Inhoudsopgave
1. Wat is wetenschap?............................................................................................................................3
1.1 Wat is wetenschap?......................................................................................................................3
1.2 Impact van wetenschap................................................................................................................3
1.3 Wetenschap evolueert.................................................................................................................4
1.4 Wat beïnvloedt wetenschap?.......................................................................................................4
1.5 (Biomedische) wetenschappelijke communicatie.........................................................................5
2 Wetenschappelijke benaderingen door de eeuwen heen...................................................................6
2.1 Empirisme.....................................................................................................................................6
2.2 Rationalisme.................................................................................................................................6
2.3 Combinatie van rationalisme en empirisme.................................................................................6
2.4 Kennisverwerving.........................................................................................................................7
2.5 Kennisverwering via empirisch onderzoek...................................................................................7
2.6 Het laboratorium als gecontroleerde omgeving.........................................................................10
3 Biomedische wetenschappelijk onderzoek........................................................................................11
3.1 Onderzoeksbenaderingen: oud en nieuw...................................................................................11
3.2 Reductionisme en systeembiologie in BMW...............................................................................11
3.3 Van onderzoek naar publicatie...................................................................................................12
3.4 Het wetenschappelijke artikel: types..........................................................................................13
3.5 Structuur van een wetenschappelijk artikel................................................................................13
4. Translationeel biomedisch onderzoek..............................................................................................15
4.1 Wat houdt dat in?.......................................................................................................................15
4.1 Translationele onderzoeksprocessen T.......................................................................................15
4.3 Succesvolle translatie.................................................................................................................16
5 Informatietheorie en binair stelsel....................................................................................................18
5.1 Het binair talstelsel en bits.........................................................................................................18
5.2 Shannon’s informatietheorie......................................................................................................18
6. Publieke databanken in de levenswetenschappen...........................................................................19
6.1 Controlled vocabularies..............................................................................................................19
6.2 Types databanken.......................................................................................................................19
6.3 Databanken met experimentele data.........................................................................................20
6.4 Databanken met andere focus....................................................................................................20
6.5 Publiek delen van data................................................................................................................20
7 Relationele databanken.....................................................................................................................22
7.1 Basisconcepten van databanken................................................................................................22
1
, 7.2 Basisconcepten van relationele databanken..............................................................................23
7.3 Structured Query Language (SQL) zie dia’s 35-…........................................................................24
8 Open Science.....................................................................................................................................26
8.1 Barrières van open science.........................................................................................................26
8.2 Geschiedenis wetenschap..........................................................................................................26
8.3 Argumenten van open science...................................................................................................27
8.4 Open acces.................................................................................................................................28
8.5 Research data-management.......................................................................................................29
9. Wetenschappelijke integriteit..........................................................................................................30
9.1 Definities wetenschappelijke integriteit.....................................................................................30
9.2 Research misconduct..................................................................................................................30
9.3 Scientific misconduct (FFP).........................................................................................................31
9.4 Publications................................................................................................................................32
9.5 Geschiedenis van het opstellen van ethische standaarden........................................................33
9.6 Responsible authorship..............................................................................................................34
10. Paswoorden en beveiliging.............................................................................................................35
10.1 Belang van beveiliging..............................................................................................................35
10.2 Beveiliging via toegangscontrole..............................................................................................36
10.3 Wachtwoorden.........................................................................................................................36
10.4 Cyber Security...........................................................................................................................37
2
,1. Wat is wetenschap?
1.1 Wat is wetenschap?
= kennis opbouwen en organiseren om nieuwe kennis op te bouwen
Kennis opbouwen in de biomedische wetenschappen met wetenschappelijke methodes
Testbare hypothese (BMW!)
Gecontroleerde experimenten
Wetenschappelijke communicatie
Kennis organiseren…
bv. Tabel van Mendeljev
Classificatie van organismen, enzymen
Databank van chemische stoffen
Wetenschappelijke literatuur georganiseerd via databanken
Annotaties van genen in het menselijk genoom
bv. Darwins evolutietheorie zonder kennis van genen etc.
