Biomedische informatieverwerking alle lessen + gastdocent AI
Inhoudsopgave
1. Wat is wetenschap ......................................................................................... 2
2. Inleiding tot het onderzoek .............................................................................. 12
3. Biomedisch wetenschappelijk onderzoek ................................................... 24
4. Translationeel onderzoek ............................................................................. 31
5. Binair tellen .................................................................................................. 38
6. Publieke databanken .................................................................................... 43
7. Relationele databanken ............................................................................... 47
8. Wetenschappelijke integriteit Tania Maes ................................................... 51
9. Open science ................................................................................................ 61
10. Beveiliging en paswoorden ....................................................................... 71
11. ChatGPT .................................................................................................... 76
,1. Wat is wetenschap
Wat is wetenschap?
Science afgeleid van scientia (Lat.) : kennis
• Louter kennis opbouwen is echter geen wetenschap!
• Een systematisch gebeuren dat kennis opbouwt en organiseert onder de vorm
van testbare verklaringen en voorspellingen
Kennis opbouwen en organiseren om nieuwe kennis op te bouwen
Kennis opbouwen
Via wetenschappelijke methode(s)
In Biomedische Wetenschappen:
• testbare hypothese
• gecontroleerde experimenten
• wetenschappelijke communicatie
Kennis organiseren
Enkele voorbeelden
Classificatie en nomenclatuur van organismen (Linneaus, 1735)
• http://tolweb.org/tree/
Tabel van Mendeleev (1869)
Chemische stoffen (Merck Index, 1889; PubChem, 2004)
Classificatie van enzymen (IUBMB, 1961)
Wetenschappelijke literatuur
• Pubmed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
2
,Annotatie van genen in het menselijk genoom
• https://www.gencodegenes.org/human/
Kankerdata in cBioportal:
• https://www.cbioportal.org/
Evolutieleer
My scientific hero
Darwin heeft de evolutietheorie ontwikkeld zonder kennis van het
bestaan van genen en eiwitten (aka: moleculen). Nog geen enkel
moleculair experiment heeft deze theorie tegengesproken.
Zijn voornaamste onderzoeksmethoden:
verzamelen, waarnemen, interpreteren …
… en deze kennis rapporteren
photographed by Julia Margaret Cameron
1859 Murray edition of the Origin of species by Charles Darwin
(opgelet enkel voor gevorderden, zelfs in de uitstekende Nederlandse vertaling)
Wat betekent dit evolutionair gezien?
3
, De mens is een zoogdier
De mens is maar recent dominant aanwezig
De mens heeft nu grote impact op zijn omgeving
En dat beïnvloedt onderzoek
By Ernst Haeckel – 1879
https://commons.wikimedia.org/w/index.ph p?curid=4246342
Wat betekent dit nog evolutionair gezien?
Oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig (dit vergemakkelijkt
onderzoek! Gebruik modellen)
• Metabolisme – van voeding tot energie
• DNA-verdubbeling (DNA dezelfde 4 basen)
• Gekoppeld aan celdeling
• Overschrijving (RNA dezelfde 4 basen)
• Vertaling (eiwitten dezelfde 20 aminozuren)
Communicatie tussen cellen is jonger (meercelligen)
Sociaal gedrag is oud en ouder dan het ontstaan van de mens, deels genetisch bepaald
deels aangeleerd
Evolutief gezien is de periode van 300.000 VC tot 1900 NC meer bepalend voor de mens
dan de laatste 100 jaar (ondanks 20 jaar social media).
Zijn er meerdere wetenschappen?
• Natuurwetenschappen (wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie,
geologie, …). Enkel wiskunde is exact, de andere streven naar exactheid.
• Cultuurwetenschappen (sociologie, psychologie, criminologie,
taalwetenschappen, (kunst)geschiedenis, …)
Maar analoge onderwerpen komen in verschillende wetenschappen terecht
4
Inhoudsopgave
1. Wat is wetenschap ......................................................................................... 2
2. Inleiding tot het onderzoek .............................................................................. 12
3. Biomedisch wetenschappelijk onderzoek ................................................... 24
4. Translationeel onderzoek ............................................................................. 31
5. Binair tellen .................................................................................................. 38
6. Publieke databanken .................................................................................... 43
7. Relationele databanken ............................................................................... 47
8. Wetenschappelijke integriteit Tania Maes ................................................... 51
9. Open science ................................................................................................ 61
10. Beveiliging en paswoorden ....................................................................... 71
11. ChatGPT .................................................................................................... 76
,1. Wat is wetenschap
Wat is wetenschap?
Science afgeleid van scientia (Lat.) : kennis
• Louter kennis opbouwen is echter geen wetenschap!
• Een systematisch gebeuren dat kennis opbouwt en organiseert onder de vorm
van testbare verklaringen en voorspellingen
Kennis opbouwen en organiseren om nieuwe kennis op te bouwen
Kennis opbouwen
Via wetenschappelijke methode(s)
In Biomedische Wetenschappen:
• testbare hypothese
• gecontroleerde experimenten
• wetenschappelijke communicatie
Kennis organiseren
Enkele voorbeelden
Classificatie en nomenclatuur van organismen (Linneaus, 1735)
• http://tolweb.org/tree/
Tabel van Mendeleev (1869)
Chemische stoffen (Merck Index, 1889; PubChem, 2004)
Classificatie van enzymen (IUBMB, 1961)
Wetenschappelijke literatuur
• Pubmed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
2
,Annotatie van genen in het menselijk genoom
• https://www.gencodegenes.org/human/
Kankerdata in cBioportal:
• https://www.cbioportal.org/
Evolutieleer
My scientific hero
Darwin heeft de evolutietheorie ontwikkeld zonder kennis van het
bestaan van genen en eiwitten (aka: moleculen). Nog geen enkel
moleculair experiment heeft deze theorie tegengesproken.
Zijn voornaamste onderzoeksmethoden:
verzamelen, waarnemen, interpreteren …
… en deze kennis rapporteren
photographed by Julia Margaret Cameron
1859 Murray edition of the Origin of species by Charles Darwin
(opgelet enkel voor gevorderden, zelfs in de uitstekende Nederlandse vertaling)
Wat betekent dit evolutionair gezien?
3
, De mens is een zoogdier
De mens is maar recent dominant aanwezig
De mens heeft nu grote impact op zijn omgeving
En dat beïnvloedt onderzoek
By Ernst Haeckel – 1879
https://commons.wikimedia.org/w/index.ph p?curid=4246342
Wat betekent dit nog evolutionair gezien?
Oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig (dit vergemakkelijkt
onderzoek! Gebruik modellen)
• Metabolisme – van voeding tot energie
• DNA-verdubbeling (DNA dezelfde 4 basen)
• Gekoppeld aan celdeling
• Overschrijving (RNA dezelfde 4 basen)
• Vertaling (eiwitten dezelfde 20 aminozuren)
Communicatie tussen cellen is jonger (meercelligen)
Sociaal gedrag is oud en ouder dan het ontstaan van de mens, deels genetisch bepaald
deels aangeleerd
Evolutief gezien is de periode van 300.000 VC tot 1900 NC meer bepalend voor de mens
dan de laatste 100 jaar (ondanks 20 jaar social media).
Zijn er meerdere wetenschappen?
• Natuurwetenschappen (wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie,
geologie, …). Enkel wiskunde is exact, de andere streven naar exactheid.
• Cultuurwetenschappen (sociologie, psychologie, criminologie,
taalwetenschappen, (kunst)geschiedenis, …)
Maar analoge onderwerpen komen in verschillende wetenschappen terecht
4
