Chemicaliën lijst thema 1
Stof Experiment Waar aan Doel
toevoegen?/w
at zit er in
0,9% glucose DNA-isolatie In oplossing 1: Glucose voor isotone oplossing,
bij de pH tussen 12 en 12,5 nodig (niet
bacteriecultures te hoog, anders schade
na het plasmide)
verwijderde - Basisch genoeg, buffert,
supernatant, afbraak celwand, geen
toevoegen aan DNA schade
pellet - Voorkomt irreversibele
denaturatie
Tris/HCl pH 8,0 ^ opl1 Base, buffer (pH 7,2 – 9,0)
EDTA ^ opl1 Wegvangen Mg2+
DNAse niet meer werking,
voorkomen dat plasmide
afgebroken wordt
- Mg2+ is co-factor DNAse
0.12M NAOH 1% Oplossing 2: Lyseren van de bacteriën
SDS Aan het OH hydroxyleert
gevortexte moleculen/accepteert protonen,
pellet celwand minder compact
- Daarna op ijs voor
verminderen Brownse
beweging (voorkomt
breken gedenatureerde
plasmiden)
11,5% azijnzuur ^ opl 3 Zorgt voor dalen van pH
- Verwijderen hairpins uit
DNA structuur voor
oplossen
96% ethanol Zorgt voor neerslaan DNA
- Mogelijkheid tot scheiden
Loading buffer (4x PAA-gel 10% SDS Verbreekt H-bruggen, hydrofobe
Laemmli sample gieten (zit interacties & ionbindingen.
buffer (LSB)) ook 0.5M Polaire kop met negatieve
Tris/HCl pH lading, dat bindt uniform aan
6.8 in) eiwit (als het wordt opgewarmd)
waardoor de lading van het eiwit
wegvalt tegenover de negatieve
lading (alle eiwitten dezelfde
lading).
Lineaire eiwitten (recht)
14M Verbreken disulfide bindingen
2-
mercaptoethano
l
10% glycerol Verhoogt dichtheid sample (zakt
naar bodem van wel & mixt niet
met running buffer)
, 0.4% Kleurstof zakt naar beneden,
broomfenol weet wanneer running klaar is
blauw - Kleinere stof, sneller door
poriën dan samples
Running gel (9%) PAA-gel pH 8,8 Hogere (bis)acrylamide %
gieten - Kleinere poriën
Alles speelt een rol in
polymerase reactie. Induceren
door een vrije radicaal
Acrylamide/ Binding van ammonium
bisacrylamide persulfaat en TEMED
(40%) monomeren binden aan elkaar =
polymeren.
Bisacrylamide: Crosslinks maken
tussen polymeren
Ammonium Vrije radicaal die reactie start
persulfaat (10%
APS)
TEMED Versnelt maken van vrije
radicalen
SDS 10% Lineaire eiwitten
Stacking gel (5%) PAA-gieten pH 6,8 Zorgt ervoor dat eiwitten tegelijk
in de running gel komen
Concentratie (bis)acrylamide is
lager
- Grotere poriën
Acrylamide ^
Bisacrylamide ^
Ammonium ^
persulfaat
TEMED ^
SDS ^
Running buffer (1x PAA-gel pH 8.3 In running gel: glycine negatief
TGS-> Tris- gieten sneller dan eiwitten
Glycine-SDS) pH > pKa (running gel)
Tris Dient als buffer, zie pagina
hieronder.
