethylpenicilline
Klierkoorts Epstein-Barr virus
Difterie Corynebacterium diphteriae - Difterie-antitoxine
- Erythromicine
Verkoudheid Rhino / corona / parain uenza Rust, vochtinname
Kinkhoest / Pertussis Bordetella Pertussis - Azitromycine
- Claritrhomycine
Chronische bronchitis - Streptococcus Pneuomiae Amoxicilline + Clavulaanzuur
- Haemophilus In uenza
Bronchiolitis Respiratoir Syncytiaal Virus Pavilizumab (IgG)
Longontsteking - Streptococcus Pneuomiae - Amoxicilline
- Chlamydia psittaci (vogel) - Azythromycine (atypisch)
- Legionella pneumophila (H₂O)
- Aspergillus fumigatus (lucht)
Rhinosinusitis Amoxicilline
Acute Otitis Media - Streptococcus pneumoniae Amoxicilline
- Haemophilus In uenza
- Moraxella Catarrhalis
Bacteriële conjunctivitis Fusidinezuur
Spruw (candidiase) Candida Albicans Miconazole
Gastritis Helicobacter pylori PPI + Clarithromycine +
Amoxicilline / Metronidazole
Bacteriele Salmonella Quinolonen
Gastroenteritis
Cystitis Escherichia Coli (conditioneel) - Nitrofurantoïne
- Fosfomycine (zwanger)
- Trimethoprim (nierinsu )
Pyelonephritis - Cipro oxazine
- Amoxilline + clavulaanzuur
Urethritis - Chlamydia Trachomatis Ceftriaxon + Doxycycline
PID - Chlamydia Trachomatis Ceftriaxon + Doxycycline +
- Neisseria Gonorrhoea Metronidazol
Sy lis Treponema pallidum Benzylpenicilline
Candida vulvovaginitis Candida Vaginitis Miconazole / Fluconazole
Trichomonas Vaginalis Metronidazole
Herpes Genitalis Herpes simplex virus 2 Aciclovir
AIDS HIV HAART (Efavirenz + tenovir +
emtricitabine)
1
fi fl fl fffl
, Impetigo Staphylococcus aureus Fusidinezuur
Streptococcen Mupirocine
Flucoxacilline
Cellulitis/Erysipelas Streptococcus pyogenes Flucoxacilline
Staphylococcen
Acne Vulgaris Cutibacterium acnes Benzoylperoxide
Doxycycline
Minocycline
Oppervlakkige Trichopython Miconazole/ Fluconazole (reci)
mycosen Terbina ne / Itraconazole
Candidose Miconazole/Terbina ne
Ziekte Van Lyme Genus Borrelia Doxycycline / Amoxicilline
Zona Varicella/herpes zoster Aciclovir
Meningitis - Haemiphilus in uenza type B - Rifampicine
- Neisseria Meningitidis (petec) - Rifampicine / cipro oxacine
- Streptococcus pneumonie
- Groep B Streptoc (vaginaal)
- E. Coli (darm: perinataal)
- Listeria (voedsel)
2
fi fl flfi
, H1: INLEIDING
1. Wat is microbiologie
= leer vh kleine leven: studie v organismen die we met het blote oog niet kunnen waarnemen
- Virologie: virussen
- Bacteriologie: bacteriën (en Archaea) (geen celkern: prokaryoten)
- Mycologie: fungi (gisten & schimmels) (wel een celkern: eukaryoten)
- Parasitologie: protozoa, wormen (eukaryoten)
- Grootte: eukaryoten > prokaryoten > virussen > proteïnen > small molecule atomen
2. Belang van micro-organismen
- Landbouw: nutrient cycling (N, S, P, C, …)
- Planten & dieren kunnen zelf geen N uit lucht halen: enkel bepaalde bacteriën
- N- xerende bacteriën: kunnen N uit lucht capteren —> ammonium —> nitrieten
—> nitraten: kan wel opgenomen w
- Landbouw: fytopathogenen
- Negatief e ect: organismen veroorzaken infecties bij planten
- Burkholderia glumae op rijst
- Veeteelt: vertering van cellulose
- Cellulose —> CO₂ + CH₄ + dierlijke eiwitten
- Herkauwers: bacteriën gaan cellulosevezels in gras omzetten wel verteerbare zaken
- Biodegradatie van recalcitrante xenobiotica