Kennis opbouwen
o Verzamelen van gegevens
o Waarnemingen
o Interpreteren van gegevens en waarnemingen
Kennis organiseren: rapporteren
Evolutietheorie evolutionair gezien
o De mens is slecht recent dominant aanwezig maar heeft grote impact op zijn
omgeving wat onderzoek beïnvloedt
o Oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig (gebruik dus
modellen)
o Evolutief gezien is de periode 300.00 vC tot 1900 nC meer bepalend voor de
mens dan de laatste 100 jaar
Raakvlakken/cross-overs/cross-fertilisatie/kruisbestuiving in wetenschappen
er is een verband tussen fundamenteel onderzoek en klinische studies
β = Natuurwetenschappen = streven naar exactheid (enkel wiskunde is exact)
hoe meer natuurlijke variabiliteit, hoe minder exact
Cultuurwetenschappen
γ = sociale wetenschappen
α = menswetenschappen
Biomedische wetenschappen steunt op β (scheikunde, fysica, biologie en wiskunde) MAAR
heeft grote raakvlakken met γ (psychologie, sociologie, criminologie en economie)
1.2 Impact van wetenschap
Technologie leidt tot levensverbetering in de maatschappij
Motor van industriële (r)evolutie: bv. stoommachine van Watt
Motor van de geneeskunde: bv. antibiotica
Digitale revolutie: bv. andere communicatiemiddelen
Weinig wetenschappelijke ontwikkelingen zijn onmiddellijk commercialiseerbaar
Niet alle wetenschappelijke ontdekkingen zijn goed!
3
, Internationale context van biomedische wetenschappen
Iedereen gebruikt dezelfde methode maar de noden, afhankelijk van omgevingsfactoren, zijn
verschillend
Methode: empirisme (Westers) en wiskunde (Arabisch)
Noden: Ebola (Afrika) <-> Covid (wereldwijd)
Omgevingsvariabelen: aantal sterftegevallen adderbeten België <-> India
Relatie maatschappij en wetenschap
Wetenschap botst op morele/ethische grenzen
Ook commerciële en politieke factor: onderzoek enkel met grote financiering/winst
GGO’s
1.3 Wetenschap evolueert
= Meer translationeel onderzoek met oog voor toepassingen, maar niet elke waarneming hoeft
toepasbaar te zijn
Onderzoekstypes evolueren
Multidisciplinair specialist
Sir Isaac Newton: Engelse natuurkundige, wiskundige, astronoom, natuurfilosoof,
alchemist, officieel muntmeester en theoloog
Jean-Paul Marat: Franse arts, natuurkundige, sociaal filosoof, journalist en politicus
Rudolf Ludwig Carl Virchow: Duitse arts, antropoloog etnoloog en politicus
James Dewey Watson: Amerikaanse moleculair bioloog
Jean-Jacques Cassiman: Belgisch professor in de menselijke genetica
Specialisme = opgedrongen keuze van de onderzoeker in early career
Wetenschappelijke taal evolueert
Nood aan een gemeenschappelijke taal: H2O i.p.v. water, aqua, …
Nood aan nieuwe termen want nieuwe zaken worden ontdekt
Grieks Latijns Germaanse talen verdwijnen Duits Engels (programmeertalen)
Engels is dominant maar invloed van Grieks en Latijn is merkbaar
Universele taal voor benoemen van soorten in Latijn
Bv. Symposium: a drinking party meeting of experts or a published collection of articles on a
