- Chaperone: gekatalyseerde eiwitvouwing
> zorgt dat molten globule beter gevouwd wordt
> herkennen hydrofobe sequenties aan oppervlak (slecht functioneren, aggregaten =
toxisch). Chaperone (hsp70) zorgt voor conformatieverandering (ATP)
> hsp60: kamertje waarin eiwit wordt opgenomen
- Cotranslational folding: tijdens translatie al
Monitoren van eiwitvouwing
- aggregatie voorkomen!
- slechte eiwitten afgebroken in proteasoom
> cilindervormige eiwitstructuur met proteases aan binnenkant
> herkent geubiquitineerde eiwitten -> afgeknipt -> opgezogen -> in ontvouwen vorm
in proteasoom afgebroken
Afbraak ook voor protein lifetime
- ubiquitinatie ligases -> zorgen voor afbraak
- afbraaksignalen activeren (fosforylatie/unmasking/onstabiele N kant)
Kennisclip I- Transcriptie regulatie
RNA seq: RNA isoleren uit weefsel -> cDNA van maken -> transcripten gesequenced -> weten wat tot
expressie komt
In situ hybridisatie: fluorescente RNA probe -> welke delen van hersenen een gen tot expressie
brengen
Transcriptie regulators: binden (in buurt) van promoter
CHIP: transcriptieregulatoren gecrosslinkt aan DNA -> cellen gelyseerd -> immunoprecipitatie
(antilichaam tegen TcF) -> DNA met factor gaat uit mengsel -> crosslinks verwijderd -> DNA
amplificeren -> ontdekken op welk DNA transcriptieregulatoren binden
Reporter genen: DNA uitknippen en daarachter reporter gen plaatsen (LacZ/GFP) -> testen -> in
welke weefsel expressie plaatsvindt
Hoe binden transcriptiefactoren aan sequenties?
- binden aan buitenkant, interactie met baseparen major groove
- homeodomein maakt verbindingen (zoals waterstofbrug) met basenparen
Leucine zipper: hydrofobe interacties tussen 2 a helixen -> aan einde a helix in grote groeve DNA
(heeft dus 2 binding sites omdat het dimeer is)
* dimerisatie maakt binding site langer + hogere specificiteit
Coöperativiteit: dimeriseren eiwit
Bij lage conc geen binding, bij bepaalde conc een transitie, bij hoge conc sterke binding
Coactivatoren/repressoren: binden aan complexen en helpen met aan/uitzetten
, Transcriptie activatoren
1. Binding andere regulatoren
2. Lokken RNA pol naar promoter
3. Vrijlaten RNA pol voor transcriptie
4. Vrijlaten RNA pol van plaats / pauzeren voorkomen -> verloopt beter
Chromatine remodeling complex -> histon chaperones -> DNA toegankelijk maken
Chromatine modificatie voorbeeld
1. Transcriptie activator bindt
2. Histon acetyltransferase -> H3K9 acetylatie
3. Histon kinase aangetrokken -> fosforylatie H3S10
4. Chromatine remodeling complex aangetrokken -> nucleosomen opschuiven
5. TFIID bindt TATA box + interactie gefosforyleerde staart H3
6. Assemblage -> RNA pol -> transcriptie
Repressie genexpressie
- Over algemeen remt chromatine genexpressie, remodeling of door methylatie of deacetylatie
Hoe spreid activatie/inactivatie? -> insulators + barrier sequences
Insulator: DNA element sluit chromatine loops -> 1 lus gereguleerd als 1 systeem (cis)
Kennisclip II
> Activatie van transcriptiefactoren
1. Productie eiwitten
2. Binding ligand
3. Covalente modificatie
4. Tweede subunit toevoegen
5. Inhibitor weghalen
6. Stimuleren van entry in kern
7. Vrijlating van membraan (door bijv. protease)
> zorgt dat molten globule beter gevouwd wordt
> herkennen hydrofobe sequenties aan oppervlak (slecht functioneren, aggregaten =
toxisch). Chaperone (hsp70) zorgt voor conformatieverandering (ATP)
> hsp60: kamertje waarin eiwit wordt opgenomen
- Cotranslational folding: tijdens translatie al
Monitoren van eiwitvouwing
- aggregatie voorkomen!
- slechte eiwitten afgebroken in proteasoom
> cilindervormige eiwitstructuur met proteases aan binnenkant
> herkent geubiquitineerde eiwitten -> afgeknipt -> opgezogen -> in ontvouwen vorm
in proteasoom afgebroken
Afbraak ook voor protein lifetime
- ubiquitinatie ligases -> zorgen voor afbraak
- afbraaksignalen activeren (fosforylatie/unmasking/onstabiele N kant)
Kennisclip I- Transcriptie regulatie
RNA seq: RNA isoleren uit weefsel -> cDNA van maken -> transcripten gesequenced -> weten wat tot
expressie komt
In situ hybridisatie: fluorescente RNA probe -> welke delen van hersenen een gen tot expressie
brengen
Transcriptie regulators: binden (in buurt) van promoter
CHIP: transcriptieregulatoren gecrosslinkt aan DNA -> cellen gelyseerd -> immunoprecipitatie
(antilichaam tegen TcF) -> DNA met factor gaat uit mengsel -> crosslinks verwijderd -> DNA
amplificeren -> ontdekken op welk DNA transcriptieregulatoren binden
Reporter genen: DNA uitknippen en daarachter reporter gen plaatsen (LacZ/GFP) -> testen -> in
welke weefsel expressie plaatsvindt
Hoe binden transcriptiefactoren aan sequenties?
- binden aan buitenkant, interactie met baseparen major groove
- homeodomein maakt verbindingen (zoals waterstofbrug) met basenparen
Leucine zipper: hydrofobe interacties tussen 2 a helixen -> aan einde a helix in grote groeve DNA
(heeft dus 2 binding sites omdat het dimeer is)
* dimerisatie maakt binding site langer + hogere specificiteit
Coöperativiteit: dimeriseren eiwit
Bij lage conc geen binding, bij bepaalde conc een transitie, bij hoge conc sterke binding
Coactivatoren/repressoren: binden aan complexen en helpen met aan/uitzetten
, Transcriptie activatoren
1. Binding andere regulatoren
2. Lokken RNA pol naar promoter
3. Vrijlaten RNA pol voor transcriptie
4. Vrijlaten RNA pol van plaats / pauzeren voorkomen -> verloopt beter
Chromatine remodeling complex -> histon chaperones -> DNA toegankelijk maken
Chromatine modificatie voorbeeld
1. Transcriptie activator bindt
2. Histon acetyltransferase -> H3K9 acetylatie
3. Histon kinase aangetrokken -> fosforylatie H3S10
4. Chromatine remodeling complex aangetrokken -> nucleosomen opschuiven
5. TFIID bindt TATA box + interactie gefosforyleerde staart H3
6. Assemblage -> RNA pol -> transcriptie
Repressie genexpressie
- Over algemeen remt chromatine genexpressie, remodeling of door methylatie of deacetylatie
Hoe spreid activatie/inactivatie? -> insulators + barrier sequences
Insulator: DNA element sluit chromatine loops -> 1 lus gereguleerd als 1 systeem (cis)
Kennisclip II
> Activatie van transcriptiefactoren
1. Productie eiwitten
2. Binding ligand
3. Covalente modificatie
4. Tweede subunit toevoegen
5. Inhibitor weghalen
6. Stimuleren van entry in kern
7. Vrijlating van membraan (door bijv. protease)