- Xenobiotica = sto en die dr de mens gemaakt zijn (niet natuurlijk)
- Recalcitrante = moeilijk afbreekbaar
- PCB degradatie dr Burkholderia xenovorans LB400
- Biobrandsto en
- Ethanolproductie uit suikerriet in Brazilië —> verbrandingsmotoren wagens
- Voedingsmicrobiologie —> productie, bederf: micro-organismen nodig
- Conserveblik dat bol staat: bacteriën hebben gassen geproduceerd —> druk
- Biotechnologie
- Transformatie vn planten dmv Agrobacterium tumefaciens: Transgenic Bt corn
—> genetische modi catie: maïs produceert toxine tegen rupsen = eigen pesticide
- Productie vn GM in bacteriën: insuline —> chemische aanmaak / dr bacterie
- Gebruik vn bacteriële secundaire metabolieten: antibiotica, vitaminen
- SARS-CoV-2: impact infectieziektes
- Koolstof-opslag: planten > bacteriën > dieren > fungi, gisten, schimmels
3. Geschiedenis microbiologie
- Antonie van Leeuwenhoek (18e E) —> toestellen om bacteriën te observeren
- Bacteriën in peper infuus + tandplak & huid
- Louis Pasteur (19e E): contact nodig met organismen vr iets kan gebeuren
- Grondlegger microben-theorie / ziektekiem-theorie
- Gebaseerd op werk vn Francesco Redi —> theorie spontaan ontstaan organismen?:
vlees in container + vliegen: eieren op vlees —> nieuwe vliegen: contact vlees-vlieg nodig
- Fles schuin: contact vloeistof-organismen —> micro-biologe groei
3
fi ff ff ff fi
, - Postulaten van Koch (Robert Koch) (20e E)
1. Welbepaalde kiem = altijd met welbepaalde ziekte geassocieerd
2. Pathogeen kan geïsoleerd w & in labo gekweekt w
3. Wnr geïsoleerde & gekweekte organisme in gevoelige gastheer gebracht w —> ziekte
4. Causale micro-örganisme kan opnieuw in reincultuur uit zieke gastheer geïsoleerd w
- Kweken organismen in labo: Koch, Fannie Eilshemius-Hesse, Walther Hesse, Richard Petri
- Technieken ontwikkeld om organismen in cultuur te brengen, isoleren & bestuderen
- Belang van reinculturen
- Vb: gebruik agar om vaste voedingsbodems te maken (ipv gelatine, aardappelschijfjes)
- Vb: Petri plaat
- Gouden periode = meer onderzoekers bestuderen pathogene micro-organismen: 19e E
4. Bacteriële diversiteit: “tree of life”
- Bij meeste micro-organismen: geen/weinig waarneembare morfologische/ biochemische
verschillen —> microbiële fylogenie gebaseerd op moleculaire parameters
- Sequentie analyse van ribosomaal RNA (16S bij prokaryoten)
- Aanwezig in alle bacteriën
- Functioneel constant
- Vergelijking vn 16S rRNA gen sequenties vormt basis vn moderne fylogenie
- Technisch eenvoudig & goedkoop, gigantische DB
- Drie subdivisies: bacteriën, archaea, eukaryoten
- Archeae:
- Biochemisch/morfologisch verschillend vn Bacteria (membraan)
- Extremo elen (organismen die extreme omstandigheden nodig hebben):
- Thermo el: Pyrolobus fumarii (106°C)
- Acido el: Picrophilus oshimae (pH = 0.7)
- Halo el: Halobacterium salinarum (25% NaCl)
- Naamgeving:
- Wetenschappelijke namen vn microorganismen w cursief geschreven
- Binomiaal systeem = genusnaam + speciesnaam
- Escherichia coli (E. coli)
- Staphylococcus aureus (S. aureus)
- Fysiologie: (op welke manier ze aan hun energie geraken)
- Chemotro e: E uit chemische sto en
- Organisch = chemo-organotrofen
- Anorganisch = chemo-lithotrofen
- Fototro e: E uit fotosynthese (licht) —> ATP-productie
4
fifi fififi fi ff
AANDOENING OORZAAK BEHANDELING
