Planten en micro-organismen (B-B1PLMI20) - hoorcollege en kennisclip - deeltoets 2
hoorcollege 9 jan. 2024 – introductie
leerstof deel II
Campbell – H26, H27, H31 en aanvullende info samengevat in leerdoelen
hoorcolleges en online kennisclips
online blackboard quiz – deadline vrijdag 17h
online xerte module (week 7)
werkcolleges 16 en 25 jan. (week 8 en 9) en practicum 18 jan.
eindtoets 30 jan. weegt voor 30% mee
microbiologie – belangrijk en divers vakgebied
● virussen
○ technisch gezien niet levend / geen organisme
○ wel veel invloed op levende organismen
○ bevatten genetisch materiaal
○ hebben een eiwitmantel
○ zijn afhankelijk van andere cellen voor replicatie
● prokaryote micro-organismen
○ domein Bacteria en Archaea
○ eencellig
○ geen nucleus en geen organellen
● eukaryote micro-organismen
○ koninkrijk schimmels
○ protisten: alle eukaryoten behalve planten, dieren en schimmels
○ een- en meercelligen
○ nucleus en organellen
microbiologie tools
● microscopie
○ lichtmicroscopie
■ Brightfield – celkleuringen (fuchsine, Gram)
■ fluorescentie – structuur kleuringen, reporter eiwitten
○ elektronenmicroscopie
■ SEM (scanning) – oppervlakte cellen/structuren
■ TEM (transmissie) – binnenkant en contouren cellen/structuren
● kweken: nutriënten, koolstofbronnen, (a)biotische factoren
○ petrischaal met agar en media
○ erlenmeyer met vloeibaar media
○ fermentoren
● sequencing: sanger (DNA van 1 organisme), metagenomics (meerdere organismen)
○ kan ook onafhankelijk van kweken (metagenomics)
○ DNA isoleren uit reincultuur (1 soort) of uit een omgevingssample of
microbioomsample (community)
○ detectie van moleculaire markers: PCR met universele primers tegen
■ 16 rRNA gen (bacteriën)
■ ITS – Internal Transcribed Spacer (schimmels)
, Planten en micro-organismen (B-B1PLMI20) - hoorcollege en kennisclip - deeltoets 2
Waarom microben kweken?
● bepalen met welke (nieuwe) soort men te maken heeft
○ morfologie m.b.v. microscopie
○ diagnostiek → selectieve media, experimenten
○ reincultuur → sequencing
■ taxonomie (sanger sequencing)
■ genoom analyse (short- and long read sequencing)
moleculaire markers sequencen
● 16S (bacteriën – kleine subunit ribosoom) of ITS (schimmels)
○ ITS codeert niet voor eiwit → mutaties kunnen behouden worden
● onderdeel van het rDNA
● geconserveerd
● variabele stukken
● PCR (polymerase chain reaction) amplificatie met ‘universele’ primers
○ denaturatie (hoge temperatuur) → DNA strengen uit elkaar
○ 2 primers hechten op een bepaalde temperatuur aan de strengen
○ nucleotiden (bouwstenen), Taq polymerase
○ temperatuurcyclus
■ denatureren DNA
■ binden primers
■ verlengen DNA keten
○ herhalen → veel DNA → makkelijker te sequencen
● sequencen van PCR producten
● vergelijken met sequenties in database → al bekend of verwant aan bekende soorten
○ identificeren en verwantschap
Hoe ga je te werk om een schimmel te identificeren?
