GEN30306 Genomics Samenvatting

GENOMICS
LECTURE 2: GENETIC AND PHYSICAL MAPS

COLLEGESTOF

Gene mapping  bepalen van de positie van een gen
en de afstanden tussen genen

Verschillende typen van genomic maps
 Cytogenetic map  representatie van positie
van genen op een chromosoom
 Genetic linkage map  volgorde van
genetische markers en genetic distance tussen
de markers
 Physical map  door genoom in stukjes te
knippen wordt de fysieke afstand tussen
markers bepaald

Genetic linkage mapping
 Gebruik van polymorphic markers
o tonen variatie voor een bepaalde positie (polymorfisme, verschillende allelen)
o Microsatellites en SNPs
 Pedigree noodzakelijk 
o bepalen overerving van allelen  informative meioses bepalen

Informative meioses  bepalen welke van de 2 allelen van de ouders worden doorgegeven aan de
nakomelingen

Linkage mapping  gebaseerd op recombinatie tijdens meiose
 genen dicht bij elkaar gelegen, dan weinig mogelijkheid tot recombinatie  weinig recombinanten
waargenomen
 markers zeer ver uit elkaar of op verschillend chromosoom  recombination frequency= 0.5


Recombination frequency  aantal recombinants / (niet recombinants + recombinants)  R/(N+R)

LOD score
 bepalen of de gevonden recombinatie frequency significant verschilt van een random verdeling van de
allelen
o hoeveel x meer waarschijnlijk is het dat de geobserveerde frequentie wordt waargenomen ipv
frequentie voor random
verdeling van de allelen?
 LOD score  10loglog
(Pobserved/Pnull)

Zie voorbeeldberekening
Aanvullingen:
 Niet vergeten van biominale coefficient
 totaal nakomelingen linksboven, aantal recombinanten rechts onder)

LOD >3.0log  de gevonden data ondersteunt de aanwezigheid van linkage