Chloride (Cl-) Negatiever dan eiwitten geladen
> gaat sneller door gel (onder
eiwitten)
Glycine pKa = 5.97 neutraal (NH3+
en COO-)
pH < pKa positief
pH > pKa negatief
pH 6,8 (stacking gel): glycine
switcht neutraal/negatief
(zwitterion)
- Langzamer door gel dan
eiwitten
- Eiwitten tussen Cl en
glycine
SDS Lineaire eiwitten
Rifampicine Rifampicine Toevoegen aan Remt DNA afhankelijke RNA-
Stof Experiment Waar aan Doel
toevoegen?/w
at zit er in
0,9% glucose DNA-isolatie In oplossing 1: Glucose voor isotone oplossing,
bij de pH tussen 12 en 12,5 nodig (niet
bacteriecultures te hoog, anders schade
na het plasmide)
verwijderde - Basisch genoeg, buffert,
supernatant, afbraak celwand, geen
toevoegen aan DNA schade
pellet - Voorkomt irreversibele
denaturatie
Tris/HCl pH 8,0 ^ opl1 Base, buffer (pH 7,2 – 9,0)
EDTA ^ opl1 Wegvangen Mg2+
DNAse niet meer werking,
voorkomen dat plasmide
afgebroken wordt
- Mg2+ is co-factor DNAse
0.12M NAOH 1% Oplossing 2: Lyseren van de bacteriën
SDS Aan het OH hydroxyleert
gevortexte moleculen/accepteert protonen,
pellet celwand minder compact
- Daarna op ijs voor
verminderen Brownse
beweging (voorkomt
breken gedenatureerde
plasmiden)
11,5% azijnzuur ^ opl 3 Zorgt voor dalen van pH
- Verwijderen hairpins uit
DNA structuur voor
oplossen
96% ethanol Zorgt voor neerslaan DNA
- Mogelijkheid tot scheiden
Loading buffer (4x PAA-gel 10% SDS Verbreekt H-bruggen, hydrofobe
Laemmli sample gieten (zit interacties & ionbindingen.
buffer (LSB)) ook 0.5M Polaire kop met negatieve
Tris/HCl pH lading, dat bindt uniform aan
6.8 in) eiwit (als het wordt opgewarmd)
waardoor de lading van het eiwit
wegvalt tegenover de negatieve
lading (alle eiwitten dezelfde
lading).
Lineaire eiwitten (recht)
14M Verbreken disulfide bindingen
2-
mercaptoethano
l
10% glycerol Verhoogt dichtheid sample (zakt
naar bodem van wel & mixt niet
met running buffer)
, 0.4% Kleurstof zakt naar beneden,
broomfenol weet wanneer running klaar is
blauw - Kleinere stof, sneller door
poriën dan samples
Running gel (9%) PAA-gel pH 8,8 Hogere (bis)acrylamide %
gieten - Kleinere poriën
Alles speelt een rol in
polymerase reactie. Induceren
door een vrije radicaal
Acrylamide/ Binding van ammonium
bisacrylamide persulfaat en TEMED
(40%) monomeren binden aan elkaar =
polymeren.
Bisacrylamide: Crosslinks maken
tussen polymeren
Ammonium Vrije radicaal die reactie start
persulfaat (10%
APS)
TEMED Versnelt maken van vrije
radicalen
SDS 10% Lineaire eiwitten
Stacking gel (5%) PAA-gieten pH 6,8 Zorgt ervoor dat eiwitten tegelijk
in de running gel komen
Concentratie (bis)acrylamide is
lager
- Grotere poriën
Acrylamide ^
Bisacrylamide ^
Ammonium ^
persulfaat
TEMED ^
SDS ^
Running buffer (1x PAA-gel pH 8.3 In running gel: glycine negatief
TGS-> Tris- gieten sneller dan eiwitten
Glycine-SDS) pH > pKa (running gel)
Tris Dient als buffer, zie pagina
hieronder.
Chloride (Cl-) Negatiever dan eiwitten geladen
> gaat sneller door gel (onder
eiwitten)
Glycine pKa = 5.97 neutraal (NH3+
en COO-)
pH < pKa positief
pH > pKa negatief
pH 6,8 (stacking gel): glycine
switcht neutraal/negatief
(zwitterion)
- Langzamer door gel dan
eiwitten
- Eiwitten tussen Cl en
glycine
SDS Lineaire eiwitten
Rifampicine Rifampicine Toevoegen aan Remt DNA afhankelijke RNA-