● sanger sequencing ITS
belang van studie naar micro-organismen
● belangrijke mutualisten en ziekteverwekkers
● grote invloed op ecosystemen – rol in cycli van elementen
● producenten van toepasbare enzymen, medicijnen
● biologische bestrijdingsmiddelen
● voedselbereiding en -productie
kennisclip 7.1 Virussen
eigenschappen virussen
● zijn klein
● hebben erfelijk materiaal
● delen niet
● missen eiwit translatie machinerie
● synthetiseren geen ATP
● zijn afhankelijk van gastheercellen voor vermenigvuldigen
● virussen infecteren mensen, dieren, planten, schimmels en bacteriën
hoorcollege 9 jan. 2024 – introductie
leerstof deel II
Campbell – H26, H27, H31 en aanvullende info samengevat in leerdoelen
hoorcolleges en online kennisclips
online blackboard quiz – deadline vrijdag 17h
online xerte module (week 7)
werkcolleges 16 en 25 jan. (week 8 en 9) en practicum 18 jan.
eindtoets 30 jan. weegt voor 30% mee
microbiologie – belangrijk en divers vakgebied
● virussen
○ technisch gezien niet levend / geen organisme
○ wel veel invloed op levende organismen
○ bevatten genetisch materiaal
○ hebben een eiwitmantel
○ zijn afhankelijk van andere cellen voor replicatie
● prokaryote micro-organismen
○ domein Bacteria en Archaea
○ eencellig
○ geen nucleus en geen organellen
● eukaryote micro-organismen
○ koninkrijk schimmels
○ protisten: alle eukaryoten behalve planten, dieren en schimmels
○ een- en meercelligen
○ nucleus en organellen
microbiologie tools
● microscopie
○ lichtmicroscopie
■ Brightfield – celkleuringen (fuchsine, Gram)
■ fluorescentie – structuur kleuringen, reporter eiwitten
○ elektronenmicroscopie
■ SEM (scanning) – oppervlakte cellen/structuren
■ TEM (transmissie) – binnenkant en contouren cellen/structuren
● kweken: nutriënten, koolstofbronnen, (a)biotische factoren
○ petrischaal met agar en media
○ erlenmeyer met vloeibaar media
○ fermentoren
● sequencing: sanger (DNA van 1 organisme), metagenomics (meerdere organismen)
○ kan ook onafhankelijk van kweken (metagenomics)
○ DNA isoleren uit reincultuur (1 soort) of uit een omgevingssample of
microbioomsample (community)
○ detectie van moleculaire markers: PCR met universele primers tegen
■ 16 rRNA gen (bacteriën)
■ ITS – Internal Transcribed Spacer (schimmels)
, Planten en micro-organismen (B-B1PLMI20) - hoorcollege en kennisclip - deeltoets 2
Waarom microben kweken?
● bepalen met welke (nieuwe) soort men te maken heeft
○ morfologie m.b.v. microscopie
○ diagnostiek → selectieve media, experimenten
○ reincultuur → sequencing
■ taxonomie (sanger sequencing)
■ genoom analyse (short- and long read sequencing)
moleculaire markers sequencen
● 16S (bacteriën – kleine subunit ribosoom) of ITS (schimmels)
○ ITS codeert niet voor eiwit → mutaties kunnen behouden worden
● onderdeel van het rDNA
● geconserveerd
● variabele stukken
● PCR (polymerase chain reaction) amplificatie met ‘universele’ primers
○ denaturatie (hoge temperatuur) → DNA strengen uit elkaar
○ 2 primers hechten op een bepaalde temperatuur aan de strengen
○ nucleotiden (bouwstenen), Taq polymerase
○ temperatuurcyclus
■ denatureren DNA
■ binden primers
■ verlengen DNA keten
○ herhalen → veel DNA → makkelijker te sequencen
● sequencen van PCR producten
● vergelijken met sequenties in database → al bekend of verwant aan bekende soorten
○ identificeren en verwantschap
Hoe ga je te werk om een schimmel te identificeren?
● sanger sequencing ITS
belang van studie naar micro-organismen
● belangrijke mutualisten en ziekteverwekkers
● grote invloed op ecosystemen – rol in cycli van elementen
● producenten van toepasbare enzymen, medicijnen
● biologische bestrijdingsmiddelen
● voedselbereiding en -productie
kennisclip 7.1 Virussen
eigenschappen virussen
● zijn klein
● hebben erfelijk materiaal
● delen niet
● missen eiwit translatie machinerie
● synthetiseren geen ATP
● zijn afhankelijk van gastheercellen voor vermenigvuldigen
● virussen infecteren mensen, dieren, planten, schimmels en bacteriën