subject
1.4 Wat beïnvloedt wetenschap?
Onderzoek draagt bij tot maatschappelijke vooruitgang
Mensen leven nu langer gezond
Je kan social media gebruiken
Je kan op reis gaan naar de andere kant van de wereld
Maatschappij beïnvloedt onderzoek via
Externe factoren
Oorlog: raketten eerst toegepast in WOII, dan voor ruimtevaart
Economie: vraag en aanbod, verhogen productie-efficiëntie
Gezondheidsproblemen: veel vraag naar oplossingen
Politiek: financieren van Universiteiten en onderzoekscentra
Religies: remmend
Ethiek: wetenschap die niet kan gebruikt worden
Rampen: pandemie, softenon
4
1. Wat is wetenschap?............................................................................................................................3
1.1 Wat is wetenschap?......................................................................................................................3
1.2 Impact van wetenschap................................................................................................................3
1.3 Wetenschap evolueert.................................................................................................................4
1.4 Wat beïnvloedt wetenschap?.......................................................................................................4
1.5 (Biomedische) wetenschappelijke communicatie.........................................................................5
2 Wetenschappelijke benaderingen door de eeuwen heen...................................................................6
2.1 Empirisme.....................................................................................................................................6
2.2 Rationalisme.................................................................................................................................6
2.3 Combinatie van rationalisme en empirisme.................................................................................6
2.4 Kennisverwerving.........................................................................................................................7
2.5 Kennisverwering via empirisch onderzoek...................................................................................7
2.6 Het laboratorium als gecontroleerde omgeving.........................................................................10
3 Biomedische wetenschappelijk onderzoek........................................................................................11
3.1 Onderzoeksbenaderingen: oud en nieuw...................................................................................11
3.2 Reductionisme en systeembiologie in BMW...............................................................................11
3.3 Van onderzoek naar publicatie...................................................................................................12
3.4 Het wetenschappelijke artikel: types..........................................................................................13
3.5 Structuur van een wetenschappelijk artikel................................................................................13
4. Translationeel biomedisch onderzoek..............................................................................................15
4.1 Wat houdt dat in?.......................................................................................................................15
4.1 Translationele onderzoeksprocessen T.......................................................................................15
4.3 Succesvolle translatie.................................................................................................................16
5 Informatietheorie en binair stelsel....................................................................................................18
5.1 Het binair talstelsel en bits.........................................................................................................18
5.2 Shannon’s informatietheorie......................................................................................................18
6. Publieke databanken in de levenswetenschappen...........................................................................19
6.1 Controlled vocabularies..............................................................................................................19
6.2 Types databanken.......................................................................................................................19
6.3 Databanken met experimentele data.........................................................................................20
6.4 Databanken met andere focus....................................................................................................20
6.5 Publiek delen van data................................................................................................................20
7 Relationele databanken.....................................................................................................................22
7.1 Basisconcepten van databanken................................................................................................22
1
, 7.2 Basisconcepten van relationele databanken..............................................................................23
7.3 Structured Query Language (SQL) zie dia’s 35-…........................................................................24
8 Open Science.....................................................................................................................................26
8.1 Barrières van open science.........................................................................................................26
8.2 Geschiedenis wetenschap..........................................................................................................26
8.3 Argumenten van open science...................................................................................................27
8.4 Open acces.................................................................................................................................28
8.5 Research data-management.......................................................................................................29
9. Wetenschappelijke integriteit..........................................................................................................30
9.1 Definities wetenschappelijke integriteit.....................................................................................30
9.2 Research misconduct..................................................................................................................30
9.3 Scientific misconduct (FFP).........................................................................................................31
9.4 Publications................................................................................................................................32
9.5 Geschiedenis van het opstellen van ethische standaarden........................................................33
9.6 Responsible authorship..............................................................................................................34
10. Paswoorden en beveiliging.............................................................................................................35
10.1 Belang van beveiliging..............................................................................................................35
10.2 Beveiliging via toegangscontrole..............................................................................................36
10.3 Wachtwoorden.........................................................................................................................36
10.4 Cyber Security...........................................................................................................................37
2
,1. Wat is wetenschap?
1.1 Wat is wetenschap?
= kennis opbouwen en organiseren om nieuwe kennis op te bouwen
Kennis opbouwen in de biomedische wetenschappen met wetenschappelijke methodes
Testbare hypothese (BMW!)
Gecontroleerde experimenten
Wetenschappelijke communicatie
Kennis organiseren…
bv. Tabel van Mendeljev
Classificatie van organismen, enzymen
Databank van chemische stoffen
Wetenschappelijke literatuur georganiseerd via databanken
Annotaties van genen in het menselijk genoom
bv. Darwins evolutietheorie zonder kennis van genen etc.
