Her-Biochemie 1
Les 1
Voorbeelden van functionele groepen
- Dubbele binding
- Hydroxyl groep
- Amino groep
- Sylfhyaryl groep
- Carboxyl groep
- Carbonyl groep
Dubbele binding heel belangrijk voor reactie koolstof maar ook voor structuur van eiwitten
Centrale dogma
DNA Transcriptie (mRNA – rRna – tRNA) ribosomen translatie Proteine
Prokaryoten
- 1 cellig
- Incl bacteria en cyanobacterium
- Cell membraan
- Ribosomen
Eukaryoten
- Eencellig: Gist, paramedium
- Multicellig; dieren, planten
- Nucleus
- Cell membraan
- Mitochondrien
- ER
- Ribosomen
- Chloroplast (planten)
Nucleus
DNA en RNA synthese. Locatie van erfelijk materiaal
Mitochondrien
Energie oxidatie reacties, heeft eigen DNA
Chloroplast
Fotosynthese in groene planten en alg, heeft eigen DNA
ER (endoplasmatisch reticulum)
Door de hele cel, het ruwe ER is vol met ribosomen, locatie van eiwit synthese
Golgi
Eiwitten + vetten uit ER verder verwerkt
Lysosomen
Membraan gebonden zakjes bevattend hydrolytische enzymen
1
,Peroxisomen
Zakjes die enzymen bevatten die betrokken zijn bij het metabolisme van waterstof peroxide.
Ontstaan binaire bindingen
Cell membraan
Scheid het van de buitenwereld
Cell wand
Extra laag bij planten
Vacuole
Membraan binding zak.
Archaea
Cel structuur en metabolisme lijken meer op die van de prokaryoten
Transcriptie en translocatie van genetische code lijken meer op eukaryoot
Klein verschil is het gebruik van biomoleculen in vergelijking met de pro en eu.
Polariteit
Elektronegativiteit: wanneer bijvoorbeeld de plus harder trekt aan het atoom dan de minus kant.
Een verbinding tussen atomen met verschillende electronegativiteit zorgt voor een verschuiving van
de electronen naar het atoom dat de hoogste electronegativiteit heeft. Hierdoor ontstaat er een
partiele positieve of negatieve lading in de binding = polaire binding genoemd.
Waterstofbruggen
= Door dat het water een polaire verbinding heeft kan deze een niet covalente bindin aangaan met
andere polaire groepen.
Waterstofdonor = de stof waar het H2O aan de brug bindt
Waterstofacceptor = tegen overgesteld.
Een waterstofbrug heeft veel impact op de fysieke conditie van
het watermolecuul.
Oplossing H2O
- Hydrofoob (apolair) = wanneer ze geen polaire binding hebben
- Hydrofiel (polair) = die uiteen vallen in positieve en negatieve deeltjes
- Amphipathic (beide)
Zuur en basen
- Zuur = molecuul is proton donor
- Base = moelcuu l is proton acceptor
Sterk zuur = een zuur dat compleet geioniseerd is in een oplossing ( HCl, HBr, HNO3, H2SO4)
Sterk base = een base dat compleet geioniseerd is in een oplossing ( LiOH, NaOH, KOH,
Ca(OH) en Ba(OH)2 )
Zwake zuren en basen vallen niet gelijk uit elkaar in een waterige oplossing. De sterkte van elk zuur
HA kan bepaald worden door de dissociatie constante Ka. Hoe groter de Ka hoe sterker het zuur
HA <> A- + H+
Zwakzuur geconjugeerd base
2
, Ka=¿ ¿
¿
Hoe groter Ka = sterker zuur
Henderson – hasselbach
Weak acid
+¿=Ka× ¿
Conjugated acid
H
pH = -log [H] = -log Ka + log (WA / CB)
Hoe lager de pKa is hoe sterker het zuur.
pH = pKa : HA = A-
pH < pKa : HA > A-
pH > pKa : HA < A-
Met buffers is het te manipuleren
Zwakke zuren
Ka=¿ ¿
pH = -log [H3O+]
Les 2
Aminozuren bekendste bouwstenen van eiwitten en enzymen
Peptiden : reeks aminozuren aan elkaar
Chiraal = asymmetrisch
1 chiraal atoom = 2 stereoisomeren factor van 2 N dus 3 chriaal = 8 atomen etc etc
Fischer-projectie
o Hoogst geoxideerde c-atoom bovenaan
CO2 > -COOH > -CHO > -OH > CH4
o Horizontale bindingen naar boven wijzen
o Verticale bindingen naar achteren
o De aanduidingen D en L komen van deze projectie van
glyceraldehyde
Aminozuur bestaat uit:
o Tenminste 1 chiraal centrum ( behalve glycine) = centraal a-koolstofatoom
o Carboxylgroep
o Restgroep (verschillend door chiraliteit)
B-aminozuur ; zit de carboxylgroep aan het alfa-koolstofatoom en aminogroep aan het B-
koolstofatoom.
Zwitterionvorm = dipolair ion, draagt zowel
negatieve als positeve ladingen.