Angina Streptococcus pyogenes Fenoxymethylpenicilline
Klierkoorts Epstein-Barr virus
Difterie Corynebacterium diphteriae - Difterie-antitoxine
- Erythromicine
Verkoudheid Rhino / corona / parain uenza Rust, vochtinname
Kinkhoest / Pertussis Bordetella Pertussis - Azitromycine
- Claritrhomycine
Chronische bronchitis - Streptococcus Pneuomiae Amoxicilline + Clavulaanzuur
- Haemophilus In uenza
Bronchiolitis Respiratoir Syncytiaal Virus Pavilizumab (IgG)
Longontsteking - Streptococcus Pneuomiae - Amoxicilline
- Chlamydia psittaci (vogel) - Azythromycine (atypisch)
- Legionella pneumophila (H₂O)
- Aspergillus fumigatus (lucht)
Rhinosinusitis Amoxicilline
Acute Otitis Media - Streptococcus pneumoniae Amoxicilline
- Haemophilus In uenza
- Moraxella Catarrhalis
Bacteriële conjunctivitis Fusidinezuur
Spruw (candidiase) Candida Albicans Miconazole
Gastritis Helicobacter pylori PPI + Clarithromycine +
Amoxicilline / Metronidazole
Bacteriele Salmonella Quinolonen
Gastroenteritis
Cystitis Escherichia Coli (conditioneel) - Nitrofurantoïne
- Fosfomycine (zwanger)
- Trimethoprim (nierinsu )
Pyelonephritis - Cipro oxazine
- Amoxilline + clavulaanzuur
Urethritis - Chlamydia Trachomatis Ceftriaxon + Doxycycline
PID - Chlamydia Trachomatis Ceftriaxon + Doxycycline +
- Neisseria Gonorrhoea Metronidazol
Sy lis Treponema pallidum Benzylpenicilline
Candida vulvovaginitis Candida Vaginitis Miconazole / Fluconazole
Trichomonas Vaginalis Metronidazole
Herpes Genitalis Herpes simplex virus 2 Aciclovir
AIDS HIV HAART (Efavirenz + tenovir +
emtricitabine)
1
fi fl fl fffl
, Impetigo Staphylococcus aureus Fusidinezuur
Streptococcen Mupirocine
Flucoxacilline
Cellulitis/Erysipelas Streptococcus pyogenes Flucoxacilline
Staphylococcen
Acne Vulgaris Cutibacterium acnes Benzoylperoxide
Doxycycline
Minocycline
Oppervlakkige Trichopython Miconazole/ Fluconazole (reci)
mycosen Terbina ne / Itraconazole
Candidose Miconazole/Terbina ne
Ziekte Van Lyme Genus Borrelia Doxycycline / Amoxicilline
Zona Varicella/herpes zoster Aciclovir
Meningitis - Haemiphilus in uenza type B - Rifampicine
- Neisseria Meningitidis (petec) - Rifampicine / cipro oxacine
- Streptococcus pneumonie
- Groep B Streptoc (vaginaal)
- E. Coli (darm: perinataal)
- Listeria (voedsel)
2
fi fl flfi
, H1: INLEIDING
1. Wat is microbiologie
= leer vh kleine leven: studie v organismen die we met het blote oog niet kunnen waarnemen
- Virologie: virussen
- Bacteriologie: bacteriën (en Archaea) (geen celkern: prokaryoten)
- Mycologie: fungi (gisten & schimmels) (wel een celkern: eukaryoten)
- Parasitologie: protozoa, wormen (eukaryoten)
- Grootte: eukaryoten > prokaryoten > virussen > proteïnen > small molecule atomen
2. Belang van micro-organismen
- Landbouw: nutrient cycling (N, S, P, C, …)
- Planten & dieren kunnen zelf geen N uit lucht halen: enkel bepaalde bacteriën
- N- xerende bacteriën: kunnen N uit lucht capteren —> ammonium —> nitrieten
—> nitraten: kan wel opgenomen w
- Landbouw: fytopathogenen
- Negatief e ect: organismen veroorzaken infecties bij planten
- Burkholderia glumae op rijst
- Veeteelt: vertering van cellulose
- Cellulose —> CO₂ + CH₄ + dierlijke eiwitten
- Herkauwers: bacteriën gaan cellulosevezels in gras omzetten wel verteerbare zaken
- Biodegradatie van recalcitrante xenobiotica