Kennis opbouwen
o Verzamelen van gegevens
o Waarnemingen
o Interpreteren van gegevens en waarnemingen
Kennis organiseren: rapporteren
Evolutietheorie evolutionair gezien
o De mens is slecht recent dominant aanwezig maar heeft grote impact op zijn
omgeving wat onderzoek beïnvloedt
o Oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig (gebruik dus
modellen)
o Evolutief gezien is de periode 300.00 vC tot 1900 nC meer bepalend voor de
mens dan de laatste 100 jaar
Raakvlakken/cross-overs/cross-fertilisatie/kruisbestuiving in wetenschappen
er is een verband tussen fundamenteel onderzoek en klinische studies
β = Natuurwetenschappen = streven naar exactheid (enkel wiskunde is exact)
hoe meer natuurlijke variabiliteit, hoe minder exact
Cultuurwetenschappen
γ = sociale wetenschappen
α = menswetenschappen
Biomedische wetenschappen steunt op β (scheikunde, fysica, biologie en wiskunde) MAAR
heeft grote raakvlakken met γ (psychologie, sociologie, criminologie en economie)
1.2 Impact van wetenschap
Technologie leidt tot levensverbetering in de maatschappij
Motor van industriële (r)evolutie: bv. stoommachine van Watt
Motor van de geneeskunde: bv. antibiotica
Digitale revolutie: bv. andere communicatiemiddelen
Weinig wetenschappelijke ontwikkelingen zijn onmiddellijk commercialiseerbaar
Niet alle wetenschappelijke ontdekkingen zijn goed!
3
, Internationale context van biomedische wetenschappen
Iedereen gebruikt dezelfde methode maar de noden, afhankelijk van omgevingsfactoren, zijn
verschillend
Methode: empirisme (Westers) en wiskunde (Arabisch)
Noden: Ebola (Afrika) <-> Covid (wereldwijd)
Omgevingsvariabelen: aantal sterftegevallen adderbeten België <-> India
Relatie maatschappij en wetenschap
Wetenschap botst op morele/ethische grenzen
Ook commerciële en politieke factor: onderzoek enkel met grote financiering/winst
GGO’s
1.3 Wetenschap evolueert
= Meer translationeel onderzoek met oog voor toepassingen, maar niet elke waarneming hoeft
toepasbaar te zijn
Onderzoekstypes evolueren
Multidisciplinair specialist
Sir Isaac Newton: Engelse natuurkundige, wiskundige, astronoom, natuurfilosoof,
alchemist, officieel muntmeester en theoloog
Jean-Paul Marat: Franse arts, natuurkundige, sociaal filosoof, journalist en politicus
Rudolf Ludwig Carl Virchow: Duitse arts, antropoloog etnoloog en politicus
James Dewey Watson: Amerikaanse moleculair bioloog
Jean-Jacques Cassiman: Belgisch professor in de menselijke genetica
Specialisme = opgedrongen keuze van de onderzoeker in early career
Wetenschappelijke taal evolueert
Nood aan een gemeenschappelijke taal: H2O i.p.v. water, aqua, …
Nood aan nieuwe termen want nieuwe zaken worden ontdekt
Grieks Latijns Germaanse talen verdwijnen Duits Engels (programmeertalen)
Engels is dominant maar invloed van Grieks en Latijn is merkbaar
Universele taal voor benoemen van soorten in Latijn
Bv. Symposium: a drinking party meeting of experts or a published collection of articles on a
subject
1.4 Wat beïnvloedt wetenschap?
Onderzoek draagt bij tot maatschappelijke vooruitgang
Mensen leven nu langer gezond
Je kan social media gebruiken
Je kan op reis gaan naar de andere kant van de wereld
Maatschappij beïnvloedt onderzoek via
Externe factoren
Oorlog: raketten eerst toegepast in WOII, dan voor ruimtevaart
Economie: vraag en aanbod, verhogen productie-efficiëntie
Gezondheidsproblemen: veel vraag naar oplossingen
Politiek: financieren van Universiteiten en onderzoekscentra
Religies: remmend
Ethiek: wetenschap die niet kan gebruikt worden
Rampen: pandemie, softenon
4