4 verschillende groeperingen voor aminozuren
3
Les 1
Voorbeelden van functionele groepen
- Dubbele binding
- Hydroxyl groep
- Amino groep
- Sylfhyaryl groep
- Carboxyl groep
- Carbonyl groep
Dubbele binding heel belangrijk voor reactie koolstof maar ook voor structuur van eiwitten
Centrale dogma
DNA Transcriptie (mRNA – rRna – tRNA) ribosomen translatie Proteine
Prokaryoten
- 1 cellig
- Incl bacteria en cyanobacterium
- Cell membraan
- Ribosomen
Eukaryoten
- Eencellig: Gist, paramedium
- Multicellig; dieren, planten
- Nucleus
- Cell membraan
- Mitochondrien
- ER
- Ribosomen
- Chloroplast (planten)
Nucleus
DNA en RNA synthese. Locatie van erfelijk materiaal
Mitochondrien
Energie oxidatie reacties, heeft eigen DNA
Chloroplast
Fotosynthese in groene planten en alg, heeft eigen DNA
ER (endoplasmatisch reticulum)
Door de hele cel, het ruwe ER is vol met ribosomen, locatie van eiwit synthese
Golgi
Eiwitten + vetten uit ER verder verwerkt
Lysosomen
Membraan gebonden zakjes bevattend hydrolytische enzymen
1
,Peroxisomen
Zakjes die enzymen bevatten die betrokken zijn bij het metabolisme van waterstof peroxide.
Ontstaan binaire bindingen
Cell membraan
Scheid het van de buitenwereld
Cell wand
Extra laag bij planten
Vacuole
Membraan binding zak.
Archaea
Cel structuur en metabolisme lijken meer op die van de prokaryoten
Transcriptie en translocatie van genetische code lijken meer op eukaryoot
Klein verschil is het gebruik van biomoleculen in vergelijking met de pro en eu.
Polariteit
Elektronegativiteit: wanneer bijvoorbeeld de plus harder trekt aan het atoom dan de minus kant.
Een verbinding tussen atomen met verschillende electronegativiteit zorgt voor een verschuiving van
de electronen naar het atoom dat de hoogste electronegativiteit heeft. Hierdoor ontstaat er een
partiele positieve of negatieve lading in de binding = polaire binding genoemd.
Waterstofbruggen
= Door dat het water een polaire verbinding heeft kan deze een niet covalente bindin aangaan met
andere polaire groepen.
Waterstofdonor = de stof waar het H2O aan de brug bindt
Waterstofacceptor = tegen overgesteld.
Een waterstofbrug heeft veel impact op de fysieke conditie van
het watermolecuul.
Oplossing H2O
- Hydrofoob (apolair) = wanneer ze geen polaire binding hebben
- Hydrofiel (polair) = die uiteen vallen in positieve en negatieve deeltjes
- Amphipathic (beide)
Zuur en basen
- Zuur = molecuul is proton donor
- Base = moelcuu l is proton acceptor
Sterk zuur = een zuur dat compleet geioniseerd is in een oplossing ( HCl, HBr, HNO3, H2SO4)
Sterk base = een base dat compleet geioniseerd is in een oplossing ( LiOH, NaOH, KOH,
Ca(OH) en Ba(OH)2 )
Zwake zuren en basen vallen niet gelijk uit elkaar in een waterige oplossing. De sterkte van elk zuur
HA kan bepaald worden door de dissociatie constante Ka. Hoe groter de Ka hoe sterker het zuur
HA <> A- + H+
Zwakzuur geconjugeerd base
2
, Ka=¿ ¿
¿
Hoe groter Ka = sterker zuur
Henderson – hasselbach
Weak acid
+¿=Ka× ¿
Conjugated acid
H
pH = -log [H] = -log Ka + log (WA / CB)
Hoe lager de pKa is hoe sterker het zuur.
pH = pKa : HA = A-
pH < pKa : HA > A-
pH > pKa : HA < A-
Met buffers is het te manipuleren
Zwakke zuren
Ka=¿ ¿
pH = -log [H3O+]
Les 2
Aminozuren bekendste bouwstenen van eiwitten en enzymen
Peptiden : reeks aminozuren aan elkaar
Chiraal = asymmetrisch
1 chiraal atoom = 2 stereoisomeren factor van 2 N dus 3 chriaal = 8 atomen etc etc
Fischer-projectie
o Hoogst geoxideerde c-atoom bovenaan
CO2 > -COOH > -CHO > -OH > CH4
o Horizontale bindingen naar boven wijzen
o Verticale bindingen naar achteren
o De aanduidingen D en L komen van deze projectie van
glyceraldehyde
Aminozuur bestaat uit:
o Tenminste 1 chiraal centrum ( behalve glycine) = centraal a-koolstofatoom
o Carboxylgroep
o Restgroep (verschillend door chiraliteit)
B-aminozuur ; zit de carboxylgroep aan het alfa-koolstofatoom en aminogroep aan het B-
koolstofatoom.
Zwitterionvorm = dipolair ion, draagt zowel
negatieve als positeve ladingen.
4 verschillende groeperingen voor aminozuren
3