- Xenobiotica = sto en die dr de mens gemaakt zijn (niet natuurlijk)
- Recalcitrante = moeilijk afbreekbaar
- PCB degradatie dr Burkholderia xenovorans LB400
- Biobrandsto en
- Ethanolproductie uit suikerriet in Brazilië —> verbrandingsmotoren wagens
- Voedingsmicrobiologie —> productie, bederf: micro-organismen nodig
- Conserveblik dat bol staat: bacteriën hebben gassen geproduceerd —> druk
- Biotechnologie
- Transformatie vn planten dmv Agrobacterium tumefaciens: Transgenic Bt corn
—> genetische modi catie: maïs produceert toxine tegen rupsen = eigen pesticide
- Productie vn GM in bacteriën: insuline —> chemische aanmaak / dr bacterie
- Gebruik vn bacteriële secundaire metabolieten: antibiotica, vitaminen
- SARS-CoV-2: impact infectieziektes
- Koolstof-opslag: planten > bacteriën > dieren > fungi, gisten, schimmels
3. Geschiedenis microbiologie
- Antonie van Leeuwenhoek (18e E) —> toestellen om bacteriën te observeren
- Bacteriën in peper infuus + tandplak & huid
- Louis Pasteur (19e E): contact nodig met organismen vr iets kan gebeuren
- Grondlegger microben-theorie / ziektekiem-theorie
- Gebaseerd op werk vn Francesco Redi —> theorie spontaan ontstaan organismen?:
vlees in container + vliegen: eieren op vlees —> nieuwe vliegen: contact vlees-vlieg nodig
- Fles schuin: contact vloeistof-organismen —> micro-biologe groei
3
fi ff ff ff fi
, - Postulaten van Koch (Robert Koch) (20e E)
1. Welbepaalde kiem = altijd met welbepaalde ziekte geassocieerd
2. Pathogeen kan geïsoleerd w & in labo gekweekt w
3. Wnr geïsoleerde & gekweekte organisme in gevoelige gastheer gebracht w —> ziekte
4. Causale micro-örganisme kan opnieuw in reincultuur uit zieke gastheer geïsoleerd w
- Kweken organismen in labo: Koch, Fannie Eilshemius-Hesse, Walther Hesse, Richard Petri
- Technieken ontwikkeld om organismen in cultuur te brengen, isoleren & bestuderen
- Belang van reinculturen
- Vb: gebruik agar om vaste voedingsbodems te maken (ipv gelatine, aardappelschijfjes)
- Vb: Petri plaat
- Gouden periode = meer onderzoekers bestuderen pathogene micro-organismen: 19e E
4. Bacteriële diversiteit: “tree of life”
- Bij meeste micro-organismen: geen/weinig waarneembare morfologische/ biochemische
verschillen —> microbiële fylogenie gebaseerd op moleculaire parameters
- Sequentie analyse van ribosomaal RNA (16S bij prokaryoten)
- Aanwezig in alle bacteriën
- Functioneel constant
- Vergelijking vn 16S rRNA gen sequenties vormt basis vn moderne fylogenie
- Technisch eenvoudig & goedkoop, gigantische DB
- Drie subdivisies: bacteriën, archaea, eukaryoten
- Archeae:
- Biochemisch/morfologisch verschillend vn Bacteria (membraan)
- Extremo elen (organismen die extreme omstandigheden nodig hebben):
- Thermo el: Pyrolobus fumarii (106°C)
- Acido el: Picrophilus oshimae (pH = 0.7)
- Halo el: Halobacterium salinarum (25% NaCl)
- Naamgeving:
- Wetenschappelijke namen vn microorganismen w cursief geschreven
- Binomiaal systeem = genusnaam + speciesnaam
- Escherichia coli (E. coli)
- Staphylococcus aureus (S. aureus)
- Fysiologie: (op welke manier ze aan hun energie geraken)
- Chemotro e: E uit chemische sto en
- Organisch = chemo-organotrofen
- Anorganisch = chemo-lithotrofen
- Fototro e: E uit fotosynthese (licht) —> ATP-productie
4
fifi fififi fi ff
